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vector-toc-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="toc-pinned" data-pinnable-element-id="vector-toc" > <h2 class="vector-pinnable-header-label">目次</h2> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.pin">サイドバーに移動</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.unpin">非表示</button> </div> <ul class="vector-toc-contents" id="mw-panel-toc-list"> <li id="toc-mw-content-text" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a href="#" class="vector-toc-link"> <div class="vector-toc-text">ページ先頭</div> </a> </li> <li id="toc-FASTAフォーマット" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#FASTAフォーマット"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1</span> <span>FASTAフォーマット</span> </div> </a> <ul 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title="目次" > <input type="checkbox" id="vector-page-titlebar-toc-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="目次の表示・非表示を切り替え" > <label id="vector-page-titlebar-toc-label" for="vector-page-titlebar-toc-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-listBullet mw-ui-icon-wikimedia-listBullet"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">目次の表示・非表示を切り替え</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-page-titlebar-toc-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> </div> </div> </div> </nav> <h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">FASTA</span></h1> <div id="p-lang-btn" class="vector-dropdown mw-portlet mw-portlet-lang" > <input type="checkbox" id="p-lang-btn-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-p-lang-btn" class="vector-dropdown-checkbox mw-interlanguage-selector" aria-label="特定の記事の別の言語版に移動します。利用可能な言語11件" > <label id="p-lang-btn-label" for="p-lang-btn-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--action-progressive mw-portlet-lang-heading-11" aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-language-progressive mw-ui-icon-wikimedia-language-progressive"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">11の言語版</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li class="interlanguage-link interwiki-ar mw-list-item"><a href="https://ar.wikipedia.org/wiki/%D9%81%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D8%A7" title="アラビア語: فاستا" lang="ar" hreflang="ar" data-title="فاستا" data-language-autonym="العربية" data-language-local-name="アラビア語" class="interlanguage-link-target"><span>العربية</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-bs mw-list-item"><a href="https://bs.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="ボスニア語: FASTA" lang="bs" hreflang="bs" data-title="FASTA" data-language-autonym="Bosanski" data-language-local-name="ボスニア語" class="interlanguage-link-target"><span>Bosanski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ca mw-list-item"><a href="https://ca.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="カタロニア語: FASTA" lang="ca" hreflang="ca" data-title="FASTA" data-language-autonym="Català" data-language-local-name="カタロニア語" class="interlanguage-link-target"><span>Català</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-cs mw-list-item"><a href="https://cs.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="チェコ語: FASTA" lang="cs" hreflang="cs" data-title="FASTA" data-language-autonym="Čeština" data-language-local-name="チェコ語" class="interlanguage-link-target"><span>Čeština</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-de mw-list-item"><a href="https://de.wikipedia.org/wiki/FASTA-Algorithmus" title="ドイツ語: FASTA-Algorithmus" lang="de" hreflang="de" data-title="FASTA-Algorithmus" data-language-autonym="Deutsch" data-language-local-name="ドイツ語" class="interlanguage-link-target"><span>Deutsch</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-en mw-list-item"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="英語: FASTA" lang="en" hreflang="en" data-title="FASTA" data-language-autonym="English" data-language-local-name="英語" class="interlanguage-link-target"><span>English</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-es mw-list-item"><a href="https://es.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="スペイン語: FASTA" lang="es" hreflang="es" data-title="FASTA" data-language-autonym="Español" data-language-local-name="スペイン語" class="interlanguage-link-target"><span>Español</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fa mw-list-item"><a href="https://fa.wikipedia.org/wiki/%D9%81%D8%B3%D8%AA_%D8%A7%DB%8C" title="ペルシア語: فست ای" lang="fa" hreflang="fa" data-title="فست ای" data-language-autonym="فارسی" data-language-local-name="ペルシア語" class="interlanguage-link-target"><span>فارسی</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fr mw-list-item"><a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/FASTA_(programme_informatique)" title="フランス語: FASTA (programme informatique)" lang="fr" hreflang="fr" data-title="FASTA (programme informatique)" data-language-autonym="Français" data-language-local-name="フランス語" class="interlanguage-link-target"><span>Français</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-pt mw-list-item"><a href="https://pt.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="ポルトガル語: FASTA" lang="pt" hreflang="pt" data-title="FASTA" data-language-autonym="Português" data-language-local-name="ポルトガル語" class="interlanguage-link-target"><span>Português</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-vi mw-list-item"><a href="https://vi.wikipedia.org/wiki/FASTA" title="ベトナム語: FASTA" lang="vi" hreflang="vi" data-title="FASTA" data-language-autonym="Tiếng Việt" data-language-local-name="ベトナム語" class="interlanguage-link-target"><span>Tiếng Việt</span></a></li> </ul> <div class="after-portlet after-portlet-lang"><span class="wb-langlinks-edit wb-langlinks-link"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q1111641#sitelinks-wikipedia" title="言語間リンクを編集" class="wbc-editpage">リンクを編集</a></span></div> </div> </div> </div> </header> <div class="vector-page-toolbar"> <div class="vector-page-toolbar-container"> <div id="left-navigation"> <nav aria-label="名前空間"> <div id="p-associated-pages" class="vector-menu vector-menu-tabs mw-portlet mw-portlet-associated-pages" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="ca-nstab-main" class="selected vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/wiki/FASTA" title="本文を閲覧 [c]" accesskey="c"><span>ページ</span></a></li><li id="ca-talk" class="vector-tab-noicon mw-list-item"><a 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href="/w/index.php?title=FASTA&action=info" title="このページについての詳細情報"><span>ページ情報</span></a></li><li id="t-cite" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%81%93%E3%81%AE%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%92%E5%BC%95%E7%94%A8&page=FASTA&id=98184893&wpFormIdentifier=titleform" title="このページの引用方法"><span>このページを引用</span></a></li><li id="t-urlshortener" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%E7%89%B9%E5%88%A5:UrlShortener&url=https%3A%2F%2Fja.wikipedia.org%2Fwiki%2FFASTA"><span>短縮URLを取得する</span></a></li><li id="t-urlshortener-qrcode" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%E7%89%B9%E5%88%A5:QrCode&url=https%3A%2F%2Fja.wikipedia.org%2Fwiki%2FFASTA"><span>QRコードをダウンロード</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-coll-print_export" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-coll-print_export" > <div class="vector-menu-heading"> 印刷/書き出し </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="coll-create_a_book" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF&bookcmd=book_creator&referer=FASTA"><span>ブックの新規作成</span></a></li><li id="coll-download-as-rl" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%E7%89%B9%E5%88%A5:DownloadAsPdf&page=FASTA&action=show-download-screen"><span>PDF 形式でダウンロード</span></a></li><li id="t-print" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=FASTA&printable=yes" title="このページの印刷用ページ [p]" accesskey="p"><span>印刷用バージョン</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-wikibase-otherprojects" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-wikibase-otherprojects" > <div class="vector-menu-heading"> 他のプロジェクト </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="t-wikibase" class="wb-otherproject-link wb-otherproject-wikibase-dataitem mw-list-item"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q1111641" title="関連付けられたデータリポジトリ項目へのリンク [g]" accesskey="g"><span>ウィキデータ項目</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> </div> <div class="vector-column-end"> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav class="vector-page-tools-landmark" aria-label="ページツール"> <div id="vector-page-tools-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> <nav class="vector-appearance-landmark" aria-label="表示"> <div id="vector-appearance-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-appearance" class="vector-appearance vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-appearance-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="appearance-pinned" data-pinnable-element-id="vector-appearance" data-pinned-container-id="vector-appearance-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-appearance-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">表示</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" 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title="蛋白質">タンパク質</a>の<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8" title="アミノ酸">アミノ酸</a>配列の<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88" title="シーケンスアラインメント">シーケンスアラインメント</a>を行うための、<a href="/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9" title="バイオインフォマティクス">バイオインフォマティクス</a>の<a href="/wiki/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" title="ソフトウェア">ソフトウェア</a>パッケージである。 </p><p>FASTA と同様に<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9" class="mw-redirect" title="シーケンス">シーケンス</a>アライメントを行うためのソフトウェアとして、<a href="/wiki/BLAST" title="BLAST">BLAST</a> なども知られる。 </p><p>最初のバージョンは FASTP という名前であり、デヴィッド・J・リップマンとウィリアム・R・ピアスンが、<a href="/wiki/1985%E5%B9%B4" title="1985年">1985年</a>に開発して論文を発表した<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p><p>当初はタンパク質のアミノ酸配列の<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" class="mw-redirect" title="シーケンスデータベース">シーケンスデータベース</a>に対して、アミノ酸配列の類似性 (similarity) の検索を行うように設計された。FASTA の<a href="/wiki/1988%E5%B9%B4" title="1988年">1988年</a>のバージョンでは、DNAの塩基配列の類似性を検索する機能が加えられた<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。FASTA は FASTP よりも精巧なアルゴリズムで処理を行い、統計上の有意性を評価する。FASTA ソフトウェアパッケージには、タンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列のアライメントを行うための、いくつかの<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0_(%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF)" title="プログラム (コンピュータ)">プログラム</a>が含まれている。 </p><p>FASTA は、"FAST-Aye"（ファストエー）と発音する。FASTA は、"FAST-P"（<b>P</b>rotein; タンパク質）アライメントと "FAST-N"（<b>N</b>ucleotide; <a href="/wiki/%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89" title="ヌクレオチド">ヌクレオチド</a>）アライメントの総称である、"FAST-All" を意味している。 </p><p>FASTA ソフトウェアパッケージの現在のバージョンでは、次のようなことができる。なお、シーケンス<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>に与える検索のシーケンスをクエリーという。 </p> <ul><li>塩基配列クエリーで塩基配列データベースを検索</li> <li>塩基配列クエリーをアミノ酸配列に翻訳してアミノ酸配列データベースを検索</li> <li>アミノ酸配列クエリーでアミノ酸配列データベースを検索</li> <li>アミノ酸配列クエリーで塩基配列データベース（アミノ酸配列に翻訳）を検索</li> <li>複数の<a href="/wiki/%E3%83%9A%E3%83%97%E3%83%81%E3%83%89" title="ペプチド">ペプチド</a>（短いペプチド鎖）をクエリーとしてアミノ酸配列データベースを検索</li></ul> <p>フレームシフト<a href="/wiki/%E7%AA%81%E7%84%B6%E5%A4%89%E7%95%B0" title="突然変異">突然変異</a>を考慮した検索も可能である。Smith-Watermanアルゴリズムを実装した SSEARCH でのシーケンスデータベースの検索・比較をすることもできる（処理速度は遅くなる）。 </p><p>FASTA ソフトウェアパッケージの主な用途は、類似性の精密な統計値を計算することである。類似性の統計値を計算することにより、生物学者は、どのアライメントが妥当性が高いかを判断することや、<a href="/wiki/%E7%9B%B8%E5%90%8C" title="相同">相同性</a> (homology) を推測することができる。 </p><p>FASTA ソフトウェアパッケージは、<a href="/wiki/%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%83%8B%E3%82%A2%E5%A4%A7%E5%AD%A6" title="バージニア大学">ヴァージニア大学</a>のFTPサーバから提供されている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="FASTAフォーマット"><span id="FASTA.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.BC.E3.83.9E.E3.83.83.E3.83.88"></span>FASTAフォーマット</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=FASTA&action=edit&section=1" title="節を編集: FASTAフォーマット"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>FASTA では、<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9" class="mw-redirect" title="シーケンス">シーケンス</a>データの記述形式として FASTAフォーマットという形式を使う。FASTAフォーマットは<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%83%86%E3%82%AD%E3%82%B9%E3%83%88" title="プレーンテキスト">プレーンテキスト</a>である。1つのシーケンスのデータは、">" で始まる1行のヘッダ行と、2行目以降の実際のシーケンス文字列で構成される。ヘッダ行では、">" の次にシーケンスデータを識別するための文字列を記述し、続けてそのシーケンスデータを説明する文字列を記述する（両方とも省略してよい）。ヘッダ行の ">" と識別文字列の間にスペースを入れてはいけない。FASTAフォーマットの全ての行は、80文字未満とすることが推奨される。">" で始まる別の行が出現すると、そこでシーケンスデータが区切られ、別のシーケンスデータが始まる。 </p><p>FASTA ファイルフォーマットの例を示す。 </p> <pre>>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX IENY </pre> <p>FASTAフォーマットでは、IUB/<a href="/wiki/%E5%9B%BD%E9%9A%9B%E7%B4%94%E6%AD%A3%E3%83%BB%E5%BF%9C%E7%94%A8%E5%8C%96%E5%AD%A6%E9%80%A3%E5%90%88" title="国際純正・応用化学連合">IUPAC</a> で規定されている<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8" title="アミノ酸">アミノ酸</a>コードもしくは<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸</a>コードで、シーケンス文字列を記述する。ただし、小文字で記述した場合は FASTA内部で自動的に大文字に変換される。また、"-"（ハイフン）でギャップを、"U" で<a href="/wiki/%E3%82%BB%E3%83%AC%E3%83%8E%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3" title="セレノシステイン">セレノシステイン</a>を、"*" で翻訳終止を記述する。FASTAでは、クエリーのシーケンスに数字が含まれていると正しく処理をすることができない。FASTAで処理を行う前に、数字は、除去しておくか、適切な文字列（"N" は不明な核酸塩基、"X" は不明なアミノ酸を意味する）に置き換えておく必要がある。 </p> <table class="wikitable" style="float: left; margin-right: 1em"> <caption>FASTA で使える核酸のコード </caption> <tbody><tr> <th>核酸のコード </th> <th>意味 </th></tr> <tr> <td>A </td> <td><b>A</b>denosine （<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8B%E3%83%B3" title="アデニン">アデニン</a>） </td></tr> <tr> <td>C </td> <td><b>C</b>ytidine （<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%B7%E3%83%B3" title="シトシン">シトシン</a>） </td></tr> <tr> <td>G </td> <td><b>G</b>uanine （<a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%B3" title="グアニン">グアニン</a>） </td></tr> <tr> <td>T </td> <td><b>T</b>hymidine （<a href="/wiki/%E3%83%81%E3%83%9F%E3%83%B3" title="チミン">チミン</a>） </td></tr> <tr> <td>U </td> <td><b>U</b>racil （<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%83%A9%E3%82%B7%E3%83%AB" title="ウラシル">ウラシル</a>） </td></tr> <tr> <td>R </td> <td>G A （pu<b>R</b>ine, <a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3_(%E5%8C%96%E5%AD%A6)" title="プリン (化学)">プリン</a>） </td></tr> <tr> <td>Y </td> <td>T C （p<b>Y</b>rimidine, <a href="/wiki/%E3%83%94%E3%83%AA%E3%83%9F%E3%82%B8%E3%83%B3" title="ピリミジン">ピリミジン</a>） </td></tr> <tr> <td>K </td> <td>G T （<b>K</b>etone, <a href="/wiki/%E3%82%B1%E3%83%88%E3%83%B3" title="ケトン">ケトン</a>） </td></tr> <tr> <td>M </td> <td>A C （a<b>M</b>ino group, <a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%B3" title="アミン">アミノ基</a>） </td></tr> <tr> <td>S </td> <td>G C （<b>S</b>trong interaction, 強い<a href="/wiki/%E6%B0%B4%E7%B4%A0%E7%B5%90%E5%90%88" title="水素結合">結合</a>） </td></tr> <tr> <td>W </td> <td>A T （<b>W</b>eak interaction, 弱い結合） </td></tr> <tr> <td>B </td> <td>G T C (not A) （<b>B</b>, A の次の文字） </td></tr> <tr> <td>D </td> <td>G A T (not C) （<b>D</b>, C の次の文字） </td></tr> <tr> <td>H </td> <td>A C T (not G) （<b>H</b>, G の次の文字） </td></tr> <tr> <td>V </td> <td>G C A (not T, not U) （<b>V</b>, U の次の文字） </td></tr> <tr> <td>N </td> <td>A G C T （a<b>N</b>y, 不明） </td></tr> <tr> <td>- </td> <td>ギャップ </td></tr></tbody></table> <table class="wikitable"> <caption>FASTA で使えるアミノ酸コード </caption> <tbody><tr> <th>アミノ酸コード </th> <th>意味 </th></tr> <tr> <td>A </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%8B%E3%83%B3" title="アラニン">アラニン</a> </td></tr> <tr> <td>B </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3%E9%85%B8" title="アスパラギン酸">アスパラギン酸</a> もしくは <a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3" title="アスパラギン">アスパラギン</a> </td></tr> <tr> <td>C </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3" title="システイン">システイン</a> </td></tr> <tr> <td>D </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3%E9%85%B8" title="アスパラギン酸">アスパラギン酸</a> </td></tr> <tr> <td>E </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8" title="グルタミン酸">グルタミン酸</a> </td></tr> <tr> <td>F </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%8B%E3%83%B3" title="フェニルアラニン">フェニルアラニン</a> </td></tr> <tr> <td>G </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%B3" title="グリシン">グリシン</a> </td></tr> <tr> <td>H </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%81%E3%82%B8%E3%83%B3" title="ヒスチジン">ヒスチジン</a> </td></tr> <tr> <td>I </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3" title="イソロイシン">イソロイシン</a> </td></tr> <tr> <td>K </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%B3" title="リシン">リシン</a> </td></tr> <tr> <td>L </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3" title="ロイシン">ロイシン</a> </td></tr> <tr> <td>M </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%A1%E3%83%81%E3%82%AA%E3%83%8B%E3%83%B3" title="メチオニン">メチオニン</a> </td></tr> <tr> <td>N </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3" title="アスパラギン">アスパラギン</a> </td></tr> <tr> <td>P </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%AA%E3%83%B3" title="プロリン">プロリン</a> </td></tr> <tr> <td>Q </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3" title="グルタミン">グルタミン</a> </td></tr> <tr> <td>R </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%AE%E3%83%8B%E3%83%B3" title="アルギニン">アルギニン</a> </td></tr> <tr> <td>S </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%BB%E3%83%AA%E3%83%B3" title="セリン">セリン</a> </td></tr> <tr> <td>T </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%88%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%8B%E3%83%B3" title="トレオニン">スレオニン</a> </td></tr> <tr> <td>U </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%BB%E3%83%AC%E3%83%8E%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3" title="セレノシステイン">セレノシステイン</a> </td></tr> <tr> <td>V </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%90%E3%83%AA%E3%83%B3" title="バリン">バリン</a> </td></tr> <tr> <td>W </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%B3" title="トリプトファン">トリプトファン</a> </td></tr> <tr> <td>Y </td> <td><a href="/wiki/%E3%83%81%E3%83%AD%E3%82%B7%E3%83%B3" title="チロシン">チロシン</a> </td></tr> <tr> <td>Z </td> <td><a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8" title="グルタミン酸">グルタミン酸</a> もしくは <a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3" title="グルタミン">グルタミン</a> </td></tr> <tr> <td>X </td> <td>不明 (any) </td></tr> <tr> <td>* </td> <td>翻訳終止 </td></tr> <tr> <td>- </td> <td>ギャップ </td></tr></tbody></table> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="参考文献"><span id=".E5.8F.82.E8.80.83.E6.96.87.E7.8C.AE"></span>参考文献</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=FASTA&action=edit&section=2" title="節を編集: 参考文献"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ol class="references"> <li id="cite_note-1"><b><a href="#cite_ref-1">^</a></b> <span class="reference-text">Lipman, D. J.; Pearson, W.R. (1985). "Rapid and sensitive protein similarity searches." <i>Science</i> <b>227</b> (4693): 1435–1441. <style data-mw-deduplicate="TemplateStyles:r101121245">.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:var(--color-error,#d33)}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:var(--color-error,#d33)}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:var(--color-success,#3a3);margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}</style><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2983426/">2983426</a>.</span> </li> <li id="cite_note-2"><b><a href="#cite_ref-2">^</a></b> <span class="reference-text">Pearson, W.R.; Lipman, D. J. (1988). "Improved tools for biological sequence comparison." <i>Proc. Natl. Acad. Sci. USA</i> <b>85</b> (8): 2444–2448. <link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3162770/">3162770</a></span> </li> </ol> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="外部リンク"><span id=".E5.A4.96.E9.83.A8.E3.83.AA.E3.83.B3.E3.82.AF"></span>外部リンク</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=FASTA&action=edit&section=3" title="節を編集: 外部リンク"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml">FASTAフォーマットの説明（英語）</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml">ヴァージニア大学のFASTAサーバ</a> - FASTAソフトウェアパッケージを配布している</li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://gp2fasta.ovh.org/">GenBank to Fasta conventer</a></li></ul>    </div><noscript><img src="https://login.wikimedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?useformat=desktop&type=1x1&usesul3=0" alt="" width="1" height="1" style="border: none; position: absolute;"></noscript> <div class="printfooter" data-nosnippet="">「<a dir="ltr" href="https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=FASTA&oldid=98184893">https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=FASTA&oldid=98184893</a>」から取得</div></div> <div id="catlinks" class="catlinks" data-mw="interface"><div id="mw-normal-catlinks" class="mw-normal-catlinks"><a href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%82%AB%E3%83%86%E3%82%B4%E3%83%AA" title="特別:カテゴリ">カテゴリ</a>: <ul><li><a href="/wiki/Category:%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9" title="Category:バイオインフォマティクス">バイオインフォマティクス</a></li></ul></div></div> </div> </main> </div> <div class="mw-footer-container"> 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