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<div id="vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown vector-page-titlebar-toc vector-button-flush-left" > <input type="checkbox" id="vector-page-titlebar-toc-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Basculer la table des matières" > <label id="vector-page-titlebar-toc-label" for="vector-page-titlebar-toc-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-listBullet mw-ui-icon-wikimedia-listBullet"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">Basculer la table des matières</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-page-titlebar-toc-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> </div> </div> </div> </nav> <h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">Modélisation moléculaire</span></h1> <div id="p-lang-btn" class="vector-dropdown mw-portlet mw-portlet-lang" > <input type="checkbox" id="p-lang-btn-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-p-lang-btn" class="vector-dropdown-checkbox mw-interlanguage-selector" aria-label="Aller à un article dans une autre langue. 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mw-list-item"><a href="https://ca.wikipedia.org/wiki/Simulaci%C3%B3_molecular" title="Simulació molecular – catalan" lang="ca" hreflang="ca" data-title="Simulació molecular" data-language-autonym="Català" data-language-local-name="catalan" class="interlanguage-link-target"><span>Català</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-cs mw-list-item"><a href="https://cs.wikipedia.org/wiki/Molekul%C3%A1rn%C3%AD_modelov%C3%A1n%C3%AD" title="Molekulární modelování – tchèque" lang="cs" hreflang="cs" data-title="Molekulární modelování" data-language-autonym="Čeština" data-language-local-name="tchèque" class="interlanguage-link-target"><span>Čeština</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-de mw-list-item"><a href="https://de.wikipedia.org/wiki/Molekulare_Modellierung" title="Molekulare Modellierung – allemand" lang="de" hreflang="de" data-title="Molekulare Modellierung" data-language-autonym="Deutsch" data-language-local-name="allemand" class="interlanguage-link-target"><span>Deutsch</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-en mw-list-item"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_modelling" title="Molecular modelling – anglais" lang="en" hreflang="en" data-title="Molecular modelling" data-language-autonym="English" data-language-local-name="anglais" class="interlanguage-link-target"><span>English</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-es mw-list-item"><a href="https://es.wikipedia.org/wiki/Modelado_molecular" title="Modelado molecular – espagnol" lang="es" hreflang="es" data-title="Modelado molecular" data-language-autonym="Español" data-language-local-name="espagnol" class="interlanguage-link-target"><span>Español</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fa mw-list-item"><a href="https://fa.wikipedia.org/wiki/%D9%85%D8%AF%D9%84%E2%80%8C%D8%B3%D8%A7%D8%B2%DB%8C_%D9%85%D9%88%D9%84%DA%A9%D9%88%D9%84%DB%8C" title="مدل‌سازی مولکولی – persan" lang="fa" hreflang="fa" data-title="مدل‌سازی مولکولی" data-language-autonym="فارسی" data-language-local-name="persan" class="interlanguage-link-target"><span>فارسی</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fi mw-list-item"><a href="https://fi.wikipedia.org/wiki/Molekyylimallinnus" title="Molekyylimallinnus – finnois" lang="fi" hreflang="fi" data-title="Molekyylimallinnus" data-language-autonym="Suomi" data-language-local-name="finnois" class="interlanguage-link-target"><span>Suomi</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-hu mw-list-item"><a href="https://hu.wikipedia.org/wiki/Molekulamodellez%C3%A9s" title="Molekulamodellezés – hongrois" lang="hu" hreflang="hu" data-title="Molekulamodellezés" data-language-autonym="Magyar" data-language-local-name="hongrois" class="interlanguage-link-target"><span>Magyar</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-it mw-list-item"><a href="https://it.wikipedia.org/wiki/Modellistica_molecolare" title="Modellistica molecolare – italien" lang="it" hreflang="it" data-title="Modellistica molecolare" data-language-autonym="Italiano" data-language-local-name="italien" class="interlanguage-link-target"><span>Italiano</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ja mw-list-item"><a href="https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" title="分子シミュレーション – japonais" lang="ja" hreflang="ja" data-title="分子シミュレーション" data-language-autonym="日本語" data-language-local-name="japonais" class="interlanguage-link-target"><span>日本語</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ko mw-list-item"><a href="https://ko.wikipedia.org/wiki/%EB%B6%84%EC%9E%90_%EB%AA%A8%EB%8D%B8%EB%A7%81" title="분자 모델링 – coréen" lang="ko" hreflang="ko" data-title="분자 모델링" data-language-autonym="한국어" data-language-local-name="coréen" class="interlanguage-link-target"><span>한국어</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-mn mw-list-item"><a href="https://mn.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8B%D0%BD_%D0%B7%D0%B0%D0%B3%D0%B2%D0%B0%D1%80%D1%87%D0%BB%D0%B0%D0%BB" title="Молекулын загварчлал – mongol" lang="mn" hreflang="mn" data-title="Молекулын загварчлал" data-language-autonym="Монгол" data-language-local-name="mongol" class="interlanguage-link-target"><span>Монгол</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-pl mw-list-item"><a href="https://pl.wikipedia.org/wiki/Modelowanie_molekularne" title="Modelowanie molekularne – polonais" lang="pl" hreflang="pl" data-title="Modelowanie molekularne" data-language-autonym="Polski" data-language-local-name="polonais" class="interlanguage-link-target"><span>Polski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-pt mw-list-item"><a href="https://pt.wikipedia.org/wiki/Modelagem_molecular" title="Modelagem molecular – portugais" lang="pt" hreflang="pt" data-title="Modelagem molecular" data-language-autonym="Português" 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href="https://sh.wikipedia.org/wiki/Molekulsko_modelovanje" title="Molekulsko modelovanje – serbo-croate" lang="sh" hreflang="sh" data-title="Molekulsko modelovanje" data-language-autonym="Srpskohrvatski / српскохрватски" data-language-local-name="serbo-croate" class="interlanguage-link-target"><span>Srpskohrvatski / српскохрватски</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-sk mw-list-item"><a href="https://sk.wikipedia.org/wiki/Molekulov%C3%A9_modelovanie" title="Molekulové modelovanie – slovaque" lang="sk" hreflang="sk" data-title="Molekulové modelovanie" data-language-autonym="Slovenčina" data-language-local-name="slovaque" class="interlanguage-link-target"><span>Slovenčina</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-sr mw-list-item"><a href="https://sr.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%81%D0%BA%D0%BE_%D0%BC%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D1%80%D0%B0%D1%9A%D0%B5" title="Молекулско моделирање – serbe" lang="sr" hreflang="sr" data-title="Молекулско моделирање" data-language-autonym="Српски / srpski" data-language-local-name="serbe" class="interlanguage-link-target"><span>Српски / srpski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-tr mw-list-item"><a href="https://tr.wikipedia.org/wiki/Molek%C3%BCler_modelleme" title="Moleküler modelleme – turc" lang="tr" hreflang="tr" data-title="Moleküler modelleme" data-language-autonym="Türkçe" data-language-local-name="turc" class="interlanguage-link-target"><span>Türkçe</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-uk mw-list-item"><a href="https://uk.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%BD%D0%B5_%D0%BC%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D1%8E%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8F" title="Молекулярне моделювання – ukrainien" lang="uk" hreflang="uk" data-title="Молекулярне моделювання" data-language-autonym="Українська" data-language-local-name="ukrainien" class="interlanguage-link-target"><span>Українська</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-zh mw-list-item"><a href="https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E5%BB%BA%E6%A8%A1" title="分子建模 – chinois" lang="zh" hreflang="zh" data-title="分子建模" data-language-autonym="中文" data-language-local-name="chinois" class="interlanguage-link-target"><span>中文</span></a></li> </ul> <div class="after-portlet after-portlet-lang"><span class="wb-langlinks-edit wb-langlinks-link"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q174858#sitelinks-wikipedia" title="Modifier les liens interlangues" class="wbc-editpage">Modifier les liens</a></span></div> </div> </div> </div> </header> <div class="vector-page-toolbar"> <div class="vector-page-toolbar-container"> <div id="left-navigation"> <nav aria-label="Espaces de noms"> <div id="p-associated-pages" class="vector-menu vector-menu-tabs mw-portlet mw-portlet-associated-pages" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="ca-nstab-main" class="selected 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title="Lien vers l’élément dans le dépôt de données connecté [g]" accesskey="g"><span>Élément Wikidata</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> </div> <div class="vector-column-end"> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav class="vector-page-tools-landmark" aria-label="Outils de la page"> <div id="vector-page-tools-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> <nav class="vector-appearance-landmark" aria-label="Apparence"> <div id="vector-appearance-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-appearance" class="vector-appearance vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-appearance-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="appearance-pinned" data-pinnable-element-id="vector-appearance" data-pinned-container-id="vector-appearance-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-appearance-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">Apparence</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.pin">déplacer vers la barre latérale</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.unpin">masquer</button> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> <div id="bodyContent" class="vector-body" aria-labelledby="firstHeading" data-mw-ve-target-container> <div class="vector-body-before-content"> <div class="mw-indicators"> </div> <div id="siteSub" class="noprint">Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.</div> </div> <div id="contentSub"><div id="mw-content-subtitle"></div></div> <div id="mw-content-text" class="mw-body-content"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="fr" dir="ltr"><figure typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/Fichier:Bdna_cropped.gif" class="mw-file-description"><img alt="Modèle de l'ADN en forme B" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/43/Bdna_cropped.gif/220px-Bdna_cropped.gif" decoding="async" width="220" height="327" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/43/Bdna_cropped.gif 1.5x" data-file-width="290" data-file-height="430" /></a><figcaption>Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B</figcaption></figure> <p>La <b>modélisation moléculaire</b> est un ensemble de <a href="/wiki/Technique" title="Technique">techniques</a> pour <a href="/wiki/Mod%C3%A8le" title="Modèle">modéliser</a> ou <a href="/wiki/Simulation_de_ph%C3%A9nom%C3%A8nes" title="Simulation de phénomènes">simuler</a> le comportement de <a href="/wiki/Mol%C3%A9cule" title="Molécule">molécules</a>. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en <a href="/wiki/Biologie_structurale" title="Biologie structurale">biologie structurale</a>, à partir de données expérimentales comme la <a href="/wiki/Cristallographie_aux_rayons_X" title="Cristallographie aux rayons X">cristallographie aux rayons X</a>. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes. On l'utilise enfin pour <a href="/wiki/Conception_de_m%C3%A9dicament" title="Conception de médicament">concevoir de nouveaux médicaments</a>. </p> <meta property="mw:PageProp/toc" /> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Principes_et_applications">Principes et applications</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=1" title="Modifier la section : Principes et applications" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=1" title="Modifier le code source de la section : Principes et applications"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>La modélisation moléculaire s'appuie sur la connaissance précise de la <a href="/wiki/St%C3%A9r%C3%A9ochimie" title="Stéréochimie">stéréochimie</a> des liaisons atomiques au sein des molécules : longueur des <a href="/wiki/Liaison_covalente" title="Liaison covalente">liaisons covalentes</a>, angles de valence, <a href="/wiki/Angle_di%C3%A8dre" title="Angle dièdre">angles dièdres</a>, rayons des <a href="/wiki/Atome" title="Atome">atomes</a>. Elle réalise aussi des calculs de forces s'exerçant sur les atomes, modélise la distribution des électrons et les charges partielles, et les forces électrostatiques. </p><p>Le calcul des forces s'exerçant sur les atomes d'une molécule ou entre atomes de plusieurs molécules permet de déterminer des configurations stables correspondant à des minimums d'énergie, c'est le domaine de la <a href="/wiki/M%C3%A9canique_mol%C3%A9culaire" title="Mécanique moléculaire">mécanique moléculaire</a>. Ceci permet aussi de prédire des interactions favorables entre molécules et de réaliser de la <a href="/wiki/Conception_de_m%C3%A9dicament" title="Conception de médicament">conception rationnelle de médicaments</a>. Enfin, à partir de ces mêmes champs de force, on peut aussi réaliser des simulations dynamiques pour analyser les mouvements moléculaires, c'est le domaine de la <a href="/wiki/Dynamique_mol%C3%A9culaire" title="Dynamique moléculaire">dynamique moléculaire</a>. </p><p>La modélisation moléculaire s'intéresse enfin au rendu visuel des molécules et des simulations en 3D, c'est le domaine du graphisme moléculaire. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Mécanique_moléculaire_et_champ_de_force"><span id="M.C3.A9canique_mol.C3.A9culaire_et_champ_de_force"></span>Mécanique moléculaire et champ de force</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=2" title="Modifier la section : Mécanique moléculaire et champ de force" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=2" title="Modifier le code source de la section : Mécanique moléculaire et champ de force"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/Fichier:Bond_stretching_energy.svg" class="mw-file-description"><img alt="Déformation d'une liaison chimique et force associée" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/d9/Bond_stretching_energy.svg/220px-Bond_stretching_energy.svg.png" decoding="async" width="220" height="286" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/d9/Bond_stretching_energy.svg/330px-Bond_stretching_energy.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/d9/Bond_stretching_energy.svg/440px-Bond_stretching_energy.svg.png 2x" data-file-width="515" data-file-height="669" /></a><figcaption>Force de rappel associée à l'allongement d'une liaison covalente</figcaption></figure> <div class="bandeau-container bandeau-section metadata bandeau-niveau-information"><div class="bandeau-cell bandeau-icone-css loupe">Articles détaillés : <a href="/wiki/M%C3%A9canique_mol%C3%A9culaire" title="Mécanique moléculaire">Mécanique moléculaire</a> et <a href="/wiki/Champ_de_force_(chimie)" title="Champ de force (chimie)">Champ de force (chimie)</a>.</div></div> <p>La mécanique moléculaire utilise des <a href="/wiki/Champ_de_force_(chimie)" title="Champ de force (chimie)">champs de forces</a> pour calculer les interactions entre atomes dans la molécule étudiée. Le plus souvent ces champs de forces s'appuient sur la <a href="/wiki/M%C3%A9canique_newtonienne" title="Mécanique newtonienne">mécanique classique newtonienne</a>. Les forces associées aux liaisons covalentes sont modélisées comme des forces de rappel de type ressorts, avec des <a href="/wiki/Oscillateur_harmonique" title="Oscillateur harmonique">potentiels harmoniques</a>. Les <a href="/wiki/Force_de_van_der_Waals" title="Force de van der Waals">forces de Van der Waals</a> entre atomes sont modélisées avec des <a href="/wiki/Potentiel_de_Lennard-Jones" title="Potentiel de Lennard-Jones">potentiels de Lennard-Jones</a>. Les interactions électrostatiques entre les charges portées par les molécules sont modélisées par la <a href="/wiki/Loi_de_Coulomb_(%C3%A9lectrostatique)" title="Loi de Coulomb (électrostatique)">loi de Coulomb</a>. Les <a href="/wiki/Charge_%C3%A9lectrique" title="Charge électrique">charges électriques</a> partielles portées par les atomes sont parfois calculées au préalable à l'aide d'outils informatiques de <a href="/wiki/Chimie_quantique" title="Chimie quantique">chimie quantique</a>. </p><p>À partir du ce champ de force complet, on peut réaliser des minimisations d'énergie potentielle ou des simulations dynamiques par intégration numérique de la <a href="/wiki/Principe_fondamental_de_la_dynamique" title="Principe fondamental de la dynamique">deuxième loi de Newton</a>, pour chaque atome du système : </p> <dl><dd><span class="mwe-math-element"><span class="mwe-math-mathml-inline mwe-math-mathml-a11y" style="display: none;"><math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" alttext="{\displaystyle {\vec {F}}=m{\vec {\gamma }}}"> <semantics> <mrow class="MJX-TeXAtom-ORD"> <mstyle displaystyle="true" scriptlevel="0"> <mrow class="MJX-TeXAtom-ORD"> <mrow class="MJX-TeXAtom-ORD"> <mover> <mi>F</mi> <mo stretchy="false">→</mo> </mover> </mrow> </mrow> <mo>=</mo> <mi>m</mi> <mrow class="MJX-TeXAtom-ORD"> <mrow class="MJX-TeXAtom-ORD"> <mover> <mi>γ</mi> <mo stretchy="false">→</mo> </mover> </mrow> </mrow> </mstyle> </mrow> <annotation encoding="application/x-tex">{\displaystyle {\vec {F}}=m{\vec {\gamma }}}</annotation> </semantics> </math></span><img src="https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/3cccd37c0937013bf31a55a5a6cf15a27efc0ca6" class="mwe-math-fallback-image-inline mw-invert skin-invert" aria-hidden="true" style="vertical-align: -0.838ex; width:8.172ex; height:3.343ex;" alt="{\displaystyle {\vec {F}}=m{\vec {\gamma }}}"></span></dd></dl> <p>Les calculs peuvent être effectués soit en <a href="/wiki/Coordonn%C3%A9es_cart%C3%A9siennes" title="Coordonnées cartésiennes">coordonnées cartésiennes</a> (<i>x<sub>i</sub></i> ,<i>y<sub>i</sub></i> ,<i>z<sub>i</sub></i> pour chaque atome <i>i</i>), soit en coordonnées internes en utilisant les angles de rotation autour des liaisons covalentes. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Graphisme_moléculaire"><span id="Graphisme_mol.C3.A9culaire"></span>Graphisme moléculaire</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=3" title="Modifier la section : Graphisme moléculaire" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=3" title="Modifier le code source de la section : Graphisme moléculaire"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>La modélisation moléculaire utilise des outils de visualisation en 3D et utilise pour cela différents types de représentation, suivant les applications : </p> <ul><li>fil de fer (<i>wire</i>): on ne représente que les liaisons entre les atomes par un trait</li> <li>bâtons (<i>stick</i>) : on ne représente que les liaisons par une tige</li> <li><a href="/wiki/Mod%C3%A8le_mol%C3%A9culaire_boules-b%C3%A2tonnets" title="Modèle moléculaire boules-bâtonnets">modèle moléculaire boules-bâtonnets</a> (<i>ball and stick</i>): les atomes sont représentés par les noyaux avec une boule et les liaisons par une tige</li> <li><a href="/wiki/Mod%C3%A8le_compact" title="Modèle compact">modèle compact</a> (<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Space-filling_model" class="extiw" title="en:Space-filling model"><i>space filling</i></a>) : chaque atome est représenté par une sphère dont le rayon est, normalement, proportionnel au <a href="/wiki/Rayon_de_Van_der_Waals" class="mw-redirect" title="Rayon de Van der Waals">rayon de Van der Waals</a> de l'atome.</li> <li>Surface moléculaire : on représente la surface de la molécule accessible au <a href="/wiki/Solvant" title="Solvant">solvant</a> ou aux ions.</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Couleurs">Couleurs</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=4" title="Modifier la section : Couleurs" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=4" title="Modifier le code source de la section : Couleurs"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="bandeau-container bandeau-section metadata bandeau-niveau-information"><div class="bandeau-cell bandeau-icone-css general">Article principal : <a href="/wiki/Code_de_couleurs_CPK" title="Code de couleurs CPK">Code de couleurs CPK</a>.</div></div> <p>On utilise en général des couleurs standard pour représenter les atomes les plus fréquents : </p> <ul><li>Oxygène (O) : rouge</li> <li><a href="/wiki/Carbone" title="Carbone">Carbone</a> (C) : noir</li> <li>Hydrogène (H) : blanc</li> <li><a href="/wiki/Chlore" title="Chlore">Chlore</a> (Cl) : vert</li> <li><a href="/wiki/Soufre" title="Soufre">Soufre</a> (S) : jaune</li> <li><a href="/wiki/Azote" title="Azote">Azote</a> (N) : bleu</li> <li><a href="/wiki/Phosphore" title="Phosphore">Phosphore</a> (P) : violet</li> <li>Fer (Fe) : gris</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Logiciels_de_graphisme_moléculaire"><span id="Logiciels_de_graphisme_mol.C3.A9culaire"></span>Logiciels de graphisme moléculaire</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=5" title="Modifier la section : Logiciels de graphisme moléculaire" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=5" title="Modifier le code source de la section : Logiciels de graphisme moléculaire"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Il existe de nombreux logiciels permettant la représentation de molécules, dont plusieurs sont dans le domaine public ou gratuits pour un usage académique ou pédagogique : </p> <ul><li><a href="/wiki/RasMol" title="RasMol">RasMol</a> et OpenRasMol. <a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.openrasmol.org">[1]</a></li> <li><a href="/wiki/PyMOL" title="PyMOL">Pymol</a>. <a href="/wiki/Logiciel_propri%C3%A9taire" title="Logiciel propriétaire">Logiciel propriétaire</a> basé sur un noyau <a href="/wiki/Open_source" title="Open source">open source</a>. Licence gratuite pour un usage pédagogique. <a rel="nofollow" class="external autonumber" href="https://www.pymol.org">[2]</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Voir_aussi">Voir aussi</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=6" title="Modifier la section : Voir aussi" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=6" title="Modifier le code source de la section : Voir aussi"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a href="/wiki/Bioinformatique_structurale" title="Bioinformatique structurale">Bioinformatique structurale</a></li> <li><a href="/wiki/Biologie_structurale" title="Biologie structurale">Biologie structurale</a></li> <li><a href="/wiki/Chimie_num%C3%A9rique" title="Chimie numérique">Chimie numérique</a></li> <li><a href="/wiki/Dynamique_mol%C3%A9culaire" title="Dynamique moléculaire">Dynamique moléculaire</a></li> <li><a href="/wiki/M%C3%A9canique_mol%C3%A9culaire" title="Mécanique moléculaire">Mécanique moléculaire</a></li> <li><a href="/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo" title="Méthode de Monte-Carlo">Méthode de Monte-Carlo</a></li> <li><a href="/wiki/Structure_des_prot%C3%A9ines" title="Structure des protéines">Structure des protéines</a></li> <li><a href="/wiki/Chimie_quantique" title="Chimie quantique">Chimie quantique</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Bibliographie">Bibliographie</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=7" title="Modifier la section : Bibliographie" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=7" title="Modifier le code source de la section : Bibliographie"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li>A.R. Leach, <i>Molecular Modelling: Principles and Applications</i>, <a href="/wiki/2001" title="2001">2001</a>, <small style="line-height:1em;">(<a href="/wiki/International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> <a href="/wiki/Sp%C3%A9cial:Ouvrages_de_r%C3%A9f%C3%A9rence/0-582-38210-6" title="Spécial:Ouvrages de référence/0-582-38210-6"><span class="nowrap">0-582-38210-6</span></a>)</small></li> <li>Daan Frenkel, Berend Smit <i>Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications</i>, <a href="/wiki/1996" title="1996">1996</a>, <small style="line-height:1em;">(<a href="/wiki/International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> <a href="/wiki/Sp%C3%A9cial:Ouvrages_de_r%C3%A9f%C3%A9rence/0-12-267370-0" title="Spécial:Ouvrages de référence/0-12-267370-0"><span class="nowrap">0-12-267370-0</span></a>)</small></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Notes_et_références"><span id="Notes_et_r.C3.A9f.C3.A9rences"></span>Notes et références</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&veaction=edit&section=8" title="Modifier la section : Notes et références" class="mw-editsection-visualeditor"><span>modifier</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Mod%C3%A9lisation_mol%C3%A9culaire&action=edit&section=8" title="Modifier le code source de la section : Notes et références"><span>modifier le code</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="references-small decimal" style=""> </div> <div class="navbox-container" style="clear:both;"> <table class="navbox collapsible noprint autocollapse" style=""> <tbody><tr><th class="navbox-title" colspan="2" style=""><div style="float:left; width:6em; text-align:left"><div class="noprint plainlinks nowrap tnavbar" style="padding:0; font-size:xx-small; color:var(--color-emphasized, #000000);"><a href="/wiki/Mod%C3%A8le:Palette_Repr%C3%A9sentations_de_mol%C3%A9cules" title="Modèle:Palette Représentations de molécules"><abbr class="abbr" title="Voir ce modèle.">v</abbr></a> · <a class="external text" href="https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Mod%C3%A8le:Palette_Repr%C3%A9sentations_de_mol%C3%A9cules&action=edit"><abbr class="abbr" title="Modifier ce modèle. Merci de prévisualiser avant de sauvegarder.">m</abbr></a></div></div><div style="font-size:110%"><a href="/wiki/Repr%C3%A9sentation_des_mol%C3%A9cules" title="Représentation des molécules">Les représentations de molécules</a></div></th> </tr> <tr> <th class="navbox-group" style="width:230px">Non spécifiques à la chimie organique</th> <td class="navbox-list" style=""><div class="liste-horizontale"> <ul><li>Formules <ul><li><a href="/wiki/Formule_brute" title="Formule brute">Brute</a></li> <li><a href="/wiki/Formule_de_Lewis" title="Formule de Lewis">Lewis</a> (<a href="/wiki/Gilbert_Lewis" title="Gilbert Lewis">Gilbert Lewis</a>)</li> <li><a href="/wiki/Formule_d%C3%A9velopp%C3%A9e_plane" title="Formule développée plane">Développée plane</a></li></ul></li> <li><a href="/wiki/Repr%C3%A9sentation_de_Cram" title="Représentation de Cram">Représentation de Cram</a> (<a href="/wiki/Donald_J._Cram" title="Donald J. Cram">Donald Cram</a>)</li></ul> </div></td> </tr> <tr> <th class="navbox-group" style="width:230px">Spécifiques à la chimie organique</th> <td class="navbox-list navbox-even" style=""><div class="liste-horizontale"> <ul><li>Formules <ul><li><a href="/wiki/Formule_semi-d%C3%A9velopp%C3%A9e" title="Formule semi-développée">Semi-développée</a></li> <li><a href="/wiki/Formule_topologique" title="Formule topologique">Topologique</a></li></ul></li> <li>Projections <ul><li><a href="/wiki/Projection_de_Newman" title="Projection de Newman">de Newman</a> (<a href="/wiki/Melvin_Spencer_Newman" title="Melvin Spencer Newman">Melvin S. Newman</a>)</li> <li><a href="/wiki/Projection_de_Fischer" title="Projection de Fischer">de Fischer</a> (<a href="/wiki/Emil_Fischer" title="Emil Fischer">Emil Fischer</a>)</li> <li><a href="/wiki/Projection_de_Haworth" title="Projection de Haworth">de Haworth</a> (<a href="/wiki/Walter_Norman_Haworth" title="Walter Norman Haworth">Norman Haworth</a>)</li></ul></li></ul> </div></td> </tr> <tr> <th class="navbox-group" style="width:230px"><a class="mw-selflink selflink">Modélisation moléculaire</a></th> <td class="navbox-list" style=""><div class="liste-horizontale"> <ul><li><a href="/wiki/Code_de_couleurs_CPK" title="Code de couleurs CPK">Code de couleurs CPK</a></li> <li><a href="/wiki/Mod%C3%A8le_mol%C3%A9culaire_boules-b%C3%A2tonnets" title="Modèle moléculaire boules-bâtonnets">Boules-bâtonnets</a></li> <li><a href="/wiki/Mod%C3%A8le_compact" title="Modèle compact">Modèle compact</a></li></ul> </div></td> </tr> <tr> <td class="navbox-list navbox-even" style="" colspan="2"><div class="liste-horizontale"> <ul><li><a href="/wiki/Graphe_mol%C3%A9culaire" title="Graphe moléculaire">Graphe moléculaire</a></li> <li><a href="/wiki/Simplified_Molecular_Input_Line_Entry_System" title="Simplified Molecular Input Line Entry System">SMILES</a></li> <li><a href="/wiki/International_Chemical_Identifier" title="International Chemical Identifier">InChi</a></li></ul> </div></td> </tr> </tbody></table> </div> <ul id="bandeau-portail" class="bandeau-portail"><li><span class="bandeau-portail-element"><span class="bandeau-portail-icone"><span class="noviewer" typeof="mw:File"><a href="/wiki/Portail:Chimie" title="Portail de la chimie"><img alt="icône décorative" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/Nuvola_apps_edu_science.svg/24px-Nuvola_apps_edu_science.svg.png" decoding="async" width="24" height="24" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/Nuvola_apps_edu_science.svg/36px-Nuvola_apps_edu_science.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/Nuvola_apps_edu_science.svg/48px-Nuvola_apps_edu_science.svg.png 2x" data-file-width="128" data-file-height="128" /></a></span></span> <span class="bandeau-portail-texte"><a href="/wiki/Portail:Chimie" title="Portail:Chimie">Portail de la chimie</a></span> </span></li> <li><span class="bandeau-portail-element"><span class="bandeau-portail-icone"><span class="noviewer" typeof="mw:File"><a href="/wiki/Portail:Biologie_cellulaire_et_mol%C3%A9culaire" title="Portail de la biologie cellulaire et moléculaire"><img alt="icône décorative" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cc/Red2.jpg/27px-Red2.jpg" decoding="async" width="27" height="24" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cc/Red2.jpg/40px-Red2.jpg 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cc/Red2.jpg/53px-Red2.jpg 2x" data-file-width="184" data-file-height="166" /></a></span></span> <span class="bandeau-portail-texte"><a href="/wiki/Portail:Biologie_cellulaire_et_mol%C3%A9culaire" title="Portail:Biologie cellulaire et moléculaire">Portail de la biologie cellulaire et moléculaire</a></span> </span></li> </ul>    </div><noscript><img src="https://login.wikimedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?type=1x1" alt="" width="1" height="1" style="border: none; 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