EST

<!DOCTYPE html> <html lang="ja"> <head> <meta charset="UTF-8" /> <meta property="og:title" content="EST" /> <meta property="og:url" content="https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/est.html" /> <meta property="og:description" content="DDBJ において EST division “Expressed Sequence Tags” は様々な生物に由来する“single-pass” cDNA 配..." /> <meta property6="og:image" content="/images/thumbnail/logo_ddbj_fb.png" /> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0" /> <title>EST</title> <script async src="https://www.google-analytics.com/analytics.js"></script> <script src="https://code.jquery.com/jquery-3.5.0.js" integrity="sha256-r/AaFHrszJtwpe+tHyNi/XCfMxYpbsRg2Uqn0x3s2zc=" crossorigin="anonymous"></script> <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery.hoverintent/1.10.1/jquery.hoverIntent.min.js" integrity="sha512-gx3WTM6qxahpOC/hBNUvkdZARQ2ObXSp/m+jmsEN8ZNJPymj8/Jamf8+/3kJQY1RZA2DR+KQfT+b3JEB0r9YRg==" crossorigin="anonymous"></script> <script 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href="/ddbj/submission.html">Submission</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/submission.html">塩基配列の登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/web-submission.html">Web 版塩基配列登録システム</a> </li> <li> <a href="/ddbj/mss.html">Mass Submission System</a> </li> <li> <a href="/ddbj/update.html">登録データの修正・更新</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild"> <a href="http://ddbj.nig.ac.jp/arsa/?lang=ja">Search</a> <ul> <li> <a href="http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html">getentry</a> </li> <li> <a href="http://ddbj.nig.ac.jp/arsa/?lang=ja">ARSA</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild"> <a href="/ddbj/flat-file.html">Flat file</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/feature-table.html">Feature Table</a> </li> <li> <a href="/ddbj/features.html">Feature key の定義</a> </li> <li> <a href="/ddbj/qualifiers.html">Qualifier key の定義</a> </li> <li> <a href="/ddbj/sequence.html">塩基配列について</a> </li> <li> <a href="/ddbj/organism.html">Organism qualifier に記載する生物名</a> </li> <li> <a href="/ddbj/identifiers.html">識別子について</a> </li> <li> <a href="/ddbj/location.html">Location の記述法</a> </li> <li> <a href="/ddbj/cds.html">タンパク質コード配列</a> </li> <li> <a href="/ddbj/geneticcode.html">The Genetic Codes</a> </li> <li> <a href="/ddbj/code.html">配列の記載に用いる略号</a> </li> <li> <a href="/ddbj/example.html">配列データ記載例</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild -current"> <a href="/ddbj/data-categories.html">Data categories</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/genome.html">Genome project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/pseudohaplotype.html">Pseudohaplotype</a> </li> <li> <a href="/ddbj/wgs.html">WGS</a> </li> <li> <a href="/ddbj/finished_level_genome.html">Finished level genomic sequences</a> </li> <li> <a href="/ddbj/metagenome-assembly.html">メタゲノムアセンブリ</a> </li> <li> <a href="/ddbj/single-amplified-genome.html">Single amplified genome</a> </li> <li> <a href="/ddbj/htg.html">HTG</a> </li> <li> <a href="/ddbj/environmental.html">Environmental sample</a> </li> <li> <a href="/ddbj/env.html">ENV</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tls.html">TLS</a> </li> <li> <a href="/ddbj/transcriptome.html">Transcriptome Project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tsa.html">TSA</a> </li> <li> <a href="/ddbj/est.html">EST</a> </li> <li> <a href="/ddbj/htc.html">HTC</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tpa.html">Third Party Data (TPA)</a> </li> </ul> </li> <li class=""> <a href="/faq/ja/index.html?tag=ddbj">FAQ</a> </li> <li class=" -haschild"> <a href="/ddbj/index.html">Other</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/patent-data.html">Patent</a> </li> <li> <a href="/ddbj/mga.html">MGA</a> </li> </ul> </li> </ul> </nav> </div> </header> <section id="NavigationAndMainView"> <div class="inner"> <div class="subview"> <nav id="TableOfContents" class="internal-link"> </nav> </div> <section id="MainContentView" class="mainview"> <header class="header"> <nav class="breadcrumb-view"> <ul> <li> <a href="https://www.ddbj.nig.ac.jp/index.html">ホーム</a> </li> <li> <a href="https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/index.html">ddbj</a> </li> <li><a>EST</a></li> </ul> </nav> <h1 class="title">EST</h1> </header> <main class="md-content"> <p>DDBJ において EST division “Expressed Sequence Tags” は様々な生物に由来する “single-pass” cDNA 配列 (つまり mRNA, RNA 転写産物) とその付帯情報からなる配列データです。</p> <p>EST 登録には、<a href="/ddbj/mss.html">Mass Submission System (MSS)</a> をご利用ください。</p> <dl> <dt>EST 登録における注意事項</dt> <dd> <ul> <li>登録前に cloning vector に由来する領域は配列から取り除いておいてください。</li> <li><a href="/ddbj/qualifiers.html#clone">clone</a> qualifier の記載が必須です。</li> <li>発現条件に相当する組織 (<a href="/ddbj/qualifiers.html#tissue_type">tissue_type</a>)、発生段階 (<a href="/ddbj/qualifiers.html#dev_stage">dev_stage</a>)、性別 (<a href="/ddbj/qualifiers.html#mating_type">mating_type</a> または <a href="/ddbj/qualifiers.html#sex">sex</a>)、などの qualifier の記載を推奨します。</li> <li>原則として、Sanger 法により決定された配列を対象しています。<br /> いわゆる次世代シークエンサにより読まれた配列は <a href="/dra/index.html">DDBJ Sequence Read Archive</a> にご登録ください。</li> <li>EST assemble に相当する配列は <a href="/ddbj/tsa.html">TSA: Transcriptome Shotgun Assembly</a> として登録を受け付けます。</li> </ul> </dd> </dl> <h2 id="flat-file">DDBJ フォーマットの例</h2> <p>EST エントリの特徴</p> <ul> <li> <p>原則として、source feature 以外の <a href="/ddbj/flat-file#FeaturesB">feature</a> は記載されません。</p> </li> <li> <p><a href="/ddbj/flat-file#LocusB">LOCUS</a> 行に表示される DIVISION は、”EST” です。</p> </li> <li> <p><a href="/ddbj/flat-file#KeywordsB">KEYWORDS</a> 行には “EST” と次のいずれかが表示されます。</p> <p>以下の controlled vocabulary は EST を得る際の手法、strategy を示すものであり、実際に RNA transcript の 5’ 末端、または、3’ 末端に相当する配列であることを保証するものではありません。</p> <table> <tbody> <tr> <td>5’EST の場合</td> <td>5’-end sequence (5’-EST)</td> </tr> <tr> <td>3’EST の場合</td> <td>3’-end sequence (3’-EST)</td> </tr> <tr> <td>上記を特定できない場合</td> <td>unspecified EST</td> </tr> </tbody> </table> </li> <li> <p><a href="/ddbj/flat-file#CommentB">COMMENT</a> 行には，登録される塩基配列が anti-sense 鎖側，sense 鎖側のどちらであるかを示すため，次のいずれかを COMMENT に記載します。</p> <p>3’EST 登録の場合にのみ該当します。</p> <table> <tbody> <tr> <td>anti-sense 鎖を登録する場合</td> <td>3’-EST sequences are presented as anti-sense strand.</td> </tr> <tr> <td>sense 鎖を登録する場合</td> <td>3’-EST sequences are presented as sense strand.</td> </tr> </tbody> </table> </li> </ul>  <pre><code><a id="LocusA" href="/ddbj/flat-file#LocusB">LOCUS</a> <a id="LocusNameA" href="/ddbj/flat-file#LocusNameB">HY000000</a> <a id="SequenceLengthA" href="/ddbj/flat-file#SequenceLengthB">300 bp</a> <a id="MoleculeTypeA" href="/ddbj/flat-file#MoleculeTypeB">mRNA</a> <a id="MoleculeFormA" href="/ddbj/flat-file#MoleculeFormB">linear</a> <a id="DivisionA" href="/ddbj/flat-file#DivisionB">EST</a> <a id="ModificationDateA" href="/ddbj/flat-file#ModificationDateB">15-OCT-2008</a> <a id="DefinitionA" href="/ddbj/flat-file#DefinitionB">DEFINITION</a> Mus musculus mRNA, clone: 2310009A01, 3' end sequence, expressed in tongue. <a id="AccessionA" href="/ddbj/flat-file#AccessionB">ACCESSION</a> HY000000 <a id="VersionA" href="/ddbj/flat-file#VersionB">VERSION</a> HY000000.1 <a id="KeywordsA" href="/ddbj/flat-file#KeywordsB">KEYWORDS</a> EST; 3'-end sequence (3'-EST). <a id="SourceA" href="/ddbj/flat-file#SourceB">SOURCE</a> Mus musculus (house mouse) <a id="OrganismA" href="/ddbj/flat-file#OrganismB">ORGANISM</a> Mus musculus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus. <a id="Reference1A" href="/ddbj/flat-file#Reference1B">REFERENCE 1</a> (bases 1 to 300) <a id="AuthorsA" href="/ddbj/flat-file#AuthorsB">AUTHORS</a> Mishima,H., Yamada,T. and Liu,G.Q. <a id="TitleA" href="/ddbj/flat-file#TitleB">TITLE</a> Direct Submission <a id="JournalA" href="/ddbj/flat-file#JournalB">JOURNAL</a> Submitted (30-SEP-2008) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases. Contact:Hanako Mishima National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan <a id="Reference2A" href="/ddbj/flat-file#Reference2B">REFERENCE 2</a> AUTHORS Mishima,H., Yamada,T., Park,C.S. and Liu,G.Q. TITLE Mus musculus EST JOURNAL Unpublished (2008) <a id="CommentA" href="/ddbj/flat-file#CommentB">COMMENT</a> 3'-EST sequences are presented as anti-sense strand. <a id="FeaturesA" href="/ddbj/flat-file#FeaturesB">FEATURES</a> Location/Qualifiers <a id="FeaturesSourceA" href="/ddbj/flat-file#FeaturesSourceB">source</a> <a href="/ddbj/location.html">1..300</a> /<a href="/ddbj/qualifiers.html#clone">clone</a>="2310009A01" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#clone_lib">clone_lib</a>="full-length enriched mouse cDNA library A01" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#collection_date">collection_date</a>="2007" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#db_xref">db_xref</a>="taxon:10090" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#dev_stage">dev_stage</a>="adult" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#geo_loc_name">geo_loc_name</a>="Japan" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#mol_type">mol_type</a>="mRNA" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#organism">organism</a>="Mus musculus" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#sex">sex</a>="male" /<a href="/ddbj/qualifiers.html#tissue_type">tissue_type</a>="tongue" <a id="BaseCountA" href="#BaseCountB">BASE COUNT</a> 86 a 90 c 73 g 51 t <a id="OriginA" href="#OriginB">ORIGIN</a> 1 attaatataa gctaaatatg tttttcaata tatattgata atagaatatc aacaatttgg : -- The rest of nucleotide sequence is omitted -- : <a id="EndA" href="/ddbj/flat-file#EndB">//</a></code></pre> </main> <aside class="related-pages"> <h2 class="caption">Related pages</h2> <div class="navigation"> <nav> <ul> <li> <a href="/ddbj/genome.html">Genome Project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/environmental.html">Environmental sequence の登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/transcriptome.html">Transcriptome Project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tpa.html">Third Party Data (TPA)</a> </li> </ul> </nav> </div> </aside> </section> </div> </section> </div> <footer></footer> <div id="back-top"></div> </body> </html>

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