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href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E8%87%AA%E5%88%86%E3%81%AE%E6%8A%95%E7%A8%BF%E8%A8%98%E9%8C%B2" title="このIPアドレスからなされた編集の一覧 [y]" accesskey="y"><span>投稿記録</span></a></li><li id="pt-anontalk" class="mw-list-item"><a href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%83%88%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8" title="このIPアドレスからなされた編集についての議論 [n]" accesskey="n"><span>トーク</span></a></li> </ul> </div> </div> </div> </div> </nav> </div> </header> </div> <div class="mw-page-container"> <div class="mw-page-container-inner"> <div class="vector-sitenotice-container"> <div id="siteNotice"></div> </div> <div class="vector-column-start"> <div class="vector-main-menu-container"> <div id="mw-navigation"> <nav id="mw-panel" class="vector-main-menu-landmark" aria-label="サイト"> <div id="vector-main-menu-pinned-container" class="vector-pinned-container"> </div> </nav> </div> </div> <div class="vector-sticky-pinned-container"> <nav id="mw-panel-toc" aria-label="目次" data-event-name="ui.sidebar-toc" class="mw-table-of-contents-container vector-toc-landmark"> <div id="vector-toc-pinned-container" class="vector-pinned-container"> <div id="vector-toc" class="vector-toc vector-pinnable-element"> <div class="vector-pinnable-header vector-toc-pinnable-header vector-pinnable-header-pinned" data-feature-name="toc-pinned" data-pinnable-element-id="vector-toc" > <h2 class="vector-pinnable-header-label">目次</h2> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-pin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.pin">サイドバーに移動</button> <button class="vector-pinnable-header-toggle-button vector-pinnable-header-unpin-button" data-event-name="pinnable-header.vector-toc.unpin">非表示</button> </div> <ul class="vector-toc-contents" id="mw-panel-toc-list"> <li id="toc-mw-content-text" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a href="#" class="vector-toc-link"> <div class="vector-toc-text">ページ先頭</div> </a> </li> <li id="toc-概要" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#概要"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1</span> <span>概要</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-概要-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>概要サブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-概要-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-歴史" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#歴史"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1.1</span> <span>歴史</span> </div> </a> <ul id="toc-歴史-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-バイオインフォマティクスの目標" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#バイオインフォマティクスの目標"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1.2</span> <span>バイオインフォマティクスの目標</span> </div> </a> <ul id="toc-バイオインフォマティクスの目標-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-関連分野との関係性" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#関連分野との関係性"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">1.3</span> <span>関連分野との関係性</span> </div> </a> <ul id="toc-関連分野との関係性-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-配列解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#配列解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2</span> <span>配列解析</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-配列解析-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>配列解析サブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-配列解析-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-DNAシーケンサーからの出力データの解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#DNAシーケンサーからの出力データの解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.1</span> <span>DNAシーケンサーからの出力データの解析</span> </div> </a> <ul id="toc-DNAシーケンサーからの出力データの解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-アセンブリ" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#アセンブリ"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.2</span> <span>アセンブリ</span> </div> </a> <ul id="toc-アセンブリ-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-アノテーション" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#アノテーション"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.3</span> <span>アノテーション</span> </div> </a> <ul id="toc-アノテーション-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-計算進化生物学" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#計算進化生物学"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.4</span> <span>計算進化生物学</span> </div> </a> <ul id="toc-計算進化生物学-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-比較ゲノム解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#比較ゲノム解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.5</span> <span>比較ゲノム解析</span> </div> </a> <ul id="toc-比較ゲノム解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-メタゲノム解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#メタゲノム解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.6</span> <span>メタゲノム解析</span> </div> </a> <ul id="toc-メタゲノム解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-パンゲノム解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#パンゲノム解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.7</span> <span>パンゲノム解析</span> </div> </a> <ul id="toc-パンゲノム解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-遺伝的疾患" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#遺伝的疾患"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.8</span> <span>遺伝的疾患</span> </div> </a> <ul id="toc-遺伝的疾患-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-癌細胞の変異解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#癌細胞の変異解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">2.9</span> <span>癌細胞の変異解析</span> </div> </a> <ul id="toc-癌細胞の変異解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-遺伝子とタンパク質の発現" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#遺伝子とタンパク質の発現"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">3</span> <span>遺伝子とタンパク質の発現</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-遺伝子とタンパク質の発現-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>遺伝子とタンパク質の発現サブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-遺伝子とタンパク質の発現-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-遺伝子発現解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#遺伝子発現解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">3.1</span> <span>遺伝子発現解析</span> </div> </a> <ul id="toc-遺伝子発現解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-タンパク質発現解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#タンパク質発現解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">3.2</span> <span>タンパク質発現解析</span> </div> </a> <ul id="toc-タンパク質発現解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-転写調節解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#転写調節解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">3.3</span> <span>転写調節解析</span> </div> </a> <ul id="toc-転写調節解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-細胞組織の解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#細胞組織の解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">4</span> <span>細胞組織の解析</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-細胞組織の解析-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>細胞組織の解析サブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-細胞組織の解析-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-オルガネライメージング" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#オルガネライメージング"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">4.1</span> <span>オルガネライメージング</span> </div> </a> <ul id="toc-オルガネライメージング-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-タンパク質の局在" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#タンパク質の局在"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">4.2</span> <span>タンパク質の局在</span> </div> </a> <ul id="toc-タンパク質の局在-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-染色体における核酸立体構造" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#染色体における核酸立体構造"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">4.3</span> <span>染色体における核酸立体構造</span> </div> </a> <ul id="toc-染色体における核酸立体構造-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-構造生物学" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#構造生物学"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">5</span> <span>構造生物学</span> </div> </a> <ul id="toc-構造生物学-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-ネットワークとシステムバイオロジー" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#ネットワークとシステムバイオロジー"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">6</span> <span>ネットワークとシステムバイオロジー</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-ネットワークとシステムバイオロジー-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>ネットワークとシステムバイオロジーサブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-ネットワークとシステムバイオロジー-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-ネットワーク分析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#ネットワーク分析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">6.1</span> <span>ネットワーク分析</span> </div> </a> <ul id="toc-ネットワーク分析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-システム生物学" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#システム生物学"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">6.2</span> <span>システム生物学</span> </div> </a> <ul id="toc-システム生物学-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-分子相互作用ネットワーク" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#分子相互作用ネットワーク"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">6.3</span> <span>分子相互作用ネットワーク</span> </div> </a> <ul id="toc-分子相互作用ネットワーク-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-テキスト解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#テキスト解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">7</span> <span>テキスト解析</span> </div> </a> <ul id="toc-テキスト解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-画像・動画解析" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#画像・動画解析"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">8</span> <span>画像・動画解析</span> </div> </a> <ul id="toc-画像・動画解析-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-バイオインフォマティクスとコンピュータ" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#バイオインフォマティクスとコンピュータ"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">9</span> <span>バイオインフォマティクスとコンピュータ</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-バイオインフォマティクスとコンピュータ-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>バイオインフォマティクスとコンピュータサブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-バイオインフォマティクスとコンピュータ-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-プログラミング言語" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#プログラミング言語"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">9.1</span> <span>プログラミング言語</span> </div> </a> <ul id="toc-プログラミング言語-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-データベース" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#データベース"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">10</span> <span>データベース</span> </div> </a> <ul id="toc-データベース-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-ソフトウェア" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#ソフトウェア"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11</span> <span>ソフトウェア</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-ソフトウェア-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>ソフトウェアサブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-ソフトウェア-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11.1</span> <span>オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア</span> </div> </a> <ul id="toc-オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-バイオインフォマティクスのWebサービス" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#バイオインフォマティクスのWebサービス"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11.2</span> <span>バイオインフォマティクスのWebサービス</span> </div> </a> <ul id="toc-バイオインフォマティクスのWebサービス-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-バイオインフォマティクスワークフロー管理システム" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#バイオインフォマティクスワークフロー管理システム"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11.3</span> <span>バイオインフォマティクスワークフロー管理システム</span> </div> </a> <ul id="toc-バイオインフォマティクスワークフロー管理システム-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-BioCompute" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#BioCompute"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">11.4</span> <span>BioCompute</span> </div> </a> <ul id="toc-BioCompute-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-教育プラットフォーム" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#教育プラットフォーム"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">12</span> <span>教育プラットフォーム</span> </div> </a> <ul id="toc-教育プラットフォーム-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-学会・国際会議" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#学会・国際会議"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">13</span> <span>学会・国際会議</span> </div> </a> <ul id="toc-学会・国際会議-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-学習参考書" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#学習参考書"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">14</span> <span>学習参考書</span> </div> </a> <ul id="toc-学習参考書-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-脚注" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#脚注"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">15</span> <span>脚注</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-脚注-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>脚注サブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-脚注-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-出典" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#出典"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">15.1</span> <span>出典</span> </div> </a> <ul id="toc-出典-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> <li id="toc-関連項目" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#関連項目"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">16</span> <span>関連項目</span> </div> </a> <ul id="toc-関連項目-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-外部リンク" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-1"> <a class="vector-toc-link" href="#外部リンク"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">17</span> <span>外部リンク</span> </div> </a> <button aria-controls="toc-外部リンク-sublist" class="cdx-button cdx-button--weight-quiet cdx-button--icon-only vector-toc-toggle"> <span class="vector-icon mw-ui-icon-wikimedia-expand"></span> <span>外部リンクサブセクションを切り替えます</span> </button> <ul id="toc-外部リンク-sublist" class="vector-toc-list"> <li id="toc-日本の関連学会" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#日本の関連学会"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">17.1</span> <span>日本の関連学会</span> </div> </a> <ul id="toc-日本の関連学会-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> <li id="toc-外部リンク_2" class="vector-toc-list-item vector-toc-level-2"> <a class="vector-toc-link" href="#外部リンク_2"> <div class="vector-toc-text"> <span class="vector-toc-numb">17.2</span> <span>外部リンク</span> </div> </a> <ul id="toc-外部リンク_2-sublist" class="vector-toc-list"> </ul> </li> </ul> </li> </ul> </div> </div> </nav> </div> </div> <div class="mw-content-container"> <main id="content" class="mw-body"> <header class="mw-body-header vector-page-titlebar"> <nav aria-label="目次" class="vector-toc-landmark"> <div id="vector-page-titlebar-toc" class="vector-dropdown vector-page-titlebar-toc vector-button-flush-left" > <input type="checkbox" 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href="https://la.wikipedia.org/wiki/Informatio_genetica" title="ラテン語: Informatio genetica" lang="la" hreflang="la" data-title="Informatio genetica" data-language-autonym="Latina" data-language-local-name="ラテン語" class="interlanguage-link-target"><span>Latina</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-lb mw-list-item"><a href="https://lb.wikipedia.org/wiki/Bioinformatik" title="ルクセンブルク語: Bioinformatik" lang="lb" hreflang="lb" data-title="Bioinformatik" data-language-autonym="Lëtzebuergesch" data-language-local-name="ルクセンブルク語" class="interlanguage-link-target"><span>Lëtzebuergesch</span></a></li><li class="interlanguage-link interwiki-lfn mw-list-item"><a href="https://lfn.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica" title="リングア・フランカ・ノバ: Bioinformatica" lang="lfn" hreflang="lfn" data-title="Bioinformatica" data-language-autonym="Lingua Franca Nova" data-language-local-name="リングア・フランカ・ノバ" class="interlanguage-link-target"><span>Lingua Franca Nova</span></a></li><li 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id="contentSub"><div id="mw-content-subtitle"></div></div> <div id="mw-content-text" class="mw-body-content"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="ja" dir="ltr"><figure class="mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:WPP_domain_alignment.PNG" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a7/WPP_domain_alignment.PNG/500px-WPP_domain_alignment.PNG" decoding="async" width="500" height="116" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a7/WPP_domain_alignment.PNG/750px-WPP_domain_alignment.PNG 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a7/WPP_domain_alignment.PNG 2x" data-file-width="921" data-file-height="214" /></a><figcaption>バイオインフォマティクスの一例。実験的に決定されたタンパク質のアミノ酸配列をアラインメントしたもの。</figcaption></figure> <figure class="mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Genome_viewer_screenshot_small.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/43/Genome_viewer_screenshot_small.png/220px-Genome_viewer_screenshot_small.png" decoding="async" width="220" height="242" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/43/Genome_viewer_screenshot_small.png/330px-Genome_viewer_screenshot_small.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/43/Genome_viewer_screenshot_small.png/440px-Genome_viewer_screenshot_small.png 2x" data-file-width="490" data-file-height="540" /></a><figcaption><b>ヒトX染色体の地図</b>。<a href="/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ヒトゲノム">ヒトゲノム</a>解析はバイオインフォマティクスの最大の成果の一つである。</figcaption></figure> <p><b>バイオインフォマティクス</b>（<a href="/wiki/%E8%8B%B1%E8%AA%9E" title="英語">英語</a>: <span lang="en"><b>bioinformatics</b></span>）とは、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E7%A7%91%E5%AD%A6" title="生命科学">生命科学</a>と<a href="/wiki/%E6%83%85%E5%A0%B1%E7%A7%91%E5%AD%A6" title="情報科学">情報科学</a>の融合分野のひとつであり、DNAやRNA、タンパク質をはじめとする、生命が持つ様々な「<a href="/wiki/%E6%83%85%E5%A0%B1" title="情報">情報</a>」を対象に、<a href="/wiki/%E6%83%85%E5%A0%B1%E7%A7%91%E5%AD%A6" title="情報科学">情報科学</a>や<a href="/wiki/%E7%B5%B1%E8%A8%88%E5%AD%A6" title="統計学">統計学</a>などのアルゴリズムを用いた方法論やソフトウェアを開発し、またそれらを用いた分析から生命現象を解き明かしていく(<a href="/wiki/In_silico" title="In silico">in silico</a> 解析)ことを目的とした学問分野である。そのためバイオインフォマティクスは広義には、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a>、<a href="/wiki/%E8%A8%88%E7%AE%97%E6%A9%9F%E7%A7%91%E5%AD%A6" title="計算機科学">コンピュータサイエンス</a>、<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%81" title="データ中心アプローチ">情報工学</a>、<a href="/wiki/%E6%95%B0%E5%AD%A6" title="数学">数学</a>、<a href="/wiki/%E7%B5%B1%E8%A8%88%E5%AD%A6" title="統計学">統計学</a>といった様々な学問分野が組み合わさった<a href="/wiki/%E5%AD%A6%E9%9A%9B" title="学際">学際</a>分野自体を指す。日本語では<b>生命情報科学</b>や<b>生物情報学</b>、<b>情報生命科学</b>などと表記される。 </p><p><a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ゲノミクス">ゲノミクス</a>研究の初期においては、遺伝子予測等のゲノミクスに関する分野がバイオインフォマティクスの主要な対象であった。近年ではゲノムを超えて、ゲノムからの<a href="/wiki/%E8%BB%A2%E5%86%99_(%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6)" title="転写 (生物学)">転写</a>物の総体である<a href="/wiki/%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%A0" title="トランスクリプトーム">トランスクリプトーム</a>や、トランスクリプトーム（の一部）が<a href="/wiki/%E7%BF%BB%E8%A8%B3_(%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6)" title="翻訳 (生物学)">翻訳</a>された<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">タンパク質</a>の総体である<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%A0" title="プロテオーム">プロテオーム</a>、タンパク質の二次産物として合成される<a href="/wiki/%E7%B3%96%E9%8E%96" title="糖鎖">糖鎖</a>の総体である<a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%A0" title="グライコーム">グライコーム</a>、更にはゲノムからの直接的に転写・翻訳された実体だけではなく、代謝ネットワーク（<a href="/wiki/%E4%BB%A3%E8%AC%9D%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%97" title="代謝マップ">代謝マップ</a>）によって生じた代謝産物をも含めた総体を考える<a href="/wiki/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%9C%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%A0" title="メタボローム">メタボローム</a>、生物個体の表現形の総体である<a href="/w/index.php?title=%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%A0&action=edit&redlink=1" class="new" title="「フェノーム」 (存在しないページ)">フェノーム</a>など、バイオインフォマティクスが対象とする研究分野は<a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a>全体に拡大・発展しつつある。 </p> <meta property="mw:PageProp/toc" /> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="概要"><span id=".E6.A6.82.E8.A6.81"></span>概要</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=1" title="節を編集: 概要"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Example_DNA_sequence.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a0/Example_DNA_sequence.png/220px-Example_DNA_sequence.png" decoding="async" width="220" height="63" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a0/Example_DNA_sequence.png/330px-Example_DNA_sequence.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a0/Example_DNA_sequence.png/440px-Example_DNA_sequence.png 2x" data-file-width="535" data-file-height="153" /></a><figcaption>遺伝子やゲノム配列はバイオインフォマティクス分野で頻繁に利用される。コンピューターを使用することで、手動よりも簡単確実に管理できる。</figcaption></figure> <p>バイオインフォマティクスの主な研究対象としては、<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>予測、遺伝子機能予測、遺伝子分類、配列アラインメント、ゲノムアセンブリ、タンパク質構造アラインメント、タンパク質構造予測、遺伝子発現解析、タンパク質間相互作用の予測、進化モデリング、<a href="/wiki/%E5%8C%BB%E8%96%AC%E5%93%81%E8%A8%AD%E8%A8%88" title="医薬品設計">ドラッグデザイン</a>、<a href="/wiki/%E5%89%B5%E8%96%AC" title="創薬">創薬</a>、等の、様々な<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%82%B0" title="プログラミング">コンピュータープログラミング</a>を使用した各種の生物学研究分野が挙げられる。また、特に<a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ゲノミクス">ゲノミクス</a>の分野で繰り返し使用されるような特定の解析パイプラインを開発するといった、方法論の開発に関する研究も含まれる。バイオインフォマティクスを活用した研究の一例として、疾患の遺伝的根拠や生物の環境適応、（特に農業分野における）植物や動物の特性解析、個体群間の差異などをよりよく理解するための候補<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>や一<a href="/wiki/%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89" title="ヌクレオチド">塩基</a>多型（<a href="/wiki/%E4%B8%80%E5%A1%A9%E5%9F%BA%E5%A4%9A%E5%9E%8B" title="一塩基多型">SNP</a>）の探索、などがある。さらに、<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90" title="プロテオーム解析">プロテオミクス</a>と呼ばれる<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA" title="タンパク質">タンパク質</a>を対象としたデータをゲノム配列と組み合わせたバイオインフォマティクス研究も進められている<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p><p>今日、バイオインフォマティクスは、生物学の多くの分野で重要な役割を果たしている。例えば<a href="/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="分子生物学">分子生物学</a>研究では、<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%82%B8%E3%82%BF%E3%83%AB%E7%94%BB%E5%83%8F%E5%87%A6%E7%90%86" title="デジタル画像処理">画像処理</a>や<a href="/wiki/%E4%BF%A1%E5%8F%B7%E5%87%A6%E7%90%86" title="信号処理">信号処理</a>などのバイオインフォマティクス技術を利用して、大量の生データから有用な結果を抽出することが行われている。遺伝学の分野では、ゲノム配列や<a href="/wiki/%E7%AA%81%E7%84%B6%E5%A4%89%E7%95%B0" title="突然変異">突然変異</a>した配列の決定と注釈付け(アノテーション)に活用される。生物学的文献の<a href="/wiki/%E3%83%86%E3%82%AD%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0" title="テキストマイニング">テキストマイニング</a>や、生物学的な遺伝子<a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC_(%E6%83%85%E5%A0%B1%E7%A7%91%E5%AD%A6)" title="オントロジー (情報科学)">オントロジー</a>の開発を通じて、膨大に蓄積された生物学的データを利用しやすい形で整理する役割も果たしている。また、遺伝子やタンパク質の発現調節の解析にも、深く関与している。バイオインフォマティクスツールは、遺伝子やゲノムのデータ比較と分析、解釈を支援し、分子生物学の進化的な理解にも貢献している。より統合的なレベルでは、個々の遺伝子や<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA" class="mw-redirect" title="蛋白質">タンパク質</a>の解析から一歩進み、生命を遺伝子やタンパク質のネットワークとして捉え、その総体を<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0" title="システム">システム</a>として理解しようとする、<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="システム生物学">システム生物学</a>という分野も生まれている。バイオインフォマティクスは生物学的代謝経路とネットワークの分析やカタログ化に役立ち、<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="システム生物学">システム生物学</a>を支えている。<a href="/wiki/%E6%A7%8B%E9%80%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="構造生物学">構造生物学</a>の分野においては、生体分子の相互作用だけでなく、DNA<sup id="cite_ref-:0_2-0" class="reference"><a href="#cite_note-:0-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>、RNA<sup id="cite_ref-:0_2-1" class="reference"><a href="#cite_note-:0-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>、タンパク質<sup id="cite_ref-4" class="reference"><a href="#cite_note-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> 等のシミュレーションとモデリングにも役立っている<sup id="cite_ref-5" class="reference"><a href="#cite_note-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-6" class="reference"><a href="#cite_note-6"><span class="cite-bracket">[</span>6<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-7" class="reference"><a href="#cite_note-7"><span class="cite-bracket">[</span>7<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-8" class="reference"><a href="#cite_note-8"><span class="cite-bracket">[</span>8<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="歴史"><span id=".E6.AD.B4.E5.8F.B2"></span>歴史</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=2" title="節を編集: 歴史"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクスという用語は、Paulien HogewegとBen Hesperによって、1970年に生物システムの情報処理の研究に言及するために作られた用語である<sup id="cite_ref-Hogeweg2011_9-0" class="reference"><a href="#cite_note-Hogeweg2011-9"><span class="cite-bracket">[</span>9<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-10" class="reference"><a href="#cite_note-10"><span class="cite-bracket">[</span>10<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-11" class="reference"><a href="#cite_note-11"><span class="cite-bracket">[</span>11<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。この定義では、<a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%8C%96%E5%AD%A6" title="生化学">生化学</a>（生物学的システムにおける化学プロセスの研究）と平行した研究分野の概念としてバイオインフォマティクスを位置づけており<sup id="cite_ref-Hogeweg2011_9-1" class="reference"><a href="#cite_note-Hogeweg2011-9"><span class="cite-bracket">[</span>9<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>、今日使われているものとは意味が異なっている。 </p><p>1950年代初頭に<a href="/wiki/%E3%83%95%E3%83%AC%E3%83%87%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC" title="フレデリック・サンガー">フレデリック・サンガー</a>が<a href="/wiki/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%AA%E3%83%B3" title="インスリン">インスリン</a>の配列を最初に決定して以来、タンパク質のアミノ酸配列を研究で利用することが可能になった。しかしながら、複数のシーケンスを手動で比較することは(過去は実際に行われていたが)実用的ではなく、コンピューターを用いた解析が分子生物学にも必要不可欠になった。この分野の先駆者は<a href="/wiki/%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AC%E3%83%AC%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%BB%E3%83%87%E3%82%A4%E3%83%9B%E3%83%95" title="マーガレット・デイホフ">マーガレット・オークリーデイホフ</a>(Margaret Belle Oakley Dayhoff)である<sup id="cite_ref-12" class="reference"><a href="#cite_note-12"><span class="cite-bracket">[</span>12<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。彼女は最初に、書籍の出版物<sup id="cite_ref-13" class="reference"><a href="#cite_note-13"><span class="cite-bracket">[</span>13<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> としてとして公開された最初のタンパク質配列データベースの1つを編集し、配列整列と分子進化の先駆的な方法を開発した<sup id="cite_ref-pmid17775169_14-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid17775169-14"><span class="cite-bracket">[</span>14<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。バイオインフォマティクスへのもう一つの初期の貢献は、1970年にエルウィン・A・カバット(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Elvin_A._Kabat" class="extiw" title="en:Elvin A. Kabat">Elvin A. Kabat</a>) が抗体配列を包括的なボリュームで解析し、生物学的な配列解析の分野を開拓したことである。この一連の研究はTai Te Wuと共に1980年から1991年にかけて発表された<sup id="cite_ref-15" class="reference"><a href="#cite_note-15"><span class="cite-bracket">[</span>15<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="バイオインフォマティクスの目標"><span id=".E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.82.A4.E3.83.B3.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.9E.E3.83.86.E3.82.A3.E3.82.AF.E3.82.B9.E3.81.AE.E7.9B.AE.E6.A8.99"></span>バイオインフォマティクスの目標</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=3" title="節を編集: バイオインフォマティクスの目標"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>生物学におけるバイオインフォマティクスの主な目的は、他の生物学派生分野と同様に、生物学的プロセスの理解をより深めることにある。ただし、他のアプローチとの違いは、より計算集約的な手法の開発と適用に重点を置いている点である。用いられる技術の例としては、<a href="/wiki/%E3%83%91%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%B3%E8%AA%8D%E8%AD%98" title="パターン認識">パターン認識</a>、<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0" title="データマイニング">データマイニング</a>、<a href="/wiki/%E6%A9%9F%E6%A2%B0%E5%AD%A6%E7%BF%92" title="機械学習">機械学習</a>アルゴリズム、などが挙げられる。また、例えば疾患研究の分野において、正常な細胞活動がさまざまな病状でどのように変化するかを明らかにするためには、生物学的データを組み合わせて、これらの活動の包括的な構造を理解する必要がある。そのため、さまざまなタイプのデータを組み合わせた分析と解釈を行えるように、バイオインフォマティクスの分野は進化してきた。これには、塩基および<a href="/wiki/%E4%B8%80%E6%AC%A1%E6%A7%8B%E9%80%A0" title="一次構造">アミノ酸配列</a>の他、<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%83%89%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3" title="タンパク質ドメイン">タンパク質ドメイン</a>や<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0" title="タンパク質構造">タンパク質構造</a>が含まれる<sup id="cite_ref-16" class="reference"><a href="#cite_note-16"><span class="cite-bracket">[</span>16<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p><p>データを分析および解釈する実際のプロセスは、<a href="/wiki/%E8%A8%88%E7%AE%97%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="計算生物学">計算生物学</a>と呼ばれる。バイオインフォマティクスおよび計算生物学の重要な研究目標の一つに、大規模なデータセットにおいてメンバー間の関係を評価する新しいアルゴリズムと統計的尺度の開発がある。例えば、ゲノム配列内から<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>領域を予測したり、タンパク質の構造や機能を予測したり、タンパク質配列を関連配列のファミリーに<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BB%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0" title="データ・クラスタリング">クラスター</a>化する方法など、に関する研究が進められている。また、さまざまな種類の生物学的情報リソースを整理し、管理し、効率的なアクセスと利用を可能にするコンピュータプログラムやシステムの開発と実装も、また重要な課題である。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="関連分野との関係性"><span id=".E9.96.A2.E9.80.A3.E5.88.86.E9.87.8E.E3.81.A8.E3.81.AE.E9.96.A2.E4.BF.82.E6.80.A7"></span>関連分野との関係性</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=4" title="節を編集: 関連分野との関係性"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクスは生物計算機学(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_computation" class="extiw" title="en:Biological computation">biological computation</a>)と一見似ているが、これは異なる科学分野である。生物計算機学は<a href="/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B8%E3%83%8B%E3%82%A2%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0" class="mw-redirect" title="バイオエンジニアリング">生物工学</a>と<a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a>を使用して生物学的な<a href="/wiki/%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF" title="コンピュータ">コンピュータ</a>を設計することが主眼であるが、バイオインフォマティクスは逆にコンピュータを用いた計算を使用して生物学をよりよく理解することが主眼である。バイオインフォマティクスと生物計算機学の分野には共に、生物学的データ、特にDNA、RNA、タンパク質配列の分析が含まれる。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="配列解析"><span id=".E9.85.8D.E5.88.97.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>配列解析</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=5" title="節を編集: 配列解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E7%A8%AE_(%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6)" title="種 (分類学)">種</a>内や<a href="/wiki/%E7%A8%AE_(%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6)" title="種 (分類学)">種</a>間で遺伝子配列を比較することで、タンパク質機能間の類似性を評価したり、あるいは<a href="/wiki/%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E6%A8%B9" title="系統樹">系統樹</a>を構築することで種間の分子系統学的関係を示すことができる。データ量の増加に伴い、DNA配列を手作業で分析することはすでに非現実的である。今日では<a href="/wiki/BLAST" title="BLAST">BLAST</a>などの<a href="/wiki/%E7%9B%B8%E5%90%8C" title="相同">相同性</a>検索を行う<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0_(%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF)" title="プログラム (コンピュータ)">コンピュータプログラム</a>を用いて、例えばGenBankに登録された1600億以上の<a href="/wiki/%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89" title="ヌクレオチド">ヌクレオチド</a>を含む260,000を超える生物から配列を検索することが日常的に行われている(数字は2008年のもの)<sup id="cite_ref-pmid18073190_17-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid18073190-17"><span class="cite-bracket">[</span>17<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。これらのプログラムは、DNAシーケンスの変異（塩基の置換、欠失、挿入など）を補正して、類似するが同一ではない配列を検索できる。検索結果は、<a href="/wiki/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0" title="クローニング">クローニング</a>した<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>の部分情報から遺伝子全体の配列を予測したり、構造が未知のタンパク質の<a href="/wiki/%E4%BA%8C%E6%AC%A1%E6%A7%8B%E9%80%A0" title="二次構造">二次構造</a>を予測したり、解読されたゲノムの中から遺伝子を検出してその機能を予測するなどの研究の基盤となる。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="DNAシーケンサーからの出力データの解析"><span id="DNA.E3.82.B7.E3.83.BC.E3.82.B1.E3.83.B3.E3.82.B5.E3.83.BC.E3.81.8B.E3.82.89.E3.81.AE.E5.87.BA.E5.8A.9B.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.81.AE.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>DNAシーケンサーからの出力データの解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=6" title="節を編集: DNAシーケンサーからの出力データの解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>DNAシーケンサーから出力される生データには多量のノイズや弱信号が含まれており、下流の解析に悪影響を与える可能性がある。さまざまな実験プロトコルや環境におけるDNAシーケンシングデータからの塩基決定(ベースコール)を行う<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0" title="アルゴリズム">アルゴリズム</a>が開発されている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="アセンブリ"><span id=".E3.82.A2.E3.82.BB.E3.83.B3.E3.83.96.E3.83.AA"></span>アセンブリ</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=7" title="節を編集: アセンブリ"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>多くのDNAシーケンス技術は、短い配列フラグメントを生成する。そのため、完全な遺伝子や全ゲノム配列を取得するためには、この配列フラグメントをアセンブルして再構築する必要がある。<a href="/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E8%A8%88%E7%94%BB" title="ヒトゲノム計画">ヒトゲノム計画</a>では、ある配列断片から順番に配列を解読する手法が考えられていたが、<a href="/wiki/%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%82%B0%E3%83%BB%E3%83%99%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC" class="mw-redirect" title="クレイグ・ベンター">クレイグ・ベンター</a>らによる<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%AC%E3%83%B3%E6%B3%95" class="mw-redirect" title="ショットガン法">ショットガン法</a>により遥かに高効率で解読が進められるようになった。いわゆる<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%AC%E3%83%B3%E3%83%BB%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%B0%E6%B3%95" title="ショットガン・シークエンシング法">ショットガンシーケンス</a>テクニック（たとえば、Institute for Genomic Research （TIGR）による最初の細菌ゲノム<i><a href="/wiki/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B6%E8%8F%8C" title="インフルエンザ菌">Haemophilus influenzae</a>のゲノム決定でも</i>使用された<sup id="cite_ref-pmid75428002_18-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid75428002-18"><span class="cite-bracket">[</span>18<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>）は、<a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ゲノム">ゲノム</a>配列をバラバラな短い断片に分断してそれぞれを解読し（シーケンシング技術に応じて、35〜900ヌクレオチド長）、その後同一の配列を重複する領域として並べ替えることによってゲノム配列を再現する。これらのフラグメントの両端は重なり合っており、ゲノムアセンブリプログラムによって適切に整列されることで、完全なゲノムを再構築することができる(<a href="/wiki/%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0" title="配列アセンブリング">配列アセンブリング</a>)。しかしながら、多くの断片がある中で正しい並び方を決定することは<a href="/wiki/%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF" title="コンピュータ">コンピュータ</a>の計算能力がなければ不可能である。そして、このフラグメントをアセンブルするタスクは、特に大きなゲノムにおいては非常に複雑になる可能性がある。例えばヒトゲノムは約3Gbのサイズがあるが、この程度の<a href="/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ヒトゲノム">ゲノム</a>の場合、大容量メモリのマルチプロセッサコンピューターであってもショットガン配列をアセンブリするのには何日ものCPU時間を要する場合があり、また結果として生じるアセンブリには通常、多数のギャップが残っている。しかしながら、ショットガンシーケンスは事実上、あらゆる生物種の全ゲノムを決定する上で現実的に最適な方法となっている。そのため、高速・高性能なゲノムアセンブリアルゴリズムを開発することは、バイオインフォマティクスの重要な研究領域の一つとなっている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="アノテーション"><span id=".E3.82.A2.E3.83.8E.E3.83.86.E3.83.BC.E3.82.B7.E3.83.A7.E3.83.B3"></span>アノテーション</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=8" title="節を編集: アノテーション"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ゲノミクス">ゲノミクス</a>の文脈において<a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%82%AF%E3%83%88" title="ゲノムプロジェクト">アノテーション</a>とは、DNA配列内の遺伝子領域やその機能、そしてその他の生物学的特徴をマークするプロセスである。ほとんどのゲノムは大きすぎるため、手動で注釈を付けることができない。そのため、このプロセスは自動化する必要がある。さらに次世代シーケンシング技術の登場によって大量のデータが高速に得られるようになっており、大量のゲノムに対して高速にアノテーションを付けたいという研究上の要望は高まっている。 </p><p>包括的なゲノムアノテーションシステムは、自由生活生物である細菌<i><a href="/wiki/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B6%E8%8F%8C" title="インフルエンザ菌">Haemophilus influenzae</a></i>のゲノムの最初の完全な配列決定と分析を行ったThe Institute for Genomic Researchのチームによって、1995年に初めて報告された<sup id="cite_ref-pmid75428002_18-1" class="reference"><a href="#cite_note-pmid75428002-18"><span class="cite-bracket">[</span>18<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。Owen Whiteは、タンパク質をコードするすべての遺伝子とtRNA、rRNA、およびその他のサイトを特定し、またその生物学的機能を推定する初期のソフトウェアシステムを構築した<sup id="cite_ref-pmid75428002_18-2" class="reference"><a href="#cite_note-pmid75428002-18"><span class="cite-bracket">[</span>18<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。現在でも、ほとんどのゲノムアノテーションシステムは当時と同様な機能を持っているが、例えば<i><a href="/wiki/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B6%E8%8F%8C" title="インフルエンザ菌">Haemophilus influenzae</a></i>でタンパク質をコードする遺伝子を見つけるために使用されたGeneMarkプログラムなどのように、ゲノムDNAの分析に利用される個々のプログラムの多くは常に更新されており、機能改善の模索が続けられている。 </p><p>ヒトゲノムプロジェクトが2003年に完了したが、残された様々な課題や新たな目標の達成のために、<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E5%9B%BD%E7%AB%8B%E8%A1%9B%E7%94%9F%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="アメリカ国立衛生研究所">アメリカ国立衛生研究所内</a>の国立ヒトゲノム研究所によって新たにENCODEプロジェクトが発足した。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="計算進化生物学"><span id=".E8.A8.88.E7.AE.97.E9.80.B2.E5.8C.96.E7.94.9F.E7.89.A9.E5.AD.A6"></span>計算進化生物学</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=9" title="節を編集: 計算進化生物学"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E9%80%B2%E5%8C%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="進化生物学">進化生物学</a>とは、<a href="/wiki/%E7%A8%AE_(%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6)" title="種 (分類学)">種</a>の起源と分化、そして系統の経時的な変化を明らかにする学問分野である。バイオインフォマティクスは進化生物学分野においても重要な役割を果たしている。より複雑な課題としては、<a href="/wiki/%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E6%A8%B9" title="系統樹">生命の木</a>を再構築する研究も進められている。 </p> <ul><li>形態に基づく物理的な分類法や生理学的・生態学的観察のみではなく、ゲノム配列の変化を測定することにより、遺伝学的なアプローチから生物の進化を追跡することができる。</li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ゲノム">ゲノム</a>全体を比較解析が可能となる。これにより例えば、<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E9%87%8D%E8%A4%87" title="遺伝子重複">遺伝子の重複</a>や<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%B0%B4%E5%B9%B3%E4%BC%9D%E6%92%AD" title="遺伝子の水平伝播">遺伝子の水平伝達</a>、細菌の<a href="/wiki/%E7%A8%AE%E5%88%86%E5%8C%96" title="種分化">種分化</a>に重要な因子の予測など、より複雑な進化的事象の研究が可能になる。</li> <li>複雑な計算<a href="/wiki/%E9%9B%86%E5%9B%A3%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="集団遺伝学">集団遺伝学</a>モデルを構築して、経時的なシステムの結果をシミュレーション予測する研究も進められている<sup id="cite_ref-19" class="reference"><a href="#cite_note-19"><span class="cite-bracket">[</span>19<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。</li> <li>従来よりもより多数の生物種や系統において、進化学に関する情報を得ることができ、その結果を研究者間で広く共有することができる。</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="比較ゲノム解析"><span id=".E6.AF.94.E8.BC.83.E3.82.B2.E3.83.8E.E3.83.A0.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>比較ゲノム解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=10" title="節を編集: 比較ゲノム解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>比較ゲノム解析の目的の一つは、異なる生物における<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>(オルソログ遺伝子）や他のゲノム上の特徴の対応関係を明らかにすることである。また例えば、2つのゲノムが系統上で分岐した際の進化過程は、両ゲノム間の対応関係を取ることで、例えばどのゲノム領域が欠失したり重複したのかを明らかにし、進化過程を追跡することができる。現実的には、様々な組織レベルで作用する多数の進化イベントが組み合わさって、ゲノム進化が形作られる。最も最小レベルでの変化は、個々のヌクレオチドが影響してくる点変異である。一方でより高いレベルでは、大きな染色体セグメントが複製、移動、逆位、転位、欠失、および挿入を受けることがある<sup id="cite_ref-20" class="reference"><a href="#cite_note-20"><span class="cite-bracket">[</span>20<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。最も大きなレベルでは、ゲノム全体のハイブリダイゼーションや倍数化、そして<a href="/wiki/%E5%86%85%E7%94%9F%E7%94%9F%E7%89%A9" title="内生生物">細胞内共生</a>過程といったイベントに関与し、しばしば急速な種分化を引き起こす。このようなゲノム進化の複雑さは、数学モデルやアルゴリズム開発を行う上でもチャレンジングな課題となっている。そのため、正確な<a href="/wiki/%E3%83%92%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AA%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%83%E3%82%AF" title="ヒューリスティック">ヒューリスティック</a>やパラメーター固定、節約モデルに基づく問題の<a href="/wiki/%E8%BF%91%E4%BC%BC%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0" title="近似アルゴリズム">近似アルゴリズム</a>や、確率モデルに基づく<a href="/wiki/%E3%83%99%E3%82%A4%E3%82%BA%E6%8E%A8%E5%AE%9A" title="ベイズ推定">ベイズ分析</a>のための<a href="/wiki/%E3%83%9E%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%95%E9%80%A3%E9%8E%96%E3%83%A2%E3%83%B3%E3%83%86%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%AD%E6%B3%95" title="マルコフ連鎖モンテカルロ法">マルコフチェーンモンテカルロ</a>アルゴリズムの利用に至るまで、アルゴリズム、統計、および数学的な様々な手法の利用が研究されている。これらの研究の多くにおいては、事前に遺伝子配列を配列相同性に基づいて<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%9F%E3%83%AA%E3%83%BC" title="タンパク質ファミリー">タンパク質ファミリー</a>に割り当てている<sup id="cite_ref-21" class="reference"><a href="#cite_note-21"><span class="cite-bracket">[</span>21<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="メタゲノム解析"><span id=".E3.83.A1.E3.82.BF.E3.82.B2.E3.83.8E.E3.83.A0.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>メタゲノム解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=11" title="節を編集: メタゲノム解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>環境中には多様で大量の原核微生物系統が生息しており、その生理生態を理解することは、地球上の物質循環やその環境における生態系を理解する上で重要である。そのためには、どのような生理学的機能を持つ微生物が、どのような割合でそこに存在するのか、を理解することが必要である。<a href="/wiki/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="メタゲノミクス">メタゲノム</a>解析は、環境中に存在する細菌叢サンプルから<a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ゲノム">ゲノム</a><a href="/wiki/%E3%83%87%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%9C%E6%A0%B8%E9%85%B8" title="デオキシリボ核酸">DNA</a>を直接回収し、主にショットガンシーケンスを行ってバイオインフォマティクス解析を行うことで、それらに関して解析する、<a href="/wiki/%E5%BE%AE%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="微生物学">微生物学</a>・<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9%E5%AD%A6" title="ウイルス学">ウイルス学</a>の研究分野である<sup id="cite_ref-22" class="reference"><a href="#cite_note-22"><span class="cite-bracket">[</span>22<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="パンゲノム解析"><span id=".E3.83.91.E3.83.B3.E3.82.B2.E3.83.8E.E3.83.A0.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>パンゲノム解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=12" title="節を編集: パンゲノム解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>パンゲノム解析(Pac Genomics)は2005年にTettelinとMediniによって導入された概念であり、特定の分類群において保持されている遺伝子の網羅的な遺伝子レパートリーを表す。最初は種レベルの近縁系統に適用されましたが、属や門といったより大きな分類群にも適用できる。パンゲノムはコアゲノムとフレキシブルゲノムの2つの群から構成されている。コアゲノムは全ゲノムに共通した遺伝子セットを指し、多くの場合、これらの遺伝子は生存に不可欠なハウスキーピング遺伝子である。一方でフレキシブルゲノム(Dispensable / Flexible Genome)は、1つ以上のゲノムにおいて存在しない一連の遺伝子を指す。例えばバイオインフォマティクスツールであるBPGAを使用して、細菌種のパンゲノムを特徴付けることができる<sup id="cite_ref-23" class="reference"><a href="#cite_note-23"><span class="cite-bracket">[</span>23<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="遺伝的疾患"><span id=".E9.81.BA.E4.BC.9D.E7.9A.84.E7.96.BE.E6.82.A3"></span>遺伝的疾患</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=13" title="節を編集: 遺伝的疾患"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>次世代シーケンシングの登場により、<a href="/wiki/%E4%B8%8D%E5%A6%8A" title="不妊">不妊症</a><sup id="cite_ref-Demerec1945_24-0" class="reference"><a href="#cite_note-Demerec1945-24"><span class="cite-bracket">[</span>24<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> や<a href="/wiki/%E4%B9%B3%E7%99%8C" title="乳癌">乳がん</a><sup id="cite_ref-Véron2013_25-0" class="reference"><a href="#cite_note-Véron2013-25"><span class="cite-bracket">[</span>25<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>、<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%83%84%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%9E%E3%83%BC%E7%97%85" title="アルツハイマー病">アルツハイマー病</a>といった複雑な遺伝性疾患の関連遺伝子をマッピングする研究が進められている<sup id="cite_ref-Tosto2013_26-0" class="reference"><a href="#cite_note-Tosto2013-26"><span class="cite-bracket">[</span>26<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。<a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%83%AF%E3%82%A4%E3%83%89%E9%96%A2%E9%80%A3%E7%A0%94%E7%A9%B6" class="mw-redirect" title="ゲノムワイド関連研究">ゲノムワイド関連研究</a>（GWAS）は、このような複雑な疾患の原因となる変異を特定するための有用なアプローチである<sup id="cite_ref-Londin2013_27-0" class="reference"><a href="#cite_note-Londin2013-27"><span class="cite-bracket">[</span>27<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。これらの研究により、類似の疾患や形質に関連する何千ものDNA変異体が特定されている<sup id="cite_ref-28" class="reference"><a href="#cite_note-28"><span class="cite-bracket">[</span>28<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。さらに、遺伝子情報を予後の推定や診断、治療方針の決定に利用するための研究も進められている。そのために、使用する遺伝子を選択する手法や、疾患の存在または予後を予測するために遺伝子を使用することの問題点の両方について、多くの研究において議論がすすめられている<sup id="cite_ref-29" class="reference"><a href="#cite_note-29"><span class="cite-bracket">[</span>29<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="癌細胞の変異解析"><span id=".E7.99.8C.E7.B4.B0.E8.83.9E.E3.81.AE.E5.A4.89.E7.95.B0.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>癌細胞の変異解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=14" title="節を編集: 癌細胞の変異解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E6%82%AA%E6%80%A7%E8%85%AB%E7%98%8D" title="悪性腫瘍">悪性腫瘍</a>(癌)においては、癌細胞のゲノムは非常に複雑(予測不可能)な形で組み換えが起きることが知られている。大規模なシーケンシング研究により、癌細胞に見られるさまざまな<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90" title="遺伝子">遺伝子</a>上の<a href="/wiki/%E7%82%B9%E7%AA%81%E7%84%B6%E5%A4%89%E7%95%B0" title="点突然変異">点突然変異</a>の特定が進められてきた。このような研究においては、膨大な量の配列データを管理するための専用の自動化システムや新しいアルゴリズムとソフトウェアの作成を通じて、シーケンシングの結果を<a href="/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0" title="ヒトゲノム">ヒトゲノム</a>配列や<a href="/w/index.php?title=%E7%94%9F%E6%AE%96%E7%B4%B0%E8%83%9E%E7%B3%BB%E5%88%97&action=edit&redlink=1" class="new" title="「生殖細胞系列」 (存在しないページ)">生殖系列</a>多型のコレクションと比較するバイオインフォマティクス解析が進められている。また、染色体の増減を<a href="/wiki/%E6%AF%94%E8%BC%83%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%BC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" title="比較ゲノムハイブリダイゼーション">比較</a>する<a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%82%B4%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89" title="オリゴヌクレオチド">オリゴヌクレオチド</a>マイクロアレイ（ <a href="/wiki/%E6%AF%94%E8%BC%83%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%BC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" title="比較ゲノムハイブリダイゼーション">比較ゲノムハイブリダイゼーション</a>）や、既知の<i>点変異</i>を検出する<a href="/wiki/%E4%B8%80%E5%A1%A9%E5%9F%BA%E5%A4%9A%E5%9E%8B" title="一塩基多型">一塩基多型</a>アレイなど、新しい物理的検出技術が採用されています。これらの検出方法は、ゲノム全体で数十万のサイトを同時に測定することができ、ハイスループットで数千のサンプルを測定する場合、実験ごとに数<a href="/wiki/%E3%83%86%E3%83%A9%E3%83%90%E3%82%A4%E3%83%88" title="テラバイト">テラバイト</a>ものデータを生成する。そのため、この膨大なデータ量を処理するための新しい手法に関する研究も進められている。また、データにはかなりの変動性または<a href="/wiki/%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%82%BA" title="ノイズ">ノイズ</a>が含まれているため、実際の<a href="/wiki/%E3%82%B3%E3%83%94%E3%83%BC%E6%95%B0%E5%A4%9A%E5%9E%8B" title="コピー数多型">コピー数の</a>変化を推測するために、<a href="/wiki/%E9%9A%A0%E3%82%8C%E3%83%9E%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%AB" title="隠れマルコフモデル">隠れマルコフモデル</a>に基づく変化点分析法が開発されている。また、<a href="/w/index.php?title=%E3%82%A8%E3%82%AF%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%A0&action=edit&redlink=1" class="new" title="「エクソーム」 (存在しないページ)">エクソソーム</a>の突然変異の同定では、癌は遺伝子に蓄積された体細胞変異の疾患であり、がんには疾患発症に関係する(ドライバー)変異と無関係な(パッセンジャー)変異の区別される2種類が含まれている、という2つの重要な原則があり、生物情報学的解析を行う上でも重要になっている<sup id="cite_ref-30" class="reference"><a href="#cite_note-30"><span class="cite-bracket">[</span>30<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p><p>シーケンシング技術のさらなる進歩により、癌のゲノミクスは劇的に変化する可能性がある。新しい方法とソフトウェアにより、より多くの癌ゲノムをより迅速かつ手頃な価格でシーケンスできるようになれば、がんによるゲノム内変異の分析とがんの種類の分類がさらに発展する可能性がある。さらに、癌サンプルのシーケンスからがんの進行状況を追跡できるようになる可能性も指摘されている<sup id="cite_ref-31" class="reference"><a href="#cite_note-31"><span class="cite-bracket">[</span>31<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="遺伝子とタンパク質の発現"><span id=".E9.81.BA.E4.BC.9D.E5.AD.90.E3.81.A8.E3.82.BF.E3.83.B3.E3.83.91.E3.82.AF.E8.B3.AA.E3.81.AE.E7.99.BA.E7.8F.BE"></span>遺伝子とタンパク質の発現</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=15" title="節を編集: 遺伝子とタンパク質の発現"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="遺伝子発現解析"><span id=".E9.81.BA.E4.BC.9D.E5.AD.90.E7.99.BA.E7.8F.BE.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>遺伝子発現解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=16" title="節を編集: 遺伝子発現解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>多くの場合、遺伝子の<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E7%99%BA%E7%8F%BE" title="遺伝子発現">発現</a>は<a href="/wiki/DNA%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4" title="DNAマイクロアレイ">マイクロアレイ</a>、<a href="/wiki/%E7%99%BA%E7%8F%BE%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%BF%E3%82%B0" title="発現配列タグ">発現cDNAシーケンスタグ</a>（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Expressed_sequence_tag" class="extiw" title="en:Expressed sequence tag">expressed cDNA sequence tag</a>; EST）シーケンス、<a href="/wiki/SAGE%E6%B3%95" title="SAGE法">遺伝子発現連続分析</a>（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Serial_analysis_of_gene_expression" class="extiw" title="en:Serial analysis of gene expression">serial analysis of gene expression</a>; SAGE）タグシーケンス、<a href="/w/index.php?title=%E8%B6%85%E4%B8%A6%E5%88%97%E7%BD%B2%E5%90%8D%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9&action=edit&redlink=1" class="new" title="「超並列署名シーケンス」 (存在しないページ)">超並列シグネチャシーケンス</a> （<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Massively_parallel_signature_sequencing" class="extiw" title="en:Massively parallel signature sequencing">massively parallel signature sequencing</a>; MPSS）、RNA-Seq（またはWhole Transcriptome Shotgun Sequencing; WTSS）、マルチプレックスin-situハイブリダイゼーション、などの手法で<a href="/wiki/%E4%BC%9D%E4%BB%A4RNA" title="伝令RNA">mRNA</a>レベルを測定することで決定する。これらの手法はすべて、ノイズが非常に発生しやすく、生物学的な測定バイアスがかかってくるため、ハイスループットの遺伝子発現研究においてこのような<a href="/wiki/%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%82%BA" title="ノイズ">ノイズ</a>を除去して信頼できる信号を分離する統計ツールの開発が計算生物学の研究分野で重要になっている<sup id="cite_ref-32" class="reference"><a href="#cite_note-32"><span class="cite-bracket">[</span>32<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。このような遺伝子発現研究は、疾患に関与する遺伝子を特定するためによく使用される。例えば癌性<a href="/wiki/%E4%B8%8A%E7%9A%AE%E7%B4%B0%E8%83%9E" title="上皮細胞">上皮細胞</a>のマイクロアレイデータを非癌性細胞のデータと比較して、特定の癌細胞集団で発現上昇あるいは発現抑制される転写産物を決定することができる。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="タンパク質発現解析"><span id=".E3.82.BF.E3.83.B3.E3.83.91.E3.82.AF.E8.B3.AA.E7.99.BA.E7.8F.BE.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>タンパク質発現解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=17" title="節を編集: タンパク質発現解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>タンパク質マイクロアレイとハイスループット（HT）<a href="/wiki/%E8%B3%AA%E9%87%8F%E5%88%86%E6%9E%90%E6%B3%95" title="質量分析法">質量分析</a>（<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Mass_spectrometry" class="extiw" title="en:Mass spectrometry">mass spectrometry</a>; MS）は、生体サンプルに存在するタンパク質のスナップショットを提供する。得られるタンパク質マイクロアレイとHTMSデータの解析には、バイオインフォマティクスは重要である。前者のアプローチはmRNAをターゲットとするマイクロアレイと同様の問題に直面し、後者は大量の質量データをタンパク質配列データベースからの予測質量と照合し、不完全なペプチドを除くための複雑な統計分析が必要になる。組織における細胞タンパク質の空間局在は、<a href="/wiki/%E5%85%8D%E7%96%AB%E6%9F%93%E8%89%B2" title="免疫染色">免疫染色</a>や組織マイクロアレイに基づいたアフィニティ<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90" title="プロテオーム解析">プロテオミクス</a>によって解析することができる<sup id="cite_ref-33" class="reference"><a href="#cite_note-33"><span class="cite-bracket">[</span>33<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="転写調節解析"><span id=".E8.BB.A2.E5.86.99.E8.AA.BF.E7.AF.80.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>転写調節解析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=18" title="節を編集: 転写調節解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E7%99%BA%E7%8F%BE%E3%81%AE%E8%AA%BF%E7%AF%80" title="遺伝子発現の調節">遺伝子転写調節</a>は、<a href="/wiki/%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A2%E3%83%B3" title="ホルモン">ホルモン</a>などを含む細胞内外のシグナルによって、1つ以上の<a href="/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA" title="タンパク質">タンパク質</a>の活性の増加・減少が駆動される、複雑な調節システムである。このプロセスの各ステップを検証する、様々なバイオインフォマティクス技術が適用されている。たとえば、遺伝子発現はプロモーターのような、ゲノム内で遺伝子に近接した要素によって調節される。プロモーター分析ではまず、遺伝子コード領域に近接しているDNA配列中から、特定の配列モチーフを検出する。これらのモチーフは、その領域がmRNAに転写される際に影響を与える。一方で、プロモーターから離れた<a href="/wiki/%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%82%B5%E3%83%BC" title="エンハンサー">エンハンサー</a>要素は、3次元的な相互作用を通じて遺伝子発現を調節することもある。このような相互作用は、<a href="/w/index.php?title=%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%97%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%BC&action=edit&redlink=1" class="new" title="「染色体コンフォメーションキャプチャー」 (存在しないページ)">染色体コンフォメーションキャプチャ</a>(Hi-C)法による実験と得られたデータのバイオインフォマティクス解析から決定される。 </p><p>また、遺伝子発現データから、遺伝子転写調節の要因を推測する研究もある。さまざまな状態の組織から得られた<a href="/wiki/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4" title="マイクロアレイ">マイクロアレイ</a>データを比較して、各状態に関与する遺伝子の挙動を推測することができる。例えば単細胞生物では、<a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E%E5%91%A8%E6%9C%9F" title="細胞周期">細胞周期</a>の段階におけるストレス条件（熱ショック、飢餓など）を比較できる。あるいは<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BB%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0" title="データ・クラスタリング">クラスタリングアルゴリズム</a>を発現データに適用することで、遺伝子の共発現を解析できる。たとえば、共発現する遺伝子の上流領域（プロモーター）を探索することで、過剰発現を引き起こす調節要素を調べることができる。遺伝子クラスタリングに適用されるクラスタリングアルゴリズムの例には、<a href="/wiki/K%E5%B9%B3%E5%9D%87%E6%B3%95" title="K平均法">k平均クラスタリング</a>、<a href="/wiki/%E8%87%AA%E5%B7%B1%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%8C%96%E5%86%99%E5%83%8F" title="自己組織化写像">自己組織化マップ</a> （SOM）、階層的クラスタリング、コンセンサスクラスタリング、などの手法がある。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="細胞組織の解析"><span id=".E7.B4.B0.E8.83.9E.E7.B5.84.E7.B9.94.E3.81.AE.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>細胞組織の解析</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=19" title="節を編集: 細胞組織の解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>細胞内のオルガネラや遺伝子、タンパク質、およびその他のコンポーネントの位置を分析するために、様々なアプローチが開発されている。これらのコンポーネントの位置は細胞内のイベントに影響を与えるため、その分布や局在を調べることは生物系の挙動を予測するのに役立つ。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="オルガネライメージング"><span id=".E3.82.AA.E3.83.AB.E3.82.AC.E3.83.8D.E3.83.A9.E3.82.A4.E3.83.A1.E3.83.BC.E3.82.B8.E3.83.B3.E3.82.B0"></span>オルガネライメージング</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=20" title="節を編集: オルガネライメージング"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>顕微鏡写真から、<a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E%E5%B0%8F%E5%99%A8%E5%AE%98" title="細胞小器官">オルガネラ</a>や分子を検出することができる。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="タンパク質の局在"><span id=".E3.82.BF.E3.83.B3.E3.83.91.E3.82.AF.E8.B3.AA.E3.81.AE.E5.B1.80.E5.9C.A8"></span>タンパク質の局在</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=21" title="節を編集: タンパク質の局在"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>タンパク質の局在化は、そのタンパク質の役割を評価するのに役立つ。たとえば、タンパク質が<a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E%E6%A0%B8" title="細胞核">核</a>で見つかった場合、それは<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E7%99%BA%E7%8F%BE%E3%81%AE%E8%AA%BF%E7%AF%80" title="遺伝子発現の調節">遺伝子調節</a>や<a href="/wiki/RNA%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%B0" class="mw-redirect" title="RNAスプライシング">スプライシングに</a>関与している可能性がある。対照的に、タンパク質が<a href="/wiki/%E3%83%9F%E3%83%88%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%89%E3%83%AA%E3%82%A2" title="ミトコンドリア">ミトコンドリア</a>で見つかった場合、それは<a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E%E5%91%BC%E5%90%B8" title="細胞呼吸">呼吸</a>や他の<a href="/wiki/%E4%BB%A3%E8%AC%9D" title="代謝">代謝プロセスに</a>関与している可能性がある。したがって、タンパク質の局在化は、タンパク質機能を予測する上で重要な情報源となる。タンパク質の細胞内位置に関するデータベースや予測ツールといったリソースが構築されている<sup id="cite_ref-34" class="reference"><a href="#cite_note-34"><span class="cite-bracket">[</span>34<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-35" class="reference"><a href="#cite_note-35"><span class="cite-bracket">[</span>35<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="染色体における核酸立体構造"><span id=".E6.9F.93.E8.89.B2.E4.BD.93.E3.81.AB.E3.81.8A.E3.81.91.E3.82.8B.E6.A0.B8.E9.85.B8.E7.AB.8B.E4.BD.93.E6.A7.8B.E9.80.A0"></span>染色体における核酸立体構造</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=22" title="節を編集: 染色体における核酸立体構造"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>Hi-Cや<a href="/wiki/ChIA-PET" title="ChIA-PET">ChIA-PET</a>などのハイスループット<a href="/w/index.php?title=%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%97%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%BC&action=edit&redlink=1" class="new" title="「染色体コンフォメーションキャプチャー」 (存在しないページ)">染色体コンフォメーションキャプチャー</a>実験からのデータは、DNA遺伝子座の空間的近接性、すなわち核内で安定的に構造化されている立体的な折りたたみ構造によって、ゲノム配列上のどことどこの領域が近接して存在しているのか、に関する情報を提供する。そのためこれらの実験の分析から、クロマチンの三次元構造を決定することができると考えられる。ゲノムを3次元空間でまとめて構成されたトポロジカル関連ドメイン（TAD）といったドメイン分割に関する研究が、この分野のバイオインフォマティクスの課題となっている<sup id="cite_ref-36" class="reference"><a href="#cite_note-36"><span class="cite-bracket">[</span>36<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="構造生物学"><span id=".E6.A7.8B.E9.80.A0.E7.94.9F.E7.89.A9.E5.AD.A6"></span>構造生物学</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=23" title="節を編集: 構造生物学"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-default-size mw-halign-left" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:1kqf_opm.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/50/1kqf_opm.png/220px-1kqf_opm.png" decoding="async" width="220" height="262" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/50/1kqf_opm.png/330px-1kqf_opm.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/50/1kqf_opm.png/440px-1kqf_opm.png 2x" data-file-width="626" data-file-height="745" /></a><figcaption>3次元タンパク質構造の例。タンパク質立体構造の解析は、バイオインフォマティクス分析の一般的なテーマの一つである。</figcaption></figure><p>タンパク質のアミノ酸配列からその高次(2次、3次、及び4次)構造を予測することは、バイオインフォマティクスの大きな課題の一つである。タンパク質の<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8" title="アミノ酸">アミノ酸</a>配列(一次構造)は、それをコードする遺伝子の配列情報から、比較的簡単に決定できる。そして多くの場合、この1次構造は実際の細胞内における高次構造を一意に決定する。つまり、同じアミノ酸配列を持つタンパク質はずべて同じように細胞内でコンフォメーションをとて折りたたまれ、同じ2次構造や3次構造を立体構造を作り出す、ということである（ただし例外としては、<a href="/wiki/%E7%89%9B%E6%B5%B7%E7%B6%BF%E7%8A%B6%E8%84%B3%E7%97%87" title="牛海綿状脳症">牛海綿状脳症</a> （狂牛病）を引き起こす<a href="/wiki/%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%83%B3" title="プリオン">プリオン</a>などがある）。高次構造の知識は、タンパク質の機能を理解する上で不可欠である。 </p><p>バイオインフォマティクスの重要なアイデアの1つは、「配列類似性」の概念である。バイオインフォマティクスのゲノム解析では、配列の類似性を利用して、その遺伝子の機能を予測する。具体的には、例えば機能がわかっている遺伝子<i>A</i>の配列が、機能が不明な遺伝子<i>B</i>の配列とある程度類似している場合、BがAの機能を共有することが予想される。バイオインフォマティクスの構造分野では、この配列類似性を使用して、タンパク質のどの部分が構造を作り、どの部分が他のタンパク質との相互作用に重要であるか、等を推測する。ホモロジーモデリングと呼ばれる手法では、配列的に類似なタンパク質の構造がわかっていれば、その情報を使用して任意のタンパク質の高次構造を予測する。この手法は、タンパク質構造を予測する有用な手法の一つである。この手法が効果的な例の一つは、ヒトの<a href="/wiki/%E3%83%98%E3%83%A2%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%B3" title="ヘモグロビン">ヘモグロビン</a>と豆類のヘモグロビン（<a href="/w/index.php?title=%E3%83%AC%E3%82%B0%E3%83%98%E3%83%A2%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%B3&action=edit&redlink=1" class="new" title="「レグヘモグロビン」 (存在しないページ)">レグヘモグロビン</a>）である。これらは同じタンパク質スーパーファミリーではあるが、遠い親戚関係のタンパク質である。どちらも生体内で酸素を輸送するという同じ目的を果たし、両者で完全に異なるアミノ酸配列を持っているが、構造的には実質的に同一であるため、ほぼ同一の目的を持り、かつ同一の祖先を共有していると考えられている<sup id="cite_ref-37" class="reference"><a href="#cite_note-37"><span class="cite-bracket">[</span>37<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="ネットワークとシステムバイオロジー"><span id=".E3.83.8D.E3.83.83.E3.83.88.E3.83.AF.E3.83.BC.E3.82.AF.E3.81.A8.E3.82.B7.E3.82.B9.E3.83.86.E3.83.A0.E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.83.AD.E3.82.B8.E3.83.BC"></span>ネットワークとシステムバイオロジー</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=24" title="節を編集: ネットワークとシステムバイオロジー"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <figure class="mw-halign-right" typeof="mw:File/Thumb"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png/200px-The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png" decoding="async" width="200" height="188" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png/300px-The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png/400px-The_protein_interaction_network_of_Treponema_pallidum.png 2x" data-file-width="1534" data-file-height="1444" /></a><figcaption>タンパク質間の相互作用は、ネットワークによる解析と視覚化が行われる場合が多い。このネットワークは、<a href="/wiki/%E6%A2%85%E6%AF%92" title="梅毒">梅毒</a>やその他の疾患の原因物質である<i><a href="/wiki/%E6%A2%85%E6%AF%92%E3%83%88%E3%83%AC%E3%83%9D%E3%83%8D%E3%83%BC%E3%83%9E" title="梅毒トレポネーマ">トレポネーマパリダム</a></i>からのタンパク質間相互作用で構成されている。</figcaption></figure> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="ネットワーク分析"><span id=".E3.83.8D.E3.83.83.E3.83.88.E3.83.AF.E3.83.BC.E3.82.AF.E5.88.86.E6.9E.90"></span>ネットワーク分析</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=25" title="節を編集: ネットワーク分析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>ネットワーク分析は、代謝ネットワークやタンパク質間相互作用ネットワークなどの生物学的ネットワークの関係を理解することを目的としている。生物学的ネットワークは単一のタイプの分子またはエンティティ（遺伝子など）から構築される。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="システム生物学"><span id=".E3.82.B7.E3.82.B9.E3.83.86.E3.83.A0.E7.94.9F.E7.89.A9.E5.AD.A6"></span>システム生物学</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=26" title="節を編集: システム生物学"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>システム生物学では、細胞内における複雑なプロセスの関係性を分析し視覚化するために、代謝プロセスを担う代謝産物や酵素のネットワークや<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B0%E3%83%8A%E3%83%AB%E4%BC%9D%E9%81%94" title="シグナル伝達">シグナル伝達</a>経路、<a href="/w/index.php?title=%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E8%AA%BF%E7%AF%80%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF&action=edit&redlink=1" class="new" title="「遺伝子調節ネットワーク」 (存在しないページ)">遺伝子調節ネットワーク</a>といった<a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E" title="細胞">細胞</a>システムを<a href="/wiki/%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" class="mw-redirect" title="コンピュータシミュレーション">コンピューターシミュレーション</a>を用いて解析する研究が進められている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="分子相互作用ネットワーク"><span id=".E5.88.86.E5.AD.90.E7.9B.B8.E4.BA.92.E4.BD.9C.E7.94.A8.E3.83.8D.E3.83.83.E3.83.88.E3.83.AF.E3.83.BC.E3.82.AF"></span>分子相互作用ネットワーク</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=27" title="節を編集: 分子相互作用ネットワーク"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>2020年現在、数万を超えるタンパク質について、<a href="/wiki/X%E7%B7%9A%E7%B5%90%E6%99%B6%E6%A7%8B%E9%80%A0%E8%A7%A3%E6%9E%90" title="X線結晶構造解析">X線結晶学</a>および<a href="/w/index.php?title=%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%81%AE%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4%E5%88%86%E5%85%89%E6%B3%95&action=edit&redlink=1" class="new" title="「タンパク質の核磁気共鳴分光法」 (存在しないページ)">タンパク質核磁気共鳴分光法</a>（タンパク質NMR）によって3次元構造が決定されている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="テキスト解析"><span id=".E3.83.86.E3.82.AD.E3.82.B9.E3.83.88.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>テキスト解析</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=28" title="節を編集: テキスト解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/%E8%A8%88%E7%AE%97%E8%A8%80%E8%AA%9E%E5%AD%A6" title="計算言語学">計算言語学</a>による文献分析では、計算と統計に基づく言語学的解析を通じて、増大するテキストリソースからマイニングすることを目的としている。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="画像・動画解析"><span id=".E7.94.BB.E5.83.8F.E3.83.BB.E5.8B.95.E7.94.BB.E8.A7.A3.E6.9E.90"></span>画像・動画解析</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=29" title="節を編集: 画像・動画解析"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>大量の情報量の多い生物医学画像の処理や定量化、分析を加速または完全に自動化するために計算技術を利用する研究も進められている。画像解析システムにおいては、大規模で複雑な画像セットから測定を行うための<a href="/wiki/%E6%AD%A3%E7%A2%BA%E5%BA%A6%E3%81%A8%E7%B2%BE%E5%BA%A6" title="正確度と精度">精度</a>や客観性、そして処理速度の向上が重要になってくる。理想的には、分析システムの発達により、様々なケースにおいて人が画像や動画の判断をする必要がなくなる。このような画像処理システム自体は生物医学分野に固有のものではないが、例えば疾患の<a href="/wiki/%E8%A8%BA%E6%96%AD" title="診断">診断</a>や研究においてはそれらの分野に特化した画像解析技術が重要になる。具体的な応用分野としては、以下のものが挙げられる。 </p> <ul><li>ハイスループットで高精度な細胞内局在の定量化（ハイコンテンツスクリーニング、細胞組織病理学、バイオイメージ情報学）</li> <li>形態計測学</li> <li>臨床画像の分析と視覚化</li> <li>生きている動物が呼吸する際、肺のリアルタイムの気流パターンを決定する</li> <li>実験動物の拡張ビデオ録画から行動観察を行う</li> <li>代謝活性測定のための赤外線測定</li> <li>DNAマッピングにおけるクローンの重複の推測（たとえばSulstonスコア）</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="バイオインフォマティクスとコンピュータ"><span id=".E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.82.A4.E3.83.B3.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.9E.E3.83.86.E3.82.A3.E3.82.AF.E3.82.B9.E3.81.A8.E3.82.B3.E3.83.B3.E3.83.94.E3.83.A5.E3.83.BC.E3.82.BF"></span>バイオインフォマティクスとコンピュータ</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=30" title="節を編集: バイオインフォマティクスとコンピュータ"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="プログラミング言語"><span id=".E3.83.97.E3.83.AD.E3.82.B0.E3.83.A9.E3.83.9F.E3.83.B3.E3.82.B0.E8.A8.80.E8.AA.9E"></span>プログラミング言語</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=31" title="節を編集: プログラミング言語"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>研究用プログラムの開発に使われる言語としては他に以下のようなものがあげられる。これらの殆どにそれぞれバイオインフォマティクス用のライブラリが開発されている。 </p> <ul><li><a href="/wiki/C%2B%2B" title="C++">C++</a> - <a href="/wiki/C%E8%A8%80%E8%AA%9E" title="C言語">C言語</a>を元に新しいプログラミングパラダイムを取り入れて開発された言語。</li> <li><a href="/wiki/Java" title="Java">Java</a> - オブジェクト指向および仮想マシンという概念を取り入れた言語である。<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.biojava.org/">BioJava</a> というパッケージが存在する。</li> <li><a href="/wiki/Perl" title="Perl">Perl</a> - 汎用インタプリタ言語である。<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bioperl.org/">BioPerl</a> というパッケージが存在する。</li> <li><a href="/wiki/Python" title="Python">Python</a> - 汎用インタプリタ言語である。<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.biopython.org/">BioPython</a> というパッケージが存在する。</li> <li><a href="/wiki/Ruby" title="Ruby">Ruby</a> - Javaと同じくオブジェクト指向プログラミング言語である。<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bioruby.org">BioRuby</a> というパッケージが存在する。</li> <li><a href="/wiki/R%E8%A8%80%E8%AA%9E" title="R言語">R言語</a> - オブジェクト指向の数値解析言語。行列処理・文字列処理・グラフ機能に優れた<a href="/wiki/%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" class="mw-redirect" title="フリーソフトウェア">フリーソフトウェア</a>。<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E9%A3%9F%E5%93%81%E5%8C%BB%E8%96%AC%E5%93%81%E5%B1%80" title="アメリカ食品医薬品局">FDA</a>公認。CRANシステムで日々機能強化され、<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bioconductor.org/">Bioconductor</a> ネットワークにパッケージが集約されている。</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="データベース"><span id=".E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E3.83.99.E3.83.BC.E3.82.B9"></span>データベース</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=32" title="節を編集: データベース"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>データベースは、バイオインフォマティクスの研究と応用に不可欠である。DNAやタンパク質の配列、分子構造、表現型、生物多様性など、さまざまな情報タイプをカバーする多くのデータベースが構築されている。データベースには、実験的に取得される実験データと、分析から取得される予測データの片方または両方が含まれる。データベースはしばしば、特定の生物や代謝経路、目的分子に特化して構築される。また一方で、他の複数のデータベースからコンパイルされたデータを組み込むこともある。バイオインフォマティクスで扱うデータは、一次元の文字列（<a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9" class="mw-redirect" title="シーケンス">シーケンス</a>全般）から、<a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">三次元構造</a>のマトリクス (<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDB</a>)、<a href="/wiki/%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E7%90%86%E8%AB%96" title="グラフ理論">計算機科学におけるグラフ</a>（ネットワークデータ全般）、<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC" title="遺伝子オントロジー">遺伝子オントロジー</a>のような<a href="/wiki/%E6%9C%89%E5%90%91%E9%9D%9E%E5%B7%A1%E5%9B%9E%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95" title="有向非巡回グラフ">有向非巡回グラフ</a> (DAG; directed acyclic graph) といった非常に多岐にわたる<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E6%A7%8B%E9%80%A0" title="データ構造">データ構造</a>を持つ。各種のデータベースは、ファイル形式やアクセスメカニズム、パブリックかどうか、などの様々な点で差異がある。<a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a>研究に用いられる主な<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>は、以下のようなものが挙げられる（カッコ内は具体例）： </p> <ul><li><a href="/wiki/%E9%85%8D%E5%88%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="配列データベース">配列データベース</a>（<a href="/wiki/DDBJ" class="mw-redirect" title="DDBJ">DDBJ</a>, <a href="/wiki/EMBL" class="mw-redirect" title="EMBL">EMBL</a>, <a href="/wiki/GenBank" title="GenBank">GenBank</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html">[1]</a>, <a href="/wiki/Swiss-Prot" title="Swiss-Prot">Swiss-Prot</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.ebi.ac.uk/swissprot/">[2]</a>）</li> <li><a href="/wiki/%E7%AB%8B%E4%BD%93%E9%85%8D%E5%BA%A7" title="立体配座">立体構造</a>データベース（<a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDB</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.rcsb.org/pdb/">[3]</a>）</li> <li>パスウェイ・ネットワークデータベース（<a href="/wiki/KEGG" title="KEGG">KEGG</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.genome.jp/kegg/">[4]</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bind.ca/Action">BIND</a>）</li> <li><a href="/wiki/DNA%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4" title="DNAマイクロアレイ">マイクロアレイ</a>データベース (<a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/">ArrayExpress</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/">GEO</a>)</li> <li>文献データベース（<a href="/wiki/MEDLINE" title="MEDLINE">MEDLINE</a>/<a href="/wiki/PubMed" title="PubMed">PubMed</a><a rel="nofollow" class="external autonumber" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed">[5]</a>）</li> <li><a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC" class="mw-disambig" title="オントロジー">オントロジー</a>データベース（<a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC" title="遺伝子オントロジー">遺伝子オントロジー</a>）</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="ソフトウェア"><span id=".E3.82.BD.E3.83.95.E3.83.88.E3.82.A6.E3.82.A7.E3.82.A2"></span>ソフトウェア</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=33" title="節を編集: ソフトウェア"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクス用のソフトウェアツール（英語版：<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_bioinformatics_software" class="extiw" title="en:List of bioinformatics software">Software tools for bioinformatics</a>）は、単純なコマンドラインツールから、さまざまなバイオインフォマティクス企業や公的機関が提供するより複雑なグラフィカルプログラム、スタンドアロンのWebサービスなど、多岐に渡り、非常に多くのバイオインフォマティクス<a href="/wiki/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" title="ソフトウェア">ソフトウェア</a>が開発され公開されている。多くのソフトウェアが<a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%B3%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%82%B9" title="オープンソース">オープンソース</a>とされており、研究者は自由に利用することができる場合が多いが、有償のものもある。<a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9" title="データベース">データベース</a>を基盤とするソフトウェアは、開発元が<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%83%96%E3%83%A9%E3%82%A6%E3%82%B6" title="ウェブブラウザ">Webブラウザ</a>から利用できる<a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3" title="ウェブアプリケーション">ウェブアプリケーション</a>として公開している場合も多い。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア"><span id=".E3.82.AA.E3.83.BC.E3.83.97.E3.83.B3.E3.82.BD.E3.83.BC.E3.82.B9.E3.81.AE.E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.82.A4.E3.83.B3.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.9E.E3.83.86.E3.82.A3.E3.82.AF.E3.82.B9.E3.82.BD.E3.83.95.E3.83.88.E3.82.A6.E3.82.A7.E3.82.A2"></span>オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=34" title="節を編集: オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェア"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>1980年代にバイオインフォマティクスが盛り上がって以来、多くの<a href="/wiki/FLOSS" title="FLOSS">フリーでオープンソースのソフトウェア</a>ツールが開発され公開されている<sup id="cite_ref-obf-main2_38-0" class="reference"><a href="#cite_note-obf-main2-38"><span class="cite-bracket">[</span>38<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。新しいタイプの生物学的な成果を生み出すためには、新しい<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0" title="アルゴリズム">アルゴリズム</a>を開発することが必要になることも多い。一方で、革新的な<i><a href="/wiki/In_silico" title="In silico">in silico</a></i>実験から新たな知見を得られる可能性もある。そのため、ソフトウェアを自由に利用できる<a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%B3%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2" title="オープンソースソフトウェア">オープンコード</a>で無料で公開することで、あらゆる研究グループがバイオインフォマティクスに貢献する文化が育まれている。オープンソースツールは、アイデアを生み出し育む器として機能し、商業的アプリケーションに組み込まれることもある。また、生体情報統合の課題を支援するための、<i><a href="/wiki/%E3%83%87%E3%83%BB%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%AF%E3%83%88" title="デ・ファクト">事実上</a>の</i>標準化や共有オブジェクトモデルを提供することもある。 </p><p>オープンソース・ソフトウェア・パッケージには、Bioconductor、BioPerl、Biopython、BioJava、BioJS、BioRuby、Bioclipse、<a href="/wiki/%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%83%9C%E3%82%B9" title="エンボス">EMBOSS</a>、.NET Bio、<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Orange_(software)" class="extiw" title="en:Orange (software)">Orange</a>、Apache Taverna、UGENE、GenoCAD、などのソフトウェア類が挙げられる。また、この伝統を維持し、さらなる機会を創出するために、非営利のOpen Bioinformatics Foundation<sup id="cite_ref-obf-main2_38-1" class="reference"><a href="#cite_note-obf-main2-38"><span class="cite-bracket">[</span>38<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> は、2000年以来毎年開催されるBioinformatics Open Source Conference（BOSC）を支援してきている<sup id="cite_ref-obf-bosc_39-0" class="reference"><a href="#cite_note-obf-bosc-39"><span class="cite-bracket">[</span>39<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p><p>パブリックなバイオインフォマティクスデータベースを構築する方法としては、<a href="https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:WikiOpener" class="extiw" title="mw:Extension:WikiOpener"><i>WikiOpener</i></a>拡張機能を備えたMediaWikiエンジンを使用する方法もある。このシステムでは、その分野の研究者が各自でデータベースにアクセスして更新することができる<sup id="cite_ref-40" class="reference"><a href="#cite_note-40"><span class="cite-bracket">[</span>40<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="バイオインフォマティクスのWebサービス"><span id=".E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.82.A4.E3.83.B3.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.9E.E3.83.86.E3.82.A3.E3.82.AF.E3.82.B9.E3.81.AEWeb.E3.82.B5.E3.83.BC.E3.83.93.E3.82.B9"></span>バイオインフォマティクスのWebサービス</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=35" title="節を編集: バイオインフォマティクスのWebサービス"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p><a href="/wiki/SOAP_(%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%88%E3%82%B3%E3%83%AB)" title="SOAP (プロトコル)">SOAP</a>および<a href="/wiki/Representational_State_Transfer" title="Representational State Transfer">REST</a>ベースのインターフェースが、さまざまなバイオインフォマティクスアプリケーション向けに開発されている。このようなシステムの元では、サーバー上に保管されているアルゴリズムやデータ、コンピューティングリソースに対して、世界中のコンピューター上からアクセスしてアプリケーションを実行することができる。エンドユーザーがソフトウェアやデータベースのメンテナンスのオーバーヘッドに対処する必要がないという利点がある。 </p><p>基本的なバイオインフォマティクスサービスは、<a href="/wiki/%E6%AC%A7%E5%B7%9E%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="欧州バイオインフォマティクス研究所">EBI</a>による3つのカテゴリに分類できる。シーケンス検索サービス(SSS)、シーケンスアライメント(<a href="/wiki/%E5%A4%9A%E9%87%8D%E6%95%B4%E5%88%97" title="多重整列">MSA</a>)、生物学的シーケンス分析(BSA）である<sup id="cite_ref-41" class="reference"><a href="#cite_note-41"><span class="cite-bracket">[</span>41<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。これらのバイオインフォマティクスリソースの可用性は、Webベースのバイオインフォマティクスソリューションの適用性の広さを示している、このようなWebサービスは、スタンドアロンの各種ツール類から、統合型の分散型で拡張可能なバイオインフォマティクスのワークフロー管理システム(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics_workflow_management_systems" class="extiw" title="en:Bioinformatics workflow management systems">bioinformatics workflow management systems</a>)まで、幅広く存在する。 </p> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="バイオインフォマティクスワークフロー管理システム"><span id=".E3.83.90.E3.82.A4.E3.82.AA.E3.82.A4.E3.83.B3.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.9E.E3.83.86.E3.82.A3.E3.82.AF.E3.82.B9.E3.83.AF.E3.83.BC.E3.82.AF.E3.83.95.E3.83.AD.E3.83.BC.E7.AE.A1.E7.90.86.E3.82.B7.E3.82.B9.E3.83.86.E3.83.A0"></span>バイオインフォマティクスワークフロー管理システム</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=36" title="節を編集: バイオインフォマティクスワークフロー管理システム"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクスワークフロー管理システムは、バイオインフォマティクスアプリケーションにおける一連の計算やデータ操作のステップ、つまりワークフローを構成し実行するために設計された、ワークフロー管理システムの特殊な形式である。下記の様な特徴があり、例としては<a href="/wiki/Galaxy_(%E8%A8%88%E7%AE%97%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6)" title="Galaxy (計算生物学)">Galaxy</a>、Kepler、Taverna、UGENE、Anduril、HIVEなどが挙げられる。 </p> <ul><li>個々のアプリケーションサイエンティスト自身が独自のワークフローを作成するための、使いやすい環境を提供する。</li> <li>科学者がワークフローを実行して結果をリアルタイムで表示できるようにする、インタラクティブなツールを科学者に提供する</li> <li>科学者間のワークフローの共有と再利用のプロセスを簡素化する</li> <li>科学者がワークフロー実行結果の出所とワークフロー作成ステップを追跡できるようにする。</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="BioCompute">BioCompute</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=37" title="節を編集: BioCompute"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>2014年に<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E9%A3%9F%E5%93%81%E5%8C%BB%E8%96%AC%E5%93%81%E5%B1%80" title="アメリカ食品医薬品局">米国食品医薬品局</a>は、バイオインフォマティクスの再現性について議論する会議を主催し、<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E5%9B%BD%E7%AB%8B%E8%A1%9B%E7%94%9F%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="アメリカ国立衛生研究所">国立衛生研究所</a>のベセスダキャンパス<a href="/wiki/%E3%82%A2%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%82%AB%E5%9B%BD%E7%AB%8B%E8%A1%9B%E7%94%9F%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80" title="アメリカ国立衛生研究所">で</a>開催された<sup id="cite_ref-42" class="reference"><a href="#cite_note-42"><span class="cite-bracket">[</span>42<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。それから3年間に渡り、政府、業界、および学術団体の代表によるコンソーシアムが定期的に開かれ、BioComputeパラダイムについて話し合いが行われた<sup id="cite_ref-43" class="reference"><a href="#cite_note-43"><span class="cite-bracket">[</span>43<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。セッションリーダーは、FDAとNIHの研究所とセンターの多数の支部、<a href="/w/index.php?title=%E3%83%92%E3%83%88%E3%83%90%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%A0%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%82%AF%E3%83%88&action=edit&redlink=1" class="new" title="「ヒトバリオームプロジェクト」 (存在しないページ)">Human Variome Project</a>や<a href="/w/index.php?title=%E6%AC%A7%E5%B7%9E%E5%8C%BB%E7%99%82%E6%83%85%E5%A0%B1%E9%80%A3%E7%9B%9F&action=edit&redlink=1" class="new" title="「欧州医療情報連盟」 (存在しないページ)">European Medical Federation for Medical Informatics</a>などの非営利団体、<a href="/wiki/%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%89%E5%A4%A7%E5%AD%A6" title="スタンフォード大学">Stanford</a>、<a href="/w/index.php?title=%E3%83%8B%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%A8%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC&action=edit&redlink=1" class="new" title="「ニューヨークゲノムセンター」 (存在しないページ)">New York Genome Center</a>、<a href="/wiki/%E3%82%B8%E3%83%A7%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%83%BB%E3%83%AF%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%B3%E5%A4%A7%E5%AD%A6" title="ジョージ・ワシントン大学">George Washington University</a>などの研究機関の代表であった。 </p><p>この会議によりBioComputeは、バイオインフォマティクスプロトコルの再現性、複製、レビュー、再利用を可能にするデジタル「ラボノートブック」形式のパラダイムを決定した。これは、グループ間のアイデアの交換を促進しながら、通常の人員流動の過程で研究グループ内のより大きな継続性を可能にするために提案されていた。 </p><p>2016年、グループはベセスダのNIHで再招集し、BioComputeパラダイムの例であるBioComputeオブジェクトの可能性について議論をすすめた。この成果は、'standard trial use'ドキュメントとbioRxivにアップロードされたプレプリント論文として発表された。BioComputeオブジェクトを使用すると、JSON化されたレコードを従業員、共同編集者、規制当局間で共有することができる<sup id="cite_ref-44" class="reference"><a href="#cite_note-44"><span class="cite-bracket">[</span>44<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-45" class="reference"><a href="#cite_note-45"><span class="cite-bracket">[</span>45<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="教育プラットフォーム"><span id=".E6.95.99.E8.82.B2.E3.83.97.E3.83.A9.E3.83.83.E3.83.88.E3.83.95.E3.82.A9.E3.83.BC.E3.83.A0"></span>教育プラットフォーム</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=38" title="節を編集: 教育プラットフォーム"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクスの概念と方法を教育するために、様々なプラットフォームが設計されている。たとえば、スイスのバイオインフォマティクス研究所トレーニングポータルを通じて提供される <a rel="nofollow" class="external text" href="http://rosalind.info/problems/locations/">ROSALIND</a> のオンラインコースが挙げられる。カナダのバイオインフォマティクスワークショップは、<a href="/wiki/%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%82%A8%E3%82%A4%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%96%E3%83%BB%E3%82%B3%E3%83%A2%E3%83%B3%E3%82%BA" title="クリエイティブ・コモンズ">クリエイティブ・コモンズ</a>ライセンスに基づいて、ウェブサイトのトレーニングワークショップのビデオとスライドを提供している。 <a rel="nofollow" class="external text" href="https://4273pi.org/">4273πプロジェクト</a> または4273piプロジェクト<sup id="cite_ref-46" class="reference"><a href="#cite_note-46"><span class="cite-bracket">[</span>46<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> も、オープンソースの教育資料を無料で提供している。このコースは低コストの<a href="/wiki/Raspberry_Pi" title="Raspberry Pi">Raspberry Pi</a>コンピュータを利用し、大人や学校の生徒を教えるために使用されている<sup id="cite_ref-47" class="reference"><a href="#cite_note-47"><span class="cite-bracket">[</span>47<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-48" class="reference"><a href="#cite_note-48"><span class="cite-bracket">[</span>48<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。4273πは、Raspberry Piコンピューターと4273πオペレーティングシステムを使用して、研究レベルのバイオインフォマティクスを利用している研究者や研究スタッフによるコンソーシアムによって積極的に開発されている<sup id="cite_ref-49" class="reference"><a href="#cite_note-49"><span class="cite-bracket">[</span>49<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-50" class="reference"><a href="#cite_note-50"><span class="cite-bracket">[</span>50<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="学会・国際会議"><span id=".E5.AD.A6.E4.BC.9A.E3.83.BB.E5.9B.BD.E9.9A.9B.E4.BC.9A.E8.AD.B0"></span>学会・国際会議</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=39" title="節を編集: 学会・国際会議"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <p>バイオインフォマティクス分野の国内学会および国際学会として、<a href="/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E5%AD%A6%E4%BC%9A" title="日本バイオインフォマティクス学会">日本バイオインフォマティクス学会</a>および<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/International_Society_for_Computational_Biology" class="extiw" title="en:International Society for Computational Biology">International Society for Computational Biology</a>がある。 </p><p>また国際会議として、<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Intelligent_Systems_for_Molecular_Biology" class="extiw" title="en:Intelligent Systems for Molecular Biology">Intelligent Systems for Molecular Biology</a> (ISMB)、<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/European_Conference_on_Computational_Biology" class="extiw" title="en:European Conference on Computational Biology">European Conference on Computational Biology</a> (ECCB)、<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Research_in_Computational_Molecular_Biology" class="extiw" title="en:Research in Computational Molecular Biology">Research in Computational Molecular Biology</a> (RECOMB)、International Conference on Genome Informatics (GIW)などがある。 </p> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="学習参考書"><span id=".E5.AD.A6.E7.BF.92.E5.8F.82.E8.80.83.E6.9B.B8"></span>学習参考書</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=40" title="節を編集: 学習参考書"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li>A.ポランスキ, 後藤修 (訳):「バイオインフォマティクス」、丸善出版、<a href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E6%96%87%E7%8C%AE%E8%B3%87%E6%96%99/9784621062517" class="internal mw-magiclink-isbn">ISBN 978-4621062517</a>、（2012年7月17日）。</li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="脚注"><span id=".E8.84.9A.E6.B3.A8"></span>脚注</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=41" title="節を編集: 脚注"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="noprint" style="float:right; font-size:90%;">[<a href="/wiki/Help:%E8%84%9A%E6%B3%A8/%E8%AA%AD%E8%80%85%E5%90%91%E3%81%91" title="Help:脚注/読者向け"><span title="この欄の操作法">脚注の使い方</span></a>]</div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="出典"><span id=".E5.87.BA.E5.85.B8"></span>出典</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=42" title="節を編集: 出典"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="reflist" style="-moz-column-count:2; -webkit-column-count:2; column-count:2; -moz-column-width: 20em; -webkit-column-width: 20em; column-width: 20em; list-style-type: decimal;"> <ol class="references"> <li id="cite_note-1"><b><a href="#cite_ref-1">^</a></b> <span class="reference-text"><cite class="citation web" style="font-style:normal">Lesk (26 July 2013). “<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.britannica.com/science/bioinformatics">Bioinformatics</a>”. <i>Encyclopaedia Britannica</i>. <span title="">17 April 2017</span>閲覧。</cite></span> </li> <li id="cite_note-:0-2">^ <a href="#cite_ref-:0_2-0"><sup><i><b>a</b></i></sup></a> <a href="#cite_ref-:0_2-1"><sup><i><b>b</b></i></sup></a> <span class="reference-text"><cite style="font-style:normal" class="citation journal">Sim, A. 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title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Comparison+of+the+protein-coding+gene+content+of+Chlamydia+trachomatis+and+Protochlamydia+amoebophila+using+a+Raspberry+Pi+computer&rft.jtitle=BMC+Research+Notes&rft.aulast=Robson&rft.aufirst=J.F.&rft.au=Robson%2C%26%2332%3BJ.F.&rft.au=Barker%2C%26%2332%3BD&rft.date=2015&rft.volume=8&rft.issue=561&rft.pages=561&rft_id=info:doi/10.1186%2Fs13104-015-1476-2&rft_id=info:pmc/4604092&rft_id=info:pmid/26462790&rft_id=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC4604092%2F&rfr_id=info:sid/ja.wikipedia.org:%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9"><span style="display: none;"> </span></span></span> </li> <li id="cite_note-50"><b><a href="#cite_ref-50">^</a></b> <span class="reference-text"><cite style="font-style:normal" class="citation journal">Wregglesworth, K.M; Barker, D (2015). <a rel="nofollow" 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style="display:none;">. <a rel="nofollow" class="external free" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4606965/">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4606965/</a></span>.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=A+comparison+of+the+protein-coding+genomes+of+two+green+sulphur+bacteria%2C+Chlorobium+tepidum+TLS+and+Pelodictyon+phaeoclathratiforme+BU-1&rft.jtitle=BMC+Research+Notes&rft.aulast=Wregglesworth&rft.aufirst=K.M&rft.au=Wregglesworth%2C%26%2332%3BK.M&rft.au=Barker%2C%26%2332%3BD&rft.date=2015&rft.volume=8&rft.issue=565&rft.pages=565&rft_id=info:doi/10.1186%2Fs13104-015-1535-8&rft_id=info:pmc/4606965&rft_id=info:pmid/26467441&rft_id=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC4606965%2F&rfr_id=info:sid/ja.wikipedia.org:%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9"><span style="display: none;"> </span></span></span> </li> </ol></div> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="関連項目"><span id=".E9.96.A2.E9.80.A3.E9.A0.85.E7.9B.AE"></span>関連項目</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=43" title="節を編集: 関連項目"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="システム生物学">システム生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E7%89%A9%E7%90%86%E5%AD%A6" title="生物物理学">生物物理学</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ゲノミクス">ゲノミクス</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="メタゲノミクス">メタゲノミクス</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B1%E3%83%A2%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ケモインフォマティクス">ケモインフォマティクス</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88" title="シーケンスアラインメント">シーケンスアラインメント</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E5%AD%A6%E4%BC%9A" title="日本バイオインフォマティクス学会">日本バイオインフォマティクス学会</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E5%88%86%E9%87%8E%E3%81%AE%E7%A7%91%E5%AD%A6%E8%AB%96%E6%96%87%E9%9B%91%E8%AA%8C%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%82%B9%E3%83%88" title="バイオインフォマティクス分野の科学論文雑誌のリスト">バイオインフォマティクス分野の科学論文雑誌のリスト</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AB%E9%96%A2%E9%80%A3%E3%81%99%E3%82%8B%E6%A9%9F%E9%96%A2%E3%81%AE%E4%B8%80%E8%A6%A7" title="バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧">バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%B3%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2%E3%81%AE%E4%B8%80%E8%A6%A7" title="オープンソースのバイオインフォマティックスソフトウェアの一覧">オープンソースのバイオインフォマティックスソフトウェアの一覧</a></li> <li><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/FM-index" class="extiw" title="en:FM-index">en:FM-index</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="外部リンク"><span id=".E5.A4.96.E9.83.A8.E3.83.AA.E3.83.B3.E3.82.AF"></span>外部リンク</h2><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=44" title="節を編集: 外部リンク"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="日本の関連学会"><span id=".E6.97.A5.E6.9C.AC.E3.81.AE.E9.96.A2.E9.80.A3.E5.AD.A6.E4.BC.9A"></span>日本の関連学会</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=45" title="節を編集: 日本の関連学会"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.jsbi.org/">日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.cbi.or.jp/">情報計算化学生物学会（CBI学会）</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ipsj.or.jp/katsudou/sig/sighp/bio/">情報処理学会バイオ情報学研究会（SIG BIO）</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.sigmbi.jp/">人工知能学会第二種研究会分子生物情報研究会（SIG-MBI）</a></li></ul> <div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="外部リンク_2"><span id=".E5.A4.96.E9.83.A8.E3.83.AA.E3.83.B3.E3.82.AF_2"></span>外部リンク</h3><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9&action=edit&section=46" title="節を編集: 外部リンク"><span>編集</span></a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></div> <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.genome.jp/ja/">ゲノムネット</a></li> <li><a href="/wiki/DDBJ" class="mw-redirect" title="DDBJ">DDBJ</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html">日本DNAデータバンク</a></li> <li><a href="/wiki/%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%AF" title="蛋白質構造データバンク">PDBj</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="http://pdbj.org/?lang=ja">日本蛋白質構造データバンク</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://biosciencedbc.jp/?lng=ja">バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC；National Bioscience Database Center）</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://lifesciencedb.jp/">文部科学省開発研究事業「統合データベースプロジェクト」のポータルサイト</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://togotv.dbcls.jp/ja/">統合TV</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/bwt.html">bioinformatics</a></li> <li>Workshop Data Structures in Bioinformatics <ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dsb-meeting.github.io/DSB2020/">DSB 2020</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dsb-meeting.github.io/DSB2021/">DSB 2021</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dsb-meeting.github.io/DSB2022/">DSB 2022</a></li> <li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dsb-meeting.github.io/DSB2023/">DSB 2023</a></li></ul></li></ul> <div class="navbox" aria-labelledby="生物学" style="border-collapse:collapse;padding:3px"><table class="nowraplinks hlist mw-collapsible mw-collapsed navbox-inner" style="background:transparent;color:inherit;min-width:100%;border-spacing:0px;border-collapse:separate"><tbody><tr><th scope="col" class="navbox-title" colspan="3"><div style="float:left;width:6em;text-align:left"><div class="noprint plainlinks navbar hlist" style="white-space:nowrap;font-size:60%;font-weight:normal;background-color:transparent;padding:0;color:#000;;border:none;"><ul style="display:inline"><li><a href="/wiki/Template:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="Template:生物学"><span title="このテンプレートを表示します" style="font-size:125%;;;border:none;">表</span></a></li><li><a href="/w/index.php?title=Template%E2%80%90%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%88:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6&action=edit&redlink=1" class="new" title="「Template‐ノート:生物学」 (存在しないページ)"><span title="このテンプレートのノートを表示します" style="font-size:125%;color:#002bb8;;;border:none;">話</span></a></li><li><a class="external text" href="https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=Template%3A%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6&action=edit"><span title="このテンプレートを編集します。保存の前にプレビューを忘れずに。" style="font-size:125%;color:#002bb8;;;border:none;">編</span></a></li><li><a class="external text" href="https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=Template%3A%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6&action=history"><span title="このテンプレートの過去の版を表示します" style="font-size:125%;color:#002bb8;;;border:none;">歴</span></a></li></ul></div></div><div id="生物学" style="font-size:110%;margin:0 6em"><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="生物学">生物学</a></div></th></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">対象生物学</th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9%E5%AD%A6" title="ウイルス学">ウイルス学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%AF%84%E7%94%9F%E8%99%AB%E5%AD%A6" title="寄生虫学">寄生虫学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%A4%8D%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="植物学">植物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%9C%9F%E8%8F%8C%E5%AD%A6" title="真菌学">真菌学</a></li> <li><a href="/wiki/%E4%BA%BA%E9%A1%9E%E5%AD%A6" title="人類学">人類学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%8B%95%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="動物学">動物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%BE%AE%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="微生物学">微生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="分子生物学">分子生物学</a></li></ul> </div></td><td class="navbox-image" rowspan="7" style="width:1px;padding:0px 0px 0px 2px"><div><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Common_clownfish.jpg" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b7/Common_clownfish.jpg/75px-Common_clownfish.jpg" decoding="async" width="75" height="56" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b7/Common_clownfish.jpg/113px-Common_clownfish.jpg 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b7/Common_clownfish.jpg/150px-Common_clownfish.jpg 2x" data-file-width="1600" data-file-height="1200" /></a></span> <span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:DNA_animation.gif" class="mw-file-description"><img src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0c/DNA_animation.gif/75px-DNA_animation.gif" decoding="async" width="75" height="130" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0c/DNA_animation.gif/113px-DNA_animation.gif 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0c/DNA_animation.gif/150px-DNA_animation.gif 2x" data-file-width="181" data-file-height="313" /></a></span></div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">生理・生化学</th><td class="navbox-list navbox-even" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%8C%96%E5%AD%A6" title="生化学">生化学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%90%86%E5%AD%A6" title="生理学">生理学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%A0%84%E9%A4%8A%E5%AD%A6" title="栄養学">栄養学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%96%AB%E5%AD%A6" title="疫学">疫学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%AF%92%E6%80%A7%E5%AD%A6" title="毒性学">毒性学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%97%85%E7%90%86%E5%AD%A6" title="病理学">病理学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6" title="免疫学">免疫学</a></li> <li><a href="/wiki/%E8%96%AC%E7%90%86%E5%AD%A6" title="薬理学">薬理学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">細胞・組織学</th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E8%A7%A3%E5%89%96%E5%AD%A6" title="解剖学">解剖学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%BD%A2%E6%85%8B%E5%AD%A6_(%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6)" title="形態学 (生物学)">形態学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%B4%B0%E8%83%9E%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="細胞生物学">細胞生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%A5%9E%E7%B5%8C%E7%A7%91%E5%AD%A6" title="神経科学">神経科学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%AD%A6" title="組織学">組織学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%99%BA%E7%94%9F%E5%AD%A6" title="発生学">発生学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%99%BA%E7%94%9F%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="発生生物学">発生生物学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">ゲノム・遺伝学</th><td class="navbox-list navbox-even" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="遺伝学">遺伝学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%8F%A4%E5%85%B8%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="古典遺伝学">古典遺伝学</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%9F%E3%82%AF%E3%82%B9" title="ゲノミクス">ゲノミクス</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="分子遺伝学">分子遺伝学</a></li> <li><a href="/wiki/%E9%9B%86%E5%9B%A3%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="集団遺伝学">集団遺伝学</a></li> <li><a href="/wiki/%E9%80%86%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="逆遺伝学">逆遺伝学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">進化生物学</th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E9%80%B2%E5%8C%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="進化生物学">進化生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E3%81%AE%E8%B5%B7%E6%BA%90" title="生命の起源">生命の起源</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%8F%A4%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="古生物学">古生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6" title="分類学">分類学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E5%AD%A6" title="系統学">系統学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%88%86%E5%B2%90%E5%AD%A6" title="分岐学">分岐学</a></li> <li><a href="/wiki/%E9%80%B2%E5%8C%96%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6" title="進化分類学">進化分類学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%88%86%E5%AD%90%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E5%AD%A6" title="分子系統学">分子系統学</a></li> <li><a href="/wiki/%E4%BD%93%E7%B3%BB%E5%AD%A6" title="体系学">体系学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">生態学</th><td class="navbox-list navbox-even" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E6%85%8B%E5%AD%A6" title="生態学">生態学</a></li> <li><a href="/wiki/%E4%BF%9D%E5%85%A8%E7%94%9F%E6%85%8B%E5%AD%A6" title="保全生態学">保全生態学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E6%B5%B7%E6%B4%8B%E5%AD%A6" title="生物海洋学">生物海洋学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%BE%A4%E9%9B%86%E7%94%9F%E6%85%8B%E5%AD%A6" title="群集生態学">群集生態学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%80%8B%E4%BD%93%E7%BE%A4%E7%94%9F%E6%85%8B%E5%AD%A6" title="個体群生態学">個体群生態学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%8B%95%E7%89%A9%E8%A1%8C%E5%8B%95%E5%AD%A6" title="動物行動学">動物行動学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="社会生物学">社会生物学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%">応用・学際領域</th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><a href="/wiki/%E4%BF%9D%E5%85%A8%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6" title="保全遺伝学">保全遺伝学</a></li> <li><a href="/wiki/%E5%AE%87%E5%AE%99%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="宇宙生物学">宇宙生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%A7%8B%E9%80%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="構造生物学">構造生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%99%82%E9%96%93%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="時間生物学">時間生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E6%95%B0%E7%90%86%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="数理生物学">数理生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E9%87%8F%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="量子生物学">量子生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%90%86%E8%AB%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="理論生物学">理論生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="システム生物学">システム生物学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E9%9F%B3%E9%9F%BF%E5%AD%A6" title="生物音響学">生物音響学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E6%83%85%E5%A0%B1%E7%A7%91%E5%AD%A6" class="mw-redirect" title="生物情報科学">生物情報科学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%9C%B0%E7%90%86%E5%AD%A6" title="生物地理学">生物地理学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E7%B5%B1%E8%A8%88%E5%AD%A6" title="生物統計学">生物統計学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E7%89%A9%E7%89%A9%E7%90%86%E5%AD%A6" title="生物物理学">生物物理学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E4%BD%93%E5%8A%9B%E5%AD%A6" class="mw-redirect" title="生体力学">生体力学</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E8%A8%98%E5%8F%B7%E8%AB%96" title="生命記号論">生命記号論</a></li> <li><a href="/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E5%80%AB%E7%90%86%E5%AD%A6" title="生命倫理学">生命倫理学</a></li></ul> </div></td></tr><tr><td class="navbox-abovebelow hlist hlist-hyphen" colspan="3"> <ul><li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Folder_Hexagonal_Icon.svg" class="mw-file-description" title="カテゴリ"><img alt="カテゴリ" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Folder_Hexagonal_Icon.svg/16px-Folder_Hexagonal_Icon.svg.png" decoding="async" width="16" height="14" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Folder_Hexagonal_Icon.svg/24px-Folder_Hexagonal_Icon.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Folder_Hexagonal_Icon.svg/32px-Folder_Hexagonal_Icon.svg.png 2x" data-file-width="36" data-file-height="31" /></a></span><a href="/wiki/%E7%89%B9%E5%88%A5:%E3%82%AB%E3%83%86%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%83%84%E3%83%AA%E3%83%BC/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="特別:カテゴリツリー/生物学">カテゴリ</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Portal.svg" class="mw-file-description" title="ポータル"><img alt="ポータル" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c9/Portal.svg/16px-Portal.svg.png" decoding="async" width="16" height="14" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c9/Portal.svg/24px-Portal.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c9/Portal.svg/32px-Portal.svg.png 2x" data-file-width="36" data-file-height="32" /></a></span><a href="/wiki/Portal:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" title="Portal:生物学">ポータル</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Symbol_book_class2.svg" class="mw-file-description" title="ウィキペディア・ブック"><img alt="ウィキペディア・ブック" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Symbol_book_class2.svg/16px-Symbol_book_class2.svg.png" decoding="async" width="16" height="16" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Symbol_book_class2.svg/23px-Symbol_book_class2.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Symbol_book_class2.svg/31px-Symbol_book_class2.svg.png 2x" data-file-width="180" data-file-height="185" /></a></span><a href="https://ja.wikibooks.org/wiki/Special:CategoryTree/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" class="extiw" title="b:Special:CategoryTree/生物学">ブックス</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Commons-logo.svg" class="mw-file-description" title="コモンズ"><img alt="コモンズ" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/4a/Commons-logo.svg/12px-Commons-logo.svg.png" decoding="async" width="12" height="16" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/4a/Commons-logo.svg/18px-Commons-logo.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/4a/Commons-logo.svg/24px-Commons-logo.svg.png 2x" data-file-width="1024" data-file-height="1376" /></a></span><a href="https://commons.wikimedia.org/wiki/Special:CategoryTree/Biology" class="extiw" title="commons:Special:CategoryTree/Biology">コモンズ</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Wikinews-logo.svg" class="mw-file-description" title="ウィキニュース"><img alt="ウィキニュース" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/24/Wikinews-logo.svg/16px-Wikinews-logo.svg.png" decoding="async" width="16" height="9" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/24/Wikinews-logo.svg/24px-Wikinews-logo.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/24/Wikinews-logo.svg/32px-Wikinews-logo.svg.png 2x" data-file-width="759" data-file-height="415" /></a></span><a href="https://en.wikinews.org/wiki/ja:Special:CategoryTree/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" class="extiw" title="wikinews:ja:Special:CategoryTree/生物学">ニューズ</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Wikiversity-logo.svg" class="mw-file-description" title="ウィキバーシティ"><img alt="ウィキバーシティ" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Wikiversity-logo.svg/16px-Wikiversity-logo.svg.png" decoding="async" width="16" height="13" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Wikiversity-logo.svg/24px-Wikiversity-logo.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Wikiversity-logo.svg/32px-Wikiversity-logo.svg.png 2x" data-file-width="1000" data-file-height="800" /></a></span><a href="https://ja.wikiversity.org/wiki/Special:CategoryTree/%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6" class="extiw" title="v:Special:CategoryTree/生物学">ウィキバーシティ</a></li> <li><span typeof="mw:File"><a href="/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Wikidata-logo.svg" class="mw-file-description" title="ウィキデータ"><img alt="ウィキデータ" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Wikidata-logo.svg/16px-Wikidata-logo.svg.png" decoding="async" width="16" height="9" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Wikidata-logo.svg/24px-Wikidata-logo.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/ff/Wikidata-logo.svg/32px-Wikidata-logo.svg.png 2x" data-file-width="1050" data-file-height="590" /></a></span><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Q420" class="extiw" title="d:Q420">ウィキデータ</a></li></ul></td></tr></tbody></table></div> <div role="navigation" class="navbox authority-control" aria-label="Navbox" style="padding:3px"><table class="nowraplinks hlist navbox-inner" style="border-spacing:0;background:transparent;color:inherit"><tbody><tr><th scope="row" class="navbox-group" style="width:1%"><a href="/wiki/Help:%E5%85%B8%E6%8B%A0%E7%AE%A1%E7%90%86" title="Help:典拠管理">典拠管理データベース</a>: 国立図書館 <span class="mw-valign-text-top noprint" typeof="mw:File/Frameless"><a href="https://www.wikidata.org/wiki/Q128570#identifiers" title="ウィキデータを編集"><img alt="ウィキデータを編集" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/10px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png" decoding="async" width="10" height="10" class="mw-file-element" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/15px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg/20px-OOjs_UI_icon_edit-ltr-progressive.svg.png 2x" data-file-width="20" data-file-height="20" /></a></span></th><td class="navbox-list navbox-odd" style="text-align:left;border-left-width:2px;border-left-style:solid;width:100%;padding:0px"><div style="padding:0em 0.25em"> <ul><li><span class="uid"><abbr title="Bioinformatique"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb144116742">フランス</a></abbr></span></li> <li><span class="uid"><abbr title="Bioinformatique"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://data.bnf.fr/ark:/12148/cb144116742">BnF data</a></abbr></span></li> <li><span class="uid"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://d-nb.info/gnd/4611085-9">ドイツ</a></span></li> <li><span class="uid"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://olduli.nli.org.il/F/?func=find-b&local_base=NLX10&find_code=UID&request=987007291740605171">イスラエル</a></span></li> <li><span class="uid"><abbr title="Bioinformatics"><a rel="nofollow" class="external text" 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