Location の記述法

<!DOCTYPE html> <html lang="ja"> <head> <meta charset="UTF-8" /> <meta property="og:title" content="Location の記述法" /> <meta property="og:url" content="https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/location.html" /> <meta property="og:description" content="Location の記述法INSDC では、配列上の Feature の位置情報 (以下、Location) を以下のルールで記述しています。 ..." /> <meta property6="og:image" content="/images/thumbnail/logo_ddbj_fb.png" /> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0" /> <title>Location の記述法</title> <script async src="https://www.google-analytics.com/analytics.js"></script> <script src="https://code.jquery.com/jquery-3.5.0.js" integrity="sha256-r/AaFHrszJtwpe+tHyNi/XCfMxYpbsRg2Uqn0x3s2zc=" crossorigin="anonymous"></script> <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery.hoverintent/1.10.1/jquery.hoverIntent.min.js" integrity="sha512-gx3WTM6qxahpOC/hBNUvkdZARQ2ObXSp/m+jmsEN8ZNJPymj8/Jamf8+/3kJQY1RZA2DR+KQfT+b3JEB0r9YRg==" crossorigin="anonymous"></script> <script 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href="/ddbj/submission.html">Submission</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/submission.html">塩基配列の登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/web-submission.html">Web 版塩基配列登録システム</a> </li> <li> <a href="/ddbj/mss.html">Mass Submission System</a> </li> <li> <a href="/ddbj/update.html">登録データの修正・更新</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild"> <a href="http://ddbj.nig.ac.jp/arsa/?lang=ja">Search</a> <ul> <li> <a href="http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html">getentry</a> </li> <li> <a href="http://ddbj.nig.ac.jp/arsa/?lang=ja">ARSA</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild -current"> <a href="/ddbj/flat-file.html">Flat file</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/feature-table.html">Feature Table</a> </li> <li> <a href="/ddbj/features.html">Feature key の定義</a> </li> <li> <a href="/ddbj/qualifiers.html">Qualifier key の定義</a> </li> <li> <a href="/ddbj/sequence.html">塩基配列について</a> </li> <li> <a href="/ddbj/organism.html">Organism qualifier に記載する生物名</a> </li> <li> <a href="/ddbj/identifiers.html">識別子について</a> </li> <li> <a href="/ddbj/location.html">Location の記述法</a> </li> <li> <a href="/ddbj/cds.html">タンパク質コード配列</a> </li> <li> <a href="/ddbj/geneticcode.html">The Genetic Codes</a> </li> <li> <a href="/ddbj/code.html">配列の記載に用いる略号</a> </li> <li> <a href="/ddbj/example.html">配列データ記載例</a> </li> </ul> </li> <li class=" -haschild"> <a href="/ddbj/data-categories.html">Data categories</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/genome.html">Genome project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/pseudohaplotype.html">Pseudohaplotype</a> </li> <li> <a href="/ddbj/wgs.html">WGS</a> </li> <li> <a href="/ddbj/finished_level_genome.html">Finished level genomic sequences</a> </li> <li> <a href="/ddbj/metagenome-assembly.html">メタゲノムアセンブリ</a> </li> <li> <a href="/ddbj/single-amplified-genome.html">Single amplified genome</a> </li> <li> <a href="/ddbj/htg.html">HTG</a> </li> <li> <a href="/ddbj/environmental.html">Environmental sample</a> </li> <li> <a href="/ddbj/env.html">ENV</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tls.html">TLS</a> </li> <li> <a href="/ddbj/transcriptome.html">Transcriptome Project のデータ登録</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tsa.html">TSA</a> </li> <li> <a href="/ddbj/est.html">EST</a> </li> <li> <a href="/ddbj/htc.html">HTC</a> </li> <li> <a href="/ddbj/tpa.html">Third Party Data (TPA)</a> </li> </ul> </li> <li class=""> <a href="/faq/ja/index.html?tag=ddbj">FAQ</a> </li> <li class=" -haschild"> <a href="/ddbj/index.html">Other</a> <ul> <li> <a href="/ddbj/patent-data.html">Patent</a> </li> <li> <a href="/ddbj/mga.html">MGA</a> </li> </ul> </li> </ul> </nav> </div> </header> <section id="NavigationAndMainView"> <div class="inner"> <div class="subview"> <nav id="TableOfContents" class="internal-link"> </nav> </div> <section id="MainContentView" class="mainview"> <header class="header"> <nav class="breadcrumb-view"> <ul> <li> <a href="https://www.ddbj.nig.ac.jp/index.html">ホーム</a> </li> <li> <a href="https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/index.html">ddbj</a> </li> <li><a>Location の記述法</a></li> </ul> </nav> <h1 class="title">Location の記述法</h1> </header> <main class="md-content"> <h2 id="location-の記述法">Location の記述法</h2> <p>INSDC では、配列上の Feature の位置情報 (以下、Location) を以下のルールで記述しています。</p> <table> <thead> <tr> <th>Location記述例</th> <th>意味</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td>340..565</td> <td>登録配列の340番目から565番目までの連続した領域</td> </tr> <tr> <td>complement(261..457)</td> <td>登録配列の261番目から457番目までの連続した相補鎖の領域</td> </tr> <tr> <td><345..500</td> <td>登録配列には、そのFeatureの開始点が含まれない。あるいは、345番目の塩基より5’側に関して、そのFeatureの正確な開始点が不明である。</td> </tr> <tr> <td>345..>500</td> <td>登録配列には、そのFeatureの終了点が含まれない。あるいは、500番目の塩基より3’側に関して、そのFeatureの正確な終了点が不明である。</td> </tr> <tr> <td><345..>500</td> <td>登録配列には、そのFeatureの開始点、終了点が共に含まれない。あるいは、345番目の塩基より5’側と500番目の塩基より3’側に関して、そのFeatureの正確な開始点、終了点が共に不明である。</td> </tr> <tr> <td>join(12..78,134..202)</td> <td>登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な領域</td> </tr> <tr> <td>complement(join(12..78,134..202))</td> <td>登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な相補鎖の領域</td> </tr> <tr> <td>467</td> <td>登録配列の467番目の塩基</td> </tr> <tr> <td>123^124</td> <td>登録配列の123番目と124番目の間</td> </tr> </tbody> </table> <p>以下の Location の記述法は、<a href="/ddbj/web-submission.html">塩基配列登録システム</a>では入力することができません。<br /> 塩基配列登録システムの”Submission Information”の入力欄にその旨を説明していただくか、<a href="mss.html">Mass Submission System</a>をご利用下さい。</p> <table> <thead> <tr> <th>Location記述例</th> <th>意味</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td>join(AB000000.1:100..202,134..222)</td> <td>関連するエントリーAB000000 (version 1) の配列の100番目から202番目までの領域，ならびに当該エントリーの134番目から222番目までの不連続な領域</td> </tr> </tbody> </table> <p>これらの Location 記述法を組み合わせることによって、これ以外の様々な位置情報を記述することができます。</p> <p>より詳しい Location の記述ルールに関する情報は、<a href="/ddbj/feature-table.html">Feature Table Definition</a>: <a href="/ddbj/feature-table.html#3.4">3.4 Location</a> をご参照ください。</p> </main> </section> </div> </section> </div> <footer></footer> <div id="back-top"></div> </body> </html>

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