CINXE.COM

<!DOCTYPE html><html lang="en"><head><script src="https://www.googletagmanager.com/gtag/js?id=G-5JMGYPWJRR" async></script><script>//- global rcsb-config object var RC = { googleAnalyticsTrackingId: 'UA-3923365-3' , instance: 'production' , isProductionServer: true , dataUrl: 'https://data.rcsb.org/' , searchUrl: 'https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/' , alignmentHost: 'https://alignment.rcsb.org' , alignmentUrl: 'https://alignment.rcsb.org/api/v1/' , fileStorageUrl: 'https://user-upload.rcsb.org/v1/' , fileStoragePutEndpoint: 'putMultipart' , fileStorageGetEndpoint: 'download' , sequenceCoordinatesUrl: 'https://1d-coordinates.rcsb.org/' , internalAnalyticsOriginHeaderKey: 'Rcsb-Analytics-Traffic-Origin' , internalAnalyticsOriginHeaderValue: 'internal' , internalAnalyticsStageHeaderKey: 'Rcsb-Analytics-Traffic-Stage' , internalAnalyticsStageHeaderValue: 'production' , MOLSTAR_IMG_URL: 'https://cdn.rcsb.org/images/structures/' }; </script><script src="/search/search-data?ts=5810643"></script><script src="/js/search/react-search.js?ts=5810643"></script><script>!function(){if("performance"in window==0&&(window.performance={}),Date.now=Date.now||function(){return(new Date).getTime()},"now"in window.performance==0){var n=Date.now();performance.timing&&performance.timing.navigationStart&&(n=performance.timing.navigationStart),window.performance.now=function(){return Date.now()-n}}}();(function(){var h="undefined"!=typeof window&&window===this?this:"undefined"!=typeof global&&null!=global?global:this,k="function"==typeof Object.defineProperties?Object.defineProperty:function(a,b,c){a!=Array.prototype&&a!=Object.prototype&&(a[b]=c.value)};function l(){l=function(){};h.Symbol||(h.Symbol=m)}var n=0;function m(a){return"jscomp_symbol_"+(a||"")+n++} function p(){l();var a=h.Symbol.iterator;a||(a=h.Symbol.iterator=h.Symbol("iterator"));"function"!=typeof Array.prototype[a]&&k(Array.prototype,a,{configurable:!0,writable:!0,value:function(){return q(this)}});p=function(){}}function q(a){var b=0;return r(function(){return b<a.length?{done:!1,value:a[b++]}:{done:!0}})}function r(a){p();a={next:a};a[h.Symbol.iterator]=function(){return this};return a}function t(a){p();var b=a[Symbol.iterator];return b?b.call(a):q(a)} function u(a){if(!(a instanceof Array)){a=t(a);for(var b,c=[];!(b=a.next()).done;)c.push(b.value);a=c}return a}var v=0;function w(a,b){var c=XMLHttpRequest.prototype.send,d=v++;XMLHttpRequest.prototype.send=function(f){for(var e=[],g=0;g<arguments.length;++g)e[g-0]=arguments[g];var E=this;a(d);this.addEventListener("readystatechange",function(){4===E.readyState&&b(d)});return c.apply(this,e)}} function x(a,b){var c=fetch;fetch=function(d){for(var f=[],e=0;e<arguments.length;++e)f[e-0]=arguments[e];return new Promise(function(d,e){var g=v++;a(g);c.apply(null,[].concat(u(f))).then(function(a){b(g);d(a)},function(a){b(a);e(a)})})}}var y="img script iframe link audio video source".split(" ");function z(a,b){a=t(a);for(var c=a.next();!c.done;c=a.next())if(c=c.value,b.includes(c.nodeName.toLowerCase())||z(c.children,b))return!0;return!1} function A(a){var b=new MutationObserver(function(c){c=t(c);for(var b=c.next();!b.done;b=c.next())b=b.value,"childList"==b.type&&z(b.addedNodes,y)?a(b):"attributes"==b.type&&y.includes(b.target.tagName.toLowerCase())&&a(b)});b.observe(document,{attributes:!0,childList:!0,subtree:!0,attributeFilter:["href","src"]});return b} function B(a,b){if(2<a.length)return performance.now();var c=[];b=t(b);for(var d=b.next();!d.done;d=b.next())d=d.value,c.push({timestamp:d.start,type:"requestStart"}),c.push({timestamp:d.end,type:"requestEnd"});b=t(a);for(d=b.next();!d.done;d=b.next())c.push({timestamp:d.value,type:"requestStart"});c.sort(function(a,b){return a.timestamp-b.timestamp});a=a.length;for(b=c.length-1;0<=b;b--)switch(d=c[b],d.type){case "requestStart":a--;break;case "requestEnd":a++;if(2<a)return d.timestamp;break;default:throw Error("Internal Error: This should never happen"); }return 0}function C(a){a=a?a:{};this.w=!!a.useMutationObserver;this.u=a.minValue||null;a=window.__tti&&window.__tti.e;var b=window.__tti&&window.__tti.o;this.a=a?a.map(function(a){return{start:a.startTime,end:a.startTime+a.duration}}):[];b&&b.disconnect();this.b=[];this.f=new Map;this.j=null;this.v=-Infinity;this.i=!1;this.h=this.c=this.s=null;w(this.m.bind(this),this.l.bind(this));x(this.m.bind(this),this.l.bind(this));D(this);this.w&&(this.h=A(this.B.bind(this)))} C.prototype.getFirstConsistentlyInteractive=function(){var a=this;return new Promise(function(b){a.s=b;"complete"==document.readyState?F(a):window.addEventListener("load",function(){F(a)})})};function F(a){a.i=!0;var b=0<a.a.length?a.a[a.a.length-1].end:0,c=B(a.g,a.b);G(a,Math.max(c+5E3,b))} function G(a,b){!a.i||a.v>b||(clearTimeout(a.j),a.j=setTimeout(function(){var b=performance.timing.navigationStart,d=B(a.g,a.b),b=(window.a&&window.a.A?1E3*window.a.A().C-b:0)||performance.timing.domContentLoadedEventEnd-b;if(a.u)var f=a.u;else performance.timing.domContentLoadedEventEnd?(f=performance.timing,f=f.domContentLoadedEventEnd-f.navigationStart):f=null;var e=performance.now();null===f&&G(a,Math.max(d+5E3,e+1E3));var g=a.a;5E3>e-d?d=null:(d=g.length?g[g.length-1].end:b,d=5E3>e-d?null:Math.max(d, f));d&&(a.s(d),clearTimeout(a.j),a.i=!1,a.c&&a.c.disconnect(),a.h&&a.h.disconnect());G(a,performance.now()+1E3)},b-performance.now()),a.v=b)} function D(a){a.c=new PerformanceObserver(function(b){b=t(b.getEntries());for(var c=b.next();!c.done;c=b.next())if(c=c.value,"resource"===c.entryType&&(a.b.push({start:c.fetchStart,end:c.responseEnd}),G(a,B(a.g,a.b)+5E3)),"longtask"===c.entryType){var d=c.startTime+c.duration;a.a.push({start:c.startTime,end:d});G(a,d+5E3)}});a.c.observe({entryTypes:["longtask","resource"]})}C.prototype.m=function(a){this.f.set(a,performance.now())};C.prototype.l=function(a){this.f.delete(a)}; C.prototype.B=function(){G(this,performance.now()+5E3)};h.Object.defineProperties(C.prototype,{g:{configurable:!0,enumerable:!0,get:function(){return[].concat(u(this.f.values()))}}});var H={getFirstConsistentlyInteractive:function(a){a=a?a:{};return"PerformanceLongTaskTiming"in window?(new C(a)).getFirstConsistentlyInteractive():Promise.resolve(null)}}; "undefined"!=typeof module&&module.exports?module.exports=H:"function"===typeof define&&define.amd?define("ttiPolyfill",[],function(){return H}):window.ttiPolyfill=H;})();function gtag(){dataLayer.push(arguments)}var logger=function(){"use strict";function n(n){if(n=JSON.stringify(n),"sendBeacon"in navigator)navigator.sendBeacon(t,n);else{var e=new XMLHttpRequest;e.open("POST",t,!1),e.setRequestHeader("Content-Type","text/plain;charset=UTF-8"),e.send(n)}}function e(e,t,i){if(!RC.isProductionServer)switch(e){case"error":case"warn":case"info":i?console[e](t,i):console[e](t);break;default:console.log(t,i)}"error"!==e&&"warn"!==e||(r.push({level:e,msg:t||"",info:Object.assign({},i,{path:window.location.pathname,userAgent:navigator.userAgent})}),r.length>=o&&n(r.splice(0,o)))}var t="/analytics",o=10,r=[];return window.addEventListener("unload",function(){n(r)},!1),{stack:Function.prototype.bind.call(function(n){n&&e("error",n.name+': "'+n.message+'"',{type:n.name,description:n.message,trace:n.stack})}),error:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("error",n,t)}),warn:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("warn",n,t)}),info:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("info",n,t)}),verbose:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("verbose",n,t)}),debug:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("debug",n,t)}),silly:Function.prototype.bind.call(function(n,t){e("silly",n,t)})}}();window.dataLayer=window.dataLayer||[],gtag("js",new Date),gtag("config","G-5JMGYPWJRR"),window.addEventListener("error",function(n){logger.stack(n.error)}),window.addEventListener("unhandledrejection",function(n){n&&n.reason&&logger.error('Unhandled promise rejection: "'+n.reason.message+'"',{type:"PromiseRejection",description:n.reason.message,trace:n.reason.stack})});var gtagFirstMeaningfulPaint=function(){var n=!1;return function(){n?logger.warn('Timing for "firstMeaningfulPaint" already sent'):(console.log("firstMeaningfulPaint",Math.round(performance.now())),n=!0)}}();!function(){"use strict";var n=0;if("PerformanceObserver"in window&&"PerformancePaintTiming"in window){new PerformanceObserver(function(e){e.getEntries().forEach(function(e){if(0===n){e.startTime,e.duration}})}).observe({entryTypes:["paint"]});var e=window.__tti={e:[]};e.o=new PerformanceObserver(function(n){e.e=e.e.concat(n.getEntries())}),e.o.observe({entryTypes:["longtask"]}),ttiPolyfill.getFirstConsistentlyInteractive({}).then(function(n){});new PerformanceObserver(function(n){n.getEntries().forEach(function(n){var e=n.attribution[0]||{},t={containerType:e.containerType,containerName:e.containerName,containerId:e.containerId,containerSrc:e.containerSrc,frameOrigin:n.name,durationMs:n.duration,startTimeMs:n.startTime};n.duration>500&&logger.warn("Long running task, duration "+n.duration.toFixed(2)+"ms.",t)})}).observe({entryTypes:["longtask"]})}var t=performance.now();window.addEventListener("visibilitychange",function(){document.hidden?t=performance.now():n+=performance.now()-t}),window.addEventListener("load",function(){performance.now()}),window.addEventListener("DOMContentLoaded",function(){performance.now()})}();</script><title>RCSB PDB - 1AP5: TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE</title><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"><meta property="og:title" content="RCSB PDB - 1AP5: TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE"><meta property="og:description" content="TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE"><meta property="og:image" content="https://cdn.rcsb.org/images/structures/1ap5_assembly-1.jpeg"><meta name="twitter:card" content="summary_large_image"><meta name="twitter:title" content="RCSB PDB - 1AP5: TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE"><meta name="twitter:description" content="TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE"><meta name="twitter:image" content="https://cdn.rcsb.org/images/structures/1ap5_assembly-1.jpeg"><meta name="description" content="TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE"><meta name="author" content="RCSB Protein Data Bank"><meta name="email" content="info@rcsb.org"><meta name="Charset" content="UTF-8"><meta name="Distribution" content="Global"><meta name="Rating" content="General"><meta http-equiv="content-language" content="en-US"><meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1"><meta name="theme-color" content="#5e94c3"><meta class="elastic" name="release_date" content="release.date:undef"><link rel="manifest" href="/manifest.json"><link rel="apple-touch-icon" href="/img/rcsb-apple-touch-icon.jpg"><link rel="stylesheet" href="https://cdn.rcsb.org/javascript/bootstrap/latest/css/bootstrap.min.css"><link rel="stylesheet" href="https://cdn.rcsb.org/javascript/fontawesome/latest/css/font-awesome.min.css"><link rel="stylesheet" href="/build/css/main.css"><link rel="stylesheet" href="/css/search.css?ts=5810643"><script>window.addEventListener('load', function () { // load the JIRA feedback button only after everything else has been loaded var script = document.createElement("script"); script.src = "/js/jira-fdbck.js"; script.type = "text/javascript"; document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script); var link = document.createElement("link"); link.rel = "stylesheet"; link.href = "https://cdn.rcsb.org/jira-feedback/css/jira-fdbck.css"; document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(link); // load the ekko-lightbox css only after everything else has been loaded var link = document.createElement("link"); link.rel = "stylesheet"; link.href = "/css/ekko-lightbox.css"; document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(link); }); </script><script src="https://cdn.rcsb.org/javascript/jquery/jquery-3.3.1.min.js"></script><script src="https://cdn.rcsb.org/javascript/bootstrap/latest/js/bootstrap.min.js"></script><script src="/js/ekko-lightbox.min.js" defer></script><script>$(document).delegate('*[data-toggle="lightbox"]',"click",function(t){t.preventDefault(),$(this).ekkoLightbox()});$(function(){$(".nav>.dropdown").on("mouseenter",function(o){$(this).addClass("open")}),$(".nav>.dropdown").on("mouseleave",function(o){$(".dropdown").removeClass("open")}),$('[data-toggle="tooltip"]').tooltip()});</script><link rel="stylesheet" href="/css/pages/staticpages.css"><link rel="stylesheet" href="/css/structure/structuresummarypage.css"><link rel="stylesheet" href="/css/material-switch.css"><script type="text/javascript" src="/saguaro/app.js"></script><script type="text/javascript" src="/saguaro/plot.js"></script><style>.nav-tabs>li.active>a,.nav-tabs>li.active>a:focus,.nav-tabs>li.active>a:hover{color:#fff;cursor:default;background-color:#5e6973;border:1px solid #ddd;border-bottom-color:transparent}#structuretabs>li.active>a,#structuretabs>li.active>a:focus,#structuretabs>li.active>a:hover{background-color:#325880;border:1px solid transparent;border-bottom:none}#structuretabs{border-bottom:5px solid #325880}#structuretabs>li{margin-bottom:0}#structuretabs>li>a{background-color:#efeded;border-bottom:none}#navbar-collapse-SSP{padding:0;margin:0}.secondaryheader h1{float:left;margin-right:10px}.secondaryheader h4{margin-top:30px}#entitynext{margin-top:10px;background-color:#416d93}.panel-default>.panel-heading{color:#fff;background-color:#5e6973;border-color:#ddd}table .highlight td{background-color:#fff2e0}table td ul{-webkit-padding-start:15px}.noteSearchQuery{margin-bottom:0;padding:5px}.querySearchLink{font-weight:700;text-decoration:underline}table tr td button{margin:4px 1px}table thead .externalannotation>th{background-color:#f0ad4e;color:#fff;border-bottom-width:1px;font-weight:400}#structuretabs .dropdown .dropdown-menu{min-width:100%}.actionButtons{display:flex;justify-content:flex-end;margin-bottom:0}@media screen and (min-width:768px) and (max-width:991px){.actionButtons{margin-top:20px;margin-bottom:20px;justify-content:start}}@media screen and (max-width:767px){#collapsedHeader>div{padding-left:0;padding-right:0}#SSP-collapsed-tabs{background-color:#efeded;margin-top:0;border:1px solid #ccc}#navbar-collapse-SSP{width:100%;margin:0}#structuretabs{border:0}#structuretabs li{width:100%}#collapsedHeader h1{float:left;width:100%}.actionButtons{margin-top:20px;margin-bottom:20px;justify-content:center}}</style><style>td { word-break: break-word; } </style><script>var structureId = "1AP5"; console.log("CHECK: Summary Structure ID: " + structureId); var proteinNumber = 0, nonProteinNumber = 0; </script><script>proteinNumber = 1 + proteinNumber, nonProteinNumber = 0 + nonProteinNumber; </script></head><body><div data-elastic-exclude><div data-elastic-exclude><nav class="navbar navbar-inverse navbar-fixed-top hidden-print" id="nav" role="navigation"><div class="hide hidden-print" id="UnsupportedBrowser" style="width: 100%; border-bottom: 2px solid #FFA500; background-color: #FFFFFF; color: #000000; display: inline-block; font-size: .9em; line-height: 2em; text-align: center; font-weight: bold; font-style: italic;"><span class="label label-warning" style="font-size: 100%;">Warning</span> You are using a web browser that we do not support. Our website will not work properly. Please update to a newer version or download a new web browser, such as Chrome or Firefox.</div><div class="container"><div class="row pull-right"><div class="col-sm-12"><div class="input-group"> <a class="button btn btn-sm basic navbar-buttons" href="/help">Help</a><div class="button btn btn-sm basic jira-fdbck-btn navbar-buttons" id="feedbackLink-ContactUs">Contact us</div><div class="navbar-buttons hidden-xs mypdb-style" id="mypdb-menu-container"></div></div></div></div><div class="navbar-header"><button class="navbar-toggle pull-left" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#navbar-collapse-RCSB"><span class="sr-only">Toggle navigation</span><span class="icon-bar"></span><span class="icon-bar"></span><span class="icon-bar"></span></button><a class="navbar-brand" href="/">RCSB PDB</a></div><div class="collapse navbar-collapse" id="navbar-collapse-RCSB" style="max-height: 420px;"><ul class="nav navbar-nav pull-left"><li class="dropdown" id="headnav_deposit"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false">Deposit <b class="caret"></b></a><div class="dropdown-menu multi-column" id="DepositDropdownNav"><div class="row"><div class="col-xs-12 col-sm-12 col-md-2"><ul class="dropdown-menu" id="head-deposit_prepare"><h4>Prepare Data</h4><li> <a href="https://www.wwpdb.org/deposition/preparing-pdbx-mmcif-files" rel="noopener" target="_blank">PDBx/mmCIF file</a></li><li> <a href="https://pdb-extract.wwpdb.org/" rel="noopener" target="_blank">pdb_extract</a></li><li> <a href="http://sf-tool.wwpdb.org/" rel="noopener" target="_blank">SF-Tool</a></li><li> <a href="http://ligand-expo.rcsb.org/" rel="noopener" target="_blank">Ligand Expo</a></li><li> <a href="https://sw-tools.rcsb.org/apps/MAXIT/index.html" rel="noopener" target="_blank">MAXIT</a></li></ul></div><div class="col-xs-12 col-sm-12 col-md-3"><ul class="dropdown-menu" id="head-deposit_validate"><h4>Validate Data</h4><li> <a href="https://validate-rcsb.wwpdb.org" rel="noopener" target="_blank">Validation Server</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/validation/onedep-validation-web-service-interface" rel="noopener" target="_blank">Validation API</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/journals" rel="noopener" target="_blank">Information for Journals</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/task/validation-task-forces.php" rel="noopener" target="_blank">Validation Task Forces</a></li></ul></div><div class="col-xs-12 col-sm-12 col-md-3"><ul class="dropdown-menu" id="head-deposit_deposit-data"><h4>Deposit Data</h4><li style="word-break: normal"> <a href="https://deposit.wwpdb.org/deposition/" rel="noopener" target="_blank" style="word-break: normal">wwPDB OneDep System</a></li><li style="word-break: normal"> <a href="https://data.pdb-ihm.org/" rel="noopener" target="_blank" style="word-break: normal">PDB-IHM</a></li></ul></div><div class="col-xs-12 col-sm-12 col-md-3"><ul class="dropdown-menu" id="head-deposit_deposit-help"><h4>Help and Resources</h4><li> <a href="http://www.wwpdb.org/deposition/faq" rel="noopener" target="_blank">Deposit FAQ</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/validation/2017/FAQs" rel="noopener" target="_blank">Validation FAQ</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial" rel="noopener" target="_blank">Tutorials</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/policy" rel="noopener" target="_blank">Annotation Policies</a></li><li> <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/procedure" rel="noopener" target="_blank">Processing Procedures</a></li><li> <a href="https://mmcif.wwpdb.org/" rel="noopener" target="_blank">PDBx/mmCIF Dictionary</a></li><li> <a href="https://mmcif.wwpdb.org/docs/user-guide/guide.html" rel="noopener" target="_blank">PDBx/mmCIF User Guide</a></li><li> <a href="https://www.wwpdb.org/data/ccd" rel="noopener" target="_blank">Chemical Component Dictionary</a></li><li> <a href="https://www.wwpdb.org/data/bird" rel="noopener" target="_blank">Biologically Interesting Molecule Reference Dictionary (BIRD)</a></li><li> <a href="https://biosync.sbkb.org/" rel="noopener" target="_blank">BioSync/Beamlines/Facilities</a></li><li> <a href="https://sw-tools.rcsb.org/" rel="noopener" target="_blank">Related Tools</a></li></ul></div></div></div></li><li class="dropdown" id="headnav_search"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">Search <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"><li><a href="/search/advanced" rel="noopener">Advanced Search</a></li><li><a href="/search/advanced/sequence" rel="noopener">Sequence Similarity Search</a></li><li><a href="/search/advanced/structure" rel="noopener">Structure Similarity Search</a></li><li><a href="/search/advanced/chemical" rel="noopener">Chemical Similarity Search</a></li><li><a href="/chemical-sketch" rel="noopener">Chemical Sketch Tool</a></li><li><a href="/search/browse/atc" rel="noopener">Browse by Annotations</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22rcsb_accession_info.initial_release_date%22%2C%22operator%22%3A%22range%22%2C%22value%22%3A%7B%22from%22%3A%22now-1w%22%2C%22include_lower%22%3Afalse%2C%22to%22%3A%22now%22%2C%22include_upper%22%3Atrue%7D%7D%7D" rel="noopener">New Entries</a></li><li><a href="/pages/unreleased" rel="noopener">Unreleased Entries</a></li><li><a href="/stats" rel="noopener">PDB Statistics</a></li></ul></li><li class="dropdown" id="headnav_visualize"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">Visualize <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"> <li><a href="/3d-view" rel="noopener">Mol* (MolStar)</a></li><li><a href="/docs/sequence-viewers/sequence-annotations-viewer" rel="noopener">Sequence Annotations Viewer</a></li><li><a href="/docs/sequence-viewers/genome-view" rel="noopener">Genome View</a></li></ul></li><li class="dropdown" id="headnav_analyze"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">Analyze <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"><li><a href="/alignment" rel="noopener">Pairwise Structure Alignment</a></li><li><a href="/docs/general-help/symmetry-resources-in-the-pdb" rel="noopener">Symmetry Resources in the PDB</a></li><li><a href="https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports" rel="noopener" target="_blank">Structure Quality </a></li><li><a href="/docs/grouping-structures/overview-grouping-structures" rel="noopener">Grouping Structures</a></li><li><a href="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/pdb50mesh/index.html" rel="noopener" target="_blank">PDB Citation MeSH Network Explorer </a></li><li><a href="/stats" rel="noopener">PDB Statistics</a></li><li><a href="https://www.eppic-web.org" rel="noopener" target="_blank">EPPIC Biological Assemblies </a></li><li class="extraList">External Data and Resources </li><li class="extraMargin"><a href="/docs/general-help/data-from-external-resources-integrated-into-rcsb-pdb" rel="noopener">Integrated Resources </a></li><li class="extraMargin"><a href="/docs/additional-resources/databases-and-knowledgebases" rel="noopener">Additional Resources </a></li></ul></li><li class="dropdown hidden-xs hidden-sm" id="headnav_download"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">Download <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"> <li><a href="/downloads" rel="noopener">Coordinates and Experimental Data</a></li><li><a href="/downloads/fasta" rel="noopener">Sequences</a></li><li><a href="/downloads/ligands" rel="noopener">Ligands</a></li><li><a href="/docs/programmatic-access/file-download-services" rel="noopener">File Download Services</a></li><li><a href="/docs/programmatic-access/web-apis-overview" rel="noopener">Web APIs</a></li></ul></li><li class="dropdown" id="headnav_learn"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">Learn <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"><h4><a href="http://pdb101.rcsb.org" target="_blank" rel="noopener"><img class="image_submenu" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/home/images/menuImgs/pdb101Logo.png"></a></h4><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/train/training-events" rel="noopener" target="_blank">Training Courses </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/introduction" rel="noopener" target="_blank">Guide to PDB Data </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/motm/motm-by-date" rel="noopener" target="_blank">Molecule of the Month </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/learn/paper-models" rel="noopener" target="_blank">Educational Resources </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/teach/overview" rel="noopener" target="_blank">Curricula </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/browse" rel="noopener" target="_blank">Browse </a></li><li><a href="https://pdb101.rcsb.org/news/2023" rel="noopener" target="_blank">News </a></li><li class="extraList">SciArt Galleries </li><li class="extraMargin"><a href="https://pdb101.rcsb.org/sci-art/geis-archive/gallery-by-name" rel="noopener" target="blank">Irving Geis </a></li><li class="extraMargin"><a href="https://pdb101.rcsb.org/sci-art/goodsell-gallery" rel="noopener" target="blank">David Goodsell </a></li></ul></li><li class="dropdown" id="headnav_more"><a class="dropdown-toggle" href="#" data-toggle="dropdown">About <b class="caret"></b></a><ul class="dropdown-menu"><li><a href="/pages/contactus" rel="noopener">Contact Us</a></li><li><a href="/pages/about-us/index" rel="noopener">About RCSB PDB</a></li><li><a href="/pages/about-us/mission" rel="noopener">Vision and Mission</a></li><li><a href="/pages/policies" rel="noopener">Citation, Usage, Privacy Policies, Logo</a></li><li><a href="/pages/news" rel="noopener">News</a></li><li><a href="/pages/about-us/history" rel="noopener">PDB History</a></li><li><a href="/pages/pdb50" rel="noopener">PDB50</a></li><li><a href="/pages/about-us/pdb-user-community" rel="noopener">User Community</a></li><li><a href="/pages/publications" rel="noopener">Publications</a></li><li><a href="/pages/advisory-committee" rel="noopener">RCSB PDB Advisory Committee</a></li><li><a href="/pages/team" rel="noopener">Team Members</a></li><li><a href="/pages/about-us/deia" rel="noopener">Diversity, Equity, Inclusion, and Access</a></li><li><a href="https://status.rcsb.org/" rel="noopener" target="_blank">Service Status </a></li></ul></li><li class="nodropdown"><a class="dropdown-toggle" href="/pages/jobs">Careers</a></li><li class="nodropdown"><a class="dropdown-toggle" href="/news/feature/5e74d55d2d410731e9944f52">COVID-19</a></li><li class="dropdown visible-xs"><div id="socialmedia_section_mobile"><ul class="fa-ul hidden-print"><li><a href="https://www.facebook.com/RCSBPDB" target="_blank" rel="noopener" title="Facebook" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-facebook-square fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://twitter.com/buildmodels" target="_blank" rel="noopener" title="Twitter" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-twitter fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://www.youtube.com/user/RCSBProteinDataBank" target="_blank" rel="noopener" title="YouTube" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-youtube-play fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://github.com/rcsb" target="_blank" rel="noopener" title="Github" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-github fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://www.linkedin.com/company/rcsb-protein-data-bank" target="_blank" rel="noopener" title="LinkedIn" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-linkedin fa-lg"></i></a></li></ul></div></li></ul></div></div></nav></div><style>#PDBmembers li {margin-right: 15px; } </style><div data-elastic-exclude><div id="header"><div class="container"><div class="row" style="margin-bottom: 0px;"><div class="col-md-6 col-lg-5 hidden-sm hidden-xs" id="logo_container" style="padding-bottom: 15px;"><table class="header-left"><tr><td><a href="/"><img id="rcsblogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/rcsb_logo.png" alt="RCSB PDB"></a></td><td><table id="header-counts"><tr><td><div class="results-content-type-sm experimental"><span class="fa fa-flask" data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="Experimental PDB Structure"></span></div></td><td><a href="/search?request=%7B%22query%22%3A%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22rcsb_entry_info.structure_determination_methodology%22%2C%22operator%22%3A%22exact_match%22%2C%22value%22%3A%22experimental%22%7D%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22label%22%3A%22text%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%2C%22return_type%22%3A%22entry%22%2C%22request_options%22%3A%7B%22scoring_strategy%22%3A%22combined%22%2C%22results_content_type%22%3A%5B%22experimental%22%5D%7D%7D" style="font-weight: bold; font-size: 110%">233,605</a><span> Structures from the PDB</span></td></tr><tr><td><div class="results-content-type-sm computational"><span class="fa fa-desktop" data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="Computed Structure Model"></span></div></td><td><a href="/search?request=%7B%22query%22%3A%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22rcsb_entry_info.structure_determination_methodology%22%2C%22operator%22%3A%22exact_match%22%2C%22value%22%3A%22computational%22%7D%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22label%22%3A%22text%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%2C%22return_type%22%3A%22entry%22%2C%22request_options%22%3A%7B%22scoring_strategy%22%3A%22combined%22%2C%22results_content_type%22%3A%5B%22computational%22%5D%7D%7D" style="font-weight: bold; font-size: 110%">1,068,577</a><span> Computed Structure Models (CSM)</span></td></tr></table></td></tr></table></div><div class="col-sm-12 col-md-6 col-lg-7 hidden-print" id="search-bar-container"></div></div></div><div class="logos_bcg"><div class="container"><ul class="hidden-xs hidden-print" id="PDBmembers"><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="PDB-101: Training and outreach portal of RCSB PDB"><a href="https://pdb101.rcsb.org/"><img id="pdb101logo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/pdb101-truncated.png" alt="PDB-101"></a></span></li><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="wwPDB: Worldwide Protein Data Bank"><a href="https://www.wwpdb.org/" target="_blank" rel="noopener"><img id="wwpdblogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/wwpdb-truncated.png" alt="wwPDB"></a></span></li><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="EMDataResource: 3DEM resources"><a href="https://www.emdataresource.org" target="_blank" rel="noopener"><img id="emdatabanklogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/emdb-truncated.png" alt="EMDataResource"></a></span></li><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="NAKB: Nucleic Acid Knowledgebase"><a href="https://nakb.org/" target="_blank" rel="noopener"><img id="nakblogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/nakb-logo.png" alt="NAKB: Nucleic Acid Knowledgebase"></a></span></li><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="wwPDB Foundation: Donate to support wwPDB outreach activities"><a href="https://foundation.wwpdb.org/" target="_blank" rel="noopener"><img id="wwpdbfoundationlogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/foundation-truncated.png" alt="wwPDB Foundation"></a></span></li><li><span data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="PDB-IHM: System for Archiving Integrative Structures"><a href="https://pdb-ihm.org/" target="_blank" rel="noopener"><img id="pdbdevlogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/v2/common/images/pdb-ihm-logo.png" alt="PDB-IHM Logo"></a></span></li></ul><div id="socialmedia_section"><ul class="fa-ul hidden-print"><li><a href="https://www.facebook.com/RCSBPDB" target="_blank" rel="noopener" title="Facebook" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-facebook-square fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://twitter.com/buildmodels" target="_blank" rel="noopener" title="Twitter" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-twitter fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://www.youtube.com/user/RCSBProteinDataBank" target="_blank" rel="noopener" title="YouTube" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-youtube-play fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://github.com/rcsb" target="_blank" rel="noopener" title="Github" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-github fa-lg"></i></a></li><li><a href="https://www.linkedin.com/company/rcsb-protein-data-bank" target="_blank" rel="noopener" title="LinkedIn" data-placement="top" data-toggle="tooltip"><i class="fa fa-linkedin fa-lg"></i></a></li></ul></div></div></div></div></div><div class="container" id="maincontentcontainer"><button class="navbar-toggle pull-left" id="SSP-collapsed-tabs" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#navbar-collapse-SSP"><span class="glyphicon glyphicon-menu-hamburger" aria-hidden="true"></span> Navigation Tabs</button><div class="collapse navbar-collapse" id="navbar-collapse-SSP"><ul class="nav nav-tabs hidden-print" id="structuretabs" role="tablist"><li id="structuresummarytab" role="presentation"><a href="/structure/1AP5">Structure Summary</a></li><li id="3dviewtab" role="presentation"><a href="/3d-view/1AP5">Structure</a></li><li id="annotationstab" role="presentation"><a href="/annotations/1AP5">Annotations</a></li><li id="MoreOptions-Method" role="presentation"><a href="/experimental/1AP5">Experiment</a></li><li id="sequencetab" role="presentation"><a href="/sequence/1AP5">Sequence</a></li><li id="genometab" role="presentation"><a href="/genome/1AP5">Genome</a></li><li id="versionstab" role="presentation"><a href="/versions/1AP5">Versions</a></li></ul></div><br><div class="tab-content"><div class="tab-pane active" id="summary" role="tabpanel"><div class="row"><div class="col-md-8 col-sm-12 col-xs-12 pull-right"><div class="actionButtons btn-toolbar" role="toolbar"><style>#DownloadFilesButton .dropdown-menu li.filedivider:not(:first-child), #DisplayFilesButton .dropdown-menu li.filedivider:not(:first-child) { height: 1px; margin: 9px 0; overflow: hidden; background-color: #e5e5e5; } </style><div class="btn-group" id="ProductPrimaryActions" role="group"><div class="btn-group" id="DisplayFilesButton" role="group"><button class="btn btn-sm btn-primary dropdown-toggle" id="dropdownMenuDisplayFiles" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false"><span class="fa fa-file" aria-hidden="true"></span> Display Files <span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu pull-right" role="menu" aria-labelledby="dropdownMenuDisplayFiles"><li class="filedivider"></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="/fasta/entry/1AP5/display">FASTA Sequence</a></li><li class="filedivider"></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/view/1AP5.cif">mmCIF Format</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/header/1AP5.cif">mmCIF Format (Header)</a></li><li class="filedivider"></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/view/1AP5.pdb">PDB Format</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="https://files.rcsb.org/header/1AP5.pdb">PDB Format (Header)</a></li></ul></div><div class="btn-group" id="DownloadFilesButton" role="group"><button class="btn btn-sm btn-primary dropdown-toggle" id="dropdownMenuDownloadFiles" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false"><span class="fa fa-arrow-circle-o-down" aria-hidden="true" style="font-size: 14px;"></span> Download Files <span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu pull-right" role="menu" aria-labelledby="dropdownMenuDownloadFiles"><li class="filedivider"></li><li><a href="/fasta/entry/1AP5">FASTA Sequence</a></li><li class="filedivider"></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.cif">PDBx/mmCIF Format</a></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.cif.gz">PDBx/mmCIF Format (gz)</a></li><li><a href="//models.rcsb.org/1AP5.bcif.gz">BinaryCIF Format (gz)</a></li><li class="filedivider"></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.pdb">PDB Format</a></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.pdb.gz">PDB Format (gz)</a></li><li class="filedivider"></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.xml.gz">PDBML/XML Format (gz)</a></li><li class="filedivider"></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_full_validation.pdf">Validation Full PDF</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_validation.xml.gz">Validation (XML - gz)</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_validation.cif.gz">Validation (CIF - gz)</a></li><li class="filedivider"></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5-assembly1.cif.gz">Biological Assembly 1 (CIF - gz) <span class="fa fa-info-circle" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" title="Biological assembly files in .cif format."></span></a></li><li><a href="//files.rcsb.org/download/1AP5.pdb1.gz">Biological Assembly 1 (PDB - gz)</a></li></ul></div></div><div class="btn-group" role="group" style="margin-left: 2px;" target="_blank" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Get the Data API query used to generate this page"> <a href="https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=query%20structure(%24id%3A%20String!)%20%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%24id)%20%7B%0A%20%20%20%20rcsb_id%0A%20%20%20%20entry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20database_2%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20database_id%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_database_accession%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_entry_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20entity_ids%0A%20%20%20%20%20%20pubmed_id%0A%20%20%20%20%20%20emdb_ids%0A%20%20%20%20%20%20assembly_ids%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_associated_holdings%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_repository_holdings_current_entry_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assembly_ids%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_repository_holdings_current%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20repository_content_types%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_comp_model_provenance%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20source_url%0A%20%20%20%20%20%20source_pae_url%0A%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20source_db%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_database_status%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20pdb_format_compatible%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20struct%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20title%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_ma_qa_metric_global%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20model_id%0A%20%20%20%20%20%20ma_qa_metric_global%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20description%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type_other_details%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_primary_citation%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_database_id_DOI%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pubmed%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_pubmed_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pubmed_id%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_pubmed_central_id%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_pubmed_doi%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_pubmed_abstract_text%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_pubmed_affiliation_info%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_deposit_group%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20group_id%0A%20%20%20%20%20%20group_type%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_external_references%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20link%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_database_PDB_obs_spr%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20replace_pdb_id%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20struct_keywords%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_keywords%0A%20%20%20%20%20%20text%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20exptl%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20method%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20cell%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20length_a%0A%20%20%20%20%20%20length_b%0A%20%20%20%20%20%20length_c%0A%20%20%20%20%20%20angle_alpha%0A%20%20%20%20%20%20angle_beta%0A%20%20%20%20%20%20angle_gamma%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20symmetry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20space_group_name_H_M%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20software%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20classification%0A%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_accession_info%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20deposit_date%0A%20%20%20%20%20%20initial_release_date%0A%20%20%20%20%20%20major_revision%0A%20%20%20%20%20%20minor_revision%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_audit_revision_history%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20ordinal%0A%20%20%20%20%20%20data_content_type%0A%20%20%20%20%20%20major_revision%0A%20%20%20%20%20%20minor_revision%0A%20%20%20%20%20%20revision_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_audit_revision_details%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20ordinal%0A%20%20%20%20%20%20revision_ordinal%0A%20%20%20%20%20%20data_content_type%0A%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20description%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_audit_revision_group%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20ordinal%0A%20%20%20%20%20%20revision_ordinal%0A%20%20%20%20%20%20data_content_type%0A%20%20%20%20%20%20group%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_database_related%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20content_type%0A%20%20%20%20%20%20db_id%0A%20%20%20%20%20%20details%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20audit_author%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_audit_support%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20funding_organization%0A%20%20%20%20%20%20country%0A%20%20%20%20%20%20grant_number%0A%20%20%20%20%20%20ordinal%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_initial_refinement_model%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20refine%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_refine_id%0A%20%20%20%20%20%20ls_d_res_high%0A%20%20%20%20%20%20ls_R_factor_R_work%0A%20%20%20%20%20%20ls_R_factor_R_free%0A%20%20%20%20%20%20ls_R_factor_obs%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_diffraction%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20DCC_R%0A%20%20%20%20%20%20DCC_Rfree%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_nmr_ensemble%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20conformers_calculated_total_number%0A%20%20%20%20%20%20conformers_submitted_total_number%0A%20%20%20%20%20%20conformer_selection_criteria%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20em_experiment%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20aggregation_state%0A%20%20%20%20%20%20reconstruction_method%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20em_3d_reconstruction%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20resolution%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20em_software%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20category%0A%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20version%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20citation%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20title%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_journal_abbrev%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_authors%0A%20%20%20%20%20%20year%0A%20%20%20%20%20%20journal_volume%0A%20%20%20%20%20%20page_first%0A%20%20%20%20%20%20page_last%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_database_id_PubMed%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_database_id_DOI%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_database_related%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20db_id%0A%20%20%20%20%20%20db_name%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_entry_info%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20molecular_weight%0A%20%20%20%20%20%20deposited_atom_count%0A%20%20%20%20%20%20deposited_model_count%0A%20%20%20%20%20%20deposited_polymer_monomer_count%0A%20%20%20%20%20%20deposited_modeled_polymer_monomer_count%0A%20%20%20%20%20%20deposited_unmodeled_polymer_monomer_count%0A%20%20%20%20%20%20polymer_entity_count_protein%0A%20%20%20%20%20%20polymer_entity_count_nucleic_acid%0A%20%20%20%20%20%20polymer_entity_count_nucleic_acid_hybrid%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_entry_group_membership%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20group_id%0A%20%20%20%20%20%20aggregation_method%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20rcsb_binding_affinity%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20comp_id%0A%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20value%0A%20%20%20%20%20%20unit%0A%20%20%20%20%20%20reference_sequence_identity%0A%20%20%20%20%20%20provenance_code%0A%20%20%20%20%20%20link%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20branched_entities%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_id%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_entity_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reference_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20provenance_source%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resource_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resource_accession%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20prd%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_reference_molecule%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prd_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chem_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20class%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_entity%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_description%0A%20%20%20%20%20%20%20%20formula_weight%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_entity_branch%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_component_count%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20branched_entity_instances%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_entity_instance_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_struct_conn%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20role%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ordinal_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_partner%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_seq_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_target%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20auth_seq_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_branched_instance_feature%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20feature_value%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20polymer_entities%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20polymer_entity_instances%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_entity_instance_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_entity_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20uniprot_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reference_sequence_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20database_accession%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20uniprots%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_uniprot_protein%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20source_organism%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scientific_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_uniprot_external_reference%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reference_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reference_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_entity%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_description%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_ec_lineage%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_ec%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_enzyme_class_combined%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ec%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20provenance_source%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_entity_annotation%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20annotation_lineage%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20depth%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_entity_group_membership%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20group_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20similarity_cutoff%0A%20%20%20%20%20%20%20%20aggregation_method%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20entity_poly%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_entity_polymer_type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_seq_one_letter_code_can%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_sample_sequence_length%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_mutation_count%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_entity_source_organism%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scientific_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ncbi_scientific_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_gene_name%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20provenance_source%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_entity_host_organism%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ncbi_scientific_name%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20prd%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_reference_molecule%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prd_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chem_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20class%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20chem_comp_nstd_monomers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chem_comp%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mon_nstd_parent_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20polymer_entity_instances%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_instance_annotation%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20annotation_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_polymer_struct_conn%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20role%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_partner%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connect_target%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20nonpolymer_entities%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_nonpolymer_entity_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20asym_ids%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nonpolymer_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_nonpolymer_entity_annotation%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20nonpolymer_entity_instances%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20auth_seq_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20auth_asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20asym_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entry_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20entity_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_nonpolymer_instance_validation_score%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ranking_model_fit%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ranking_model_geometry%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20average_occupancy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_subject_of_investigation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_subject_of_investigation_provenance%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_nonpolymer_entity%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_description%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20nonpolymer_comp%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chem_comp%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_weight%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pdbx_reference_molecule%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prd_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chem_comp_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20class%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_chem_comp_descriptor%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20InChIKey%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20assemblies%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_assembly_container_identifiers%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assembly_id%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_struct_assembly%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method_details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rcsb_candidate_assembly%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20pdbx_struct_assembly_auth_evidence%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20experimental_support%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_struct_symmetry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symbol%0A%20%20%20%20%20%20%20%20oligomeric_state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stoichiometry%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20rcsb_assembly_info%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20modeled_polymer_monomer_count%0A%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D&variables=%7B%22id%22%3A%20%221AP5%22%7D"><button class="btn btn-sm btn-default"><span class="glyphicon glyphicon-cog"></span> Data API  </button></a></div></div><h1><style>.id_divider{ color: #ccc; padding: 0 10px 0 10px; } .extended_id_info{ color: #ccc; font-size: 18px; position: relative; top: -10px; left:-5px; }</style><div class="results-content-type experimental"><span class="fa fa-flask" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Experimental PDB Structure"></span></div><span id="structureID"> 1AP5 </span><span class="id_divider">| </span><span>pdb_00001ap5 </span><span class="extended_id_span"><a href="https://www.wwpdb.org/documentation/new-format-for-pdb-ids" target="_blank"><span class="glyphicon glyphicon-info-sign extended_id_info" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Extended PDB ID. Click to learn more"></span></a></span></h1><h4><span id="structureTitle">TYR34->PHE MUTANT OF HUMAN MITOCHONDRIAL MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE </span></h4><ul class="list-inline"><li id="header_doi"><strong>PDB DOI:&nbsp</strong><a href="https://doi.org/10.2210/pdb1AP5/pdb" target="_blank" rel="noopener">https://doi.org/10.2210/pdb1AP5/pdb</a></li></ul><ul class="list-unstyled"><li id="header_classification"><strong>Classification:&nbsp<a href="/search?q=struct_keywords.pdbx_keywords:OXIDOREDUCTASE" onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "classification")">OXIDOREDUCTASE</a></strong></li><li id="header_organism"><strong>Organism(s):&nbsp</strong><a href="/search?q=rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name:Homo sapiens" onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "organism")">Homo sapiens</a></li><li id="header_expression-system"><strong>Expression System:&nbsp</strong><a href="/search?q=rcsb_entity_host_organism.ncbi_scientific_name:Escherichia coli" onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "expression")">Escherichia coli</a></li><li id="header_mutation"><strong>Mutation(s):&nbsp</strong>Yes&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="Indicates sequence mutations."></span></li><br><li id="header_deposited-released-dates"><strong>Deposited:&nbsp</strong>1997-07-24&nbsp<strong>Released:&nbsp</strong>1998-01-28&nbsp</li><li id="header_deposition-authors"><strong>Deposition Author(s):&nbsp</strong><a href="/search?q=audit_author.name:Guan, Y." onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Guan, Y.</a>, <a href="/search?q=audit_author.name:Borgstahl, G.E.O." onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Borgstahl, G.E.O.</a>, <a href="/search?q=audit_author.name:Tainer, J.A." onClick="sendGtag("title_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Tainer, J.A.</a></li></ul><hr><div class="row"><div class="col-sm-5 col-xs-12" id="header_experimentalDataSnapshot"><p><strong>Experimental Data Snapshot</strong></p><ul class="list-unstyled" id="exp_header_0_snapshot"><li id="exp_header_0_method"><strong>Method:&nbsp</strong>X-RAY DIFFRACTION</li><li id="exp_header_0_diffraction_resolution"><strong>Resolution:&nbsp</strong>2.20 Å</li><li id="exp_header_0_diffraction_rvalueFree"><strong>R-Value Free:&nbsp</strong><div> 0.320 (Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Depositor: R factors reported by the deposition authors. DCC: R factors re-calculated by DCC software using depositor data"></span></div></li><li id="exp_header_0_diffraction_rvalueWork"><strong>R-Value Work:&nbsp</strong><div> 0.195 (Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Depositor: R factors reported by the deposition authors. DCC: R factors re-calculated by DCC software using depositor data"></span></div></li><li id="exp_header_0_diffraction_rvalueObserved"><strong>R-Value Observed:&nbsp</strong><div>0.195&nbsp(Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="The residual factor for reflections that satisfy the resolution limits and the criterion that classifies a reflection as "observed" (typically expressed in terms of a sigma(I) or sigma(F) threshold). Depositor: R factors reported by the deposition authors"></span></div></li></ul><p> <strong>Starting Model: </strong>experimental<br><a href="/experimental/1AP5#starting-model">View more details</a></p></div><div class="col-sm-7 col-xs-12"><style>div.validation-slider { border: 1px solid #ddd; padding: 5px; } div.validation-slider img { max-width: 100%; } </style><p><strong>wwPDB Validation</strong>&nbsp <span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="right" data-original-title="For each metric, two values are noted, one for the percentile rank of the entry compared to the entire PDB archive and one compared with entries determined with the same experimental method. The blue side of the scale is considered "better" than those on the "worse" red side."> </span><span class="pull-right"><a class="btn btn-default btn-xs" href="/3d-view/1AP5?preset=validationReport"><i class="fa fa-cube">&nbsp</i>3D Report</a>&nbsp<a class="btn btn-default btn-xs" target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_full_validation.pdf">Full Report</a></span></p><div class="validation-slider"><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_full_validation.pdf"><img src="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_multipercentile_validation.png" width="500"></a></div></div></div><br><div class="row"><div class="col-lg-12 col-md-12 col-sm-12 col-xs-12" id="currentVersionSection"><div class="well well-sm well-nomar">This is version 1.6 of the entry. See complete&nbsp<a href="/versions/1AP5">history</a>.&nbsp</div><br></div></div><br><div class="row"><div class="col-lg-12 col-md-12 col-sm-12 col-xs-12"><div class="panel panel-default" id="literaturepanel"><div class="panel-heading"><div class="panel-title">Literature<div class="btn-group pull-right"><button class="btn btn-default btn-xs hidden-print dropdown-toggle" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false">Download Primary Citation&nbsp<span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu DropdownChangeGallery" role="menu"><li><a href="javascript:document.getElementsByTagName('body')[0].appendChild(document.createElement('script')).setAttribute('src','https://www.mendeley.com/minified/bookmarklet.js');"><img src="//cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/explorer/SSPv2/images/MendeleyIcon.png" width="16">&nbspDownload Mendeley</a></li></ul></div></div></div><div class="panel-body"><div id="primarycitation"><h4>Crystal structure of Y34F mutant human mitochondrial manganese superoxide dismutase and the functional role of tyrosine 34.</h4><a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Guan, Y." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Guan, Y.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Hickey, M.J." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Hickey, M.J.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Borgstahl, G.E." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Borgstahl, G.E.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Hallewell, R.A." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Hallewell, R.A.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Lepock, J.R." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Lepock, J.R.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:O'Connor, D." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">O'Connor, D.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Hsieh, Y." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Hsieh, Y.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Nick, H.S." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Nick, H.S.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Silverman, D.N." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Silverman, D.N.</a>,&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=citation.rcsb_authors:Tainer, J.A." onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubAuthor")">Tainer, J.A.</a><br><p>(1998) Biochemistry&nbsp<strong>37</strong>: 4722-4730</p><ul class="list-unstyled"><li id="pubmedLinks"><strong>PubMed</strong>:&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=rcsb_pubmed_container_identifiers.pubmed_id:9537987" onClick="sendGtag("literature_section", "ssp_search_link", "pubmedId")">9537987</a>&nbsp<span class="label label-external hidden-print"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=9537987" target="_blank" rel="noopener">Search on PubMed</a></span></li><li id="pubmedDOI"><strong>DOI:&nbsp</strong><a href="https://doi.org/10.1021/bi972394l" target="_blank" rel="noopener">https://doi.org/10.1021/bi972394l</a></li><li id="citationPrimaryRelatedStructures" style="word-wrap:break-word;">Primary Citation of Related Structures: &nbsp<br><a href="/structure/1AP5">1AP5</a>, <a href="/structure/1AP6">1AP6</a></li><br><li id="pubmedAbstractText"><strong>PubMed Abstract:&nbsp</strong><br><div class="abstract" id="abstract"><p>Tyrosine 34 is a prominent and conserved residue in the active site of the manganese superoxide dismutases in organisms from bacteria to man. We have prepared the mutant containing the replacement Tyr 34 --> Phe (Y34F) in human manganese superoxide dismutase (hMnSOD) and crystallized it in two different crystal forms, orthorhombic and hexagonal. Crystal structures of hMnSOD Y34F have been solved to 1.9 A resolution in a hexagonal crystal form, denoted as Y34Fhex, and to 2.2 A resolution in an orthorhombic crystal form, denoted as Y34Fortho. Both crystal forms give structures that are closely superimposable with that of wild-type hMnSOD, with the phenyl rings of Tyr 34 in the wild type and Phe 34 in the mutant very similar in orientation. Therefore, in Y34F, a hydrogen-bonded relay that links the metal-bound hydroxyl to ordered solvent (Mn-OH to Gln 143 to Tyr 34 to H2O to His 30) is broken. Surprisingly, the loss of the Tyr 34 hydrogen bonds resulted in large increases in stability (measured by Tm), suggesting that the Tyr 34 hydroxyl does not play a role in stabilizing active-site architecture. The functional role of the side chain hydroxyl of Tyr 34 can be evaluated by comparison of the Y34F mutant with the wild-type hMnSOD. Both wild-type and Y34F had kcat/Km near 10(9) M-1 s-1, close to diffusion-controlled; however, Y34F showed kcat for maximal catalysis smaller by 10-fold than the wild type. In addition, the mutant Y34F was more susceptible to product inhibition by peroxide than the wild-type enzyme. This activity profile and the breaking of the hydrogen-bonding chain at the active site caused by the replacement Tyr 34 --> Phe suggest that Tyr 34 is a proton donor for O2* - reduction to H2O2 or is involved indirectly by orienting solvent or other residues for proton transfer. Up to 100 mM buffers in solution failed to enhance catalysis by either Y34F or the wild-type hMnSOD, suggesting that protonation from solution cannot enhance the release of the inhibiting bound peroxide ion, likely reflecting the enclosure of the active site by conserved residues as shown by the X-ray structures. The increased thermostability of the mutant Y34F and equal diffusion-controlled activity of Y34F and wild-type enzymes with normal superoxide levels suggest that evolutionary conservation of active-site residues in metalloenzymes reflects constraints from extreme rather than average cellular conditions. This new hypothesis that extreme rather than normal substrate concentrations are a powerful constraint on residue conservation may apply most strongly to enzyme defenses where the ability to meet extreme conditions directly affects cell survival.</p></div><button class="btn btn-default btn-xs" onclick="toggleAbstract()" id="toggleBtn" style="margin-top: 3px"><span class="glyphicon glyphicon-plus-sign"></span>&nbspView More</button></li><hr><strong>Organizational Affiliation</strong>:&nbsp<p>Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, La Jolla, California 92037, USA.</p></ul></div></div></div></div></div></div><div class="col-md-4 col-sm-12 col-xs-12"><script>// Used for Transmembrane Image Carousel var structureFirstLigand = "MN"; var finalImageCount = 1; var isNMR = false; var modelCount = 1 var assemblies = ["1"]</script><div class="panel panel-default" id="galleryimagepanel"><div class="panel-body" id="structureimagesection"><div class="carousel slide" id="carousel-structuregallery" data-ride="carousel" data-interval="false"><div class="carousel-inner" role="listbox"><div class="item imageCarouselItem" id="Carousel-BiologicalUnit0"><div class="carousel-header">Asymmetric Unit</div><div class="clearfix"></div><img class="img-responsive center-block mainImage" src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAAD/ACwAAAAAAQABAAACADs=" style="image-rendering: -webkit-optimize-contrast;"><a class="btn btn-default btn-xs btn-enlargeImage" type="button" data-toggle="lightbox" data-gallery="multiimages0" href="#" data-title=""><span class="glyphicon glyphicon-resize-full" aria-hidden="true"></span></a><div class="galleryNewImages" id="AssemblyNewImage0"></div><div class="clearfix"></div><div class="carousel-footer"><p><assemblyid class="fa fa-cube">&nbsp</assemblyid><strong>Explore in 3D</strong>:&nbsp<a href="/3d-view/1AP5/0">Structure</a> | <a href="/3d-sequence/1AP5?assemblyId=0">Sequence Annotations</a> | <span class="propernoun"><a href="/3d-view/1AP5?preset=validationReport">Validation Report</a></span> | <span class="propernoun"><a href="/3d-view/1AP5?preset=ligandInteraction&label_asym_id=C">Ligand Interaction</a> (MN)</span></p></div></div><div class="item imageCarouselItem" id="Carousel-BiologicalUnit1"><div class="carousel-header">Biological Assembly 1 &nbsp<a class="hidden-xs hidden-sm hidden-md icon-link" href="/docs/general-help/computed-structure-models-and-rcsborg#models-and-assembly"><span class="glyphicon glyphicon-question-sign" aria-hidden="true"></span></a></div><div class="clearfix"></div><img class="img-responsive center-block mainImage" src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAAD/ACwAAAAAAQABAAACADs=" style="image-rendering: -webkit-optimize-contrast;"><a class="btn btn-default btn-xs btn-enlargeImage" type="button" data-toggle="lightbox" data-gallery="multiimages1" href="#" data-title=""><span class="glyphicon glyphicon-resize-full" aria-hidden="true"></span></a><div class="galleryNewImages" id="AssemblyNewImage1"></div><div class="clearfix"></div><div class="carousel-footer"><p><assemblyid class="fa fa-cube">&nbsp</assemblyid><strong>Explore in 3D</strong>:&nbsp<a href="/3d-view/1AP5/1">Structure</a> | <a href="/3d-sequence/1AP5?assemblyId=1">Sequence Annotations</a> | <span class="propernoun"><a href="/3d-view/1AP5?preset=validationReport">Validation Report</a></span> | <span class="propernoun"><a href="/3d-view/1AP5?preset=ligandInteraction&label_asym_id=C">Ligand Interaction</a> (MN)</span></p><hr><strong>Global Symmetry</strong>: Dihedral - D2 <span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Point group symmetry for the biological assembly. Chains are considered equivalent when their sequence identities are above 95%."></span> (<a href="/3d-view/1AP5/1?preset=symmetry&symindex=0">Explore in 3D</a>)<br><strong>Global Stoichiometry</strong>: Homo 4-mer - <span style="word-wrap:break-word;">A4 </span><span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Chains with length below 5 residues or relatively short with respect to other chains are excluded from the stoichiometry and symmetry calculation."></span><div class="hidden-print" id="symmetryPart"></div><div class="hidden-print hide" id="symmetryFull"><br><button class="btn btn-default btn-xs hidden-print" id="full_symmetry_hide"><span class="glyphicon glyphicon-minus-sign"></span> Less</button></div><hr><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22structure%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22value%22%3A%7B%22entry_id%22%3A%221AP5%22%2C%22assembly_id%22%3A%221%22%7D%7D%7D&return_type=assembly" onClick="sendGtag("imageGallery_section", "ssp_search_link", "findSimilarAssemblies")">Find Similar Assemblies</a><hr><p>Biological assembly 1 assigned by authors and generated by PISA,PQS (software)</p></div></div><a class="left carousel-control" href="#carousel-structuregallery" role="button" data-slide="prev"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span><span class="sr-only">Previous</span></a><a class="right carousel-control" href="#carousel-structuregallery" role="button" data-slide="next"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span><span class="sr-only">Next</span></a></div></div></div></div><div class="well well-sm hidden-sm hidden-xs well-nomar" id="macromoleculeContent"><p><strong>Macromolecule Content</strong></p><ul><li id="contentStructureWeight">Total Structure Weight: 44.54 kDa&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Molecular weight (in kDa) of all non-water atoms in the deposited model, based on the full deposited sample sequence. Hydrogen atoms are included for the charged state in ARG, HIS & LYS residues."></span></li><li id="contentAtomSiteCount">Atom Count: 3,492&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Number of modeled non-hydrogen atoms in the deposited model."></span></li><li id="contentResidueCount">Modelled Residue Count: 396&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Number of modeled polymer monomers in the deposited model."></span></li><li id="contentResidueCount">Deposited Residue Count: 396&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Number of all (modeled or unmodeled) polymer monomers in the deposited model."></span></li><li id="contentProteinChainCount">Unique protein chains: 1</li></ul></div></div></div><br></div><div class="panel panel-default" id="macromoleculespanel"><div class="panel-heading"><div class="panel-title">Macromolecules</div></div><div class="panel-body"><div class="row"><div class="col-md-12 col-sm-12 col-xs-12"><div id="MacromoleculeTable"><div style="display: flow-root; margin-bottom: 5px;">Find similar proteins by: <div class="btn-group" role="group"><button class="btn-group btn btn-sm btn-default dropdown-toggle" id="dropdownCutOff" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false" role="group" style="color: #337ab7; text-decoration: none;">Sequence <span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu" role="menu" aria-labelledby="dropdownCutOff"><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A1%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">100%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.95%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">95%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.9%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">90%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.8%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">80%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.7%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">70%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.6%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">60%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.5%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">50%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.4%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">40%</a></li><li><a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22sequence%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22target%22%3A%22pdb_protein_sequence%22%2C%22value%22%3A%22KHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAFVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWLGFNKERGHLQIAACPNQDPLQGTTGLIPLLGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKAIWNVINWENVTERYMACKK%22%2C%22identity_cutoff%22%3A0.3%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBySequenceCutoff")">30%</a></li></ul></div> (by identity cutoff)  |  <a href="/search?query=%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22structure%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22value%22%3A%7B%22entry_id%22%3A%221AP5%22%2C%22asym_id%22%3A%22A%22%7D%7D%7D&return_type=polymer_entity" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "proteinBy3Dstructure")">3D Structure</a></div><div class="table-responsive"><a class="entity-anchor" name="entity-1"></a><table class="table table-bordered table-condensed tableEntity" id="table_macromolecule-protein-entityId-1"><tbody><tr class="info" style="color: #315880"><th colspan="6" style="padding-bottom: 0px; padding-top: 0px"><h5 style="font-weight: bold; font-size: 15px">Entity ID: 1</h5></th></tr><tr><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Molecule</th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Chains <span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="If the two PDB chain IDs (label_asym_id; assigned by the PDB) and auth_asym_id (selected by the author) do not coincide, the chain ID is displayed as “label_asym_id [auth auth_asym_id]”"></span></th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Sequence Length</th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Organism</th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Details</th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">Image</th></tr><tr id="macromolecule-entityId-1-rowDescription"><td>MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE</td><td style="width:200px;"><div><a href="/sequence/1AP5#A">A</a>, <a href="/sequence/1AP5#B">B</a></div></td><td>198</td><td><a class="querySearchLink" href="/search?q=rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name:Homo sapiens" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "organism")">Homo sapiens</a></td><td style="word-break: break-all;"><strong>Mutation(s)</strong>: 1&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="The number of mutations in this polymer sequence that are engineered from the reference sequence."></span><br><strong>EC:&nbsp</strong><a class="querySearchLink" href="/search?q=rcsb_polymer_entity.rcsb_ec_lineage.id:1.15.1.1" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "ec")">1.15.1.1</a><br></td><td style="text-align: center; vertical-align: middle"><a data-toggle="lightbox" data-title="1AP5_1: Represented by Chain A" href="https://cdn.rcsb.org/images/structures/1ap5_chain-A.jpeg"><img src="https://cdn.rcsb.org/images/structures/1ap5_chain-A.jpeg" style="width:100px;"></a></td></tr><tr><td colspan="6" style="padding-bottom: 0px; padding-top: 0px; background-color: #f5f5f5;"><h5 style="font-weight: bold; font-size: 15px">UniProt & NIH Common Fund Data Resources</h5></td></tr><tr><td colspan="6"><div class="col-lg-6 col-md-6 text-left" style="padding-left: 0">Find proteins for&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=rcsb_polymer_entity_container_identifiers.reference_sequence_identifiers.database_accession:P04179 AND rcsb_polymer_entity_container_identifiers.reference_sequence_identifiers.database_name:UniProt" onClick="sendGtag("macromolecule_section", "ssp_search_link", "uniprotId")">P04179</a>&nbsp<i>(Homo sapiens)</i></div><div class="col-lg-3 col-md-3">Explore&nbsp<span class="label label-rcsb"><a href="/groups/sequence/polymer_entity/P04179">P04179</a></span>&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Explore entries with the same UniProt reference sequence."></span></div><div class="col-lg-3 col-md-3 text-right" style="padding-right: 0">Go to UniProtKB: &nbsp<span class="label label-external"><a href="https://www.uniprot.org/uniprot/P04179" target="_blank" rel="noopener">P04179</a></span></div></td></tr><tr><td colspan="6"><div class="col-lg-4 col-md-4 text-left" style="padding-left: 0" title="Diseases, drugs and related data"><span>PHAROS: &nbsp<span class="label label-external"><a href="https://pharos.nih.gov/targets/P04179" target="_blank" rel="noopener" onClick="sendGtag("SSP", "NIH", "PHAROS")">P04179</a></span><break></break></span></div><div class="col-lg-4 col-md-4"></div><div class="col-lg-4 col-md-4 text-right" style="padding-right: 0"></div></td></tr><tr><td colspan="6" style="padding-bottom: 0px; padding-top: 0px; background-color: #f5f5f5;"><h5 style="font-weight: bold; font-size: 15px">Entity Groups &nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="This entity has been grouped together with similar entities from other structures. Use the links below to navigate to the corresponding group pages and explore the characteristics of similar entities." style="vertical-align: bottom;"></span></h5></td></tr><tr><td class="col-lg-2 col-md-2">Sequence Clusters</td><td class="col-lg-10 col-md-10 group-membership" colspan="5"><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/442_30">30% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/868_50">50% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/1197_70">70% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/1084_90">90% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/1070_95">95% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/870_100">100% Identity<span class="fa fa-clone"></span></a></span></td></tr><tr><td class="col-lg-2 col-md-2">UniProt Group</td><td class="col-lg-10 col-md-10 group-membership" colspan="5"><span class="label label-rcsb"><a href="/groups/summary/polymer_entity/P04179">P04179<span class="fa fa-clone"></span></a></span></td></tr><tr><td colspan="6" style="padding-bottom: 0px; padding-top: 0px; background-color: #f5f5f5;"><h5 style="font-weight: bold; font-size: 15px; display:inline-block;float:left">Sequence Annotations</h5><h5 style="font-weight: bold; font-size: 15px; display:inline-block;float:right;"><a href="/sequence/1AP5#A">Expand</a></h5></td></tr><tr style="border-bottom: 5px solid #ddd" id="RcsbFv"><td class="ProteinFeatureView" colspan="6"><div id="entity" style="margin-top:20px"><div class="col-xs-12 col-sm-12 col-md-4 col-lg-4 form-group" style="margin-bottom: 0; padding-left: 0"><ul class="list-group" style="margin-bottom:0;display:inline-block;width:50%;"><li class="list-group-item" style="border-color:#fff;"><strong>Reference Sequence</strong></li></ul><div id="rcsbWebAppSelect_1" style="display:inline-block;"></div><div class="material-switch pull-right"></div></div></div><div class="clearfix"></div><div id="rcsbWebApp_1" style="margin-bottom: 50px;"></div><script>var headers = { "Rcsb-Analytics-Traffic-Origin": "internal", "Rcsb-Analytics-Traffic-Stage": "saguaro" }; [window.RcsbFvWebApp, window.RcsbChartWebApp, window.RcsbFv3D].forEach(webApp=>{ if (webApp) { webApp.RcsbRequestContextManager.initializeBorregoClient({ api: RC.sequenceCoordinatesUrl + 'graphql', requestConfig: { headers } }); webApp.RcsbRequestContextManager.initializeYosemiteClient({ api: RC.dataUrl + 'graphql', requestConfig: { headers } }); webApp.RcsbRequestContextManager.initializeArchesClient({ uri: RC.searchUrl + 'query', requestConfig: { headers } }); } });</script><script>setTimeout(function(){ RcsbFvWebApp.buildEntitySummaryFv( "rcsbWebApp_1", "rcsbWebAppSelect_1", "1AP5_1" ); },100) </script></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div></div><div class="panel panel-default" id="smallMoleculespanel"><div class="panel-heading"><div class="panel-title">Small Molecules</div></div><div class="panel-body"><div class="row"><div class="col-md-12 col-sm-12 col-xs-12"><div class="table-responsive" id="LigandsTable"><table class="table table-bordered table-condensed" id="LigandsMainTable"><tr class="active"><th colspan="6">Ligands&nbsp<span class="badge">1 Unique</span></th></tr><tr><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">ID</th><th class="col-sm-1 col-lg-1 pad-by-five">Chains <span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="If the two PDB chain IDs (label_asym_id; assigned by the PDB) and auth_asym_id (selected by the author) do not coincide, the chain ID is displayed as “label_asym_id [auth auth_asym_id]”"></span></th><th class="col-sm-3 col-lg-4 pad-by-five">Name / Formula / InChI Key</th><th class="col-sm-3 col-lg-3 pad-by-five">2D Diagram</th><th class="col-sm-2 col-lg-2 pad-by-five">3D Interactions</th></tr><tbody><a name="chem-comp-MN"></a><tr id="ligand_row_MN"><td><a href="/ligand/MN">MN</a><br><a class="hidden-print querySearchLink" href="/search?q=rcsb_chem_comp_container_identifiers.comp_id:MN" onClick="sendGtag("smallmoleculeLigand_section", "ssp_search_link", "ligandId")">Query on MN</a><br><hr><a class="btn btn-default btn-xs hidden-print" href="https://files.rcsb.org/ligands/download/MN.cif">Download Ideal Coordinates CCD File&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-download"></span></a><br><div style="display: list-item; margin-bottom: 5px;"><div class="btn-group" role="group" style="position: absolute"><button class="btn btn-xs btn-default dropdown-toggle" id="dropdownMenuDisplayCordinateFiles" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false" role="group">Download Instance Coordinates <span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu" role="menu" aria-labelledby="dropdownMenuDisplayCordinateFiles"><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=C&encoding=sdf&filename=1ap5_C_MN.sdf">SDF format, chain C [auth A]</a></li><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=D&encoding=sdf&filename=1ap5_D_MN.sdf">SDF format, chain D [auth B]</a></li><li class="divider"></li><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=C&encoding=mol2&filename=1ap5_C_MN.mol2">MOL2 format, chain C [auth A]</a></li><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=D&encoding=mol2&filename=1ap5_D_MN.mol2">MOL2 format, chain D [auth B]</a></li><li class="divider"><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=C&filename=1ap5_C_MN.cif">mmCIF format, chain C [auth A]</a></li><li><a href="https://models.rcsb.org/v1/1ap5/ligand?auth_seq_id=199&label_asym_id=D&filename=1ap5_D_MN.cif">mmCIF format, chain D [auth B]</a></li></li></ul></div></div></td><td>C [auth A],<br>D [auth B]</td><td><strong>MANGANESE (II) ION</strong><br>Mn<br>WAEMQWOKJMHJLA-UHFFFAOYSA-N</td><td><a data-toggle="lightbox" data-title="1AP5: Ligand MN" href="https://cdn.rcsb.org/images/ccd/labeled/M/MN.svg"><img src="https://cdn.rcsb.org/images/ccd/unlabeled/M/MN.svg" style="width:116px; margin: 0 auto; display: block;"></a></td><td><div class="btn-group view-button-3d" role="group" style="position: absolute;"><a class="btn btn-default btn-xs dropdown-toggle" id="dropdownMenuLigandFocus_MN" type="button" data-toggle="dropdown" aria-expanded="false" role="group" title="Focus on a ligand and show non-covalent interactions with its surroundings."><i class="fa fa-cube"> </i>Interactions  <span class="caret"></span></a><ul class="dropdown-menu" role="menu" aria-labelledby="dropdownMenuLigandFocus_MN"><li><a href="/3d-view/1AP5?preset=ligandInteraction&label_asym_id=C">Focus chain C [auth A]</a></li><li><a href="/3d-view/1AP5?preset=ligandInteraction&label_asym_id=D">Focus chain D [auth B]</a></li></ul></div></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div><div class="panel panel-default" id="experimentaldata-validation"><div class="panel-heading"><div class="panel-title">Experimental Data & Validation</div></div><div class="panel-body"><div class="row"><div class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12"><h4>Experimental Data</h4><div class="row"><ul class="list-unstyled col-sm-12 col-lg-12 col-md-12" id="experimentaldatabottom"><li id="exp_details_0_method"><strong>Method:&nbsp</strong>X-RAY DIFFRACTION</li><li id="exp_details_0_diffraction_resolution"><strong>Resolution:&nbsp</strong>2.20 Å</li><li id="exp_details_0_diffraction_rvalueFree"><strong>R-Value Free:&nbsp </strong>0.320 (Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Depositor: R factors reported by the deposition authors. DCC: R factors re-calculated by DCC software using depositor data"></span></li><li id="exp_details_0_diffraction_rvalueWork"><strong>R-Value Work:&nbsp </strong>0.195 (Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="Depositor: R factors reported by the deposition authors. DCC: R factors re-calculated by DCC software using depositor data"></span></li><li id="exp_details_0_diffraction_rvalueObserved"><strong>R-Value Observed:&nbsp</strong>0.195&nbsp(Depositor)&nbsp<span class="glyphicon glyphicon-info-sign hidden-xs hidden-sm hidden-md" aria-hidden="true" data-toggle="tooltip" data-placement="top" data-original-title="The residual factor for reflections that satisfy the resolution limits and the criterion that classifies a reflection as "observed" (typically expressed in terms of a sigma(I) or sigma(F) threshold). Depositor: R factors reported by the deposition authors"></span></li></ul><div class="col-lg-12 col-md-12 col-sm-12"><div style="margin-bottom:10px;"><strong>Space Group:&nbsp<a class="querySearchLink" href="/search?q=symmetry.space_group_name_H_M:P 21 21 2" onClick="sendGtag("experimental_section", "ssp_search_link", "spaceGroup")">P 2<sub>1</sub> 2<sub>1</sub> 2</a></strong></div></div><div class="col-lg-12 col-md-12 col-sm-12"><strong>Unit Cell</strong>:<table class="table table-bordered table-condensed" id="unitCellTable"><thead><tr class="active"><th>Length ( Å )</th><th>Angle ( ˚ )</th></tr></thead><tbody><tr><td>a = 75.18</td><td>α = 90</td></tr><tr><td>b = 79.77</td><td>β = 90</td></tr><tr><td>c = 68.81</td><td>γ = 90</td></tr></tbody></table></div></div><strong>Software Package:</strong><table class="table table-bordered table-condensed" id="xraysoftwarePackages"><thead><tr class="active"><th>Software Name</th><th>Purpose</th></tr></thead><tbody><tr><td>X-PLOR</td><td>model building</td></tr><tr><td>X-PLOR</td><td>refinement</td></tr><tr><td>DENZO</td><td>data reduction</td></tr><tr><td>SCALEPACK</td><td>data scaling</td></tr><tr><td>X-PLOR</td><td>phasing</td></tr></tbody></table></div><div class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12"><h4>Structure Validation</h4><p id="validationSection">View&nbsp<a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_full_validation.pdf">Full Validation Report</a></p><a target="_blank" rel="noopener" href="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_full_validation.pdf"><img class="img-thumbnail" src="//files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1ap5/1ap5_multipercentile_validation.png" width="500"></a><br></div></div><br><div class="row"><div class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12"><a class="btn btn-sm btn-default hidden-print" href="/experimental/1AP5">View more in-depth experimental data</a></div></div></div></div><div class="panel panel-default" id="entry-history"><div class="panel-heading"><div class="panel-title">Entry History&nbsp</div></div><div class="panel-body"><div class="row"><div class="col-md-6 col-sm-6 col-xs-12 col-xs-12"><h4>Deposition Data</h4><ul class="list-unstyled" id="DepositionDataList"><li><strong>Released Date:&nbsp</strong>1998-01-28&nbsp</li><strong>Deposition Author(s):&nbsp</strong><a href="/search?q=audit_author.name:Guan, Y." onClick="sendGtag("entryHistory_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Guan, Y.</a>, <a href="/search?q=audit_author.name:Borgstahl, G.E.O." onClick="sendGtag("entryHistory_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Borgstahl, G.E.O.</a>, <a href="/search?q=audit_author.name:Tainer, J.A." onClick="sendGtag("entryHistory_section", "ssp_search_link", "depAuthor")">Tainer, J.A.</a></ul></div><div class="col-md-6 col-sm-6 col-xs-12 col-xs-12"><h4>Revision History  <small><a href="/versions/1AP5">(Full details and data files)</a></small></h4><ul id="revisionHistorySection"><li><strong>Version 1.0: 1998-01-28</strong><br>Type: Initial release<br></li><li><strong>Version 1.1: 2008-03-03</strong><br>Changes: Version format compliance </li><li><strong>Version 1.2: 2011-07-13</strong><br>Changes: Derived calculations, Version format compliance </li><li><strong>Version 1.3: 2017-11-29</strong><br>Changes: Derived calculations, Other </li><li><strong>Version 1.4: 2021-11-03</strong><br>Changes: Database references, Derived calculations </li><li><strong>Version 1.5: 2023-08-02</strong><br>Changes: Refinement description </li><li><strong>Version 1.6: 2024-05-22</strong><br>Changes: Data collection </li></ul></div></div></div></div></div><div class="clearfix"></div><script>$("#structuresummarytab").addClass("active"); </script><script src="/js/structure/helper.js"></script><script src="/js/structure/image_carousel_helper.js"></script></div><div data-elastic-exclude><div class="hidden-print" id="footer_main"><div class="container" style="padding:0"><div class="row"><div class="col-md-6 col-sm-12" style="padding-left:0"> <div class="row"><div class="col-sm-4"><ul><li><span class="row_header">About</span></li><li><a href="/pages/about-us/index">About Us</a></li><li><a href="/pages/policies#References">Citing Us</a></li><li><a href="/pages/publications">Publications</a></li><li><a href="/pages/team">Team</a></li><li><a href="/pages/jobs">Careers</a></li><li><a href="/pages/policies">Usage & Privacy</a></li></ul></div><div class="col-sm-4" style="padding-left:0"><ul><li><span class="row_header">Support</span></li><li><a href="/pages/contactus">Contact Us</a></li><li><a href="/help">Help</a></li><li><a href="/docs/general-help/website-faq">Website FAQ</a></li><li><a href="/docs/general-help/glossary">Glossary</a></li><li><a href="https://status.rcsb.org/" target="_blank">Service Status</a></li></ul></div><div class="col-md-4 hidden-sm"></div></div></div><div class="col-md-6 col-sm-12" style="padding-left:5px"> <div class="row"><div class="col-sm-4"><p class="row_header">RCSB PDB is hosted by</p><div class="footerLogos"><hr><a href="https://radcollaboratory.rutgers.edu/"><img class="Rutgerslogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/rad-sm.png" alt="The Rutgers Artificial Intelligence and Data Science Collaboratory logo"></a><hr><a href="https://ucsd.edu/"><img class="UCSDlogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/Logo_UCSD-navy.png" alt="Uiversity of California San Diego logo"></a><a href="https://www.sdsc.edu/"><img class="SDSClogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/Logo_SDSC-black.png" alt="San Diego Supercomputer Center logo"></a><hr><a href="https://www.ucsf.edu/"><img class="UCSFlogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/Logo_UCSF.png" alt="University of California San Francisco Logo"></a></div></div><div class="col-sm-4"><p class="row_header">RCSB PDB is a member of the</p><div class="footerLogos"><span id="pdbmembers_footer"><hr><a href="https://www.wwpdb.org" target="_blank" rel="noopener"><img class="wwpdblogo" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/Logo_wwpdb.png" alt="wwPDB"></a><hr><a href="https://www.emdataresource.org" target="_blank" rel="noopener"><img id="emdatabanklogo_footer" src="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb//v2/common/images/EMDataResourcelogo.png" alt="EMDataResource"></a></span></div></div><div class="col-sm-4"><ul><li><span class="row_header">RCSB Partners</span></li><li><a href="https://nakb.org/" target="_blank" rel="noopener">Nucleic Acid Knowledgebase</a></li></ul><ul><li><span class="row_header"><a href="https://www.wwpdb.org/" target="_blank" rel="noopener" style="text-decoration: none; color: black">wwPDB Partners</a></span></li><li><a href="/">RCSB PDB</a></li><li><a href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/" target="_blank" rel="noopener">PDBe</a></li><li><a href="https://www.pdbj.org/" target="_blank" rel="noopener">PDBj</a></li><li><a href="https://bmrb.io/" target="_blank" rel="noopener">BMRB</a></li><li><a href="https://emdb-empiar.org/" target="_blank" rel="noopener">EMDB</a></li></ul></div></div></div></div></div></div><div id="footer_grant"><div class="container"><div class="row"><p>RCSB PDB Core Operations are funded by the <a href="http://www.nsf.gov/" target="_blank" rel="noopener">U.S. National Science Foundation</a> (DBI-2321666), the <a href="http://science.energy.gov/" target="_blank" rel="noopener">US Department of Energy</a> (DE-SC0019749), and the <a href="http://www.cancer.gov/" target="_blank" rel="noopener">National Cancer Institute</a>, <a href="http://www.niaid.nih.gov/" target="_blank" rel="noopener">National Institute of Allergy and Infectious Diseases</a>, and <a href="http://www.nigms.nih.gov/" target="_blank" rel="noopener">National Institute of General Medical Sciences</a> of the <a href="http://www.nih.gov/" target="_blank" rel="noopener">National Institutes of Health</a> under grant R01GM157729.</p></div></div></div><div id="jira-fdbck"></div></div></div></body></html>