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lang="en">en</span></a>) </small></li><li><span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4%E5%88%86%E5%85%89%E6%B3%95&action=edit&redlink=1" class="new" title="タンパク質核磁気共鳴分光法 (存在しないページ)">NMR構造決定</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Nuclear_magnetic_resonance_spectroscopy_of_proteins" class="extiw" title="en:Nuclear magnetic resonance spectroscopy of proteins">英語版</a>）</span></span></li></ul></div></td></tr><tr style=""><th scope="col" colspan="2" class="" style="text-align:center; background-color: #ccf">コンタクト</th></tr><tr class="" style="" itemprop=""><th scope="row" style="text-align:left; white-space:nowrap; white-space: nowrap">主要引用</th><td class="" style="" itemprop=""> <style data-mw-deduplicate="TemplateStyles:r101121245">.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:var(--color-error,#d33)}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:var(--color-error,#d33)}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:var(--color-success,#3a3);margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}</style><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30357364/">30357364</a></td></tr><tr style=""><th scope="col" colspan="2" class="" style="text-align:center; background-color: #ccf">アクセス</th></tr><tr class="" style="" itemprop=""><th scope="row" style="text-align:left; white-space:nowrap; white-space: nowrap"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%88" title="ファイルフォーマット">データフォーマット</a></th><td class="" style="" itemprop=""> <span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=Crystallographic_Information_File&action=edit&redlink=1" class="new" title="Crystallographic Information File (存在しないページ)">mmCIF</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Crystallographic_Information_File" class="extiw" title="en:Crystallographic Information File">英語版</a>）</span></span>, <span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=Protein_Data_Bank_(%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%BD%A2%E5%BC%8F)&action=edit&redlink=1" class="new" title="Protein Data Bank (ファイル形式) (存在しないページ)">PDB</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank_(file_format)" class="extiw" title="en:Protein Data Bank (file format)">英語版</a>）</span></span></td></tr><tr class="" style="" itemprop=""><th scope="row" style="text-align:left; white-space:nowrap; white-space: nowrap">ウェブサイト</th><td class="" style="" itemprop=""> <div class="plainlist"> <ul><li><span class="url"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.wwPDB.org/">www<wbr />.wwpdb<wbr />.org</a></span></li> <li><span class="url"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/">www<wbr />.ebi<wbr />.ac<wbr />.uk<wbr />/pdbe<wbr />/</a></span></li> <li><span class="url"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/">www<wbr />.rcsb<wbr />.org</a></span></li> <li><span class="url"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bmrb.wisc.edu/">www<wbr />.bmrb<wbr />.wisc<wbr />.edu</a></span></li> <li><span class="url"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://pdbj.org/">pdbj<wbr />.org</a></span></li></ul> </div></td></tr><tr style=""><th scope="col" colspan="2" class="" style="text-align:center; background-color: #ccf">ツール</th></tr><tr style=""><th scope="col" colspan="2" class="" style="text-align:center; background-color: #ccf">その他</th></tr><tr class="noprint"><td colspan="2" style="text-align:right; font-size:85%;"><a href="/wiki/Template:Infobox_biodatabase" title="Template:Infobox biodatabase">テンプレートを表示</a></td></tr></tbody></table><p><b>蛋白質構造データバンク</b>（たんぱくしつこうぞうデータバンク、<b>PDB</b>: Protein Data Bank）は、<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>（タンパク質）、<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸、</a><a href="/wiki/%E7%B3%96%E9%8E%96" title="糖鎖">糖鎖</a>など生体高分子の3次元構造の原子座標（<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">立体配座</a>）を蓄積している国際的な公共の<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>である。PDBに蓄積されている構造データは、結晶解析法、核磁気共鳴法（<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4" title="核磁気共鳴">NMR法</a>）、<a href="/wiki/%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%AA%E9%9B%BB%E5%AD%90%E9%A1%95%E5%BE%AE%E9%8F%A1" class="mw-redirect" title="クライオ電子顕微鏡">クライオ電子顕微鏡</a>法の3つの検証可能な手法によって実験的に決定されたデータである。なお、理論的な予測（<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%B8%AC" title="タンパク質構造予測">蛋白質構造予測</a>）で推定されたデータは蓄積していない。 </p><p>世界中の<a href="/wiki/%E6%A7%8B%E9%80%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="構造生物学">構造生物学</a>者が決定した構造情報は、論文発表前にPDBに登録することが義務付けられており、論文発表と同時にPDBへ登録済みの構造データが一般公開される仕組みになっている。PDBの運営は日米欧の各拠点機関が国際的に協力することで成り立っており、南北アメリカとオセアニア地区で解析されたデータは米国で、欧州とアフリカ地区からのデータは欧州で、アジア・中東地区で解析されたデータは日本でデータ登録処理が行われる。日本の拠点活動は、<a href="/wiki/%E5%A4%A7%E9%98%AA%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="大阪大学蛋白質研究所">大阪大学蛋白質研究所</a>のProtein Data Bank Japan（PDBj）が担当している。PDBに登録されたデータは、事前に日米欧の各拠点間でデータ交換され、<a href="/wiki/%E3%83%91%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%89%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3" title="パブリックドメイン">パブリックドメイン</a>のもとで完全に同一なデータとして一般公開される。 </p><p>PDBは、生命科学研究の中心的なデータベースのひとつである。<a href="/wiki/%E6%A7%8B%E9%80%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="構造生物学">構造生物学</a>をはじめとする基礎研究のみならず、<a href="/wiki/%E5%89%B5%E8%96%AC" title="創薬">創薬</a>や<a href="/wiki/%E9%A3%9F%E5%93%81%E5%B7%A5%E5%AD%A6" title="食品工学">食品工学</a>、細胞工学などの応用分野でも欠かせない情報源となっている。<a href="/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9" title="バイオインフォマティクス">バイオインフォマティクス</a>の研究でも、PDBに代表される3次元分子構造データベースは重要な研究対象である。PDBから派生したデータベースとプロジェクトは非常に多く、蛋白質の構造・機能・進化のそれぞれの側面から、PDBの構造データの統合や分類が行われている。 </p> <meta property="mw:PageProp/toc" /> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="歴史"><span id=".E6.AD.B4.E5.8F.B2"></span>歴史</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=1" title="節を編集: 歴史"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><b>BNL PDBとして</b> </p><p>1971年に、<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E5%90%88%E8%A1%86%E5%9B%BD" title="アメリカ合衆国">アメリカ合衆国</a>の<a href="/wiki/%E3%83%96%E3%83%AB%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%98%E3%83%96%E3%83%B3%E5%9B%BD%E7%AB%8B%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="ブルックヘブン国立研究所">ブルックヘブン国立研究所（BNL)</a>と英国のThe Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)が共同でPDBを設立し、PDBへのデータ登録はブルックヘブン国立研究所が単独で行っていた。設立以来PDBデータの<a href="/wiki/%E7%A3%81%E6%B0%97%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%97" title="磁気テープ">磁気テープ</a>による公開はブルックヘブン国立研究所とCCDCにより行われていたが、1976年に東京大学大型計算機センターもこれに加わった。1979年からは磁気テープによる日本国内へのデータ配布活動は、大阪大学蛋白質研究所が担うことになった。 </p><p><b>RCSB PDBとして</b> </p><p>1998年に、米国プロジェクトとしてのPDBは<a href="/wiki/%E3%83%96%E3%83%AB%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%98%E3%83%96%E3%83%B3%E5%9B%BD%E7%AB%8B%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="ブルックヘブン国立研究所">ブルックヘブン国立研究所</a>から<a rel="nofollow" class="external text" href="http://home.rcsb.org/">構造バイオインフォマティクス研究共同体</a> (RCSB; Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) に移管され、同研究共同体 (RCSB) がPDBの登録業務を担当し、PDBのマスターファイル管理をすることになった。並行して欧州ではEMBL-EBIにMacromolecular Structure Databaseが立ち上がり、BNLと共同で開発されたAutodepシステムを用いたデータ登録が開始された。2000年には大阪大学蛋白質研究所でもRCSB PDBの協力により、アジア地区からのデータ登録受付を開始した。 </p><p><b>wwPDBとして</b> </p> <div id="wwPDB"> <p>2003年、日米欧の各拠点で別々にデータ登録が行わていたPDBの運営をより公式なものとし、世界同一の基準でデータ登録を行うことを目的として、RCSBを含む次の3つの研究組織により<a href="/wiki/Worldwide_Protein_Data_Bank" class="mw-redirect" title="Worldwide Protein Data Bank">Worldwide Protein Data Bank</a> (wwPDB) が結成された。2006年には<span title="リンク先の項目はまだありません。新規の執筆や他言語版からの翻訳が望まれます。"><a href="/w/index.php?title=%E7%94%9F%E4%BD%93%E5%88%86%E5%AD%90%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&redlink=1" class="new" title="生体分子磁気共鳴データバンク (存在しないページ)">生体分子磁気共鳴データバンク（BMRB）</a><span style="font-size: 0.77em; font-weight: normal;" class="noprint">（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_Magnetic_Resonance_Data_Bank" class="extiw" title="en:Biological Magnetic Resonance Data Bank">英語版</a>）</span></span>もメンバーに加わり、現在は4つの組織が構成メンバーである。wwPDBは独自に運営諮問会議を毎年開催し、運営諮問委員からの意見に従ってPDBを運営している。wwPDBでは、統一した基準によるデータ登録が行われて完全に同一のデータを公開しているが、データの検索サービスやデータ配布方法には自由度があり、各拠点独自のサービスを提供している。 </p> <ul><li>日本：<a href="/w/index.php?title=%E6%97%A5%E6%9C%AC%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&redlink=1" class="new" title="日本蛋白質構造データバンク (存在しないページ)">日本蛋白質構造データバンク</a> (PDBj)</li> <li>米国：<a href="/w/index.php?title=%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E7%A0%94%E7%A9%B6%E5%85%B1%E5%90%8C%E4%BD%93&action=edit&redlink=1" class="new" title="構造バイオインフォマティクス研究共同体 (存在しないページ)">構造バイオインフォマティクス研究共同体</a> (RCSB PDB)</li> <li>英国：<a href="/w/index.php?title=%E6%AC%A7%E5%B7%9E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&redlink=1" class="new" title="欧州蛋白質構造データバンク (存在しないページ)">欧州蛋白質構造データバンク</a> (PDBe)</li> <li>米国：生体分子磁気共鳴データバンク（BMRB）</li></ul> <p>wwPDBの役割は、PDBの<a href="/wiki/%E7%94%9F%E4%BD%93%E9%AB%98%E5%88%86%E5%AD%90" title="生体高分子">生体高分子</a>の<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>を蓄積した単一の<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>の保守と、PDBデータベースを世界中の研究者コミュニティに無償で公開し利用できるようにすることである。 </p> </div> <p>PDBが設立された当初、<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>が含む<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>の<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>は7つであったが、その後、データベースに登録される構造データ数はほぼ指数関数的に急激に増え、この増加傾向が衰える兆しは無い。PDBのデータの<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.rcsb.org/pdb/contentGrowthChart.do?content=total&seqid=100">増加ペース</a>は、多くの人々により分析の対象となっている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="構造データの内容"><span id=".E6.A7.8B.E9.80.A0.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.81.AE.E5.86.85.E5.AE.B9"></span>構造データの内容</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=2" title="節を編集: 構造データの内容"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>2008年1月22日現在の時点で、PDBの<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>では48555構造の分子の<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>のデータが公開されている。そのうち44742構造が<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>であり、他には<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸</a>、蛋白質核酸複合体、その他の<a href="/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90" title="分子">分子</a>構造が、登録されている。ここ数年は、毎年約5000の新しい構造データが登録され公開されている。構造データは、mmCIFという分子構造データを記述するために開発された形式で、格納されている。 </p><p>注意すべきこととしては、PDBは<a href="/wiki/%E7%94%9F%E4%BD%93%E9%AB%98%E5%88%86%E5%AD%90" title="生体高分子">生体高分子</a>を構成する各<a href="/wiki/%E5%8E%9F%E5%AD%90" title="原子">原子</a>の厳密な配座の情報を格納しているということである（ただし<a href="/wiki/%E6%B0%B4%E7%B4%A0" title="水素">水素</a>以外の原子については、多くの場合は統計的に配座を推定している）。 </p><p>例えば生体高分子の<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9" class="mw-redirect" title="シーケンス">シーケンス</a>データ（特定の蛋白質を生成するための情報を記述した<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8" title="アミノ酸">アミノ酸</a>配列や、特定の核酸を構成する<a href="/wiki/%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89" title="ヌクレオチド">ヌクレオチド</a>配列）のみに関心がある場合は、<a href="/wiki/Swiss-Prot" title="Swiss-Prot">Swiss-Prot</a>や国際<a href="/wiki/%E5%A1%A9%E5%9F%BA%E9%85%8D%E5%88%97" title="塩基配列">塩基配列</a>データベース (INSD; International Nucleotide Sequence Database; <a href="/wiki/DDBJ" class="mw-redirect" title="DDBJ">DDBJ</a>/<a href="/wiki/EMBL" class="mw-redirect" title="EMBL">EMBL</a>/<a href="/wiki/GenBank" title="GenBank">GenBank</a>) の、PDBよりさらに大規模な<a href="/wiki/%E9%85%8D%E5%88%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="配列データベース">配列データベース</a>を使うべきである。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="統計情報"><span id=".E7.B5.B1.E8.A8.88.E6.83.85.E5.A0.B1"></span>統計情報</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=3" title="節を編集: 統計情報"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:PDB_statistics_ja.jpg" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5f/PDB_statistics_ja.jpg/220px-PDB_statistics_ja.jpg" decoding="async" width="220" height="198" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5f/PDB_statistics_ja.jpg/330px-PDB_statistics_ja.jpg 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5f/PDB_statistics_ja.jpg/440px-PDB_statistics_ja.jpg 2x" data-file-width="1000" data-file-height="900" /></a><figcaption>登録データ数の年次推移</figcaption></figure> <p>2014年6月3日現在、<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/pdb/statistics/holdings.do">RCSB</a>のページでは、次の統計情報を公開している。 </p> <table border="0" align="center" style="border: 1px solid #999; background-color:#FFFFFF"> <tbody><tr align="center" bgcolor="#CCCCCC"> <th>解析手法 </th> <th><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a> </th> <th><a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸</a> </th> <th>蛋白質核酸複合体 </th> <th>その他 </th> <th>合計 </th></tr> <tr align="right"> <td align="left"><a href="/wiki/X%E7%B7%9A%E5%9B%9E%E6%8A%98" title="X線回折">X線結晶解析法</a></td> <td>83314</td> <td>1529</td> <td>4346</td> <td>4</td> <td>89193 </td></tr> <tr bgcolor="#EFEFEF" align="right"> <td align="left"><a href="/wiki/%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4" title="核磁気共鳴">NMR法</a></td> <td>9182</td> <td>1082</td> <td>210</td> <td>7</td> <td>10481 </td></tr> <tr align="right"> <td align="left"><a href="/wiki/%E9%9B%BB%E5%AD%90%E9%A1%95%E5%BE%AE%E9%8F%A1" title="電子顕微鏡">電子顕微鏡</a></td> <td>548</td> <td>54</td> <td>174</td> <td>0</td> <td>776 </td></tr> <tr bgcolor="#EFEFEF" align="right"> <td align="left">複合手法</td> <td>59</td> <td>3</td> <td>2</td> <td>1</td> <td>65 </td></tr> <tr align="right"> <td align="left">その他</td> <td>155</td> <td>4</td> <td>6</td> <td>13</td> <td>178 </td></tr> <tr bgcolor="#EFEFEF" align="right"> <td align="left">合計</td> <td>93258</td> <td>2672</td> <td>4738</td> <td>25</td> <td><b>100693</b> </td></tr></tbody></table> <p>PDBの蛋白質データのうち、 </p> <ul><li>78747件の構造は構造因子ファイルを持つ。</li> <li>7795件の構造はNMR束縛ファイルを持つ。</li> <li>1553件の構造は化学シフトファイルを持つ。</li> <li>738件の構造は3次元電子顕微鏡マップファイルを持つ。</li></ul> <p>注意: <a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%B8%AC" title="タンパク質構造予測">蛋白質構造予測</a>により理論的に推定されたモデルは統計に含まれていない（2002年7月2日より前までは含まれていた）。 </p><p>PDBの統計情報のページは<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/pdb/statistics/holdings.do">毎週</a>更新されている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="ファイル形式"><span id=".E3.83.95.E3.82.A1.E3.82.A4.E3.83.AB.E5.BD.A2.E5.BC.8F"></span>ファイル形式</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=4" title="節を編集: ファイル形式"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>PDBの<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>データの<a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%88" title="ファイルフォーマット">ファイル形式</a>は、頻繁な変更と改訂を経ている。もともとのファイル形式は、<a href="/wiki/%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF" title="コンピュータ">コンピュータ</a>の<a href="/wiki/%E3%83%91%E3%83%B3%E3%83%81%E3%82%AB%E3%83%BC%E3%83%89" title="パンチカード">パンチカード</a>の幅の制約に従っていた。 </p> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.rcsb.org/pdb/file_formats/pdb/pdbguide2.2/guide2.2_frame.html">ブルックヘブン国立研究所のスタッフによるPDBファイル形式ガイド</a> PDBファイル形式の仕様を読むことができる。未加工の構造データを見る場合は、事前に読んでおくとよい。</li> <li>PDBでは、最近はPDBデータを<a href="/wiki/Extensible_Markup_Language" title="Extensible Markup Language">XML</a>形式でも提供している（<a rel="nofollow" class="external text" href="http://pdbml.rcsb.org/">PDBML</a>形式）。</li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/">ftp.rcsb.org</a> 未加工のPDBデータをダウンロードできる。</li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/pdb_statistics/index.html&tb=false">PDB統計</a> PDBに関する統計情報を提供している。</li></ul> <p>従来のファイル形式には多くの問題が伴うため、いくつかの「清掃」プロジェクトが行われている。 </p> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml">MMDB; Molecular Modeling DataBase</a> <a href="/wiki/NCBI" class="mw-redirect" title="NCBI">NCBI</a>のプロジェクト</li> <li>wwPDB</li></ul> <p>MMDBは、ASN.1形式を採用しており、またASN.1形式を<a href="/wiki/Extensible_Markup_Language" title="Extensible Markup Language">XML</a>に変換した形式でも提供している。wwPDBは、<a href="#wwPDB">先述</a>したように、RCSB PDB、MSD-EBI、PDBj の3つの組織により構成されており、それぞれの組織の<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>をまたがって一貫した形式でデータを提供している。 </p><p>一定の人々は、こうした状況を肯定的に認識している。別の人々は、構造データを共通のデータベースで利用できなければ、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E4%BD%93%E9%AB%98%E5%88%86%E5%AD%90" title="生体高分子">生体高分子</a>の構造に関する問題について研究者間の会話が成り立たないと、考えている。 </p><p>PDBから提供される構造データには、それぞれ PDB ID という4文字のアルファベットからなる<a href="/wiki/%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90" title="識別子">識別子</a>が、割り当てられている。PDB ID は、生体高分子の識別子として使うことはできない。なぜなら、同じ一つの分子が環境/状況に応じて異なる複数の3次元構造をとるということが、蛋白質などの分子ではよくあるためである。その場合、一つの分子がそのとり得る構造ごとに、複数の PDB ID を割り当てられる。 </p><p>wwPDBでは、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%E8%80%85" title="生物学者">生物学者</a>により<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>や<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸</a>の構造データが登録されると、wwPDBのスタッフがその構造データを検証し注釈（<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%8E%E3%83%86%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" title="アノテーション">アノテーション</a>）をつける。その後、データは<a href="/wiki/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" title="ソフトウェア">ソフトウェア</a>により妥当性を検証される。この妥当性検証ソフトウェアの<a href="/wiki/%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89" title="ソースコード">ソースコード</a>は、無償で公開されている。先述したとおり、wwPDBでも、実験的に決定された構造データの登録のみを受け付け、<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%B8%AC" title="タンパク質構造予測">蛋白質構造予測</a>により理論的に推定された構造データは受け付けていない。 </p><p>現在、さまざまな配分機関や自然科学系<a href="/wiki/%E5%AD%A6%E8%A1%93%E9%9B%91%E8%AA%8C" title="学術雑誌">学術雑誌</a>が、自分たちが関わって決定した構造データをPDBに登録する科学者を必要としている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="構造データを見る"><span id=".E6.A7.8B.E9.80.A0.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.82.92.E8.A6.8B.E3.82.8B"></span>構造データを見る</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=5" title="節を編集: 構造データを見る"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Rasmol1.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/57/Rasmol1.png/220px-Rasmol1.png" decoding="async" width="220" height="175" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/57/Rasmol1.png/330px-Rasmol1.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/57/Rasmol1.png/440px-Rasmol1.png 2x" data-file-width="864" data-file-height="686" /></a><figcaption>RasMolによる<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>の<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>の視覚化</figcaption></figure> <p>PDBの<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">3次元構造</a>データは、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E4%BD%93%E7%89%A9%E8%B3%AA" title="生体物質">生体物質</a>を視覚化する<a href="/wiki/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" title="ソフトウェア">ソフトウェア</a>を使って見ることができる。このようなソフトウェアをいくつか示す。 </p> <ul><li>RasMol: Roger Sayle により開発された。</li> <li>Jmol: <a href="/wiki/Java" title="Java">Java</a>で開発された。<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8" title="ウェブページ">ウェブページ</a>内で<a href="/wiki/Java%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%83%E3%83%88" title="Javaアプレット">Javaアプレット</a>として使うこともできる。</li> <li><a href="/wiki/PyMOL" title="PyMOL">PyMOL</a>: <a href="/wiki/Python" title="Python">Python</a>で開発された。</li> <li>Chime: <a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%83%96%E3%83%A9%E3%82%A6%E3%82%B6" title="ウェブブラウザ">ウェブブラウザ</a>の<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3" title="プラグイン">プラグイン</a>として使うことができる。</li> <li>ウェブブラウザ <a href="/wiki/VRML" title="VRML">VRML</a>プラグイン</li> <li>STING: <a href="/wiki/%E3%83%96%E3%83%A9%E3%82%B8%E3%83%AB" title="ブラジル">ブラジル</a>の Structural Bioinformatics Group により開発された。蛋白質構造の分析機能を備える。</li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.pdbj.org/jv/index_j.html">jV</a>: 日本蛋白質構造データバンク（PDBj）の活動の一つとして <a href="/wiki/Java" title="Java">Java</a>で開発された。<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8" title="ウェブページ">ウェブページ</a>内で<a href="/wiki/Java%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%83%E3%83%88" title="Javaアプレット">Javaアプレット</a>として使うこともできる。</li></ul> <p>構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB PDB) の<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88" title="ウェブサイト">ウェブサイト</a>ではまた、教育や構造ゲノミクスに関するリソース、および関連するソフトウェアを、提供している。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="参考資料"><span id=".E5.8F.82.E8.80.83.E8.B3.87.E6.96.99"></span>参考資料</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=6" title="節を編集: 参考資料"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="論文"><span id=".E8.AB.96.E6.96.87"></span>論文</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=7" title="節を編集: 論文"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li>H.M. Berman, K. Henrick, H. Nakamura (2003): Announcing the worldwide Protein Data Bank. Nature Structural Biology 10 (12), p. 980 <link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/14634627/">14634627</a>.</li> <li>H.M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N. Bhat, H. Weissig, I.N. Shindyalov, P.E. Bourne: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research, 28 pp. 235-242 (2000). <link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10592235/">10592235</a></li> <li>Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ, Meyer Jr EF, Brice MD, Rodgers JR, Kennard O, Shimanouchi T, Tasumi M. <i>The Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures</i>. J Mol Biol 1977;112:535-542. <link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/875032/">875032</a>.</li> <li>Sussman, JL, Lin, D, Jiang, J, Manning, NO, Prilusky, J, Ritter, O & Abola, EE. <i>Protein data bank (PDB): a database of 3D structural information of biological macromolecules</i>. Acta Cryst 1998; D54:1078-1084. <link rel="mw-deduplicated-inline-style" href="mw-data:TemplateStyles:r101121245"><a href="/wiki/PMID_(%E8%AD%98%E5%88%A5%E5%AD%90)" class="mw-redirect" title="PMID (識別子)">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="//pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10089483/">10089483</a>.</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="オンライン"><span id=".E3.82.AA.E3.83.B3.E3.83.A9.E3.82.A4.E3.83.B3"></span>オンライン</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=8" title="節を編集: オンライン"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.wwpdb.org/">構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB PDB)</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/">欧州バイオインフォマティクス研究所高分子構造データベース (MSD-EBI)</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://pdbj.org/">日本蛋白質構造データバンク (PDBj)</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="脚注"><span id=".E8.84.9A.E6.B3.A8"></span>脚注</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=9" title="節を編集: 脚注"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="noprint" style="float:right; font-size:90%;">[<a href="/wiki/Help:%E8%84%9A%E6%B3%A8/%E8%AA%AD%E8%80%85%E5%90%91%E3%81%91" title="Help:脚注/読者向け"><span title="この欄の操作法">脚注の使い方</span></a>]</div> <p><br /> </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="外部リンク"><span id=".E5.A4.96.E9.83.A8.E3.83.AA.E3.83.B3.E3.82.AF"></span>外部リンク</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=10" title="節を編集: 外部リンク"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="運営組織"><span id=".E9.81.8B.E5.96.B6.E7.B5.84.E7.B9.94"></span>運営組織</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=11" title="節を編集: 運営組織"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li>日本：<a rel="nofollow" class="external text" href="https://pdbj.org">日本蛋白質構造データバンク - PDB Japan - PDBj</a></li> <li>米国：<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.wwpdb.org">wwPDB: Worldwide Protein Data Bank</a>：構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB PDB)</li> <li>英国：<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/">PDBe home < EMBL-EBI</a>：欧州蛋白質構造データバンク</li> <li>米国：<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bmrb.wisc.edu">BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank</a>：生体分子磁気共鳴データバンク</li></ul> <p><br /> </p> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html">欧州バイオインフォマティクス研究所PDB要約 (PDBsum)</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="酵素データベース"><span id=".E9.85.B5.E7.B4.A0.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.83.99.E3.83.BC.E3.82.B9"></span>酵素データベース</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=12" title="節を編集: 酵素データベース"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">蛋白質</a>の一種である<a href="/wiki/%E9%85%B5%E7%B4%A0" title="酵素">酵素</a>の<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a> </p> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.brenda.uni-koeln.de/">BRENDA 酵素データベースポータル</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bioinf.org.uk/pdbsprotec/">PDBSProtEC</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/">Catalytic Site Atlas (CSA) 酵素触媒残基データベース</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/MACiE/">MACiE 酵素反応データベース</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/">EzCatDB 酵素触媒機構データベース</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/">Enzyme Structures Database (PDBsum EC⇒PDB)酵素構造データベース</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="構造データの視覚化ソフトウェア"><span id=".E6.A7.8B.E9.80.A0.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.81.AE.E8.A6.96.E8.A6.9A.E5.8C.96.E3.82.BD.E3.83.95.E3.83.88.E3.82.A6.E3.82.A7.E3.82.A2"></span>構造データの視覚化ソフトウェア</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=13" title="節を編集: 構造データの視覚化ソフトウェア"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS">STING</a></li> <li>RasMol <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/">RasMol</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.openrasmol.org/">RasMol と OpenRasMol</a></li></ul></li> <li><a href="/wiki/PyMOL" title="PyMOL">PyMOL</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://pymol.sourceforge.net/">[1]</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://jmol.sourceforge.net/">Jmol</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://garlic.mefos.hr/garlic/">Garlic</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.expasy.ch/spdbv/mainpage.html">Swiss-PDB Viewer</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://pdbj.org/jv/index_j.html">jV</a>(PDBj Viewer)</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="その他"><span id=".E3.81.9D.E3.81.AE.E4.BB.96"></span>その他</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF&action=edit&section=14" title="節を編集: その他"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html">ExPASy - Swiss-Prot と TrEMBL</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/collab/">国際塩基配列データベース (INSD)</a> - <a href="/wiki/DDBJ" class="mw-redirect" title="DDBJ">DDBJ</a>/<a href="/wiki/EMBL" class="mw-redirect" title="EMBL">EMBL</a>/<a href="/wiki/GenBank" title="GenBank">GenBank</a>が共同で提供している国際的な<a href="/wiki/%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="核酸">核酸</a>の塩基<a href="/wiki/%E9%85%8D%E5%88%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="配列データベース">配列データベース</a></li></ul>    </div><noscript><img src="https://login.wikimedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?useformat=desktop&type=1x1&usesul3=0" alt="" width="1" height="1" style="border: none; position: absolute;"></noscript> <div class="printfooter" data-nosnippet="">「<a dir="ltr" href="https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=蛋白質構造データバンク&oldid=99703423">https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=蛋白質構造データバンク&oldid=99703423</a>」から取得</div></div> <div id="catlinks" class="catlinks" data-mw="interface"><div id="mw-normal-catlinks" class="mw-normal-catlinks"><a href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%82%AB%E3%83%86%E3%82%B4%E3%83%AA" title="特別:カテゴリ">カテゴリ</a>: <ul><li><a href="/wiki/Category:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="Category:生物医学データベース">生物医学データベース</a></li><li><a href="/wiki/Category:%E5%8C%96%E5%AD%A6%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="Category:化学データベース">化学データベース</a></li><li><a href="/wiki/Category:%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9" title="Category:バイオインフォマティクス">バイオインフォマティクス</a></li><li><a href="/wiki/Category:%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA" 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