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リボンダイアグラム - Wikipedia

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class="wb-otherproject-link wb-otherproject-commons mw-list-item"><a href="https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Ribbon_diagrams" hreflang="en"><span>コモンズ</span></a></li><li id="t-wikibase" class="wb-otherproject-link wb-otherproject-wikibase-dataitem mw-list-item"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Special:EntityPage/Q4993850" title="関連付けられたデータリポジトリ項目へのリンク [g]" accesskey="g"><span>ウィキデータ項目</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> </div> <div class="vector-column-end"> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav class="vector-page-tools-landmark" aria-label="ページツール"> <div id="vector-page-tools-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> <nav class="vector-appearance-landmark" aria-label="表示"> <div id="vector-appearance-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-appearance" class="vector-appearance vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-appearance-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="appearance-pinned" data-pinnable-element-id="vector-appearance" data-pinned-container-id="vector-appearance-pinned-container" data-unpinned-container-id="vector-appearance-unpinned-container" > <div class="vector-pinnable-header-label">表示</div> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.pin">サイドバーに移動</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-appearance.unpin">非表示</button> </div> </div> </div> </nav> </div> </div> <div id="bodyContent" class="vector-body" aria-labelledby="firstHeading" data-mw-ve-target-container> <div class="vector-body-before-content"> <div class="mw-indicators"> </div> <div id="siteSub" class="noprint">出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』</div> </div> <div id="contentSub"><div id="mw-content-subtitle"></div></div> <div id="mw-content-text" class="mw-body-content"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="ja" dir="ltr"><figure typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Myoglobin.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/60/Myoglobin.png/250px-Myoglobin.png" decoding="async" width="250" height="253" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/60/Myoglobin.png/375px-Myoglobin.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/60/Myoglobin.png/500px-Myoglobin.png 2x" data-file-width="1159" data-file-height="1173" /></a><figcaption><a href="/wiki/%E3%83%98%E3%83%A0" title="ヘム">ヘム</a>(灰色の棒)と<a href="/wiki/%E9%85%B8%E7%B4%A0" title="酸素">酸素</a>(赤い球)が結合した<a href="/wiki/%E3%83%9F%E3%82%AA%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%B3" title="ミオグロビン">ミオグロビン</a>のリボンダイアグラム (<span class="plainlinks"><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDB</a>: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/structure/1MBO">1MBO</a></span>&#8203;)</figcaption></figure> <p><b>リボンダイアグラム</b>(<a href="/wiki/%E8%8B%B1%E8%AA%9E" title="英語">英</a>&#58; <span lang="en">Ribbon diagram</span>)は、<b>リチャードソンダイアグラム</b>とも呼ばれ、<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA" title="タンパク質">タンパク質</a>の構造を<a href="/wiki/3%E6%AC%A1%E5%85%83" title="3次元">三次元</a>的に模式的に表現した、現在使用されている最も一般的なタンパク質の描写方法の1つである。リボンはタンパク質骨格の全体的な経路と構成を三次元で示していて、右上の画像にあるミオグロビンの活性部位に結合している酸素原子の球のように、完全な原子構造の詳細を取り付けるための視覚的な枠組みとしての役割を果たしている。リボンダイアグラムは、<a href="/wiki/%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%9A%E3%83%97%E3%83%81%E3%83%89" class="mw-redirect" title="ポリペプチド">ポリペプチド</a>骨格を貫く滑らかな曲線を補間して作成したもので、<a href="/wiki/%CE%91%E3%83%98%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%B9" title="Αヘリックス">α-ヘリックス</a>はコイル状のリボンまたは太いチューブで、<a href="/wiki/%CE%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%83%89" class="mw-redirect" title="Βストランド">β-ストランド</a>は矢印で、非反復コイルまたはループは線または細いチューブで示している。ポリペプチド鎖の方向は、矢印によって局所的に示され、全体的にはリボンの長手方向に沿った色変化で示されることもある<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">&#91;</span>1<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。 </p><p>リボンダイアグラムは、シンプルでありながら強力で、分子構造の視覚的な基部(ねじれ、折りたたみ、展開)を表現している。この方法は、タンパク質構造の全体的な構成をうまく描写することに成功し、その三次元的な性質を反映して、構造生物学の専門家だけでなく、他の科学者や学生、一般の人々も<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">&#91;</span>2<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、この複雑な物体の理解を深めることができた。 </p> <meta property="mw:PageProp/toc" /> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="歴史"><span id=".E6.AD.B4.E5.8F.B2"></span>歴史</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&amp;action=edit&amp;section=1" title="節を編集: 歴史"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/99/TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png/250px-TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png" decoding="async" width="250" height="190" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/99/TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png/375px-TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/99/TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png/500px-TriosePhosphateIsomerase_Ribbon_pastel_photo_mat.png 2x" data-file-width="2980" data-file-height="2264" /></a><figcaption><a href="/wiki/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC" title="トリオースリン酸イソメラーゼ">トリオースリン酸イソメラーゼ</a>モノマーのリボンダイアグラム (J. リチャードソン, 1981) (<span class="plainlinks"><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDB</a>: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/structure/1TIM">1TIM</a></span>&#8203;)</figcaption></figure> <p>1980年に<span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%83%BC%E3%83%B3_S._%E3%83%AA%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%BC%E3%83%89%E3%82%BD%E3%83%B3&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「ジェーン S. リチャードソン」 (存在しないページ)">ジェーン S. リチャードソン</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Jane_S._Richardson" class="extiw" title="en:Jane S. Richardson">英語版</a>)</span></span>によって手書きされた最初のリボンダイアグラム(それ以前の個人のイラストに影響された)は<sup id="cite_ref-earlyRib2_3-0" class="reference"><a href="#cite_note-earlyRib2-3"><span class="cite-bracket">&#91;</span>3<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、タンパク質の三次元構造を体系的に作成した最初の概略図であった<sup id="cite_ref-earlyRib2_3-1" class="reference"><a href="#cite_note-earlyRib2-3"><span class="cite-bracket">&#91;</span>3<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup><sup id="cite_ref-MethEnz2_4-0" class="reference"><a href="#cite_note-MethEnz2-4"><span class="cite-bracket">&#91;</span>4<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。これらは、<i>Advances in Protein Chemistry</i>誌に掲載された論文のために<sup id="cite_ref-Adv2_5-0" class="reference"><a href="#cite_note-Adv2-5"><span class="cite-bracket">&#91;</span>5<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、タンパク質構造の分類を説明するために作成された(現在、<a rel="nofollow" class="external text" href="http://kinemage.biochem.duke.edu/teaching/anatax/">Anatax</a>からオンラインで注釈付きの形で入手可能)。これらの図面は、原子座標の<a href="/wiki/%CE%91%E7%82%AD%E7%B4%A0" title="Α炭素">Cα</a>トレースを印刷したトレーシングペーパーの上にペンで輪郭を描き、色鉛筆やパステルで陰影をつけたもので<sup id="cite_ref-6" class="reference"><a href="#cite_note-6"><span class="cite-bracket">&#91;</span>6<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、位置を保持し、主鎖経路を滑らかにし、視覚的な外観を明確にするために小さな局所的偏位を取り入れている<sup id="cite_ref-MethEnz2_4-1" class="reference"><a href="#cite_note-MethEnz2-4"><span class="cite-bracket">&#91;</span>4<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。右のトリオースイソメラーゼのリボンダイアグラムの他にも、<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:PrealbuminDimer_ribbon.jpg">プレアルブミン</a>、<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:Flavodoxin_ribbon_BWline.jpg">フラボドキシン</a>、<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:2SOD_ribbon_pastel.jpg">Cu,Znスーパーオキシドディスムターゼ</a>などが手書きで描かれている。 </p><p>1982年、<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Arthur_M._Lesk" class="extiw" title="en:Arthur M. Lesk">Arthur M. Lesk</a>と共同研究者は、<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">Protein Data Bank</a>ファイルを入力として使用する計算機的な実装により、リボンダイアグラムの自動生成を初めて可能にした<sup id="cite_ref-7" class="reference"><a href="#cite_note-7"><span class="cite-bracket">&#91;</span>7<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。この概念的にシンプルな<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0" title="アルゴリズム">アルゴリズム</a>は、<a href="/wiki/%E4%B8%89%E6%AC%A1%E9%96%A2%E6%95%B0" title="三次関数">3次多項式</a><a href="/wiki/B%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%B3" class="mw-redirect" title="Bスプライン">Bスプライン</a>曲線をペプチド平面にフィットさせる。最近のグラフィックシステムのほとんどは、基本的な描画プリミティブとして、Bスプラインまたは<span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E3%82%A8%E3%83%AB%E3%83%9F%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%B3&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「エルミートスプライン」 (存在しないページ)">エルミートスプライン</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Hermite_spline" class="extiw" title="en:Hermite spline">英語版</a>)</span></span>が用意されている。ある種類のスプライン実装では、各Cαガイドポイントを通過させることで、正確ではあるが途切れた曲線を生成する。手書きのリボンも、ほとんどのコンピュータのリボンも(ここに示すものなど)、約4つの連続したガイドポイント(通常はペプチドの中間点)の上で平滑化され、より視覚的に美しく、理解しやすい表現を作り出す。滑らかなβ-ストランドを維持しながら、らせん状のスパイラルに適切な半径を与えるために、スプラインは局所的な曲率に比例したオフセットで修正することができる。この方法は、Mike CarsonがRibbonsプログラム<sup id="cite_ref-8" class="reference"><a href="#cite_note-8"><span class="cite-bracket">&#91;</span>8<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>で最初に開発したもので、その後、右上のリボン画像を作成した<span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E3%82%AD%E3%83%8D%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%83%A5&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「キネマージュ」 (存在しないページ)">キネマージュ</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Kinemage" class="extiw" title="en:Kinemage">英語版</a>)</span></span>グラフィックス<sup id="cite_ref-9" class="reference"><a href="#cite_note-9"><span class="cite-bracket">&#91;</span>9<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>用のオープンソースのMageプログラムなど、他の分子グラフィックスソフトウェアでも採用された。(例: <a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:1xk8_trimer_ribbon.jpg">1XK8トリマー</a>、<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:DNApolymerase-DNA_complex_2HHV_ribbon.jpg">DNAポリメラーゼ</a>) </p><p>リボンダイアグラムは、その登場から現在にいたるまで、タンパク質の構造を表す最も一般的な図であり、ジャーナルや教科書の表紙に使われる一般的な選択肢となっている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="現在のコンピュータプログラム"><span id=".E7.8F.BE.E5.9C.A8.E3.81.AE.E3.82.B3.E3.83.B3.E3.83.94.E3.83.A5.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.83.97.E3.83.AD.E3.82.B0.E3.83.A9.E3.83.A0"></span>現在のコンピュータプログラム</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&amp;action=edit&amp;section=2" title="節を編集: 現在のコンピュータプログラム"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Tubby-1c8z-pymol.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Tubby-1c8z-pymol.png/160px-Tubby-1c8z-pymol.png" decoding="async" width="160" height="163" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Tubby-1c8z-pymol.png/241px-Tubby-1c8z-pymol.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Tubby-1c8z-pymol.png/321px-Tubby-1c8z-pymol.png 2x" data-file-width="944" data-file-height="960" /></a><figcaption> <span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E3%82%BF%E3%83%93%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「タビータンパク質」 (存在しないページ)">タビータンパク質</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Tubby_protein" class="extiw" title="en:Tubby protein">英語版</a>)</span></span>の<a href="/wiki/PyMOL" title="PyMOL">PyMol</a>リボン構造 (<span class="plainlinks"><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDB</a>: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/structure/1C8Z">1C8Z</a></span>&#8203;)</figcaption></figure> <p>リボンダイアグラムの描画に使用される人気のあるプログラムの1つに<a href="/w/index.php?title=Molscript&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「Molscript」 (存在しないページ)">Molscript</a>がある。Molscriptは、エルミートスプラインを利用して、コイル、ターン、ストランド、およびヘリックスの座標を作成する。その曲線は、方向ベクトルによって導かれるすべての制御点(<a href="/wiki/%CE%91%E7%82%AD%E7%B4%A0" title="Α炭素">Cα</a>原子)を通過する。このプログラムは、Arthur M. Lesk、Karl Hardman、John Priestleによって伝統的な分子グラフィックスをベースに構築された<sup id="cite_ref-10" class="reference"><a href="#cite_note-10"><span class="cite-bracket">&#91;</span>10<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。<a href="/wiki/Jmol" title="Jmol">Jmol</a>は、ウェブ上で分子構造を閲覧するためのオープンソースのJavaベースのビューアで、リボンを簡略化した「漫画」バージョンも含まれている。他にも、DeepView(例:<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:Urease-1E9Z.jpg">ウレアーゼ</a>)やMolMol(例:<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:1lkkA_SH2_domain.png">SH2ドメイン</a>)などのグラフィックプログラムでもリボンダイアグラムを作成する。KiNGは<sup id="cite_ref-11" class="reference"><a href="#cite_note-11"><span class="cite-bracket">&#91;</span>11<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、Mageの後継となるJavaベースのソフトウェアである(例:α溶血素の<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:AlphaHemolysin_membrane_heptamer_7AHL_VwDownPore.jpg">上面図</a>と<a class="external text" href="https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:AlphaHemolysin_membrane_heptamer_7AHL_sideVw.jpg">側面図</a>)。 </p><p><span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=UCSF_Chimera&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「UCSF Chimera」 (存在しないページ)">UCSF Chimera</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/UCSF_Chimera" class="extiw" title="en:UCSF Chimera">英語版</a>)</span></span>は、リボンなどの<span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E7%A7%91%E5%AD%A6%E6%8A%80%E8%A1%93%E5%90%91%E3%81%91%E3%83%93%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%BC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「科学技術向けビジュアライゼーション」 (存在しないページ)">可視化</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_visualization" class="extiw" title="en:Scientific visualization">英語版</a>)</span></span>も含む強力な分子モデリングプログラムで、特に<a href="/wiki/%E4%BD%8E%E6%B8%A9%E9%9B%BB%E5%AD%90%E9%A1%95%E5%BE%AE%E9%8F%A1%E6%B3%95" title="低温電子顕微鏡法">低温電子顕微鏡</a>データの輪郭形状と組み合わせる機能が特徴である<sup id="cite_ref-12" class="reference"><a href="#cite_note-12"><span class="cite-bracket">&#91;</span>12<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>。<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Warren_DeLano" class="extiw" title="en:Warren DeLano">Warren DeLano</a>による<a href="/wiki/PyMOL" title="PyMOL">PyMOL</a>は<sup id="cite_ref-13" class="reference"><a href="#cite_note-13"><span class="cite-bracket">&#91;</span>13<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup>、人気の高い柔軟な分子グラフィックスプログラムで(<a href="/wiki/Python" title="Python">Python</a>ベース)、対話的モードで動作し、リボンダイアグラムやその他の多くのプレゼンテーション品質の2D画像を作成する。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="特徴"><span id=".E7.89.B9.E5.BE.B4"></span>特徴</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&amp;action=edit&amp;section=3" title="節を編集: 特徴"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg" class="mw-file-description"><img alt="Spiral helix ribbons, beta-strand arrows, and smoothed loops, hand-drawn by Jane Richardson" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/dd/Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg/220px-Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg" decoding="async" width="220" height="423" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/dd/Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg/330px-Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/dd/Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg/440px-Ribbon-drawing_3-techniques_v.jpg 2x" data-file-width="590" data-file-height="1134" /></a><figcaption>αヘリックス、βシート、ループをリボンで描画したオリジナルの表現。</figcaption></figure> <table class="wikitable"> <tbody><tr> <th>二次構造<sup id="cite_ref-MethEnz_14-0" class="reference"><a href="#cite_note-MethEnz-14"><span class="cite-bracket">&#91;</span>14<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup><sup id="cite_ref-Adv_15-0" class="reference"><a href="#cite_note-Adv-15"><span class="cite-bracket">&#91;</span>15<span class="cite-bracket">&#93;</span></a></sup> </th> <th> </th></tr> <tr> <td>α-ヘリックス </td> <td>円筒形のスパイラルリボンで、リボンの平面はペプチドの平面にほぼ沿っている。 </td></tr> <tr> <td>β-ストランド </td> <td>幅の約4分の1の厚みの矢印は、アミノ末端からカルボキシ末端までのストランドの方向とねじれを示している。隣り合うストランドが一体となってねじれているため、βシートは一体化して見える。 </td></tr> <tr> <th>ループとその他 </th> <th> </th></tr> <tr> <td>非反復ループ </td> <td>手前が太く、奥に向かって細くなっていく丸いロープは、Cαトレースの滑らかな経路に沿っている。 </td></tr> <tr> <td>ループとヘリックスの接合部 </td> <td>丸いロープが徐々に平らになり、細いらせん状のリボンになる。 </td></tr> <tr> <th>その他の機能 </th> <th> </th></tr> <tr> <td>ポリペプチドの方向、NH2末端とCOOH末端 </td> <td>終端または文字の片方または両方に小さな矢印、または文字がある。β-ストランドの場合は、矢印の方向で十分である。今日、ポリペプチド鎖の方向は、色変化で示すことが多い。 </td></tr> <tr> <td>ジスルフィド結合 </td> <td>結合したSSシンボルや、様式化された稲妻のようなジグザグ。 </td></tr> <tr> <td>補欠分子族または阻害剤 </td> <td>棒人形または<a href="/wiki/%E7%90%83%E6%A3%92%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%AB" title="球棒モデル">球棒モデル</a>。 </td></tr> <tr> <td>金属 </td> <td>球。 </td></tr> <tr> <td>陰影と色 </td> <td>陰影や色は、図に立体感を与える。一般的に、手前にあるものが最もコントラストが高く、奥にあるものが最も低い。 </td></tr></tbody></table> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="参照項目"><span id=".E5.8F.82.E7.85.A7.E9.A0.85.E7.9B.AE"></span>参照項目</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&amp;action=edit&amp;section=4" title="節を編集: 参照項目"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%B9&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="「分子グラフィックス」 (存在しないページ)">分子グラフィックス</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_graphics" class="extiw" title="en:Molecular graphics">英語版</a>)</span></span></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="脚注"><span id=".E8.84.9A.E6.B3.A8"></span>脚注</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&amp;action=edit&amp;section=5" title="節を編集: 脚注"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>&#160; </p> <ol class="references"> <li id="cite_note-1"><b><a href="#cite_ref-1">^</a></b> <span class="reference-text"><cite class="citation web" style="font-style:normal">Smith, Thomas J.&#32;(October 27, 2005).&#32;“<a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20020328153147/http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html">Displaying and Analyzing Atomic Structures on the Macintosh</a>”.&#32; Danforth Plant Science Center.&#32;28 March 2002時点の<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html">オリジナル</a>よりアーカイブ。<span title="">2021年4月16日</span>閲覧。</cite></span> </li> <li id="cite_note-2"><b><a href="#cite_ref-2">^</a></b> <span class="reference-text"><cite style="font-style:normal" class="citation journal">Richardson,&#32;D. C.&#59;&#32;Richardson,&#32;J. S.&#32;(January 2002).&#32;<a rel="nofollow" class="external text" href="https://iubmb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmb.2002.494030010005">“Teaching Molecular 3-D Literacy”</a>.&#32;<i>Biochemistry and Molecular Biology Education</i>&#32;<b>30</b>&#32;(1): 21–26.&#32;<a href="/wiki/Doi_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="Doi (識別子)">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1002%2Fbmb.2002.494030010005">10.1002/bmb.2002.494030010005</a><span style="display:none;">.&#32;<a rel="nofollow" class="external free" href="https://iubmb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmb.2002.494030010005">https://iubmb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmb.2002.494030010005</a></span>.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.genre=article&amp;rft.atitle=Teaching+Molecular+3-D+Literacy&amp;rft.jtitle=Biochemistry+and+Molecular+Biology+Education&amp;rft.aulast=Richardson&amp;rft.aufirst=D.+C.&amp;rft.au=Richardson%2C%26%2332%3BD.+C.&amp;rft.au=Richardson%2C%26%2332%3BJ.+S.&amp;rft.date=January+2002&amp;rft.volume=30&amp;rft.issue=1&amp;rft.pages=21%E2%80%9326&amp;rft_id=info:doi/10.1002%2Fbmb.2002.494030010005&amp;rft_id=https%3A%2F%2Fiubmb.onlinelibrary.wiley.com%2Fdoi%2Ffull%2F10.1002%2Fbmb.2002.494030010005&amp;rfr_id=info:sid/ja.wikipedia.org:%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0"><span style="display: none;">&#160;</span></span></span> </li> <li id="cite_note-earlyRib2-3">^ <a href="#cite_ref-earlyRib2_3-0"><sup><i><b>a</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-earlyRib2_3-1"><sup><i><b>b</b></i></sup></a> <span class="reference-text"><cite style="font-style:normal" class="citation" id="CITEREFRichardson2000">Richardson,&#32;Jane S.&#32;(2000),&#32;“Early ribbon drawings of proteins”,&#32;<i>Nature Structural Biology</i>&#32;<b>7</b>&#32;(8): 624–625,&#32;<a href="/wiki/Doi_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="Doi (識別子)">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038%2F77912">10.1038/77912</a>,&#32;<style data-mw-deduplicate="TemplateStyles:r101121245">.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output 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<li id="cite_note-MethEnz2-4">^ <a href="#cite_ref-MethEnz2_4-0"><sup><i><b>a</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-MethEnz2_4-1"><sup><i><b>b</b></i></sup></a> <span class="reference-text"><cite style="font-style:normal" class="citation" id="CITEREFRichardson1985">Richardson,&#32;Jane S.&#32;(1985),&#32;<a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/diffractionmetho0000unse/page/359">“Schematic Drawings of Protein Structures”</a>,&#32;<i>Methods in Enzymology</i>,&#32;Methods in Enzymology&#32;<b>115</b>: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.org/details/diffractionmetho0000unse/page/359">359–380</a>,&#32;<a href="/wiki/Doi_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="Doi (識別子)">doi</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016%2F0076-6879%2885%2915026-3">10.1016/0076-6879(85)15026-3</a>,&#32;<link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/ISBN" 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