CINXE.COM

<!DOCTYPE html> <html class="client-nojs vector-feature-language-in-header-enabled vector-feature-language-in-main-page-header-disabled vector-feature-sticky-header-disabled vector-feature-page-tools-pinned-disabled vector-feature-toc-pinned-clientpref-1 vector-feature-main-menu-pinned-disabled vector-feature-limited-width-clientpref-1 vector-feature-limited-width-content-enabled vector-feature-custom-font-size-clientpref-1 vector-feature-appearance-pinned-clientpref-1 vector-feature-night-mode-enabled skin-theme-clientpref-day vector-toc-available" lang="tr" dir="ltr"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Dizi hizalaması - Vikipedi</title> <script>(function(){var className="client-js vector-feature-language-in-header-enabled vector-feature-language-in-main-page-header-disabled vector-feature-sticky-header-disabled vector-feature-page-tools-pinned-disabled vector-feature-toc-pinned-clientpref-1 vector-feature-main-menu-pinned-disabled vector-feature-limited-width-clientpref-1 vector-feature-limited-width-content-enabled vector-feature-custom-font-size-clientpref-1 vector-feature-appearance-pinned-clientpref-1 vector-feature-night-mode-enabled skin-theme-clientpref-day vector-toc-available";var cookie=document.cookie.match(/(?:^|; )trwikimwclientpreferences=([^;]+)/);if(cookie){cookie[1].split('%2C').forEach(function(pref){className=className.replace(new RegExp('(^| )'+pref.replace(/-clientpref-\w+$|[^\w-]+/g,'')+'-clientpref-\\w+( |$)'),'$1'+pref+'$2');});}document.documentElement.className=className;}());RLCONF={"wgBreakFrames":false,"wgSeparatorTransformTable":[",\t.",".\t,"],"wgDigitTransformTable":["",""], "wgDefaultDateFormat":"dmy","wgMonthNames":["","Ocak","Şubat","Mart","Nisan","Mayıs","Haziran","Temmuz","Ağustos","Eylül","Ekim","Kasım","Aralık"],"wgRequestId":"c0096b8c-c87c-4064-9d97-eed0327642a8","wgCanonicalNamespace":"","wgCanonicalSpecialPageName":false,"wgNamespaceNumber":0,"wgPageName":"Dizi_hizalaması","wgTitle":"Dizi hizalaması","wgCurRevisionId":32595691,"wgRevisionId":32595691,"wgArticleId":1142457,"wgIsArticle":true,"wgIsRedirect":false,"wgAction":"view","wgUserName":null,"wgUserGroups":["*"],"wgCategories":["Kaynak gösterme hatası bulunan maddeler","KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi","Ölü dış bağlantıları olan maddeler","KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı","Webarşiv şablonu wayback bağlantıları","Kırmızı bağlantıya sahip ana madde şablonu içeren maddeler","LCCN tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri","NLI tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri","Biyoenformatik","Berimsel filogenetik"],"wgPageViewLanguage":"tr", "wgPageContentLanguage":"tr","wgPageContentModel":"wikitext","wgRelevantPageName":"Dizi_hizalaması","wgRelevantArticleId":1142457,"wgIsProbablyEditable":true,"wgRelevantPageIsProbablyEditable":true,"wgRestrictionEdit":[],"wgRestrictionMove":[],"wgNoticeProject":"wikipedia","wgCiteReferencePreviewsActive":false,"wgFlaggedRevsParams":{"tags":{"accuracy":{"levels":2}}},"wgStableRevisionId":32595691,"wgMediaViewerOnClick":true,"wgMediaViewerEnabledByDefault":true,"wgPopupsFlags":0,"wgVisualEditor":{"pageLanguageCode":"tr","pageLanguageDir":"ltr","pageVariantFallbacks":"tr"},"wgMFDisplayWikibaseDescriptions":{"search":true,"watchlist":true,"tagline":true,"nearby":true},"wgWMESchemaEditAttemptStepOversample":false,"wgWMEPageLength":50000,"wgRelatedArticlesCompat":[],"wgCentralAuthMobileDomain":false,"wgEditSubmitButtonLabelPublish":true,"wgULSPosition":"interlanguage","wgULSisCompactLinksEnabled":false,"wgVector2022LanguageInHeader":true,"wgULSisLanguageSelectorEmpty":false, "wgWikibaseItemId":"Q827246","wgCheckUserClientHintsHeadersJsApi":["brands","architecture","bitness","fullVersionList","mobile","model","platform","platformVersion"],"GEHomepageSuggestedEditsEnableTopics":true,"wgGETopicsMatchModeEnabled":true,"wgGEStructuredTaskRejectionReasonTextInputEnabled":false,"wgGELevelingUpEnabledForUser":false};RLSTATE={"ext.globalCssJs.user.styles":"ready","site.styles":"ready","user.styles":"ready","ext.globalCssJs.user":"ready","user":"ready","user.options":"loading","ext.cite.styles":"ready","skins.vector.search.codex.styles":"ready","skins.vector.styles":"ready","skins.vector.icons":"ready","ext.flaggedRevs.basic":"ready","mediawiki.codex.messagebox.styles":"ready","ext.wikimediamessages.styles":"ready","ext.visualEditor.desktopArticleTarget.noscript":"ready","ext.uls.interlanguage":"ready","wikibase.client.init":"ready","ext.wikimediaBadges":"ready"};RLPAGEMODULES=["ext.cite.ux-enhancements","mediawiki.page.media","site","mediawiki.page.ready", "mediawiki.toc","skins.vector.js","ext.centralNotice.geoIP","ext.centralNotice.startUp","ext.flaggedRevs.advanced","ext.gadget.charinsert","ext.gadget.extra-toolbar-buttons","ext.gadget.HizliBilgi","ext.gadget.OpenStreetMap","ext.gadget.switcher","ext.gadget.ReferenceTooltips","ext.urlShortener.toolbar","ext.centralauth.centralautologin","mmv.bootstrap","ext.popups","ext.visualEditor.desktopArticleTarget.init","ext.visualEditor.targetLoader","ext.echo.centralauth","ext.eventLogging","ext.wikimediaEvents","ext.navigationTiming","ext.uls.interface","ext.cx.eventlogging.campaigns","ext.cx.uls.quick.actions","wikibase.client.vector-2022","ext.checkUser.clientHints","ext.growthExperiments.SuggestedEditSession","wikibase.sidebar.tracking"];</script> <script>(RLQ=window.RLQ||[]).push(function(){mw.loader.impl(function(){return["user.options@12s5i",function($,jQuery,require,module){mw.user.tokens.set({"patrolToken":"+\\","watchToken":"+\\","csrfToken":"+\\"}); }];});});</script> <link rel="stylesheet" href="/w/load.php?lang=tr&modules=ext.cite.styles%7Cext.flaggedRevs.basic%7Cext.uls.interlanguage%7Cext.visualEditor.desktopArticleTarget.noscript%7Cext.wikimediaBadges%7Cext.wikimediamessages.styles%7Cmediawiki.codex.messagebox.styles%7Cskins.vector.icons%2Cstyles%7Cskins.vector.search.codex.styles%7Cwikibase.client.init&only=styles&skin=vector-2022"> <script async="" src="/w/load.php?lang=tr&modules=startup&only=scripts&raw=1&skin=vector-2022"></script> <meta name="ResourceLoaderDynamicStyles" content=""> <link rel="stylesheet" href="/w/load.php?lang=tr&modules=site.styles&only=styles&skin=vector-2022"> <meta name="generator" content="MediaWiki 1.44.0-wmf.4"> <meta name="referrer" content="origin"> <meta name="referrer" content="origin-when-cross-origin"> <meta name="robots" content="max-image-preview:standard"> <meta name="format-detection" content="telephone=no"> <meta name="viewport" content="width=1120"> <meta property="og:title" content="Dizi hizalaması - Vikipedi"> <meta property="og:type" content="website"> <link rel="preconnect" href="//upload.wikimedia.org"> <link rel="alternate" media="only screen and (max-width: 640px)" href="//tr.m.wikipedia.org/wiki/Dizi_hizalamas%C4%B1"> <link rel="alternate" type="application/x-wiki" title="Değiştir" href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit"> <link rel="apple-touch-icon" href="/static/apple-touch/wikipedia.png"> <link rel="icon" href="/static/favicon/wikipedia.ico"> <link rel="search" type="application/opensearchdescription+xml" href="/w/rest.php/v1/search" title="Vikipedi (tr)"> <link rel="EditURI" type="application/rsd+xml" href="//tr.wikipedia.org/w/api.php?action=rsd"> <link rel="canonical" href="https://tr.wikipedia.org/wiki/Dizi_hizalamas%C4%B1"> <link rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.tr"> <link rel="alternate" type="application/atom+xml" title="Vikipedi Atom beslemesi" href="/w/index.php?title=%C3%96zel:SonDe%C4%9Fi%C5%9Fiklikler&feed=atom"> <link rel="dns-prefetch" href="//meta.wikimedia.org" /> <link rel="dns-prefetch" href="//login.wikimedia.org"> </head> <body class="skin--responsive skin-vector skin-vector-search-vue mediawiki ltr sitedir-ltr mw-hide-empty-elt ns-0 ns-subject mw-editable page-Dizi_hizalaması rootpage-Dizi_hizalaması skin-vector-2022 action-view"><a class="mw-jump-link" href="#bodyContent">İçeriğe atla</a> <div class="vector-header-container"> <header class="vector-header mw-header"> <div class="vector-header-start"> <nav class="vector-main-menu-landmark" aria-label="Site"> <div id="vector-main-menu-dropdown" class="vector-dropdown vector-main-menu-dropdown vector-button-flush-left vector-button-flush-right" > <input type="checkbox" id="vector-main-menu-dropdown-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-main-menu-dropdown" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Ana menü" > <label id="vector-main-menu-dropdown-label" for="vector-main-menu-dropdown-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-menu mw-ui-icon-wikimedia-menu"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">Ana menü</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-main-menu-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> <div id="vector-main-menu" class="vector-main-menu vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-main-menu-pinnable-header vector-pinnable-header-unpinned" data-feature-name="main-menu-pinned" data-pinnable-element-id="vector-main-menu" data-pinned-container-id="vector-main-menu-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-main-menu-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">Ana menü</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-main-menu.pin">kenar çubuğuna taşı</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-main-menu.unpin">gizle</button> </div> <div id="p-navigation" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-navigation" > <div class="vector-menu-heading"> Gezinti </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="n-mainpage-description" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Anasayfa" title="Anasayfayı ziyaret et [z]" accesskey="z"><span>Anasayfa</span></a></li><li id="n-Hakkımızda" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:Hakk%C4%B1nda"><span>Hakkımızda</span></a></li><li id="n-İçindekiler" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:G%C3%B6z_at"><span>İçindekiler</span></a></li><li id="n-randompage" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:Rastgele" title="Rastgele bir sayfaya gidin [x]" accesskey="x"><span>Rastgele madde</span></a></li><li id="n-Seçkin-içerik" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:Se%C3%A7kin_i%C3%A7erik"><span>Seçkin içerik</span></a></li><li id="n-Yakınımdakiler" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:Yak%C4%B1n%C4%B1mdakiler"><span>Yakınımdakiler</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-Katılım" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-Katılım" > <div class="vector-menu-heading"> Katılım </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="n-sandbox" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:Deneme_tahtas%C4%B1"><span>Deneme tahtası</span></a></li><li id="n-currentevents" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:K%C3%B6y_%C3%A7e%C5%9Fmesi" title="Güncel olaylarla ilgili son bilgiler"><span>Köy çeşmesi</span></a></li><li id="n-recentchanges" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:SonDe%C4%9Fi%C5%9Fiklikler" title="Vikide yapılmış son değişikliklerin listesi [r]" accesskey="r"><span>Son değişiklikler</span></a></li><li id="n-upload" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:Y%C3%BCkle"><span>Dosya yükle</span></a></li><li id="n-portal" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Vikipedi:Topluluk_portali" title="Proje hakkında, neler yapabilirsiniz, ne nerededir"><span>Topluluk portali</span></a></li><li id="n-shop-text" class="mw-list-item"><a href="//shop.wikimedia.org"><span>Wikimedia dükkânı</span></a></li><li id="n-help" class="mw-list-item"><a href="/wiki/Yard%C4%B1m:%C4%B0%C3%A7indekiler" title="Yardım almak için"><span>Yardım</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </div> </div> </nav> <a href="/wiki/Anasayfa" class="mw-logo"> <img class="mw-logo-icon" src="/static/images/icons/wikipedia.png" alt="" aria-hidden="true" height="50" width="50"> <span class="mw-logo-container skin-invert"> <img class="mw-logo-wordmark" alt="Vikipedi" src="/static/images/mobile/copyright/wikipedia-wordmark-tr.svg" style="width: 6.6875em; height: 1.125em;"> <img class="mw-logo-tagline" alt="Özgür Ansiklopedi" src="/static/images/mobile/copyright/wikipedia-tagline-tr.svg" width="104" height="13" style="width: 6.5em; height: 0.8125em;"> </span> </a> </div> <div class="vector-header-end"> <div id="p-search" role="search" class="vector-search-box-vue vector-search-box-collapses vector-search-box-show-thumbnail vector-search-box-auto-expand-width vector-search-box"> <a href="/wiki/%C3%96zel:Ara" class="cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only search-toggle" title="Vikipedi içinde ara [f]" accesskey="f"><span class="vector-icon mw-ui-icon-search mw-ui-icon-wikimedia-search"></span> <span>Ara</span> </a> <div class="vector-typeahead-search-container"> <div class="cdx-typeahead-search cdx-typeahead-search--show-thumbnail cdx-typeahead-search--auto-expand-width"> <form action="/w/index.php" id="searchform" class="cdx-search-input cdx-search-input--has-end-button"> <div id="simpleSearch" class="cdx-search-input__input-wrapper" data-search-loc="header-moved"> <div class="cdx-text-input cdx-text-input--has-start-icon"> <input class="cdx-text-input__input" type="search" name="search" placeholder="Vikipedi üzerinde ara" aria-label="Vikipedi üzerinde ara" autocapitalize="sentences" title="Vikipedi içinde ara [f]" accesskey="f" id="searchInput" > <span class="cdx-text-input__icon cdx-text-input__start-icon"></span> </div> <input type="hidden" name="title" value="Özel:Ara"> </div> <button class="cdx-button cdx-search-input__end-button">Ara</button> </form> </div> </div> </div> <nav class="vector-user-links vector-user-links-wide" aria-label="Kişisel araçlar"> <div class="vector-user-links-main"> <div id="p-vector-user-menu-preferences" class="vector-menu mw-portlet emptyPortlet" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> </ul> </div> </div> <div id="p-vector-user-menu-userpage" class="vector-menu mw-portlet emptyPortlet" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> </ul> </div> </div> <nav class="vector-appearance-landmark" aria-label="Görünüm"> <div id="vector-appearance-dropdown" class="vector-dropdown " title="Sayfanın yazı tipi boyutunun, genişliğinin ve renginin görünümünü değiştirin" > <input type="checkbox" id="vector-appearance-dropdown-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-appearance-dropdown" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Görünüm" > <label id="vector-appearance-dropdown-label" for="vector-appearance-dropdown-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-appearance mw-ui-icon-wikimedia-appearance"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">Görünüm</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-appearance-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> </div> </div> </div> </nav> <div id="p-vector-user-menu-notifications" class="vector-menu mw-portlet emptyPortlet" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> </ul> </div> </div> <div id="p-vector-user-menu-overflow" class="vector-menu mw-portlet" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="pt-sitesupport-2" class="user-links-collapsible-item mw-list-item user-links-collapsible-item"><a data-mw="interface" href="//donate.wikimedia.org/wiki/Special:FundraiserRedirector?utm_source=donate&utm_medium=sidebar&utm_campaign=C13_tr.wikipedia.org&uselang=tr" class=""><span>Bağış yapın</span></a> </li> <li id="pt-createaccount-2" class="user-links-collapsible-item mw-list-item user-links-collapsible-item"><a data-mw="interface" href="/w/index.php?title=%C3%96zel:HesapOlu%C5%9Ftur&returnto=Dizi+hizalamas%C4%B1" title="Bir hesap oluşturup oturum açmanız tavsiye edilmektedir ancak bu zorunlu değildir" class=""><span>Hesap oluştur</span></a> </li> <li id="pt-login-2" class="user-links-collapsible-item mw-list-item user-links-collapsible-item"><a data-mw="interface" href="/w/index.php?title=%C3%96zel:Kullan%C4%B1c%C4%B1OturumuA%C3%A7ma&returnto=Dizi+hizalamas%C4%B1" title="Oturum açmanız tavsiye edilmektedir; ancak bu zorunlu değildir [o]" accesskey="o" class=""><span>Oturum aç</span></a> </li> </ul> </div> </div> </div> <div id="vector-user-links-dropdown" class="vector-dropdown vector-user-menu vector-button-flush-right vector-user-menu-logged-out" title="Daha fazla seçenek" > <input type="checkbox" id="vector-user-links-dropdown-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-user-links-dropdown" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Kişisel araçlar" > <label id="vector-user-links-dropdown-label" for="vector-user-links-dropdown-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-ellipsis mw-ui-icon-wikimedia-ellipsis"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">Kişisel araçlar</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="p-personal" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-personal user-links-collapsible-item" title="Kullanıcı menüsü" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="pt-sitesupport" class="user-links-collapsible-item mw-list-item"><a href="//donate.wikimedia.org/wiki/Special:FundraiserRedirector?utm_source=donate&utm_medium=sidebar&utm_campaign=C13_tr.wikipedia.org&uselang=tr"><span>Bağış yapın</span></a></li><li id="pt-createaccount" class="user-links-collapsible-item mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:HesapOlu%C5%9Ftur&returnto=Dizi+hizalamas%C4%B1" title="Bir hesap oluşturup oturum açmanız tavsiye edilmektedir ancak bu zorunlu değildir"><span class="vector-icon mw-ui-icon-userAdd mw-ui-icon-wikimedia-userAdd"></span> <span>Hesap oluştur</span></a></li><li id="pt-login" class="user-links-collapsible-item mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:Kullan%C4%B1c%C4%B1OturumuA%C3%A7ma&returnto=Dizi+hizalamas%C4%B1" title="Oturum açmanız tavsiye edilmektedir; ancak bu zorunlu değildir [o]" accesskey="o"><span class="vector-icon mw-ui-icon-logIn mw-ui-icon-wikimedia-logIn"></span> <span>Oturum aç</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-user-menu-anon-editor" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-user-menu-anon-editor" > <div class="vector-menu-heading"> Çıkış yapmış editörler için sayfalar <a href="/wiki/Yard%C4%B1m:Giri%C5%9F" aria-label="Değişiklik yapma hakkında daha fazla bilgi edinin"><span>daha fazla bilgi</span></a> </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="pt-anoncontribs" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:Katk%C4%B1lar%C4%B1m" title="Bu IP adresinden yapılmış değişiklikler listesi [y]" accesskey="y"><span>Katkılar</span></a></li><li id="pt-anontalk" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:MesajSayfam" title="Bu IP adresindeki düzenlemeler hakkında tartışma [n]" accesskey="n"><span>Mesaj</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </header> </div> <div class="mw-page-container"> <div class="mw-page-container-inner"> <div class="vector-sitenotice-container"> <div id="siteNotice"></div> </div> <div class="vector-column-start"> <div class="vector-main-menu-container"> <div id="mw-navigation"> <nav id="mw-panel" class="vector-main-menu-landmark" aria-label="Site"> <div id="vector-main-menu-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> </div> </div> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav id="mw-panel-toc" aria-label="İçindekiler" data-event-name="ui.sidebar-toc" class="mw-table-of-contents-container vector-toc-landmark"> <div id="vector-toc-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-toc" class="vector-toc vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-toc-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="toc-pinned" data-pinnable-element-id="vector-toc" > <h2 class="vector-pinnable-header-label">İçindekiler</h2> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.pin">kenar çubuğuna taşı</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.unpin">gizle</button> </div> <ul class="vector-toc-contents" id="mw-panel-toc-list"> <li id="toc-mw-content-text" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a href="#" class="vector-toc-link"> <div class="vector-toc-text">Giriş</div> </a> </li> <li id="toc-Yorumlama" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Yorumlama"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1</span> <span>Yorumlama</span> </div> </a> <ul id="toc-Yorumlama-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Hizalama_yöntemleri" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Hizalama_yöntemleri"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2</span> <span>Hizalama yöntemleri</span> </div> </a> <ul id="toc-Hizalama_yöntemleri-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Temsil_biçimleri" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Temsil_biçimleri"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">3</span> <span>Temsil biçimleri</span> </div> </a> <ul id="toc-Temsil_biçimleri-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Global_ve_lokal_hizalamalar" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Global_ve_lokal_hizalamalar"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">4</span> <span>Global ve lokal hizalamalar</span> </div> </a> <ul id="toc-Global_ve_lokal_hizalamalar-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-İkili_hizalama" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#İkili_hizalama"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">5</span> <span>İkili hizalama</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-İkili_hizalama-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>İkili hizalama alt bölümünü aç/kapa</span> </button> <ul id="toc-İkili_hizalama-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-Nokta_matris_yöntemleri" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Nokta_matris_yöntemleri"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">5.1</span> <span>Nokta matris yöntemleri</span> </div> </a> <ul id="toc-Nokta_matris_yöntemleri-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Dinamik_programlama" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Dinamik_programlama"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">5.2</span> <span>Dinamik programlama</span> </div> </a> <ul id="toc-Dinamik_programlama-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-Sözcük_yöntemleri" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Sözcük_yöntemleri"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">6</span> <span>Sözcük yöntemleri</span> </div> </a> <ul id="toc-Sözcük_yöntemleri-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Çoklu_dizi_hizalaması" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Çoklu_dizi_hizalaması"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7</span> <span>Çoklu dizi hizalaması</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-Çoklu_dizi_hizalaması-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>Çoklu dizi hizalaması alt bölümünü aç/kapa</span> </button> <ul id="toc-Çoklu_dizi_hizalaması-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-Dinamik_programlama_2" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Dinamik_programlama_2"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7.1</span> <span>Dinamik programlama</span> </div> </a> <ul id="toc-Dinamik_programlama_2-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-İlerlemeci_yöntemler" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#İlerlemeci_yöntemler"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7.2</span> <span>İlerlemeci yöntemler</span> </div> </a> <ul id="toc-İlerlemeci_yöntemler-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Tekrarlayıcı_yöntemler" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Tekrarlayıcı_yöntemler"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7.3</span> <span>Tekrarlayıcı yöntemler</span> </div> </a> <ul id="toc-Tekrarlayıcı_yöntemler-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Motif_keşfi" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Motif_keşfi"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7.4</span> <span>Motif keşfi</span> </div> </a> <ul id="toc-Motif_keşfi-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Bilgisayar_biliminde_esinlenmiş_yöntemler" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Bilgisayar_biliminde_esinlenmiş_yöntemler"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7.5</span> <span>Bilgisayar biliminde esinlenmiş yöntemler</span> </div> </a> <ul id="toc-Bilgisayar_biliminde_esinlenmiş_yöntemler-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-Yapısal_hizalama" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Yapısal_hizalama"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">8</span> <span>Yapısal hizalama</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-Yapısal_hizalama-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>Yapısal hizalama alt bölümünü aç/kapa</span> </button> <ul id="toc-Yapısal_hizalama-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-DALI" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#DALI"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">8.1</span> <span>DALI</span> </div> </a> <ul id="toc-DALI-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-SSAP" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#SSAP"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">8.2</span> <span>SSAP</span> </div> </a> <ul id="toc-SSAP-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Kombinatoryal_uzatma" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Kombinatoryal_uzatma"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">8.3</span> <span>Kombinatoryal uzatma</span> </div> </a> <ul id="toc-Kombinatoryal_uzatma-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-Filogenetik_analiz" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Filogenetik_analiz"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">9</span> <span>Filogenetik analiz</span> </div> </a> <ul id="toc-Filogenetik_analiz-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Anlamlılık_tayini" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Anlamlılık_tayini"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">10</span> <span>Anlamlılık tayini</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-Anlamlılık_tayini-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>Anlamlılık tayini alt bölümünü aç/kapa</span> </button> <ul id="toc-Anlamlılık_tayini-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-İnanılırlık_tayini" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#İnanılırlık_tayini"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">10.1</span> <span>İnanılırlık tayini</span> </div> </a> <ul id="toc-İnanılırlık_tayini-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Skor_fonksiyonları" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#Skor_fonksiyonları"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">10.2</span> <span>Skor fonksiyonları</span> </div> </a> <ul id="toc-Skor_fonksiyonları-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-Diğer_biyolojik_uygulamalar" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Diğer_biyolojik_uygulamalar"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11</span> <span>Diğer biyolojik uygulamalar</span> </div> </a> <ul id="toc-Diğer_biyolojik_uygulamalar-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Biyolojik_olmayan_uygulamalar" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Biyolojik_olmayan_uygulamalar"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">12</span> <span>Biyolojik olmayan uygulamalar</span> </div> </a> <ul id="toc-Biyolojik_olmayan_uygulamalar-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Yazılım" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Yazılım"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">13</span> <span>Yazılım</span> </div> </a> <ul id="toc-Yazılım-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-Kaynakça" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1 vector-toc-list-item-expanded"> <a class="vector-toc-link" href="#Kaynakça"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">14</span> <span>Kaynakça</span> </div> </a> <ul id="toc-Kaynakça-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </div> </div> </nav> </div> </div> <div class="mw-content-container"> <main id="content" class="mw-body"> <header class="mw-body-header vector-page-titlebar"> <nav aria-label="İçindekiler" class="vector-toc-landmark"> <div id="vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown vector-page-titlebar-toc vector-button-flush-left" > <input type="checkbox" id="vector-page-titlebar-toc-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="İçindekiler tablosunu değiştir" > <label id="vector-page-titlebar-toc-label" for="vector-page-titlebar-toc-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only " aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-listBullet mw-ui-icon-wikimedia-listBullet"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">İçindekiler tablosunu değiştir</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-page-titlebar-toc-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> </div> </div> </div> </nav> <h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">Dizi hizalaması</span></h1> <div id="p-lang-btn" class="vector-dropdown mw-portlet mw-portlet-lang" > <input type="checkbox" id="p-lang-btn-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-p-lang-btn" class="vector-dropdown-checkbox mw-interlanguage-selector" aria-label="Başka bir dildeki sayfaya gidin. 30 dilde mevcut" > <label id="p-lang-btn-label" for="p-lang-btn-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet cdx-button--action-progressive mw-portlet-lang-heading-30" aria-hidden="true" ><span class="vector-icon mw-ui-icon-language-progressive mw-ui-icon-wikimedia-language-progressive"></span> <span class="vector-dropdown-label-text">30 dil</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li class="interlanguage-link interwiki-ar mw-list-item"><a href="https://ar.wikipedia.org/wiki/%D8%AA%D8%B1%D8%A7%D8%B5%D9%81_%D8%AA%D8%B3%D9%84%D8%B3%D9%84%D9%8A" title="تراصف تسلسلي - Arapça" lang="ar" hreflang="ar" data-title="تراصف تسلسلي" data-language-autonym="العربية" data-language-local-name="Arapça" class="interlanguage-link-target"><span>العربية</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ast badge-Q17437796 badge-featuredarticle mw-list-item" title="seçkin madde"><a href="https://ast.wikipedia.org/wiki/Alliniadura_de_secuencies" title="Alliniadura de secuencies - Asturyasça" lang="ast" hreflang="ast" data-title="Alliniadura de secuencies" data-language-autonym="Asturianu" data-language-local-name="Asturyasça" class="interlanguage-link-target"><span>Asturianu</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-bs mw-list-item"><a href="https://bs.wikipedia.org/wiki/Poravnanje_sekvenci" title="Poravnanje sekvenci - Boşnakça" lang="bs" hreflang="bs" data-title="Poravnanje sekvenci" data-language-autonym="Bosanski" data-language-local-name="Boşnakça" class="interlanguage-link-target"><span>Bosanski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ca mw-list-item"><a href="https://ca.wikipedia.org/wiki/Alineament_de_seq%C3%BC%C3%A8ncies" title="Alineament de seqüències - Katalanca" lang="ca" hreflang="ca" data-title="Alineament de seqüències" data-language-autonym="Català" data-language-local-name="Katalanca" class="interlanguage-link-target"><span>Català</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-cs mw-list-item"><a href="https://cs.wikipedia.org/wiki/Alignment_(biologie)" title="Alignment (biologie) - Çekçe" lang="cs" hreflang="cs" data-title="Alignment (biologie)" data-language-autonym="Čeština" data-language-local-name="Çekçe" class="interlanguage-link-target"><span>Čeština</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-de mw-list-item"><a href="https://de.wikipedia.org/wiki/Sequenzalignment" title="Sequenzalignment - Almanca" lang="de" hreflang="de" data-title="Sequenzalignment" data-language-autonym="Deutsch" data-language-local-name="Almanca" class="interlanguage-link-target"><span>Deutsch</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-el mw-list-item"><a href="https://el.wikipedia.org/wiki/%CE%A3%CF%84%CE%BF%CE%AF%CF%87%CE%B9%CF%83%CE%B7_%CE%B1%CE%BA%CE%BF%CE%BB%CE%BF%CF%85%CE%B8%CE%B9%CF%8E%CE%BD" title="Στοίχιση ακολουθιών - Yunanca" lang="el" hreflang="el" data-title="Στοίχιση ακολουθιών" data-language-autonym="Ελληνικά" data-language-local-name="Yunanca" class="interlanguage-link-target"><span>Ελληνικά</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-en mw-list-item"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment" title="Sequence alignment - İngilizce" lang="en" hreflang="en" data-title="Sequence alignment" data-language-autonym="English" data-language-local-name="İngilizce" class="interlanguage-link-target"><span>English</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-es badge-Q17437796 badge-featuredarticle mw-list-item" title="seçkin madde"><a href="https://es.wikipedia.org/wiki/Alineamiento_de_secuencias" title="Alineamiento de secuencias - İspanyolca" lang="es" hreflang="es" data-title="Alineamiento de secuencias" data-language-autonym="Español" data-language-local-name="İspanyolca" class="interlanguage-link-target"><span>Español</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-eu mw-list-item"><a href="https://eu.wikipedia.org/wiki/Sekuentzien_lerrokatze" title="Sekuentzien lerrokatze - Baskça" lang="eu" hreflang="eu" data-title="Sekuentzien lerrokatze" data-language-autonym="Euskara" data-language-local-name="Baskça" class="interlanguage-link-target"><span>Euskara</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fa mw-list-item"><a href="https://fa.wikipedia.org/wiki/%D9%87%D9%85%E2%80%8C%D8%AA%D8%B1%D8%A7%D8%B2%D8%B3%D8%A7%D8%B2%DB%8C_%D8%AA%D9%88%D8%A7%D9%84%DB%8C" title="هم‌ترازسازی توالی - Farsça" lang="fa" hreflang="fa" data-title="هم‌ترازسازی توالی" data-language-autonym="فارسی" data-language-local-name="Farsça" class="interlanguage-link-target"><span>فارسی</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-fr mw-list-item"><a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Alignement_de_s%C3%A9quences" title="Alignement de séquences - Fransızca" lang="fr" hreflang="fr" data-title="Alignement de séquences" data-language-autonym="Français" data-language-local-name="Fransızca" class="interlanguage-link-target"><span>Français</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-gl mw-list-item"><a href="https://gl.wikipedia.org/wiki/Ali%C3%B1amento_de_secuencias" title="Aliñamento de secuencias - Galiçyaca" lang="gl" hreflang="gl" data-title="Aliñamento de secuencias" data-language-autonym="Galego" data-language-local-name="Galiçyaca" class="interlanguage-link-target"><span>Galego</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-he mw-list-item"><a href="https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A2%D7%99%D7%9E%D7%95%D7%93_%D7%A8%D7%A6%D7%A4%D7%99%D7%9D" title="עימוד רצפים - İbranice" lang="he" hreflang="he" data-title="עימוד רצפים" data-language-autonym="עברית" data-language-local-name="İbranice" class="interlanguage-link-target"><span>עברית</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-it mw-list-item"><a href="https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze" title="Allineamento di sequenze - İtalyanca" lang="it" hreflang="it" data-title="Allineamento di sequenze" data-language-autonym="İtaliano" data-language-local-name="İtalyanca" class="interlanguage-link-target"><span>İtaliano</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ja mw-list-item"><a href="https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88" title="シーケンスアラインメント - Japonca" lang="ja" hreflang="ja" data-title="シーケンスアラインメント" data-language-autonym="日本語" data-language-local-name="Japonca" class="interlanguage-link-target"><span>日本語</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ko mw-list-item"><a href="https://ko.wikipedia.org/wiki/%EC%84%9C%EC%97%B4_%EC%A0%95%EB%A0%AC" title="서열 정렬 - Korece" lang="ko" hreflang="ko" data-title="서열 정렬" data-language-autonym="한국어" data-language-local-name="Korece" class="interlanguage-link-target"><span>한국어</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-mk mw-list-item"><a href="https://mk.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BE%D1%80%D0%B0%D0%BC%D0%BD%D1%83%D0%B2%D0%B0%D1%9A%D0%B5_%D0%BD%D0%B0_%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%B8" title="Порамнување на низи - Makedonca" lang="mk" hreflang="mk" data-title="Порамнување на низи" data-language-autonym="Македонски" data-language-local-name="Makedonca" class="interlanguage-link-target"><span>Македонски</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-nl mw-list-item"><a href="https://nl.wikipedia.org/wiki/Sequentiealignering" title="Sequentiealignering - Felemenkçe" lang="nl" hreflang="nl" data-title="Sequentiealignering" data-language-autonym="Nederlands" data-language-local-name="Felemenkçe" class="interlanguage-link-target"><span>Nederlands</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-no mw-list-item"><a href="https://no.wikipedia.org/wiki/Sekvenssammenstilling" title="Sekvenssammenstilling - Norveççe Bokmål" lang="nb" hreflang="nb" data-title="Sekvenssammenstilling" data-language-autonym="Norsk bokmål" data-language-local-name="Norveççe Bokmål" class="interlanguage-link-target"><span>Norsk bokmål</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-oc mw-list-item"><a href="https://oc.wikipedia.org/wiki/Alinhament_de_sequ%C3%A9ncias" title="Alinhament de sequéncias - Oksitan dili" lang="oc" hreflang="oc" data-title="Alinhament de sequéncias" data-language-autonym="Occitan" data-language-local-name="Oksitan dili" class="interlanguage-link-target"><span>Occitan</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-pl mw-list-item"><a href="https://pl.wikipedia.org/wiki/Dopasowanie_sekwencji" title="Dopasowanie sekwencji - Lehçe" lang="pl" hreflang="pl" data-title="Dopasowanie sekwencji" data-language-autonym="Polski" data-language-local-name="Lehçe" class="interlanguage-link-target"><span>Polski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-pt mw-list-item"><a href="https://pt.wikipedia.org/wiki/Alinhamento_de_sequ%C3%AAncias" title="Alinhamento de sequências - Portekizce" lang="pt" hreflang="pt" data-title="Alinhamento de sequências" data-language-autonym="Português" data-language-local-name="Portekizce" class="interlanguage-link-target"><span>Português</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-ru badge-Q17559452 badge-recommendedarticle mw-list-item" title="önerilen madde"><a href="https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%92%D1%8B%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%BD%D0%B8%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%B9" title="Выравнивание последовательностей - Rusça" lang="ru" hreflang="ru" data-title="Выравнивание последовательностей" data-language-autonym="Русский" data-language-local-name="Rusça" class="interlanguage-link-target"><span>Русский</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-sh mw-list-item"><a href="https://sh.wikipedia.org/wiki/Poravnavanje_sekvenci" title="Poravnavanje sekvenci - Sırp-Hırvat Dili" lang="sh" hreflang="sh" data-title="Poravnavanje sekvenci" data-language-autonym="Srpskohrvatski / српскохрватски" data-language-local-name="Sırp-Hırvat Dili" class="interlanguage-link-target"><span>Srpskohrvatski / српскохрватски</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-sr mw-list-item"><a href="https://sr.wikipedia.org/wiki/Poravnavanje_sekvenci" title="Poravnavanje sekvenci - Sırpça" lang="sr" hreflang="sr" data-title="Poravnavanje sekvenci" data-language-autonym="Српски / srpski" data-language-local-name="Sırpça" class="interlanguage-link-target"><span>Српски / srpski</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-sv mw-list-item"><a href="https://sv.wikipedia.org/wiki/Linjering" title="Linjering - İsveççe" lang="sv" hreflang="sv" data-title="Linjering" data-language-autonym="Svenska" data-language-local-name="İsveççe" class="interlanguage-link-target"><span>Svenska</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-uk mw-list-item"><a href="https://uk.wikipedia.org/wiki/%D0%92%D0%B8%D1%80%D1%96%D0%B2%D0%BD%D1%8E%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8F_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D1%96%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%B9" title="Вирівнювання послідовностей - Ukraynaca" lang="uk" hreflang="uk" data-title="Вирівнювання послідовностей" data-language-autonym="Українська" data-language-local-name="Ukraynaca" class="interlanguage-link-target"><span>Українська</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-vi mw-list-item"><a href="https://vi.wikipedia.org/wiki/B%E1%BA%AFt_c%E1%BA%B7p_tr%C3%ACnh_t%E1%BB%B1" title="Bắt cặp trình tự - Vietnamca" lang="vi" hreflang="vi" data-title="Bắt cặp trình tự" data-language-autonym="Tiếng Việt" data-language-local-name="Vietnamca" class="interlanguage-link-target"><span>Tiếng Việt</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-zh mw-list-item"><a href="https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%BA%8F%E5%88%97%E6%AF%94%E5%B0%8D" title="序列比對 - Çince" lang="zh" hreflang="zh" data-title="序列比對" data-language-autonym="中文" data-language-local-name="Çince" class="interlanguage-link-target"><span>中文</span></a></li> </ul> <div class="after-portlet after-portlet-lang"><span class="wb-langlinks-edit wb-langlinks-link"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q827246#sitelinks-wikipedia" title="Dillerarası bağlantıları değiştir" class="wbc-editpage">Bağlantıları değiştir</a></span></div> </div> </div> </div> </header> <div class="vector-page-toolbar"> <div class="vector-page-toolbar-container"> <div id="left-navigation"> <nav aria-label="Ad alanları"> <div id="p-associated-pages" class="vector-menu vector-menu-tabs mw-portlet mw-portlet-associated-pages" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="ca-nstab-main" class="selected vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/wiki/Dizi_hizalamas%C4%B1" title="İçerik sayfasını göster [c]" accesskey="c"><span>Madde</span></a></li><li id="ca-talk" class="vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/wiki/Tart%C4%B1%C5%9Fma:Dizi_hizalamas%C4%B1" rel="discussion" title="İçerik ile ilgili tartışma [t]" accesskey="t"><span>Tartışma</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="vector-variants-dropdown" class="vector-dropdown emptyPortlet" > <input type="checkbox" id="vector-variants-dropdown-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-variants-dropdown" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Dil varyantını değiştir" > <label id="vector-variants-dropdown-label" for="vector-variants-dropdown-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet" aria-hidden="true" ><span class="vector-dropdown-label-text">Türkçe</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="p-variants" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-variants emptyPortlet" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> </ul> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> <div id="right-navigation" class="vector-collapsible"> <nav aria-label="Görünüm"> <div id="p-views" class="vector-menu vector-menu-tabs mw-portlet mw-portlet-views" > <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="ca-view" class="selected vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/wiki/Dizi_hizalamas%C4%B1"><span>Oku</span></a></li><li id="ca-ve-edit" class="vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit" title="Bu sayfayı değiştir [v]" accesskey="v"><span>Değiştir</span></a></li><li id="ca-edit" class="collapsible vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit" title="Bu sayfanın kaynak kodunu düzenleyin [e]" accesskey="e"><span>Kaynağı değiştir</span></a></li><li id="ca-history" class="vector-tab-noicon mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=history" title="Bu sayfanın geçmiş sürümleri [h]" accesskey="h"><span>Geçmişi gör</span></a></li> </ul> </div> </div> </nav> <nav class="vector-page-tools-landmark" aria-label="Sayfa araçları"> <div id="vector-page-tools-dropdown" class="vector-dropdown vector-page-tools-dropdown" > <input type="checkbox" id="vector-page-tools-dropdown-checkbox" role="button" aria-haspopup="true" data-event-name="ui.dropdown-vector-page-tools-dropdown" class="vector-dropdown-checkbox " aria-label="Araçlar" > <label id="vector-page-tools-dropdown-label" for="vector-page-tools-dropdown-checkbox" class="vector-dropdown-label cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--fake-button--enabled cdx-button--weight-quiet" aria-hidden="true" ><span class="vector-dropdown-label-text">Araçlar</span> </label> <div class="vector-dropdown-content"> <div id="vector-page-tools-unpinned-container" class="vector-unpinned-container"> <div id="vector-page-tools" class="vector-page-tools vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-page-tools-pinnable-header vector-pinnable-header-unpinned" data-feature-name="page-tools-pinned" data-pinnable-element-id="vector-page-tools" data-pinned-container-id="vector-page-tools-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-page-tools-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">Araçlar</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-page-tools.pin">kenar çubuğuna taşı</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-page-tools.unpin">gizle</button> </div> <div id="p-cactions" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-cactions emptyPortlet vector-has-collapsible-items" title="Daha fazla seçenek" > <div class="vector-menu-heading"> Eylemler </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="ca-more-view" class="selected vector-more-collapsible-item mw-list-item"><a href="/wiki/Dizi_hizalamas%C4%B1"><span>Oku</span></a></li><li id="ca-more-ve-edit" class="vector-more-collapsible-item mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit" title="Bu sayfayı değiştir [v]" accesskey="v"><span>Değiştir</span></a></li><li id="ca-more-edit" class="collapsible vector-more-collapsible-item mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit" title="Bu sayfanın kaynak kodunu düzenleyin [e]" accesskey="e"><span>Kaynağı değiştir</span></a></li><li id="ca-more-history" class="vector-more-collapsible-item mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=history"><span>Geçmişi gör</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-tb" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-tb" > <div class="vector-menu-heading"> Genel </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="t-whatlinkshere" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:SayfayaBa%C4%9Flant%C4%B1lar/Dizi_hizalamas%C4%B1" title="Bu sayfaya bağlantı vermiş tüm viki sayfalarının listesi [j]" accesskey="j"><span>Sayfaya bağlantılar</span></a></li><li id="t-recentchangeslinked" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:%C4%B0lgiliDe%C4%9Fi%C5%9Fiklikler/Dizi_hizalamas%C4%B1" rel="nofollow" title="Bu sayfadan bağlantı verilen sayfalardaki son değişiklikler [k]" accesskey="k"><span>İlgili değişiklikler</span></a></li><li id="t-specialpages" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%C3%96zel:%C3%96zelSayfalar" title="Tüm özel sayfaların listesi [q]" accesskey="q"><span>Özel sayfalar</span></a></li><li id="t-permalink" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&oldid=32595691" title="Bu sayfanın bu revizyonuna kalıcı bağlantı"><span>Kalıcı bağlantı</span></a></li><li id="t-info" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=info" title="Bu sayfa hakkında daha fazla bilgi"><span>Sayfa bilgisi</span></a></li><li id="t-cite" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:KaynakG%C3%B6ster&page=Dizi_hizalamas%C4%B1&id=32595691&wpFormIdentifier=titleform" title="Bu sayfadan nasıl kaynak göstereceği hakkında bilgi"><span>Bu sayfayı kaynak göster</span></a></li><li id="t-urlshortener" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:UrlShortener&url=https%3A%2F%2Ftr.wikipedia.org%2Fwiki%2FDizi_hizalamas%25C4%25B1"><span>Kısaltılmış URL'yi al</span></a></li><li id="t-urlshortener-qrcode" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:QrCode&url=https%3A%2F%2Ftr.wikipedia.org%2Fwiki%2FDizi_hizalamas%25C4%25B1"><span>Karekodu indir</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-coll-print_export" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-coll-print_export" > <div class="vector-menu-heading"> Yazdır/dışa aktar </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li id="coll-create_a_book" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:Kitap&bookcmd=book_creator&referer=Dizi+hizalamas%C4%B1"><span>Bir kitap oluştur</span></a></li><li id="coll-download-as-rl" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=%C3%96zel:DownloadAsPdf&page=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=show-download-screen"><span>PDF olarak indir</span></a></li><li id="t-print" class="mw-list-item"><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&printable=yes" title="Bu sayfanın basılmaya uygun sürümü [p]" accesskey="p"><span>Basılmaya uygun görünüm</span></a></li> </ul> </div> </div> <div id="p-wikibase-otherprojects" class="vector-menu mw-portlet mw-portlet-wikibase-otherprojects" > <div class="vector-menu-heading"> Diğer projelerde </div> <div class="vector-menu-content"> <ul class="vector-menu-content-list"> <li class="wb-otherproject-link wb-otherproject-commons mw-list-item"><a href="https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Sequence_alignment" hreflang="en"><span>Wikimedia Commons</span></a></li><li id="t-wikibase" class="wb-otherproject-link wb-otherproject-wikibase-dataitem mw-list-item"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q827246" title="Veri havuzundaki ilgili ögeye bağlantı [g]" accesskey="g"><span>Vikiveri ögesi</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> </div> <div class="vector-column-end"> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav class="vector-page-tools-landmark" aria-label="Sayfa araçları"> <div id="vector-page-tools-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> <nav class="vector-appearance-landmark" aria-label="Görünüm"> <div id="vector-appearance-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-appearance" class="vector-appearance vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-appearance-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="appearance-pinned" data-pinnable-element-id="vector-appearance" data-pinned-container-id="vector-appearance-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-appearance-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">Görünüm</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.pin">kenar çubuğuna taşı</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.unpin">gizle</button> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> <div id="bodyContent" class="vector-body" aria-labelledby="firstHeading" data-mw-ve-target-container> <div class="vector-body-before-content"> <div class="mw-indicators"> </div> <div id="siteSub" class="noprint">Vikipedi, özgür ansiklopedi</div> </div> <div id="contentSub"><div id="mw-content-subtitle"></div></div> <div id="mw-content-text" class="mw-body-content"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="tr" dir="ltr"><p><a href="/wiki/Biyoenformatik" title="Biyoenformatik">Biyoenformatikte</a> <b>dizi hizalaması</b>, <a href="/wiki/DNA" title="DNA">DNA</a>, <a href="/wiki/RNA" title="RNA">RNA</a> veya <a href="/wiki/Protein" title="Protein">protein</a> dizilerini düzenleyerek benzer bölgelerin tespit edilmesidir. Bu bölgelerin benzer olması, diziler arasında işlevsel, <a href="/wiki/Yap%C4%B1sal_biyoloji" title="Yapısal biyoloji">yapısal</a> veya <a href="/wiki/Evrim" title="Evrim">evrimsel</a> bir ilişki olduğu anlamına gelir.<sup id="cite_ref-mount_1-0" class="reference"><a href="#cite_note-mount-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Hizalanmış <a href="/wiki/N%C3%BCkleotit" title="Nükleotit">nükleotit</a> veya <a href="/wiki/Aminoasit" class="mw-redirect" title="Aminoasit">aminoasit</a> <a href="/w/index.php?title=Kal%C4%B1nt%C4%B1_(biyok%C4%B1mya)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Kalıntı (biyokımya) (sayfa mevcut değil)">kalıntı</a> dizileri tipik olarak bir matriksin satırları olarak gösterilir. <a href="/w/index.php?title=Kimyasal_kal%C4%B1nt%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Kimyasal kalıntı (sayfa mevcut değil)">Kimyasal kalıntıları</a> temsil eden harflerin arasına boşluklar konarak ardışık sütunlarda yer alan aynı veya benzer harflerin bir hizada olması (altalta gelmesi) sağlanır. </p> <figure class="mw-halign-center" typeof="mw:File/Frame"><a href="/wiki/Dosya:Zinc-finger-seq-alignment2.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/86/Zinc-finger-seq-alignment2.png" decoding="async" width="719" height="135" class="mw-file-element" data-file-width="719" data-file-height="135" /></a><figcaption><a href="/w/index.php?title=ClustalW&action=edit&redlink=1" class="new" title="ClustalW (sayfa mevcut değil)">ClustalW</a> ile elde edilmiş iki insan <a href="/w/index.php?title=%C3%87inko_parmak_proteini&action=edit&redlink=1" class="new" title="Çinko parmak proteini (sayfa mevcut değil)">çinko parmak proteininin</a> (soldaki <a href="/w/index.php?title=GenBank_eri%C5%9Fim_numaralar%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="GenBank erişim numaraları (sayfa mevcut değil)">GenBank erişim numaraları</a> ile tanımlanmış) dizi hizalaması. <br /> Anahtar: Tekli harfler: <a href="/wiki/Amino_asit#Table_of_standard_amino_acid_abbreviations_and_side_chain_properties" title="Amino asit">amino asitler</a>. Kırmızı: küçük, hidrofobik, aromatik, Y değil. Mavi: asidik. Magenta: bazik. Yeşil: hidroksil, amin, amit, bazik. Gri: diğerleri. "*": birbirinin aynı. ".": korunmuş substitusyonlar (aynı renk grubu). ":": yarı-korunmuş substitusyonlar (benzer şekiller).</figcaption></figure> <p>Dizi hizalaması biyolojik olmayan dizilerde, örneğin <a href="/wiki/Do%C4%9Fal_dil" title="Doğal dil">doğal dil</a> veya finansal verilerde de kullanılabilir. </p> <meta property="mw:PageProp/toc" /> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Yorumlama">Yorumlama</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=1" title="Değiştirilen bölüm: Yorumlama" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=1" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Yorumlama"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>İki dizi ortak bir ataya sahipse, hizalamada eşleşmeyen harfler, bu dizilerin birbirinden ıraksadığı zamandan beri meydana gelmiş noktasal mutasyonlar olarak yorumlanır. Hizalamadaki boşluklar ise insersiyon veya delesyonlar (indel) olarak yorumlanır. Proteinlerin dizi hizalamasında belli bir pozisyondaki amino asitlerin benzerlik derecesi, bu proteinler için belli bir bölge veya dizi motifininin ne kadar <a href="/w/index.php?title=Korunma_(genetik)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Korunma (genetik) (sayfa mevcut değil)">korunmuş</a> olduğunun kaba bir ölçütü olarak alınabilir. Dizinin belli bir bölgesinde substitusyonların olmaması veya sadece çok muhafazkar substitusyonların olması (yani benzer biyokimyasal özelliğe sahip amino asit substitusyonları), bu bölgenin yapısal veya işlevsel bir öneme sahip olduğunun bir belirtisi sayılır.<sup id="cite_ref-predict_2-0" class="reference"><a href="#cite_note-predict-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> DNA ve RNA bazları, proteinlerdeki aminoasitlerden daha çok birbirine benzese de, baz çiftlerinin korunması da benzer bir işlevsel veya yapısal önemi belirtebilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Hizalama_yöntemleri"><span id="Hizalama_y.C3.B6ntemleri"></span>Hizalama yöntemleri</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=2" title="Değiştirilen bölüm: Hizalama yöntemleri" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=2" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Hizalama yöntemleri"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Çok kısa veya çok benzer diziler elle hizalanabilir. Ancak, çoğu ilginç problem, insan eliyle yapılamıyacak kadar uzun, karmaşık veya çok sayıda dizinin hizalanmasını gerektirir. Böyle durumlarda, kaliteli dizi hizalamaları elde edebilmek için insan bilgisine dayanan algoritmalar kullanılır. Ender olarak bu algoritmalardan elde edilen sonuçlar, algoritmik olarak ifadesi zor olan durumlar için elle düzeltilebilir. Dizi hizalaması için kullanılan hesaplamalı yöntemler genelde iki gruba ayrılır: <i>global optimizasyon</i> ve <i>yerel optimizasyon</i>. Global hizalamanın bulunması bir <a href="/w/index.php?title=Global_optimizasyon&action=edit&redlink=1" class="new" title="Global optimizasyon (sayfa mevcut değil)">global optimizasyon</a> çeşididir ve elde edilecek hizalamanın, sorgulanan dizilerin tamamını kapsamaya "zorlar". Buna karşın, yerel hizalamalar genelde birbirinden çok farklılık gösteren uzun dizilerde benzer bölgeleri tespit eder. Çoğu zaman yerel hizalamalar tercih edilir ama bunların bulunması daha zor olabilir. Dizi hizalama problemi için çeşitli algoritmalar uygulanmıştır, bunların bazıları, <a href="/wiki/Dinamik_programlama" title="Dinamik programlama">dinamik programlama</a> gibi, yavaş ama formel olarak eniyileyici yöntemlerdir, bazıları ise hızlı ama mutlaka mükemmel sonucu vermeyebilen, veri tabanı aramaları için tasarlanmış <a href="/wiki/Bulu%C5%9Fsal_algoritma" class="mw-redirect" title="Buluşsal algoritma">buluşsal algoritmalar</a> veya <a href="/wiki/Olas%C4%B1l%C4%B1k" title="Olasılık">olasılıksal</a> yöntemlerdir. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Temsil_biçimleri"><span id="Temsil_bi.C3.A7imleri"></span>Temsil biçimleri</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=3" title="Değiştirilen bölüm: Temsil biçimleri" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=3" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Temsil biçimleri"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Hizalamalar genelde hem grafik olarak hem de metin olarak gösterilir. Hemen her dizi hizalama gösteriminde diziler satırlar şeklinde ve hizalanmış harfler de sütunlar halinde düzenlenir. Metin formatlarında aynı veya benzer harfler içeren hizalanmış sütunlar korunma sembolleri ile gösterilir. Yukarıdaki resimde olduğu gibi, bir yıldız veya dik çizgi iki satır arasındaki aynılığı göstermekte kullanılır; daha ender kullanılan semboller ise, korunmuş bir substitusyon için iki nokta üst üste ve yarı korunmuş substitusyonlar için bir noktadır. Çoğu dizi görüntüleme programları ayrıca substitusyon harflerinin özelliklerini belirtmek için renkler kullanır; DNA ve RNA dizilerinde her nükleotidin kendi rengi olur. Protein hizalamalarında, örneğin yukarıdaki örnekte olduğu gibi, belli bir amino asit substitusyonunu <a href="/w/index.php?title=Korunum_(genetik)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Korunum (genetik) (sayfa mevcut değil)">korunumunu</a> değerlendirmek için renk kullanılır. Çoklu dizilerde her sütünun son satırı o hizalama ile belirlenmiş olan <a href="/w/index.php?title=Konsensus_dizisi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Konsensus dizisi (sayfa mevcut değil)">konsensus dizisidir</a>; konsensus dizinin grafik olarak gösterilmesi bir <a href="/w/index.php?title=Dizi_logosu&action=edit&redlink=1" class="new" title="Dizi logosu (sayfa mevcut değil)">dizi logosu</a> ile olur; dizi logosunda her nükleotit veya amino asitin harfinin büyüklüğü o harfin korunma derecesine karşılık gelir.<sup id="cite_ref-Schneider_3-0" class="reference"><a href="#cite_note-Schneider-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p><p>Dizi hizalamaları çeşitli metin-tabanlı dosya formatlarında saklanabilir, bunların çoğu ilk olarak belli bir hizalama programı veya uygulaması ile birlikte geliştirilmiştir. Çoğu Web-temelli araçlar sınırlı sayıda girdi ve çıktı format seçeneği verirler, örneğin FASTA formatı ve GenBank formatı gibi ve program çıktısı genelde kolayca değiştirilemez. Çeşitli format dönüştürme programları mevcuttur, bunlardan <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20071024223546/http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/readseq.html">READSEQ</a> ve <a href="/w/index.php?title=EMBOSS&action=edit&redlink=1" class="new" title="EMBOSS (sayfa mevcut değil)">EMBOSS</a> gibi bazılarının grafik arayüzü veya komut satır arayüzü vardır, buna karşın <a href="/w/index.php?title=BioPerl&action=edit&redlink=1" class="new" title="BioPerl (sayfa mevcut değil)">BioPerl</a>, <a href="/w/index.php?title=BioRuby&action=edit&redlink=1" class="new" title="BioRuby (sayfa mevcut değil)">BioRuby</a> gibi program paketlerinin buna olanak veren kendi fonksiyonları vardır. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Global_ve_lokal_hizalamalar">Global ve lokal hizalamalar</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=4" title="Değiştirilen bölüm: Global ve lokal hizalamalar" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=4" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Global ve lokal hizalamalar"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure typeof="mw:File/Frame"><a href="/wiki/Dosya:Global-local-alignment.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4b/Global-local-alignment.png" decoding="async" width="243" height="109" class="mw-file-element" data-file-width="243" data-file-height="109" /></a><figcaption>Global ve lokal hizalama arasındaki farkın bir örneği. Eğer diziler yeterince benzer değilseler global hizalamalar 'boşluklu' olur.</figcaption></figure> <p>Global hizalamalarda her dizideki her harfin hizalanması amaçlanır. Sorgu kümesindeki diziler birbirine benzer ve yaklaşık aynı uzunlukta olursa global hizalamaları en yararlı olur. (Ama bu, global hizalamaların boşluklarla sonlanamayacağı anlamına gelmez.) Global hizalama tekniklerinden biri, dinamik programlamaya dayalı olan <a href="/wiki/Needleman-Wunsch_algoritmas%C4%B1" title="Needleman-Wunsch algoritması">Needleman-Wunsch algoritmasıdır</a>. Birbirine benzemeyen ama benzer bölgeler içerdiği tahmin edilen diziler için lokal hizalamalar daha yararlıdır. Keza, benzer kısa dizi motiflerinin tespitinde lokal hizalamalar kullanılır. <a href="/w/index.php?title=Smith-Waterman_algoritmas%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Smith-Waterman algoritması (sayfa mevcut değil)">Smith-Waterman algoritması</a> da dinamik programlamaya dayalı bir lokal hizalama yöntemidir. Eğer diziler yeterince birbirine benziyorsa lokal ve global hizalama sonuçları arasında bir fark olmaz. </p><p>Hibrit yöntemler (yarı global veya "glokal" yöntemler olarak da adlandırılabilir) bir veya öbür dizinin başı ve sonunu da kapsayan en iyi hizalamayı bulmaya çalışır. Dizilerden birinin sonu, öbürünün başı ile örtüşüyorsa bu özellikle yararlı olabilir. Bu durumda ne global ne de lokal hizalama tamamen uygundur: global yöntem hizalamayı örtüşme bölgesinin dışına uzatmaya çalışacaktır, lokal yöntem ise örtüşme bölgesini yeterince kapsamayabilir.<sup id="cite_ref-brudno_4-0" class="reference"><a href="#cite_note-brudno-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="İkili_hizalama"><span id=".C4.B0kili_hizalama"></span>İkili hizalama</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=5" title="Değiştirilen bölüm: İkili hizalama" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=5" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: İkili hizalama"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>İkili hizalama yöntemleri, iki sorgu dizisinin birbiriyle en iyi uyuşan parçalı (lokal) veya global hizalamasını bulmakta kullanılır. İkili hizalamalar bir defada sadece iki dizi arasında bulunabilir ama hesaplanmaları verimlidir ve çoğu zaman çok yüksek doğruluk gerektirmeyen yöntemlerde kullanılırlar (örneğin bir veritabanında sorgu dizisine yüksek oranda benzeyen dizileri bulmak için). İkili hizalamalar üretmekte kullanılan üç ana yöntem, nokta-matris yöntemleri, dinamik programlama ve sözcük yöntemleridir;<sup id="cite_ref-mount_1-1" class="reference"><a href="#cite_note-mount-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> ancak, çoklu hizalama yöntemlerinde de dizi ikilileri hizalanır. Her yöntemin kendi avantaj ve dezavantajları olsa da, bu ikili hizlama yöntemlerinin hepsi, düşük <a href="/w/index.php?title=Bilgi_i%C3%A7eri%C4%9Fi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Bilgi içeriği (sayfa mevcut değil)">bilgi içerikli</a> olan çok tekrarlı dizilerde zorlanırlar, özellikle hizalanacak olan iki dizideki tekrarlı altdizilerin sayıları farklıysa. Belli bir ikili hizalama yönteminin yararını nicelemenin bir yolu, 'maksimum yegane uyuşma' yani her iki dizide bulunan en uzun altdizidir. Daha uzun ortak altdiziler tipik olarak daha yakın bir ilişkiyi yansıtır. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Nokta_matris_yöntemleri"><span id="Nokta_matris_y.C3.B6ntemleri"></span>Nokta matris yöntemleri</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=6" title="Değiştirilen bölüm: Nokta matris yöntemleri" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=6" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Nokta matris yöntemleri"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/Dosya:Zinc-finger-dot-plot.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/33/Zinc-finger-dot-plot.png/200px-Zinc-finger-dot-plot.png" decoding="async" width="200" height="200" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/33/Zinc-finger-dot-plot.png/300px-Zinc-finger-dot-plot.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/33/Zinc-finger-dot-plot.png/400px-Zinc-finger-dot-plot.png 2x" data-file-width="404" data-file-height="404" /></a><figcaption>Bir insan <a href="/wiki/%C3%87inko_parmak" title="Çinko parmak">çinko parmak</a> <a href="/w/index.php?title=Transkripsyon_fakt%C3%B6r%C3%BC&action=edit&redlink=1" class="new" title="Transkripsyon faktörü (sayfa mevcut değil)">transkripsyon faktörünün</a> (GenBank ID NM_002383) nokta matris grafiği, bölgesel <a href="/w/index.php?title=%C3%96z-benzerlik&action=edit&redlink=1" class="new" title="Öz-benzerlik (sayfa mevcut değil)">öz-benzerlik</a> göstermektedir. Ana çapraz, dizinin kendizi ile hizalanmasını temsil etmektedir; ana çaprazın dışında yer alan çizgiler birbirinin aynı (veya birbirine benzer) tekrarlı altdizilerdir. Bu grafik, <a href="/w/index.php?title=Tekrarl%C4%B1l%C4%B1k_grafi%C4%9Fi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Tekrarlılık grafiği (sayfa mevcut değil)">tekrarlılık grafiğinin</a> (<i>recurrence plot</i>) tipik bir örneğidir.</figcaption></figure> <p>Nokta matris yaklaşımında her bir dizi bölgesi için hizalama aileleri üretilir. Bu yöntem nitel ve basittir ama büyük ölçekte analiz etmesi zaman alıcıdır. İnsersiyon, delesyon, tekrar ve ters dönmüş tekrar (<i>inverted repeats</i>) gibi bazı dizi özelliklerinin görsel tespiti çok kolaydır. Bir nokta matrisi oluşturmak için iki dizi, iki boyutlu bir <a href="/wiki/Matris_(matematik)" title="Matris (matematik)">matrisin</a> üst satırı ve sol sütunu boyunca yazılır, sonra eğer bir satır ve sütunun başındaki harfler aynıysa kesişim yerine bir nokta konur. Bu yaklaşımın bazı uygulamalarında iki harfin benzerlik derecesiyle orantılı büyüklükte bir nokta konur, korunmalı substitusyonları hesaba katabilmek için. Birbirine çok benzeyen dizilerin nokta matrisleri, matrisin <a href="/w/index.php?title=Ana_%C3%A7apraz&action=edit&redlink=1" class="new" title="Ana çapraz (sayfa mevcut değil)">ana çaprazı</a> boyunca giden tek bir çizgi gibi görünür. </p><p>Nokta matris grafikleri (İng. <i>dot plot</i>) tek bir dizi içindeki tekrarlılık miktarını belirlemekte de kullanılabilir. Bir dizi kendi kendisi ile grafiklenir, birbirine önemli derecede benzerlik gösteren bölgeler ana çaprazın yanlarında çizgiler olarak görünür. Proteinin birden çok benzer <a href="/w/index.php?title=Yap%C4%B1sal_b%C3%B6lge&action=edit&redlink=1" class="new" title="Yapısal bölge (sayfa mevcut değil)">yapısal bölgeden</a> oluşması durumunda bu görülebilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Dinamik_programlama">Dinamik programlama</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=7" title="Değiştirilen bölüm: Dinamik programlama" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=7" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Dinamik programlama"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Dinamik programlama tekniği, <a href="/wiki/Needleman-Wunsch_algoritmas%C4%B1" title="Needleman-Wunsch algoritması">Needleman-Wunsch algoritması</a> ile global hizalamalar üretmek için, <a href="/w/index.php?title=Smith-Waterman_algoritmas%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Smith-Waterman algoritması (sayfa mevcut değil)">Smith-Waterman algoritması</a> ile de lokal hizalamalar üretmek için uygulanabilir. Tipik kullanımda, protain hizalamalarında amino asit uyuşma veya uyuşmamalarına bir skor verebilmek için bir substitusyon matrisi; bir dizideki amino asitin öbür dizide bir boşlukla eşleştirilmesi için de bir boşluk ceza değeri kullanılır. DNA ve RNA hizalamaları bir skor matrisi kullanabilir ama pratikte basitçene pozitif bir uyuşma skoru, negatif bir uyuşmama skoru ve negatif bir boşluk cezası verilir. (Standart dinamik programlamada, her amino asitin skoru komşularının kimliğinden bağımsızdır, dolayısıyla <a href="/w/index.php?title=Baz_istiflemesi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Baz istiflemesi (sayfa mevcut değil)">baz istiflemesi</a> etkileri hesaba katılmaz. Ancak, algoritmayı değiştirip bu tür etkileri de göz önüne almak mümkündür.) </p><p>Standart doğrusal boşluk cezası yerine bazı algoritmalarda kullanılan bir varyasyon, iki ayrı boşluk cezası uygulamadır: biri boşluğu açmak içindir, öbürü ise boşluğu uzatmak içindir. Tipik olarak birinci cezanın değeri ikincisinden daha büyüktür, örneğin boşluk açmak için -10 puan, boşluk uzatmak için -2 puan kullanılabilir. Bunun sonucu olarak, bir hizalamadaki boşluk sayısı azalır, harfler ve boşluklar bir arada tutulmuş olur, bu da biyolojik bakımdan daha gerçekçi sayılır. <a href="/w/index.php?title=Gotoh_algoritmas%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Gotoh algoritması (sayfa mevcut değil)">Gotoh algoritması</a>, üç matris kullanarak 'affin' boşluk cezalarını hesaplar. </p><p>Dinamik programlama nükleotit dizilerini protein dizileri ile hizalamaya yarayabilir. Bu, karmaşık bir iş olabilir çünkü çerçeve kayması mutasyonlarının (genelde insersiyon ve delesyonlar) etkisini hesaba katmak gerekir. Çerçeve arama yöntemi kullanılarak bir nükleotit sorgu dizisi ile protein dizilerinden oluşan arama kümesi arasında (veya tersi) global veya lokal ikili hizalamalar üretilir. Bu yöntem çok yavaş olmasına rağmen, çerçeve kaymalarını değerlendirme yeteneği, çok sayıda "indel"ler (<b>in</b>sersiyon ve <b>de</b>lesyonlar) içeren diziler için çok yararlıdır. Bu tür dizilerin normalde verimli çalışan <a href="/w/index.php?title=Bulu%C5%9Fsal&action=edit&redlink=1" class="new" title="Buluşsal (sayfa mevcut değil)">buluşsal</a> (höristik) yöntemlerle hizalanması çok zordur. Pratikte, bu yöntem yüksek hesaplama gücü veya dinamik programlama için özelleşmiş mimariye sahip bir bilgisayar sistemi gerektirir. <a href="/wiki/BLAST" title="BLAST">BLAST</a> ve <a href="/w/index.php?title=EMBOSS&action=edit&redlink=1" class="new" title="EMBOSS (sayfa mevcut değil)">EMBOSS</a> paketleri, çevrimli (translasyonlu) hizalamalar yapmak için temel araçlara sahiptir (gerçi bunların bazılarının, bu programların arama yeteneklerinin yan etkilerinden yararlandığı söylenebilir). Daha genel yöntemler <a href="/w/index.php?title=Accelrys&action=edit&redlink=1" class="new" title="Accelrys (sayfa mevcut değil)">Accelrys</a>'in <a href="/w/index.php?title=GCG_(yaz%C4%B1l%C4%B1m)&action=edit&redlink=1" class="new" title="GCG (yazılım) (sayfa mevcut değil)">GCG paketi</a>'ndeki <i>FrameSearch</i> gibi ticari kaynaklardan ve <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101206004019/http://www.ebi.ac.uk/Wise2/">Genewise</a> gibi bazı açık yazılım ürünlerinden elde edilebilir. </p><p>Dinamik proramlama yöntemi belli bir skorlama fonksiyonu için optimal hizalamayı bulmayı garantiler. Ancak, iyi bir skorlama fonksiyonunu belirlemek çoğu zaman teorik değil, empirik bir meseledir. Dinamik programlara ikiden çok diziye de genellenebilirse de, çok sayıda dizi veya çok uzun dizilerde kullanılamayacak derecede yavaş çalışır. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Sözcük_yöntemleri"><span id="S.C3.B6zc.C3.BCk_y.C3.B6ntemleri"></span>Sözcük yöntemleri</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=8" title="Değiştirilen bölüm: Sözcük yöntemleri" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=8" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Sözcük yöntemleri"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Sözcük yöntemleri, <i>k</i>-li yöntemler olarak da bilinir, optimal hizalama çözümünü bulması garantili olmayan, ama dinamik programlamadan önemli derecede daha verimli olan <a href="/w/index.php?title=H%C3%B6ristik&action=edit&redlink=1" class="new" title="Höristik (sayfa mevcut değil)">höristik</a> yöntemlerdir. Bu yöntemler büyük ölçekli veritabanlarında özellikle yararlıdır, çünkü bu veritabanlarındaki aday dizilerin büyük bir kısmının sorgu dizisiyle anlamlı bir uyuşma göstermeyeceği peşinen bilinmektedir. Sözcük yöntemleri, veritabanı arama araçları olan BLAST ailesi üyelerindeki ve FASTA programındaki uygulamaları ile bilinirler.<sup id="cite_ref-mount_1-2" class="reference"><a href="#cite_note-mount-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Sözcük yöntemleri sorgu dizisinde bulunan kısa, örtüşmeyen altdizileri ("sözcükleri") tespit edip bunları veritabanındaki aday dizilerle eşleştirir. Bir sözcüğün iki dizideki pozisyonları arasındaki fark hesaplanarak bir kayma değeri elde edilir. Eğer farklı sözcükler aynı kayma değerine sahipse bu kayma değeri bir hizalanma bölgesini belirler. Ancak eğer böyle bir bölge bulunursa, o zaman daha hassas hizalama kıstasları uygulanır. Böylece kayda değer benzerlik göstermeyen diziler arasında pek çok gereksiz karşılaştırmanın önüne geçilmiş olur. </p><p>FASTA yönteminde kullanıcı, veritabanını aramakta kullanılacak sözcüğün uzunluğuna karşılık gelen bir <i>k</i> değeri seçer. Küçük <i>k</i> değerlerinde yöntem daha yavaş ama daha duyarlıdır, bunlar kısa sorgu dizileri için tercih edilir. BLAST ailesindeki araştırma yöntemleri, belli sorgu tipleri (örneğin uzaktan ilişkili dizilerin bulunması) için optimize edilmiş çeşitli algoritmalara sahiptir. BLAST, FASTA'dan daha hızlı olup doğruluktan çok az bir fedakarlık yapma özelliği için geliştirilmiştir. FASTA gibi BLAST da <i>k</i> uzunluklu bir sözcük araması yapar ama sadece en önemli sözcük uyuşmalarını değerlendirir, FASTA gibi her sözcük uyuşmasına bakmaz. Çoğu BLAST uygulamasında varsayılan sözcük uzunluğu değişmez, sorgu ve arama tipine göre optimize edilir, ancak istisnai durumlarda, tekrarlı dizileri ararken veya kısa sorgu dizileri için değiştirilir. BLAST çeşitli Web portallarında bulunabilir, örneğin <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ebi.ac.uk/fasta33/">EMBL FASTA</a> 11 Aralık 2010 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101211044511/http://www.ebi.ac.uk/fasta33/">arşivlendi</a>. and <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/">NCBI BLAST</a> 26 Haziran 2004 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20040626053244/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/">arşivlendi</a>.. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Çoklu_dizi_hizalaması"><span id=".C3.87oklu_dizi_hizalamas.C4.B1"></span>Çoklu dizi hizalaması</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=9" title="Değiştirilen bölüm: Çoklu dizi hizalaması" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=9" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Çoklu dizi hizalaması"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div role="note" class="hatnote navigation-not-searchable">Ana madde: <a href="/wiki/%C3%87oklu_dizi_hizalamas%C4%B1" title="Çoklu dizi hizalaması">Çoklu dizi hizalaması</a></div> <figure class="mw-default-size mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/Dosya:Hemagglutinin-alignments.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/Hemagglutinin-alignments.png/300px-Hemagglutinin-alignments.png" decoding="async" width="300" height="322" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/Hemagglutinin-alignments.png/450px-Hemagglutinin-alignments.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/Hemagglutinin-alignments.png/600px-Hemagglutinin-alignments.png 2x" data-file-width="954" data-file-height="1025" /></a><figcaption>27 adet <a href="/w/index.php?title=Ku%C5%9F_enfluenza_vir%C3%BCs%C3%BC&action=edit&redlink=1" class="new" title="Kuş enfluenza virüsü (sayfa mevcut değil)">kuş enfluenza virüsü</a> <a href="/w/index.php?title=Hemaglutinin&action=edit&redlink=1" class="new" title="Hemaglutinin (sayfa mevcut değil)">hemaglutinin</a> protein dizisinin hizalanması, amino asit kalıntılarının korunması (üstte) veya özelliklerine (altta) göre renklendirilmiştir.</figcaption></figure> <p><a href="/wiki/%C3%87oklu_dizi_hizalamas%C4%B1" title="Çoklu dizi hizalaması">Çoklu dizi hizalaması</a> ikiden daha fazla dizi içermesiyle ikili hizalamanın bir uzantısı sayılır. Çoklu dizileme yöntemleri sorgu kümesindeki tüm dizileri hizalamaya çalışır. Çoklu hizalamalar çoğu zaman birbiriyle evrimsel ilişkisi olduğu hipotez edilen bir grup dizideki <a href="/w/index.php?title=Korunma_(genetik)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Korunma (genetik) (sayfa mevcut değil)">korunmuş</a> bölgeleri tespit etmek için kullanılır. Bu tür hizalamalar ayrıca filogenetik ağaç inşa ederek evrimsel bir ilişkiyi ortaya koymak için kullanılır. Böylesi korunmuş diziler, yapısal ve <a href="/wiki/Reaksiyon_mekanizmas%C4%B1" title="Reaksiyon mekanizması">mekanistik</a> bilgilerle beraber kullanılarak enzimlerin katalitik <a href="/wiki/Aktif_b%C3%B6lge" title="Aktif bölge">aktif bölgesinin</a> yerini bulmaya yarar. Çoklu dizi hizalamaların üretimi <a href="/wiki/Berimsel" class="mw-redirect" title="Berimsel">berimsel</a> bakımdan zordur ve bu problemin çoğu formülasyonu <a href="/wiki/NP-tam" title="NP-tam">NP-tam</a> kombinatoryal optimizasyon problemlerine dönüşür.<sup id="cite_ref-wang_5-0" class="reference"><a href="#cite_note-wang-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Buna rağmen, bu hizalamaların biyoinformatikteki faydaları nedeniyle 3 veya daha fazla dizinin hizalanmasını sağlıyan çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Dinamik_programlama_2">Dinamik programlama</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=10" title="Değiştirilen bölüm: Dinamik programlama" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=10" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Dinamik programlama"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Dinamik progrmalama tekniği herhangi sayıda dizi için kullanılabilir. Ancak, berimsel olarak hem zaman hem <a href="/wiki/Bilgisayar_belle%C4%9Fi" class="mw-redirect" title="Bilgisayar belleği">bellek</a> bakımından pahalı olduğu için, en basit biçimiyle dahi üç veya dört tane diziden fazlası için kullanılmaz. Bu yöntem iki dizinin hizalanmasında yaratılan matrisin <i>n</i>-boyutlu karşılığının inşasını gerektirir, burada <i>n</i>, sorgu kümesindeki dizi sayısıdır. Sorgu dizilerindeki her bir dizi çifti için standart dinamik programlama kullanılır, sonra bu ara çözümler arasındaki uyuşmalar veya boşluklar değerlendirilerek "hizalama uzayı" tamamlanır, yani her iki dizili hizalama arasında bir hizalama yapılmış olur. Bu yöntem berimsel olarak pahalı olsa da, global optimal çözümü üreteceğini garantiler, bu yüzden az sayıda dizinin hatasız hizalanması gerektiğinde faydalıdır. Berimsel karmaşıklığı azaltılmasını bir yolu "çiftler toplamı" adlı <a href="/w/index.php?title=Objektif_fonksiyon&action=edit&redlink=1" class="new" title="Objektif fonksiyon (sayfa mevcut değil)">objektif fonksiyona</a> dayanır, bu yaklaşım <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Schaffer/msa.html">MSA</a> 2 Kasım 2015 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20151102071138/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Schaffer/msa.html">arşivlendi</a>. yazılım programında uygulanmıştır.<sup id="cite_ref-lipman_6-0" class="reference"><a href="#cite_note-lipman-6"><span class="cite-bracket">[</span>6<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="İlerlemeci_yöntemler"><span id=".C4.B0lerlemeci_y.C3.B6ntemler"></span>İlerlemeci yöntemler</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=11" title="Değiştirilen bölüm: İlerlemeci yöntemler" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=11" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: İlerlemeci yöntemler"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>İlerlemeci, hiyerarşik veya ağaç yöntemleri, birbirine en benzer dizileri hizalamakla başlar, sonra gittikçe daha az benzeyen dizilerin hizalamaya eklenmesi ile sonunda tüm sorgu kümesi sonuca dahil edilir. Dizilerin yakınlığını betimleyen ağaç yapısı ikili kıyaslamalara dayanır, bunlar <a href="/w/index.php?title=FASTA&action=edit&redlink=1" class="new" title="FASTA (sayfa mevcut değil)">FASTA</a> gibi höristik ikili hizalama yöntemleri kullanır. İlerlemeci hizalama sonuçları "en benzer" dizilerin seçimine bağımlıdır, bu yüzden ilk yapılan ikili hizalamadaki hatalara duyarlıdır. Çoğu ilerlemeci, çoklu dizi hizalama yöntemi buna ek olarak, sorgu kümesindeki diziler arasındaki yakınlık drecesine göre onlara ağırlık verir, böylece ilk dizilerin kötü seçilmesi olasılığı azalır ve en son hizalamanın doğruluğu iyileşir. </p><p><a href="/w/index.php?title=Clustal&action=edit&redlink=1" class="new" title="Clustal (sayfa mevcut değil)">Clustal</a> ilerlemeci uygulamalarının çoğu varyasyonu<sup id="cite_ref-higgins_7-0" class="reference"><a href="#cite_note-higgins-7"><span class="cite-bracket">[</span>7<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-thompson_8-0" class="reference"><a href="#cite_note-thompson-8"><span class="cite-bracket">[</span>8<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-chenna_9-0" class="reference"><a href="#cite_note-chenna-9"><span class="cite-bracket">[</span>9<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> çoklu dizi hizalaması, filogenetik ağaç inşası ve <a href="/w/index.php?title=Protein_yap%C4%B1_hesaplamas%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Protein yapı hesaplaması (sayfa mevcut değil)">protein yapı hesaplamasına</a> girdi hazırlamakta kullanılır. İlerlemeci yöntemin daha yavaş ama daha doğruluklu bir varyantı <a href="/w/index.php?title=T-Coffee&action=edit&redlink=1" class="new" title="T-Coffee (sayfa mevcut değil)">T-Coffee</a><sup id="cite_ref-notredame_10-0" class="reference"><a href="#cite_note-notredame-10"><span class="cite-bracket">[</span>10<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> olarak adlandırılır. Bu algoritmaların uygulamaları <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20090221185915/http://align.genome.jp/">ClustalW</a> ve <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.tcoffee.org">T-Coffee</a> 21 Aralık 2010 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101221130356/http://www.tcoffee.org/">arşivlendi</a>.'de bulunabilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Tekrarlayıcı_yöntemler"><span id="Tekrarlay.C4.B1c.C4.B1_y.C3.B6ntemler"></span>Tekrarlayıcı yöntemler</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=12" title="Değiştirilen bölüm: Tekrarlayıcı yöntemler" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=12" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Tekrarlayıcı yöntemler"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>İlerlemeci yöntemlerin zayıf bir yönü, ilk ikili hizalamanın doğru olmasına olan büyük bağımlılıktır. Tekrarlayıcı yöntemler, bunu iyileştirmeye çalışırlar. Tekrarlayıcı yöntemler seçilmiş bir skorlama fonksiyonuna dayanan <a href="/w/index.php?title=Objektif_fonksiyon&action=edit&redlink=1" class="new" title="Objektif fonksiyon (sayfa mevcut değil)">objektif fonksiyonu</a> optimize ederler, ilk global hizalamayı oluşturup sonra dizi altkümelerini yeniden hizalayarak. Yeniden hizalanan altkümelerin kendileri de hizalanarak çoklu dizi hizalamasının bir sonraki yinelemesini oluştururlar. Dizi altkümelerini ve objektif fonksiyonu seçmek için çeşitli yollar mevcuttur.<sup id="cite_ref-hirosawa_11-0" class="reference"><a href="#cite_note-hirosawa-11"><span class="cite-bracket">[</span>11<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Motif_keşfi"><span id="Motif_ke.C5.9Ffi"></span>Motif keşfi</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=13" title="Değiştirilen bölüm: Motif keşfi" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=13" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Motif keşfi"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Motif bulmak veya profil analizi, sorgu kümesindeki dizilerde bulunan kısa, korunmuş <a href="/w/index.php?title=Dizi_motifi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Dizi motifi (sayfa mevcut değil)">dizi motiflerini</a> hizalamaya çalışan, global çoklu dizi hizalamaları inşa eder. Önce bir global dizi hizalaması inşa edilir, sonra yüksek derecede <a href="/w/index.php?title=Korunma_(genetik)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Korunma (genetik) (sayfa mevcut değil)">korunmuş</a> bölgeler tespit edilir ve bunlar bir profil matrisi oluşturmak için kullanılır. Her korunmuş bölgenin profil matrisi bir skorlama matrisi gibi düzenlenmiştir ama, her pozisyondaki harf için frekans sayıları, korunmuş bölgedeki harf dağılımından elde edilmiştir, daha genel bir dağılımdan değil. Bunun ardından, profil matrisleri betimledikleri motifi başka dizilerde aramak için kullanılırlar. Orijinal veri kümesinde az sayıda dizi olması veya bu dizilerin birbiriyle çok yakın ilişkili olması hâlinde, motifte temsil edilen harf dağılımını normalize etmek için sahte sayımlar eklenir. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Bilgisayar_biliminde_esinlenmiş_yöntemler"><span id="Bilgisayar_biliminde_esinlenmi.C5.9F_y.C3.B6ntemler"></span>Bilgisayar biliminde esinlenmiş yöntemler</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=14" title="Değiştirilen bölüm: Bilgisayar biliminde esinlenmiş yöntemler" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=14" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Bilgisayar biliminde esinlenmiş yöntemler"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Bilgisayar biliminde yaygın kullanılan çeşitli <a href="/wiki/Optimizasyon" title="Optimizasyon">optimizasyon</a> algoritmaları çoklu dizi hizalama problemine uygulanmıştır. <a href="/w/index.php?title=Gizli_Markov_modeli&action=edit&redlink=1" class="new" title="Gizli Markov modeli (sayfa mevcut değil)">Gizli Markov modelleri</a> belli bir sorgu kümesi için olasıl çoklu dizi hizalamaları için olasılık skorları üretmek için kullanılır. Bu yaklaşımla çalışan ilk uygulamalar hayal kırıcı olduysa da, daha sonrakilerin uzaktan ilişkili dizilerin tespitinde özellikle etkili olduğu bulunmuştur, çünkü bu yöntemler korunmuş veya yarı korunmuş substitusyonların yarattığı gürültüden kolay etkilenmemektedirler.<sup id="cite_ref-karplus_12-0" class="reference"><a href="#cite_note-karplus-12"><span class="cite-bracket">[</span>12<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> <a href="/wiki/Genetik_algoritma" title="Genetik algoritma">Genetik algoritmalar</a> ve <a href="/wiki/Benzetilmi%C5%9F_tavlama" title="Benzetilmiş tavlama">benzetilmiş tavlama</a> da çoklu dizi hizalama skorlarını optimize etmekte kullanılmıştır. Bu konuda daha çok ayrıntı <a href="/wiki/%C3%87oklu_dizi_hizalamas%C4%B1" title="Çoklu dizi hizalaması">çoklu dizi hizalaması</a> hakkındaki maddede bulunabilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Yapısal_hizalama"><span id="Yap.C4.B1sal_hizalama"></span>Yapısal hizalama</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=15" title="Değiştirilen bölüm: Yapısal hizalama" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=15" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Yapısal hizalama"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div role="note" class="hatnote navigation-not-searchable">Ana madde: <a href="/w/index.php?title=Yap%C4%B1sal_hizalama&action=edit&redlink=1" class="new" title="Yapısal hizalama (sayfa mevcut değil)">Yapısal hizalama</a></div> <p>Yapısal hizalamalar genelde protein ve bazen RNA dizileri için yapılır, dizileri hizalamak için protein ve RNA molekülünün <a href="/wiki/%C4%B0kincil_yap%C4%B1" class="mw-redirect" title="İkincil yapı">ikincil</a> ve <a href="/wiki/%C3%9C%C3%A7%C3%BCnc%C3%BCl_yap%C4%B1" class="mw-redirect" title="Üçüncül yapı">üçüncül yapısı</a> hakkındaki bilgiyi kullanılır. Bu yöntemler iki ve daha çok dizi için uygulanabilir ve tipik olarak lokal hizalamalar üretir. Ancak, yapısal bilgiye bağımlı oldukları için, sadece yapısı bilinen dizilerde işe yararlar. Gerek protein gerek RNA'da yapı, evrimsel olarak diziden daha çok korunur,<sup id="cite_ref-chothia_13-0" class="reference"><a href="#cite_note-chothia-13"><span class="cite-bracket">[</span>13<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Evrimsel olarak çok uzaktan ilişkili olan, dizi kıyaslaması yoluyla benzerlikleri belirlenemeyecek derecede ıraksamış dizilerde yapısal hizalamalar daha güvenilir sonuç verir. </p><p>Homoloji-temelli <a href="/w/index.php?title=Protein_yap%C4%B1_tahmini&action=edit&redlink=1" class="new" title="Protein yapı tahmini (sayfa mevcut değil)">protein yapı tahmini</a> için yapılan hizalamaları değerlendirmede yapısal hizalamalar "altın standart" sayılır<sup id="cite_ref-skolnick_14-0" class="reference"><a href="#cite_note-skolnick-14"><span class="cite-bracket">[</span>14<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Bunun nedeni, sadece dizi bilgisine dayanmak yerine yapısal benzerlik gösteren bölgeleri kasten hizalamalarıdır. Ancak, tamamen yapısal hizalamalar tabii ki yapı tahmininde kullanılamaz çünkü sorgu kümesindeki en az bir dizi, modellenmesi amaçlanan hedef dizidir ve onun yapısı bilinmemektedir. Bir hedef ve bir kalıp dizinin yapısal hizalamasında, hedef proteinin yüksek doğruluklu modellerinin bu tür yöntemlerle elde edilebileceği gösterilmiştir.<sup id="cite_ref-skolnick_14-1" class="reference"><a href="#cite_note-skolnick-14"><span class="cite-bracket">[</span>14<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="DALI">DALI</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=16" title="Değiştirilen bölüm: DALI" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=16" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: DALI"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>DALI yöntemi (İngilizce <i>distance matrix alignment</i> teriminden kısaltılmıştır), sorgu dizisindeki ardışık heksapeptitlerin temas benzerliklerine dayanarak elde edilen yapısal bir hizalama yöntemidir.<sup id="cite_ref-holm_15-0" class="reference"><a href="#cite_note-holm-15"><span class="cite-bracket">[</span>15<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Bu yöntemle ikili veya çoklu hizalamalar üretebilir ve sorgu dizisinin <a href="/wiki/Protein_Data_Bank" title="Protein Data Bank">Protein Data Bank</a>'taki yapısal komşularını tespit edebilir. <a href="/w/index.php?title=Families_of_structurally_similar_proteins&action=edit&redlink=1" class="new" title="Families of structurally similar proteins (sayfa mevcut değil)">FSSP</a> yapısal hizalama veri tabanını oluşturmakta kullanılmıştır. DALI Web sunucusuna <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ebi.ac.uk/dali/">EBI DALI</a> 27 Şubat 2008 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20080227211457/http://www.ebi.ac.uk/dali/">arşivlendi</a>.'den ulaşılabilir, FSSP ise <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20051125045348/http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start">The Dali Database</a>'de bulunmaktadır. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="SSAP">SSAP</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=17" title="Değiştirilen bölüm: SSAP" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=17" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: SSAP"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>SSAP (<i>sequential structure alignment program</i>, sıralı yapı hizalama programı), dinamik programlama ile çalışan bir yapısal hizalama yöntemidir, yapı uzayında atomdan atoma vektörleri kıyaslama noktaları olarak değerlendirir. İlk tarif edilişinden beri bu yöntem geliştirilerek hem ikili hem de çoklu hizalamaları kapsamaktadır.<sup id="cite_ref-taylor_16-0" class="reference"><a href="#cite_note-taylor-16"><span class="cite-bracket">[</span>16<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> SSAP kullanılarak <a href="/w/index.php?title=CATH&action=edit&redlink=1" class="new" title="CATH (sayfa mevcut değil)">CATH</a> (<i>Class, Architecture, Topology, Homology</i>, sınıf mimarî, topoloji homoloji) adlı, protein katlamalarının hiyerarşik bir veritabanı kurulmuştur.<sup id="cite_ref-orengo_17-0" class="reference"><a href="#cite_note-orengo-17"><span class="cite-bracket">[</span>17<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> CATH veritabanına <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.cathdb.info/">CATH Protein Structure Classification</a> 17 Aralık 2010 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101217211014/http://www.cathdb.info/">arşivlendi</a>. sitesinden erişilebilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Kombinatoryal_uzatma">Kombinatoryal uzatma</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=18" title="Değiştirilen bölüm: Kombinatoryal uzatma" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=18" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Kombinatoryal uzatma"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Yapısal hizalama için kombinatoryal uzatma yöntemi, karşılaştırılan iki proteinin kısa parçaları için lokal geometriye dayalı ikili yapısal hizalamalar yapar, sonra bu parçaları birleştirerek daha büyük bir hizalama yapar.<sup id="cite_ref-shindyalov_18-0" class="reference"><a href="#cite_note-shindyalov-18"><span class="cite-bracket">[</span>18<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Katı-gövde (<i>rigid body</i>) <a href="/w/index.php?title=Karek%C3%B6k_ortalama_sapma_(biyoenformatik)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Karekök ortalama sapma (biyoenformatik) (sayfa mevcut değil)">karekök ortalama uzaklık</a>, kalıntı uzaklıkları, lokal ikincil yapı ve çevresel özellikler (kalıntı komşu hidrofobisitesi gibi) kullanılarak "hizalanmış parça ikilileri" denen lokal hizalamalar üretilir. Bunlar kullanılarak, belli tanımlanmış eşik kıstasları dahilinde tüm olasıl yapısal hizalamaları temsil eden bir benzerlik matrisi inşa edilir. Büyüyen birer dizi parçası eklenerek hizalama büyütülür. Bu işlem sırasında, matris aracılığıyla, bir protein yapı hâlinden diğerine giden bir yol çizilir; optimal yol, kombinatoryal uzatma hizalamasını tanımlar. Bu yöntemi uygulayan bir Web sunucusu ve Protein Data Bank'taki yapılar için ikili hizalamalar veritabanı <a rel="nofollow" class="external text" href="http://web.archive.org/web/cl.sdsc.edu/">Combinatorial Extension</a> sitesinde bulunmaktadır. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Filogenetik_analiz">Filogenetik analiz</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=19" title="Değiştirilen bölüm: Filogenetik analiz" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=19" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Filogenetik analiz"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>(Ana|Berimsel filogenetik) Filogenetik ve dizi hizalaması birbiriyle yakından ilişkili sahalardır çünkü ikisi de dizi yakınlığı belirlemesi yapar. Filogenetik sahası, filogenetik ağaçların inşası ve yorumlamasında dizi hizalamasından yararlanır. Filogenetik ağaçlar, evrimsel olarak ıraksamış türlerin genomlarında bulunan homolog genlerdeki evrimsel ilişkiyi sınıflandırmakta kullanılır. Bir sorgu kümesindeki dizilerin birbirlerinden farklılığı, bu dizilerin birbirlerine olan evrimsel uzaklığı ile nitel olarak ilişkilidir. Basit şekilde ifade edilecek olursa, yüksek derecede dizi aynılığı, söz konusu dizilerin nispeten yakın zamanda bir <a href="/wiki/En_yak%C4%B1n_ortak_ata" class="mw-redirect" title="En yakın ortak ata">en yakın ortak atası</a> olabileceğini ima eder, buna karşın düşük derecede aynılık, evrimsel ıraksamanın daha eskilere dayandığı olasılığına karşılık gelir. Bu ilkenin dayalı olduğu "moleküler saat" hipotezine göre dizilerden meydana gelen soylarda mutasyon ve <a href="/w/index.php?title=Do%C4%9Fal_seleksiyonun&action=edit&redlink=1" class="new" title="Doğal seleksiyonun (sayfa mevcut değil)">seleksiyon</a> etkisinin değişmediği varsayılır. Yaklaşık sabit bir evrimsel değişim hızına dayanarak yapılacak bir ekstrapolasyon sayesinde, iki genin ilk defa birbirinden ne zaman farklılaştığının hesaplanabilir. Dolayısıyla, organizmalar veya türler arasında <a href="/wiki/DNA_tamiri" class="mw-redirect" title="DNA tamiri">DNA tamiri</a> yeteneği bakımından farklılık olabileceğini veya dizilerde belli bölgelerin işlevsel nedenlerle korunabileceğini hesaba katmaz. Ayrıca, moleküler saat hipotezinin en basit versiyonunda, protein kodlayıcı bölgelerde proteinin amino asit dizisini değiştiren ve değiştirmeyen DNA mutasyonlarının korunma olasılıkları arasında bir fark olabileceği de hesaba katılmaz. Daha hassas istatistik yöntemler bir filogenetik ağacın her dalı için evrimleşme hızının farklı olmasına izin verir, bu sayede gen soylarının birleştiği zamanın daha doğru kestirilmesine olanak verir. </p><p>İlerleyici çoklu hizalama teknikleri zorunlu olarak bir filogenetik ağaç üretir, çünkü büyüyün hizalamaya ekledikleri dizilerin sırası, evrimsel yakınlık derecesine bağlıdır. Çoklu dizi hizalamalarını ve filogenetik ağaçları oluşturan diğer yöntemler önce tüm olasıl ağaçlara bir skor verir, sonra en yüksek skora sahip ağaçtan bir çoklu dizi hizalaması hesaplar. Filogenetik ağaç inşasında yaygın olarak kullanılan yöntemler başlıca höristiktir çünkü optimal ağacın seçilmesi, optimal çoklu dizi hizalamasının seçilmesi gibi, <a href="/wiki/NP-zor" class="mw-redirect" title="NP-zor">NP-zordur</a>.<sup id="cite_ref-felsenstein_19-0" class="reference"><a href="#cite_note-felsenstein-19"><span class="cite-bracket">[</span>19<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Anlamlılık_tayini"><span id="Anlaml.C4.B1l.C4.B1k_tayini"></span>Anlamlılık tayini</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=20" title="Değiştirilen bölüm: Anlamlılık tayini" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=20" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Anlamlılık tayini"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Dizi hizalaması biyoenformatikte dizi benzerliğini tespit etmeye, filogenetik ağaç üretmeye ve protein yapıları için homoloji modelleri geliştirmeye yarar. Ancak, dizi hizalamalarının biyolojik anlamı her zaman açık değildir. Hizalamaların, ortak atadan inmiş diziler arasındaki evrimsel farklılığı yansıttığı varsayılır. Fakat, evrimsel olarak ilişkisiz olup benzer işlev gösteren ve bu yüzden benzer yapıya sahip proteinlerin <a href="/wiki/Yak%C4%B1nsak_evrim" title="Yakınsak evrim">yakınsak evrim</a> sonucu dizi benzerliği göstermeleri mümkündür. </p><p>BLAST gibi veritabanı aramalarında, istatistik yöntemler kullanılarak, diziler arasında belli bir hizalamanın şans eseri olma olasılığı, veritabanının büyüklüğü ve bileşimine dayanarak hesaplanabilir. Arama uzayına bağlı olarak olasılık değerleri önemli derecede fark edebilir. Eğer veritabanındaki diziler sadece sorgu dizisin organizmasına ait dizilerden oluşuyorsa, belli bir hizalamanın şans eseri olma olasılığı özellikle artar. Veritabanında veya sorgu dizisinde tekrarlı dizilerin varlığı hem arama sonuçlarını hem de istatistik anlamlılık tayinini çarpıtabilir. BLAST otomatik olarak sorgu dizisindeki tekrarlı dizileri filtreler, böylece istatistik artifakt sonucu olan bulguları elimine eder. </p><p>Boşluklu dizi hizalamalarının istatistik anlamlılığını kestiren istatistik yöntemler literatürde mevcuttur.<sup id="cite_ref-newberg_20-0" class="reference"><a href="#cite_note-newberg-20"><span class="cite-bracket">[</span>20<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-eddy_21-0" class="reference"><a href="#cite_note-eddy-21"><span class="cite-bracket">[</span>21<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="İnanılırlık_tayini"><span id=".C4.B0nan.C4.B1l.C4.B1rl.C4.B1k_tayini"></span>İnanılırlık tayini</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=21" title="Değiştirilen bölüm: İnanılırlık tayini" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=21" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: İnanılırlık tayini"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>İstatistik anlamlılık, belli kaliteye sahip bir hizalamanın şans eseri elde edilme olasılığını gösterir ama sorgu dizisinin belli bir hizalamasının diğer hizalamalardan ne derece daha iyi olduğunu belirtmez. Hizalanma inanılırlığının ölçütleri, belli bir dizi ikilisi için en yüksek skorlu hizalamalarının ne derece birbirine eşdeğer olduğunu gösterir. Boşluklu dizi hizalamaları için istatistik inanılırlık değerlendirme yöntemleri literatürde mevcuttur.<sup id="cite_ref-NewbergLawrence2009_22-0" class="reference"><a href="#cite_note-NewbergLawrence2009-22"><span class="cite-bracket">[</span>22<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Skor_fonksiyonları"><span id="Skor_fonksiyonlar.C4.B1"></span>Skor fonksiyonları</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=22" title="Değiştirilen bölüm: Skor fonksiyonları" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=22" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Skor fonksiyonları"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Bilinen diziler hakkında biyolojik veya istatistik gözlemleri yansıtan bir skor fonksiyonunun seçimi, iyi hizalamalar elde edilmesinde çok önemlidir. Protein dizileri genelde <a href="/w/index.php?title=Substitusyon_matrisi&action=edit&redlink=1" class="new" title="Substitusyon matrisi (sayfa mevcut değil)">substitusyon matrisleri</a> kullanılarak yapılır, bu matrisler belli karakter substitusyonlarının olma olasılıklarını yansıtır. <a href="/w/index.php?title=PAM_matrisi&action=edit&redlink=1" class="new" title="PAM matrisi (sayfa mevcut değil)">PAM matrisi</a> (<i>Point accepted mutation</i>, noktasal olarak kabul edilmiş mutasyon) olarak adlandırılan bir grup matris, belli amino asit mutasyonlarının olma hızları ve olasılıklarını içerir (bu matrisler <a href="/wiki/Margaret_Dayhoff" class="mw-redirect" title="Margaret Dayhoff">Margaret Dayhoff</a> tarafından tanımlanmış olduğu için bazen "Dayhoff matrisleri" olarak da adlandrılır). Sık kullanılan başka bir grup matris ise <a href="/w/index.php?title=BLOSUM&action=edit&redlink=1" class="new" title="BLOSUM (sayfa mevcut değil)">BLOSUM</a> (<i>Blocks Substitution Matrix</i> blok substitusyon matrisi) olarak adlandırılır, bunlar empirik olarak gözlemlenmiş substitusyon olasılıklarını kodlar. Her iki tip matrislerin varyantları, farklı düzeylerde ıraksama göstermiş dizilerin tayininde kullanılır. Böylece, BLAST veya FASTA kullanıcıları aramalarını sadece yakın ilişkili uyuşmalara kendilerini sınırlayabilir veya arzu ederlerse daha uzak ilişkili dizileri de bulabilmeleri mümkün olur. <a href="/w/index.php?title=Bo%C5%9Fl%C4%B1k_cezas%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Boşlık cezası (sayfa mevcut değil)">Boşluk cezaları</a> hizalamaya bir boşluk katılmasına etki eder. Bu boşluk ceza skoru, evrimsel anlamda bir insersiyon veya delesyon mutasyonunun olma hızı ile orantılı olmalıdır. Elde edilen hizalamaların kalitesi skor fonksiyonunun kalitesine bağlıdır. </p><p>Aynı hizalamayı farklı skor matrisleri ve/veya boşluk cezaları ile tekrarlayıp sonuçları karşılaştırmak çok yararlı olabilir. Hizalama parametrelerindeki varyasyonlara dayanıklılık gösteren hizalama bölgeleri tespit edilerek, sonucun zayıf olduğu veya tek olmadığı bölgeler belirlenebilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Diğer_biyolojik_uygulamalar"><span id="Di.C4.9Fer_biyolojik_uygulamalar"></span>Diğer biyolojik uygulamalar</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=23" title="Değiştirilen bölüm: Diğer biyolojik uygulamalar" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=23" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Diğer biyolojik uygulamalar"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Dizilenmiş RNA, örneğin "<a href="/w/index.php?title=%C4%B0fade_edilmi%C5%9F_dizi_etiketleri&action=edit&redlink=1" class="new" title="İfade edilmiş dizi etiketleri (sayfa mevcut değil)">ifade edilmiş dizi etiketleri</a> (<i>expressed sequence tags</i>) ve tam-uzunluklu mRNAlar, dizilenmiş bir genom ile hizalanarak nerede genlerin bulunduğu ve <a href="/w/index.php?title=Alternatif_u%C3%A7birle%C5%9Ftirme&action=edit&redlink=1" class="new" title="Alternatif uçbirleştirme (sayfa mevcut değil)">alternatif uçbirleştirme</a> yerleri hakkında bilgi edinilebilir.<sup id="cite_ref-23" class="reference"><a href="#cite_note-23"><span class="cite-bracket">[</span>23<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> and <a href="/w/index.php?title=RNA_editing&action=edit&redlink=1" class="new" title="RNA editing (sayfa mevcut değil)">RNA editing</a>.<sup id="cite_ref-24" class="reference"><a href="#cite_note-24"><span class="cite-bracket">[</span>24<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Dizi hizalaması ayrıca <a href="/w/index.php?title=Genom_birle%C5%9Ftirme&action=edit&redlink=1" class="new" title="Genom birleştirme (sayfa mevcut değil)">genom birleştirme</a> (<i>genome assembly</i>) sürecinin parçasıdır. Dizilenen parçalar hizalanarak örtüşme yerleri bulunur, böylece <a href="/w/index.php?title=Kontig&action=edit&redlink=1" class="new" title="Kontig (sayfa mevcut değil)">kontig</a> adı verilen uzun diziler oluşturulur.<sup id="cite_ref-25" class="reference"><a href="#cite_note-25"><span class="cite-bracket">[</span>25<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Bir diğer uygulama, <a href="/w/index.php?title=SNP&action=edit&redlink=1" class="new" title="SNP (sayfa mevcut değil)">SNP</a> (<i>single nucleotide polymorphism</i> tekil nükleotit polimorfizmi) analizidir, burada farklı kişilera ait diziler hizalanarak toplulukta farklılık gösteren tek nükleotitler bulunur.<sup id="cite_ref-26" class="reference"><a href="#cite_note-26"><span class="cite-bracket">[</span>26<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Biyolojik_olmayan_uygulamalar">Biyolojik olmayan uygulamalar</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=24" title="Değiştirilen bölüm: Biyolojik olmayan uygulamalar" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=24" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Biyolojik olmayan uygulamalar"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Biyolojik dizi hizalamasında kullanılan yöntemler başka sahalarda da uygulamaları olmuştur, özellikle doğal dil işlemlemesi (<i>natural language processing</i>) ve sosyal bilimlerde.<sup id="cite_ref-27" class="reference"><a href="#cite_note-27"><span class="cite-bracket">[</span>27<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Doğal dil üretme algoritmaları tarafından sözcük seçimi, biyoenformatikte geliştirilmiş çoklu dizi hizalama yöntemleri kullanmaktadır.<sup id="cite_ref-Barzilay_28-0" class="reference"><a href="#cite_note-Barzilay-28"><span class="cite-bracket">[</span>28<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Tarihsel ve karşılaştırmali dilbilim sahalarında, dilbilimcilerin dilleri oluşturmak için kullandıkları karşılaştırma yöntemi, dizi hizalaması ile otomatize edilmiştir.<sup id="cite_ref-29" class="reference"><a href="#cite_note-29"><span class="cite-bracket">[</span>29<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> İşletme ve pazarlama araştırmacıları zaman içinde bir dizi satın alma olayını analiz etmek için çoklu dizi hizalama yöntemlerini kullanmıştır.<sup id="cite_ref-prinzie_30-0" class="reference"><a href="#cite_note-prinzie-30"><span class="cite-bracket">[</span>30<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Yazılım"><span id="Yaz.C4.B1l.C4.B1m"></span>Yazılım</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=25" title="Değiştirilen bölüm: Yazılım" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=25" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Yazılım"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div role="note" class="hatnote navigation-not-searchable">Ana madde: <a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalama_yaz%C4%B1l%C4%B1m%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Dizi hizalama yazılımı (sayfa mevcut değil)">Dizi hizalama yazılımı</a></div> <p>Algoritma ve hizalama tipine göre kategorize edilmiş yazılımları daha geniş bir listesi <a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalama_yaz%C4%B1l%C4%B1m%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Dizi hizalama yazılımı (sayfa mevcut değil)">dizi hizalama yazılımı</a> maddesinde verilmiştir. Genel dizi hizalama problemlerinde yaygın kullanılan araçlar arasında <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www2.ebi.ac.uk/clustalw/">ClustalW</a> 22 Aralık 2010 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101222190305/http://www.ebi.ac.uk/clustalw/">arşivlendi</a>. ve <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20080918022531/http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi">T-coffee</a>, veritabanı araması için de <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20080723173847/http://www.ncbi.nih.gov/BLAST">BLAST</a> ve <a rel="nofollow" class="external text" href="http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_list2.shtml">FASTA3x</a> 7 Haziran 2010 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20100607170039/http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_list2.shtml">arşivlendi</a>. sayılabilir. </p><p>Hizalama algoritma ve yazılımlarını karşılaştırmak için <a href="/w/index.php?title=BAliBASE&action=edit&redlink=1" class="new" title="BAliBASE (sayfa mevcut değil)">BAliBASE</a> adlı <a href="/w/index.php?title=Sistem_test_program%C4%B1&action=edit&redlink=1" class="new" title="Sistem test programı (sayfa mevcut değil)">sistem test programı</a> (<i>benchmark</i>) referans çoklu dizi hizalamaları mevcuttur.<sup id="cite_ref-thompson2_31-0" class="reference"><a href="#cite_note-thompson2-31"><span class="cite-bracket">[</span>31<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Bu veri grubu yapısal hizalamalardan oluşmaktadır, sadece diziye dayalı yöntemler için bunun bir standart oluşturduğu düşünülebilir. Çoğu hizalama yönteminin göreceli performansı, sıklıkla görülen hizalama problemleri için belirlenmiş ve sonuçlar <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20121130084356/http://bips.u-strasbg.fr/fr/Products/Databases/BAliBASE/prog_scores.html">BAliBASE</a> sitesinde yayımlanmıştır.<sup id="cite_ref-thompson3_32-0" class="reference"><a href="#cite_note-thompson3-32"><span class="cite-bracket">[</span>32<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Farklı hizalama araçları için BAliBASE skorlarının kapsamlı bir listesi <a rel="nofollow" class="external text" href="http://3d-alignment.eu/">STRAP</a> 5 Mart 2012 tarihinde <a href="/wiki/Wayback_Machine" title="Wayback Machine">Wayback Machine</a> sitesinde <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20120305165323/http://3d-alignment.eu/">arşivlendi</a>. sitesinde hesaplanabilir. </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Kaynakça"><span id="Kaynak.C3.A7a"></span>Kaynakça</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&veaction=edit&section=26" title="Değiştirilen bölüm: Kaynakça" class="mw-editsection-visualeditor"><span>değiştir</span></a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&action=edit&section=26" title="Bölümün kaynak kodunu değiştir: Kaynakça"><span>kaynağı değiştir</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <style data-mw-deduplicate="TemplateStyles:r32805677">.mw-parser-output .reflist{font-size:90%;margin-bottom:0.5em;list-style-type:decimal}.mw-parser-output .reflist .references{font-size:100%;margin-bottom:0;list-style-type:inherit}.mw-parser-output .reflist-columns-2{column-count:2}.mw-parser-output .reflist-columns-3{column-count:3}.mw-parser-output .reflist-columns{margin-top:0.3em}.mw-parser-output .reflist-columns ol{margin-top:0}.mw-parser-output .reflist-columns li{page-break-inside:avoid;break-inside:avoid-column}.mw-parser-output .reflist-upper-alpha{list-style-type:upper-alpha}.mw-parser-output .reflist-upper-roman{list-style-type:upper-roman}.mw-parser-output .reflist-lower-alpha{list-style-type:lower-alpha}.mw-parser-output .reflist-lower-greek{list-style-type:lower-greek}.mw-parser-output .reflist-lower-roman{list-style-type:lower-roman}</style><div class="reflist reflist-columns references-column-width reflist-columns-2"> <ol class="references"> <li id="cite_note-mount-1"><strong>^</strong> <a href="#cite_ref-mount_1-0"><sup><i><b>a</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-mount_1-1"><sup><i><b>b</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-mount_1-2"><sup><i><b>c</b></i></sup></a> <span class="reference-text"><cite class="kaynak kitap">Mount DM. (2004). <i>Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis</i> (2 bas.). Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. <a href="/wiki/Uluslararas%C4%B1_Standart_Kitap_Numaras%C4%B1" title="Uluslararası Standart Kitap Numarası">ISBN</a> <a href="/wiki/%C3%96zel:KitapKaynaklar%C4%B1/0-87969-608-7" title="Özel:KitapKaynakları/0-87969-608-7">0-87969-608-7</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Bioinformatics%3A+Sequence+and+Genome+Analysis&rft.edition=2&rft.pub=Cold+Spring+Harbor+Laboratory+Press%3A+Cold+Spring+Harbor%2C+NY.&rft.date=2004&rft.isbn=0-87969-608-7&rft.au=Mount+DM.&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span> <span class="error mw-ext-cite-error" lang="tr" dir="ltr"><span style="font-weight: bold; font-size: 75%; color:inherit;">Kaynak hatası:</span> <span style="font-weight: normal; font-size: 75%; color:inherit;">Geçersiz <code><ref></code> etiketi: "mount" adı farklı içerikte birden fazla tanımlanmış (Bkz: <a href="/wiki/Vikipedi:Kaynak_g%C3%B6sterme" title="Vikipedi:Kaynak gösterme">Kaynak gösterme</a>)</span></span></span> </li> <li id="cite_note-predict-2"><strong><a href="#cite_ref-predict_2-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak web"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11337480">"Ng PC, Henikoff S. Predicting deleterious amino acid substitutions. Genome Res. 2001 May;11(5):863-74"</a>. 26 Eylül 2011 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20110926065733/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11337480">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Ng+PC%2C+Henikoff+S.+Predicting+deleterious+amino+acid+substitutions.+Genome+Res.+2001+May%3B11%285%29%3A863-74.&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed%2F11337480&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-Schneider-3"><strong><a href="#cite_ref-Schneider_3-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Schneider TD, Stephens RM (1990). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=2172928">"Sequence logos: a new way to display consensus sequences"</a>. <i>Nucleic Acids Res</i>. Cilt 18. ss. 6097-6100. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar/18.20.6097">10.1093/nar/18.20.6097</a>. <a href="/wiki/PubMed_Central#PMCID" title="PubMed Central">PMC</a> <span class="plainlinks"><a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC332411">332411</a> $2</span>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2172928">2172928</a>. 12 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20200512163317/https://academic.oup.com/nar">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Sequence+logos%3A+a+new+way+to+display+consensus+sequences&rft.pages=6097-6100&rft.date=1990&rft_id=%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC332411&rft_id=info%3Apmid%2F2172928&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fnar%2F18.20.6097&rft.au=Schneider+TD%2C+Stephens+RM&rft_id=http%3A%2F%2Fnar.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D2172928&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-brudno-4"><strong><a href="#cite_ref-brudno_4-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Brudno M, Malde S, Poliakov A, Do CB, Couronne O, Dubchak I, Batzoglou S (2003). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.today/20130113052133/http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12855437">"Glocal alignment: finding rearrangements during alignment"</a>. <i>Bioinformatics</i>. Cilt 19 Suppl 1. ss. i54-62. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1005">10.1093/bioinformatics/btg1005</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12855437">12855437</a>. 13 Ocak 2013 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12855437">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Glocal+alignment%3A+finding+rearrangements+during+alignment&rft.pages=i54-62&rft.date=2003&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fbioinformatics%2Fbtg1005&rft_id=info%3Apmid%2F12855437&rft.au=Brudno+M%2C+Malde+S%2C+Poliakov+A%2C+Do+CB%2C+Couronne+O%2C+Dubchak+I%2C+Batzoglou+S&rft_id=http%3A%2F%2Fbioinformatics.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D12855437&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-wang-5"><strong><a href="#cite_ref-wang_5-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Wang L, Jiang T. (1994). "On the complexity of multiple sequence alignment". <i>J Comput Biol</i>. Cilt 1. ss. 337-48. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8790475">8790475</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=On+the+complexity+of+multiple+sequence+alignment&rft.pages=337-48&rft.date=1994&rft_id=info%3Apmid%2F8790475&rft.au=Wang+L%2C+Jiang+T.&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-lipman-6"><strong><a href="#cite_ref-lipman_6-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Lipman DJ, Altschul SF, Kececioglu JD (1989). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=2734293">"A tool for multiple sequence alignment"</a>. <i>Proc Natl Acad Sci USA</i>. Cilt 86. ss. 4412-5. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1073/pnas.86.12.4412">10.1073/pnas.86.12.4412</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2734293">2734293</a>. 10 Eylül 2017 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20170910230739/http://www.pnas.org/content/86/12/4412.long">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=A+tool+for+multiple+sequence+alignment&rft.pages=4412-5&rft.date=1989&rft_id=info%3Adoi%2F10.1073%2Fpnas.86.12.4412&rft_id=info%3Apmid%2F2734293&rft.au=Lipman+DJ%2C+Altschul+SF%2C+Kececioglu+JD&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.pnas.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D2734293&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-higgins-7"><strong><a href="#cite_ref-higgins_7-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Higgins DG, Sharp PM (1988). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20190214115625/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0378-1119(88)90330-7">"CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer"</a>. <i>Gene</i>. <b>73</b> (1). ss. 237-44. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/0378-1119%2888%2990330-7">10.1016/0378-1119(88)90330-7</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3243435">3243435</a>. 14 Şubat 2019 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0378-1119(88)90330-7">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=CLUSTAL%3A+a+package+for+performing+multiple+sequence+alignment+on+a+microcomputer&rft.pages=237-44&rft.date=1988&rft_id=info%3Adoi%2F10.1016%2F0378-1119%2888%2990330-7&rft_id=info%3Apmid%2F3243435&rft.au=Higgins+DG%2C+Sharp+PM&rft_id=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2F0378-1119%2888%2990330-7&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-thompson-8"><strong><a href="#cite_ref-thompson_8-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. (1994). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7984417">"CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice"</a>. <i>Nucleic Acids Res</i>. Cilt 22. ss. 4673-80. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673">10.1093/nar/22.22.4673</a>. <a href="/wiki/PubMed_Central#PMCID" title="PubMed Central">PMC</a> <span class="plainlinks"><a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308517">308517</a> $2</span>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7984417">7984417</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=CLUSTAL+W%3A+improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting%2C+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice&rft.pages=4673-80&rft.date=1994&rft_id=%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC308517&rft_id=info%3Apmid%2F7984417&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fnar%2F22.22.4673&rft.au=Thompson+JD%2C+Higgins+DG%2C+Gibson+TJ.&rft_id=http%3A%2F%2Fnar.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D7984417&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-chenna-9"><strong><a href="#cite_ref-chenna_9-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. (2003). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12824352">"Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs"</a>. <i>Nucleic Acids Res</i>. Cilt 31. ss. 3497-500. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar/gkg500">10.1093/nar/gkg500</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12824352">12824352</a>. 27 Nisan 2020 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20200427223154/https://academic.oup.com/nar">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Multiple+sequence+alignment+with+the+Clustal+series+of+programs&rft.pages=3497-500&rft.date=2003&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fnar%2Fgkg500&rft_id=info%3Apmid%2F12824352&rft.au=Chenna+R%2C+Sugawara+H%2C+Koike+T%2C+Lopez+R%2C+Gibson+TJ%2C+Higgins+DG%2C+Thompson+JD.&rft_id=http%3A%2F%2Fnar.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D12824352&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-notredame-10"><strong><a href="#cite_ref-notredame_10-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Notredame C, Higgins DG, Heringa J. (2000). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20191017224037/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022-2836(00)94042-7">"T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment"</a>. <i>J Mol Biol</i>. <b>302</b> (1). ss. 205-17. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.4042">10.1006/jmbi.2000.4042</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10964570">10964570</a>. 17 Ekim 2019 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022-2836(00)94042-7">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=T-Coffee%3A+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment&rft.pages=205-17&rft.date=2000&rft_id=info%3Adoi%2F10.1006%2Fjmbi.2000.4042&rft_id=info%3Apmid%2F10964570&rft.au=Notredame+C%2C+Higgins+DG%2C+Heringa+J.&rft_id=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0022-2836%2800%2994042-7&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-hirosawa-11"><strong><a href="#cite_ref-hirosawa_11-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Hirosawa M, Totoki Y, Hoshida M, Ishikawa M. (1995). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20090221194345/http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/11/1/13">"Comprehensive study on iterative algorithms of multiple sequence alignment"</a>. <i>Comput Appl Biosci</i>. Cilt 11. ss. 13-8. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/11.1.13">10.1093/bioinformatics/11.1.13</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7796270">7796270</a>. 21 Şubat 2009 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/11/1/13">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Comprehensive+study+on+iterative+algorithms+of+multiple+sequence+alignment&rft.pages=13-8&rft.date=1995&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fbioinformatics%2F11.1.13&rft_id=info%3Apmid%2F7796270&rft.au=Hirosawa+M%2C+Totoki+Y%2C+Hoshida+M%2C+Ishikawa+M.&rft_id=http%3A%2F%2Fbioinformatics.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fcontent%2Fabstract%2F11%2F1%2F13&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-karplus-12"><strong><a href="#cite_ref-karplus_12-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Karplus K, Barrett C, Hughey R. (1998). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.today/20130113033844/http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=9927713">"Hidden Markov models for detecting remote protein homologies"</a>. <i>Bioinformatics</i>. <b>14</b> (10). ss. 846-856. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.10.846">10.1093/bioinformatics/14.10.846</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9927713">9927713</a>. 13 Ocak 2013 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=9927713">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Hidden+Markov+models+for+detecting+remote+protein+homologies&rft.pages=846-856&rft.date=1998&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fbioinformatics%2F14.10.846&rft_id=info%3Apmid%2F9927713&rft.au=Karplus+K%2C+Barrett+C%2C+Hughey+R.&rft_id=http%3A%2F%2Fbioinformatics.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D9927713&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-chothia-13"><strong><a href="#cite_ref-chothia_13-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Chothia C, Lesk AM. (Nisan 1986). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/sim_embo-journal_1986-04_5_4/page/823">"The relation between the divergence of sequence and structure in proteins"</a>. <i>EMBO J</i>. <b>5</b> (4). ss. 823-6. <a href="/wiki/PubMed_Central#PMCID" title="PubMed Central">PMC</a> <span class="plainlinks"><a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1166865">1166865</a> $2</span>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3709526">3709526</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=The+relation+between+the+divergence+of+sequence+and+structure+in+proteins&rft.pages=823-6&rft.date=1986-04&rft_id=%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC1166865&rft_id=info%3Apmid%2F3709526&rft.au=Chothia+C%2C+Lesk+AM.&rft_id=https%3A%2F%2Farchive.org%2Fdetails%2Fsim_embo-journal_1986-04_5_4%2Fpage%2F823&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-skolnick-14"><strong>^</strong> <a href="#cite_ref-skolnick_14-0"><sup><i><b>a</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-skolnick_14-1"><sup><i><b>b</b></i></sup></a> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Zhang Y, Skolnick J. (2005). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15653774">"The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library"</a>. <i>Proc Natl Acad Sci USA</i>. Cilt 102. ss. 1029-34. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1073/pnas.0407152101">10.1073/pnas.0407152101</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15653774">15653774</a>. 8 Mart 2020 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20200308141431/http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15653774">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=The+protein+structure+prediction+problem+could+be+solved+using+the+current+PDB+library&rft.pages=1029-34&rft.date=2005&rft_id=info%3Adoi%2F10.1073%2Fpnas.0407152101&rft_id=info%3Apmid%2F15653774&rft.au=Zhang+Y%2C+Skolnick+J.&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.pnas.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D15653774&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-holm-15"><strong><a href="#cite_ref-holm_15-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Holm L, Sander C (1996). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.sciencemag.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8662544">"Mapping the protein universe"</a>. <i>Science</i>. Cilt 273. ss. 595-603. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1126/science.273.5275.595">10.1126/science.273.5275.595</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8662544">8662544</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Mapping+the+protein+universe&rft.pages=595-603&rft.date=1996&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.273.5275.595&rft_id=info%3Apmid%2F8662544&rft.au=Holm+L%2C+Sander+C&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D8662544&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-taylor-16"><strong><a href="#cite_ref-taylor_16-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Taylor WR, Flores TP, Orengo CA. (1994). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.proteinscience.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7849601">"Multiple protein structure alignment"</a>. <i>Protein Sci</i>. Cilt 3. ss. 1858-70. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1002/pro.5560031025">10.1002/pro.5560031025</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7849601">7849601</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Multiple+protein+structure+alignment&rft.pages=1858-70&rft.date=1994&rft_id=info%3Adoi%2F10.1002%2Fpro.5560031025&rft_id=info%3Apmid%2F7849601&rft.au=Taylor+WR%2C+Flores+TP%2C+Orengo+CA.&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.proteinscience.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D7849601&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span><sup class="noprint Inline-Template"><span title="tarihinden beri ölü bağlantı" style="white-space: nowrap;">[<i><a href="/wiki/Vikipedi:D%C4%B1%C5%9F_ba%C4%9Flant%C4%B1lar#Ölü_dış_bağlantılar_için_ne_yapılabilir?" title="Vikipedi:Dış bağlantılar">ölü/kırık bağlantı</a></i>]</span></sup></span> </li> <li id="cite_note-orengo-17"><strong><a href="#cite_ref-orengo_17-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Orengo CA, Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (1997). "CATH--a hierarchic classification of protein domain structures". <i>Structure</i>. Cilt 5. ss. 1093-108. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/S0969-2126%2897%2900260-8">10.1016/S0969-2126(97)00260-8</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9309224">9309224</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=CATH--a+hierarchic+classification+of+protein+domain+structures&rft.pages=1093-108&rft.date=1997&rft_id=info%3Adoi%2F10.1016%2FS0969-2126%2897%2900260-8&rft_id=info%3Apmid%2F9309224&rft.au=Orengo+CA%2C+Michie+AD%2C+Jones+S%2C+Jones+DT%2C+Swindells+MB%2C+Thornton+JM&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-shindyalov-18"><strong><a href="#cite_ref-shindyalov_18-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Shindyalov IN, Bourne PE. (1998). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://peds.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=9796821">"Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path"</a>. <i>Protein Eng</i>. Cilt 11. ss. 739-47. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/protein/11.9.739">10.1093/protein/11.9.739</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9796821">9796821</a>. 25 Eylül 2019 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20190925112807/https://academic.oup.com/peds">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Protein+structure+alignment+by+incremental+combinatorial+extension+%28CE%29+of+the+optimal+path&rft.pages=739-47&rft.date=1998&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fprotein%2F11.9.739&rft_id=info%3Apmid%2F9796821&rft.au=Shindyalov+IN%2C+Bourne+PE.&rft_id=http%3A%2F%2Fpeds.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D9796821&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-felsenstein-19"><strong><a href="#cite_ref-felsenstein_19-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak kitap">Felsenstein J. (2004). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/inferringphyloge0000fels"><i>Inferring Phylogenies</i></a>. Sinauer Associates: Sunderland, MA. <a href="/wiki/Uluslararas%C4%B1_Standart_Kitap_Numaras%C4%B1" title="Uluslararası Standart Kitap Numarası">ISBN</a> <a href="/wiki/%C3%96zel:KitapKaynaklar%C4%B1/0-87893-177-5" title="Özel:KitapKaynakları/0-87893-177-5">0-87893-177-5</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Inferring+Phylogenies&rft.pub=Sinauer+Associates%3A+Sunderland%2C+MA&rft.date=2004&rft.isbn=0-87893-177-5&rft.au=Felsenstein+J.&rft_id=https%3A%2F%2Farchive.org%2Fdetails%2Finferringphyloge0000fels&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-newberg-20"><strong><a href="#cite_ref-newberg_20-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Newberg LA (2008). "Significance of gapped sequence alignments". <i>J Comput Biolo</i>. Cilt 15. 1187-1194. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1089/cmb.2008.0125">10.1089/cmb.2008.0125</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18973434">18973434</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Significance+of+gapped+sequence+alignments&rft.pages=1187-1194&rft.date=2008&rft_id=info%3Adoi%2F10.1089%2Fcmb.2008.0125&rft_id=info%3Apmid%2F18973434&rft.au=Newberg+LA&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-eddy-21"><strong><a href="#cite_ref-eddy_21-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Eddy SR (2008). "A probabilistic model of local sequence alignment that simplifies statistical significance estimation". <i>PLoS Comput Biol</i>. Cilt 4. ss. e1000069. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000069">10.1371/journal.pcbi.1000069</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18516236">18516236</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=A+probabilistic+model+of+local+sequence+alignment+that+simplifies+statistical+significance+estimation&rft.pages=e1000069&rft.date=2008&rft_id=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000069&rft_id=info%3Apmid%2F18516236&rft.au=Eddy+SR&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-NewbergLawrence2009-22"><strong><a href="#cite_ref-NewbergLawrence2009_22-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Newberg LA, Lawrence CE (2009). "Exact Calculation of Distributions on Integers, with Application to Sequence Alignment". <i>J Comput Biolo</i>. <b>16</b> (1). 1-18. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1089/cmb.2008.0137">10.1089/cmb.2008.0137</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19119992">19119992</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Exact+Calculation+of+Distributions+on+Integers%2C+with+Application+to+Sequence+Alignment&rft.pages=1-18&rft.date=2009&rft_id=info%3Adoi%2F10.1089%2Fcmb.2008.0137&rft_id=info%3Apmid%2F19119992&rft.au=Newberg+LA%2C+Lawrence+CE&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-23"><strong><a href="#cite_ref-23">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Kim N, Lee C (2008). "Bioinformatics detection of alternative splicing". <i>Methods Mol. Biol</i>. Cilt 452. ss. 179-97. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1007/978-1-60327-159-2_9">10.1007/978-1-60327-159-2_9</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18566765">18566765</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Bioinformatics+detection+of+alternative+splicing&rft.pages=179-97&rft.date=2008&rft_id=info%3Adoi%2F10.1007%2F978-1-60327-159-2_9&rft_id=info%3Apmid%2F18566765&rft.au=Kim+N%2C+Lee+C&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-24"><strong><a href="#cite_ref-24">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Li JB, Levanon EY, Yoon JK; ve diğerleri. (Mayıs 2009). "Genome-wide identification of human RNA editing sites by parallel DNA capturing and sequencing". <i>Science</i>. <b>324</b> (5931). ss. 1210-3. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1126/science.1170995">10.1126/science.1170995</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19478186">19478186</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Genome-wide+identification+of+human+RNA+editing+sites+by+parallel+DNA+capturing+and+sequencing&rft.pages=1210-3&rft.date=2009-05&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1170995&rft_id=info%3Apmid%2F19478186&rft.au=Li+JB%2C+Levanon+EY%2C+Yoon+JK&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Di%C4%9Ferlerinin_yanl%C4%B1%C5%9F_kullan%C4%B1m%C4%B1" title="Kategori:KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı">link</a>) KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-25"><strong><a href="#cite_ref-25">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Blazewicz J, Bryja M, Figlerowicz M; ve diğerleri. (Haziran 2009). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/sim_computational-biology-and-chemistry_2009-06_33_3/page/224">"Whole genome assembly from 454 sequencing output via modified DNA graph concept"</a>. <i>Comput Biol Chem</i>. <b>33</b> (3). ss. 224-30. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2009.04.005">10.1016/j.compbiolchem.2009.04.005</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19477687">19477687</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Whole+genome+assembly+from+454+sequencing+output+via+modified+DNA+graph+concept&rft.pages=224-30&rft.date=2009-06&rft_id=info%3Adoi%2F10.1016%2Fj.compbiolchem.2009.04.005&rft_id=info%3Apmid%2F19477687&rft.au=Blazewicz+J%2C+Bryja+M%2C+Figlerowicz+M&rft_id=https%3A%2F%2Farchive.org%2Fdetails%2Fsim_computational-biology-and-chemistry_2009-06_33_3%2Fpage%2F224&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Di%C4%9Ferlerinin_yanl%C4%B1%C5%9F_kullan%C4%B1m%C4%B1" title="Kategori:KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı">link</a>) KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-26"><strong><a href="#cite_ref-26">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Duran C, Appleby N, Vardy M, Imelfort M, Edwards D, Batley J (Mayıs 2009). "Single nucleotide polymorphism discovery in barley using autoSNPdb". <i>Plant Biotechnol. J</i>. <b>7</b> (4). ss. 326-33. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2009.00407.x">10.1111/j.1467-7652.2009.00407.x</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19386041">19386041</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Single+nucleotide+polymorphism+discovery+in+barley+using+autoSNPdb&rft.pages=326-33&rft.date=2009-05&rft_id=info%3Adoi%2F10.1111%2Fj.1467-7652.2009.00407.x&rft_id=info%3Apmid%2F19386041&rft.au=Duran+C%2C+Appleby+N%2C+Vardy+M%2C+Imelfort+M%2C+Edwards+D%2C+Batley+J&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-27"><strong><a href="#cite_ref-27">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Abbott A., Tsay A. (2000). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/sim_sociological-methods-and-research_2000-08_29_1/page/n4">"Sequence Analysis and Optimal Matching Methods in Sociology, Review and Prospect"</a>. <i>Sociological Methods and Research</i>. Cilt 29. ss. 3-33. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1177/0049124100029001001">10.1177/0049124100029001001</a>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Sequence+Analysis+and+Optimal+Matching+Methods+in+Sociology%2C+Review+and+Prospect&rft.pages=3-33&rft.date=2000&rft_id=info%3Adoi%2F10.1177%2F0049124100029001001&rft.au=Abbott+A.%2C+Tsay+A.&rft_id=https%3A%2F%2Farchive.org%2Fdetails%2Fsim_sociological-methods-and-research_2000-08_29_1%2Fpage%2Fn4&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-Barzilay-28"><strong><a href="#cite_ref-Barzilay_28-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Barzilay R, Lee L. (2002). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.cs.cornell.edu/home/llee/papers/gen-msa.pdf">"Bootstrapping Lexical Choice via Multiple-Sequence Alignment"</a> <span style="font-size:85%;">(PDF)</span>. <i>Proceedings of the Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing (EMNLP)</i>. Cilt 10. ss. 164-171. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.3115/1118693.1118715">10.3115/1118693.1118715</a>. 6 Ocak 2010 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20100106064334/http://www.cs.cornell.edu/home/llee/papers/gen-msa.pdf">arşivlendi</a> <span style="font-size:85%;">(PDF)</span><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Bootstrapping+Lexical+Choice+via+Multiple-Sequence+Alignment&rft.pages=164-171&rft.date=2002&rft_id=info%3Adoi%2F10.3115%2F1118693.1118715&rft.au=Barzilay+R%2C+Lee+L.&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.cs.cornell.edu%2Fhome%2Fllee%2Fpapers%2Fgen-msa.pdf&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-29"><strong><a href="#cite_ref-29">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak web">Kondrak, Grzegorz (2002). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20090326085405/http://www.cs.ualberta.ca/~kondrak/papers/thesis.pdf">"Algorithms for Language Reconstruction"</a> <span style="font-size:85%;">(PDF)</span>. University of Toronto, Ontario. 26 Mart 2009 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.cs.ualberta.ca/~kondrak/papers/thesis.pdf">kaynağından</a> <span style="font-size:85%;">(PDF)</span> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: <span class="nowrap">21 Ocak</span> 2007</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Algorithms+for+Language+Reconstruction&rft.pub=University+of+Toronto%2C+Ontario&rft.date=2002&rft.au=Kondrak%2C+Grzegorz&rft_id=http%3A%2F%2Fwww.cs.ualberta.ca%2F~kondrak%2Fpapers%2Fthesis.pdf&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-prinzie-30"><strong><a href="#cite_ref-prinzie_30-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Prinzie A., D. Van den Poel (2006). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://econpapers.repec.org/paper/rugrugwps/05_2F292.htm">"Incorporating sequential information into traditional classification models by using an element/position-sensitive SAM"</a>. <i>Decision Support Systems</i>. <b>42</b> (2). ss. 508-526. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.dss.2005.02.004">10.1016/j.dss.2005.02.004</a>. 10 Mart 2007 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20070310220015/http://econpapers.repec.org/paper/rugrugwps/05_2F292.htm">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Incorporating+sequential+information+into+traditional+classification+models+by+using+an+element%2Fposition-sensitive+SAM&rft.pages=508-526&rft.date=2006&rft_id=info%3Adoi%2F10.1016%2Fj.dss.2005.02.004&rft.au=Prinzie+A.%2C+D.+Van+den+Poel&rft_id=http%3A%2F%2Feconpapers.repec.org%2Fpaper%2Frugrugwps%2F05_2F292.htm&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span> See also Prinzie and Van den Poel's paper <cite class="kaynak dergi">Prinzie, A (2007). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://econpapers.repec.org/paper/rugrugwps/07_2F442.htm">"Predicting home-appliance acquisition sequences: Markov/Markov for Discrimination and survival analysis for modeling sequential information in NPTB models"</a>. <i>Decision Support Systems</i>. <b>44</b> (1). ss. 28-45. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.dss.2007.02.008">10.1016/j.dss.2007.02.008</a>. 10 Ekim 2010 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20101010061001/http://econpapers.repec.org/paper/rugrugwps/07_2F442.htm">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=Predicting+home-appliance+acquisition+sequences%3A+Markov%2FMarkov+for+Discrimination+and+survival+analysis+for+modeling+sequential+information+in+NPTB+models&rft.pages=28-45&rft.date=2007&rft_id=info%3Adoi%2F10.1016%2Fj.dss.2007.02.008&rft.au=Prinzie%2C+A&rft_id=http%3A%2F%2Feconpapers.repec.org%2Fpaper%2Frugrugwps%2F07_2F442.htm&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-thompson2-31"><strong><a href="#cite_ref-thompson2_31-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Thompson JD, Plewniak F, Poch O (1999). <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.today/20130113040547/http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10068696">"BAliBASE: a benchmark alignment database for the evaluation of multiple alignment programs"</a>. <i>Bioinformatics</i>. Cilt 15. ss. 87-8. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.1.87">10.1093/bioinformatics/15.1.87</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10068696">10068696</a>. 13 Ocak 2013 tarihinde <a rel="nofollow" class="external text" href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10068696">kaynağından</a> arşivlendi<span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=BAliBASE%3A+a+benchmark+alignment+database+for+the+evaluation+of+multiple+alignment+programs&rft.pages=87-8&rft.date=1999&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fbioinformatics%2F15.1.87&rft_id=info%3Apmid%2F10068696&rft.au=Thompson+JD%2C+Plewniak+F%2C+Poch+O&rft_id=http%3A%2F%2Fbioinformatics.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D10068696&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> <li id="cite_note-thompson3-32"><strong><a href="#cite_ref-thompson3_32-0">^</a></strong> <span class="reference-text"><cite class="kaynak dergi">Thompson JD, Plewniak F, Poch O. (1999). <a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10373585">"A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs"</a>. <i>Nucleic Acids Res</i>. Cilt 27. ss. 2682-90. <a href="/wiki/Say%C4%B1sal_nesne_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1" title="Sayısal nesne tanımlayıcısı">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar/27.13.2682">10.1093/nar/27.13.2682</a>. <a href="/wiki/PubMed#PubMed_tanımlayıcısı" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10373585">10373585</a>. 25 Eylül 2019 tarihinde kaynağından <a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20190925112807/https://academic.oup.com/nar">arşivlendi</a><span class="reference-accessdate">. Erişim tarihi: 20 Ağustos 2010</span>.</cite><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=unknown&rft.btitle=A+comprehensive+comparison+of+multiple+sequence+alignment+programs&rft.pages=2682-90&rft.date=1999&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fnar%2F27.13.2682&rft_id=info%3Apmid%2F10373585&rft.au=Thompson+JD%2C+Plewniak+F%2C+Poch+O.&rft_id=http%3A%2F%2Fnar.oxfordjournals.org%2Fcgi%2Fpmidlookup%3Fview%3Dlong%26pmid%3D10373585&rfr_id=info%3Asid%2Ftr.wikipedia.org%3ADizi+hizalamas%C4%B1" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="citation-comment" style="display:none; color:#33aa33; margin-left:0.3em">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (<a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">link</a>) </span></span> </li> </ol></div> <div role="navigation" class="navbox authority-control" aria-labelledby="Otorite_kontrolü_frameless&#124;text-top&#124;10px&#124;alt=Bunu_Vikiveri&#039;de_düzenleyin&#124;link=https&#58;//www.wikidata.org/wiki/Q827246&#124;class=noprint&#124;Bunu_Vikiveri&#039;de_düzenleyin" style="padding:3px"><table class="nowraplinks hlist navbox-inner" style="border-spacing:0;background:transparent;color:inherit"><tbody><tr><th id="Otorite_kontrolü_frameless&#124;text-top&#124;10px&#124;alt=Bunu_Vikiveri&#039;de_düzenleyin&#124;link=https&#58;//www.wikidata.org/wiki/Q827246&#124;class=noprint&#124;Bunu_Vikiveri&#039;de_düzenleyin" scope="row" class="navbox-group" style="width:1%"><a href="/wiki/Otorite_kontrol%C3%BC" title="Otorite kontrolü">Otorite kontrolü</a> <span class="mw-valign-text-top noprint" typeof="mw:File/Frameless"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Q827246" title="Bunu Vikiveri'de düzenleyin"><img alt="Bunu Vikiveri'de düzenleyin" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/10px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png" decoding="async" width="10" height="10" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/15px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/20px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png 2x" data-file-width="20" data-file-height="20" /></a></span></th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><span class="nowrap"><a href="/wiki/Kongre_K%C3%BCt%C3%BCphanesi_Kontrol_Numaras%C4%B1" title="Kongre Kütüphanesi Kontrol Numarası">LCCN</a>: <span class="uid"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://id.loc.gov/authorities/subjects/sh2008009623">sh2008009623</a></span></span></li> <li><span class="nowrap"><a href="/wiki/%C4%B0srail_Ulusal_K%C3%BCt%C3%BCphanesi" title="İsrail Ulusal Kütüphanesi">NLI</a>: <span class="uid"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://olduli.nli.org.il/F/?func=find-b&local_base=NLX10&find_code=UID&request=987007542557105171">987007542557105171</a></span></span></li></ul> </div></td></tr></tbody></table></div></div><noscript><img src="https://login.wikimedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?type=1x1" alt="" width="1" height="1" style="border: none; position: absolute;"></noscript> <div class="printfooter" data-nosnippet="">"<a dir="ltr" href="https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Dizi_hizalaması&oldid=32595691">https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Dizi_hizalaması&oldid=32595691</a>" sayfasından alınmıştır</div></div> <div id="catlinks" class="catlinks" data-mw="interface"><div id="mw-normal-catlinks" class="mw-normal-catlinks"><a href="/wiki/%C3%96zel:Kategoriler" title="Özel:Kategoriler">Kategori</a>: <ul><li><a href="/wiki/Kategori:Biyoenformatik" title="Kategori:Biyoenformatik">Biyoenformatik</a></li><li><a href="/w/index.php?title=Kategori:Berimsel_filogenetik&action=edit&redlink=1" class="new" title="Kategori:Berimsel filogenetik (sayfa mevcut değil)">Berimsel filogenetik</a></li></ul></div><div id="mw-hidden-catlinks" class="mw-hidden-catlinks mw-hidden-cats-hidden">Gizli kategoriler: <ul><li><a href="/wiki/Kategori:Kaynak_g%C3%B6sterme_hatas%C4%B1_bulunan_maddeler" title="Kategori:Kaynak gösterme hatası bulunan maddeler">Kaynak gösterme hatası bulunan maddeler</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Birden_fazla_ad:_yazar_listesi" title="Kategori:KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi">KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:%C3%96l%C3%BC_d%C4%B1%C5%9F_ba%C4%9Flant%C4%B1lar%C4%B1_olan_maddeler" title="Kategori:Ölü dış bağlantıları olan maddeler">Ölü dış bağlantıları olan maddeler</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:KB1_bak%C4%B1m:_Di%C4%9Ferlerinin_yanl%C4%B1%C5%9F_kullan%C4%B1m%C4%B1" title="Kategori:KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı">KB1 bakım: Diğerlerinin yanlış kullanımı</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:Webar%C5%9Fiv_%C5%9Fablonu_wayback_ba%C4%9Flant%C4%B1lar%C4%B1" title="Kategori:Webarşiv şablonu wayback bağlantıları">Webarşiv şablonu wayback bağlantıları</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:K%C4%B1rm%C4%B1z%C4%B1_ba%C4%9Flant%C4%B1ya_sahip_ana_madde_%C5%9Fablonu_i%C3%A7eren_maddeler" title="Kategori:Kırmızı bağlantıya sahip ana madde şablonu içeren maddeler">Kırmızı bağlantıya sahip ana madde şablonu içeren maddeler</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:LCCN_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1_olan_Vikipedi_maddeleri" title="Kategori:LCCN tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri">LCCN tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri</a></li><li><a href="/wiki/Kategori:NLI_tan%C4%B1mlay%C4%B1c%C4%B1s%C4%B1_olan_Vikipedi_maddeleri" title="Kategori:NLI tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri">NLI tanımlayıcısı olan Vikipedi maddeleri</a></li></ul></div></div> </div> </main> </div> <div class="mw-footer-container"> <footer id="footer" class="mw-footer" > <ul id="footer-info"> <li id="footer-info-lastmod"> Sayfa en son 13.50, 27 Nisan 2024 tarihinde değiştirildi.</li> <li id="footer-info-copyright">Metin <a rel="nofollow" class="external text" href="//creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.tr">Creative Commons Atıf-AynıLisanslaPaylaş Lisansı</a> altındadır ve ek koşullar uygulanabilir. Bu siteyi kullanarak <a class="external text" href="https://foundation.wikimedia.org/wiki/Special:MyLanguage/Policy:Terms_of_Use/tr">Kullanım Şartlarını</a> ve <a class="external text" href="https://foundation.wikimedia.org/wiki/Special:MyLanguage/Policy:Privacy_policy/tr">Gizlilik Politikasını</a> kabul etmiş olursunuz.<br />Vikipedi® (ve Wikipedia®) kâr amacı gütmeyen kuruluş olan <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.wikimediafoundation.org/">Wikimedia Foundation, Inc.</a> tescilli markasıdır.<br /></li> </ul> <ul id="footer-places"> <li id="footer-places-privacy"><a href="https://foundation.wikimedia.org/wiki/Special:MyLanguage/Policy:Privacy_policy">Gizlilik politikası</a></li> <li id="footer-places-about"><a href="/wiki/Vikipedi:Hakk%C4%B1nda">Vikipedi hakkında</a></li> <li id="footer-places-disclaimers"><a href="/wiki/Vikipedi:Genel_sorumluluk_reddi">Sorumluluk reddi</a></li> <li id="footer-places-wm-codeofconduct"><a href="https://foundation.wikimedia.org/wiki/Special:MyLanguage/Policy:Universal_Code_of_Conduct">Davranış Kuralları</a></li> <li id="footer-places-developers"><a href="https://developer.wikimedia.org">Geliştiriciler</a></li> <li id="footer-places-statslink"><a href="https://stats.wikimedia.org/#/tr.wikipedia.org">İstatistikler</a></li> <li id="footer-places-cookiestatement"><a href="https://foundation.wikimedia.org/wiki/Special:MyLanguage/Policy:Cookie_statement">Çerez politikası</a></li> <li id="footer-places-mobileview"><a href="//tr.m.wikipedia.org/w/index.php?title=Dizi_hizalamas%C4%B1&mobileaction=toggle_view_mobile" class="noprint stopMobileRedirectToggle">Mobil görünüm</a></li> </ul> <ul id="footer-icons" class="noprint"> <li id="footer-copyrightico"><a href="https://wikimediafoundation.org/" class="cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--size-large cdx-button--fake-button--enabled"><img src="/static/images/footer/wikimedia-button.svg" width="84" height="29" alt="Wikimedia Foundation" loading="lazy"></a></li> <li id="footer-poweredbyico"><a href="https://www.mediawiki.org/" class="cdx-button cdx-button--fake-button cdx-button--size-large cdx-button--fake-button--enabled"><img src="/w/resources/assets/poweredby_mediawiki.svg" alt="Powered by MediaWiki" width="88" height="31" loading="lazy"></a></li> </ul> </footer> </div> </div> </div> <div class="vector-settings" id="p-dock-bottom"> <ul></ul> </div><script>(RLQ=window.RLQ||[]).push(function(){mw.config.set({"wgHostname":"mw-web.codfw.main-694cf4987f-79k4p","wgBackendResponseTime":235,"wgPageParseReport":{"limitreport":{"cputime":"0.405","walltime":"0.541","ppvisitednodes":{"value":1902,"limit":1000000},"postexpandincludesize":{"value":87754,"limit":2097152},"templateargumentsize":{"value":391,"limit":2097152},"expansiondepth":{"value":11,"limit":100},"expensivefunctioncount":{"value":5,"limit":500},"unstrip-depth":{"value":0,"limit":20},"unstrip-size":{"value":54383,"limit":5000000},"entityaccesscount":{"value":1,"limit":400},"timingprofile":["100.00% 435.506 1 -total"," 67.15% 292.430 1 Şablon:Kaynakça"," 26.40% 114.955 29 Şablon:Dergi_kaynağı"," 18.09% 78.771 1 Şablon:Otorite_kontrolü"," 13.08% 56.965 2 Şablon:Kitap_kaynağı"," 11.03% 48.056 1 Şablon:Ölü_bağlantı"," 10.07% 43.859 1 Şablon:Düzelt"," 9.13% 39.742 1 Şablon:Category_handler"," 5.91% 25.731 9 Şablon:Webarşiv"," 4.98% 21.701 3 Şablon:Ana"]},"scribunto":{"limitreport-timeusage":{"value":"0.210","limit":"10.000"},"limitreport-memusage":{"value":3091108,"limit":52428800}},"cachereport":{"origin":"mw-web.codfw.main-f69cdc8f6-s7r2r","timestamp":"20241122182931","ttl":2592000,"transientcontent":false}}});});</script> <script type="application/ld+json">{"@context":"https:\/\/schema.org","@type":"Article","name":"Dizi hizalamas\u0131","url":"https:\/\/tr.wikipedia.org\/wiki\/Dizi_hizalamas%C4%B1","sameAs":"http:\/\/www.wikidata.org\/entity\/Q827246","mainEntity":"http:\/\/www.wikidata.org\/entity\/Q827246","author":{"@type":"Organization","name":"Wikimedia projelerine katk\u0131da bulunanlar"},"publisher":{"@type":"Organization","name":"Wikimedia Foundation, Inc.","logo":{"@type":"ImageObject","url":"https:\/\/www.wikimedia.org\/static\/images\/wmf-hor-googpub.png"}},"datePublished":"2010-08-20T06:04:17Z"}</script> </body> </html>